양도법인이 부담한 개발부담금 등을 양도차익계산시 반영할 수 있는지 여부(경정)

남인천세무서장이 2000.4.10 청구법인에게 한 1999.1.1～1999.12.31 사업연도 법인세 2,405,239,920원(특별부가세 771,886,820원 포함)의 부과처분 및 당시 대표이사 OOO에게 755,876,553원을 상여처분하여 청구법인에게 한 소득금액 변동통지 처분은,

1. 청구법인이 1999.12.18～1999.12.22 기간 중 양도한 인천광역시 서구 OO동 OOOOO외 5필지 토지, 합계 200,117㎡의 매매계약과 관련하여 청구법인이 부담하기로한 매립·합병·형질변경·개발부담금 등의 대지조성비용을 청구법인과 합자회사 OO건설과의 공사도급계약서, OO건설협회장의 원가조사보고서, 주식회사 OOOOO의 인근토지 매립원가 등의 자료를 참고하여 산정한 후 이를 법인소득금액계산상 손금에 산입하고 양도차익 계산시 취득가액으로 인정하며,

2. 당시 대표이사 OOO에게 상여처분한 755,876,553원의 소득금액변동통지 처분은 매출누락금액 및 공사선수금 등을 재조사하여 경정한다.

3. 나머지 심판청구는 기각합니다

[이 유]

1. 사 실

청구법인은 일반토목공사업을 영위하는 건설업체로서 1962.3.5 취득하여 보유하고 있던 인천광역시 서구 OO동 OOOOO 구거 9,964㎡, 같은 곳 OOOOO 유지 81,471㎡, 같은 곳 OOOOO 구거 32,480㎡, 같은 곳 OOOOO 염전 276,473㎡, 같은 곳 OOOOO 잡종지 5,058㎡, 같은 곳 OOOOO 제방 10,933㎡, 합계 416,547㎡(이하 “전체토지”라 한다) 중 200,117㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 1999.12.18, 1999.12.20, 1999.12.22 양도하고, 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 신고 시 양도토지의 가액을 2,294,500,000원, 양도토지와 관련한 공사선수금 3,412,288,000원으로 계상하여 법인세 및 특별부가세를 신고하였다.

처분청은 양도토지의 매각대금을 6,890,600,000원이라 하여 동 금액과 청구법인이 신고한 양도대금 2,294,500,000원과의 차액을 신고누락한 것으로 보아 2000.4.10 청구법인에게 1999.1.1～1999.12.31 사업연도 법인세 1,633,353,105원 및 특별부가세 771,886,822원, 합계 2,405,239,920원을 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.4.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 양도토지의 매각대금을 6,890,600,000원으로 보아 청구법인이 신고한 금액과의 차액을 익금산입하고 이에 OO 토지원가 4,000,079원, 양도비용 220,000,000원을 손금산입하여 과세함으로서 공사선수금에 해당되는 금액은 전혀 없는 것으로 전제하여 부과 처분하였으나,

청구법인은 1999.12.18 청구외 OOO외 11인에게, 1999.12.18 청구외 OOO외 1인에게, 1999.12.20 청구외 OOO외 2인에게, 1999.12.22 청구외 OOO외 4인에게, 1999.12.22 청구외 OOO외 1인에게 붙임과 같이 전체토지를 분할하고 사도를 개설하여 대지를 조성해 주는 조건으로 총 6,890,000,000원에 양도하면서 토지가액과 토지조성비를 구분하지 아니하고 매매계약을 체결하였으나, 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 등은 청구법인이 부담하기로 하였는 바,

청구법인이 토지매각대금으로 신고한 금액 2,294,500,000원을 초과하는 금액은 매립, 분할, 합병, 형질변경 등에 소요되는 공사비용으로 받은 선수금으로 보아야 할 것으로 처분청이 이를 전액 토지매각대금으로 보아 법인세 및 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다.

설사, 처분청의 주장대로 양도토지의 매각대금 중 공사선수금의 구분이 불명확하여 이를 인정하기 어렵다면 양도토지 및 도로의 합계면적 280,500㎡의 토지조성공사와 관련하여 청구외 (합자)OO건설과의 토지매립 및 사도개설 관련 도급계약금액 6,303,000,000원 중 양도토지 분에 해당하는 대지조성비 4,496,746,705원은 양도토지에 대응되는 토지조성(예정)원가로 1999.1.1～1999.12.31 사업연도에 손금산입하는 것이 타당하다.

또한, 처분청은 이 건 법인세 등을 과세하면서 753,812,000원을 대표이사에게 상여처분하였으나 상여처분액 중 공사선수금에 해당하는 575,795,500원과 미수금 계상누락액 110,000,000원, 합계 685,795,500원이 착오로 과소계상되어 대표자 상여처분이 그만큼 과다하게 계상되었으므로 이를 시정하여 상여처분하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2000.1.4 양도한 토지가 매립, 분할, 합병, 형질변경 등의 조건 없이 평당 43,000원으로 평가하여 양도한 것을 근거로 하여 청구법인이 계상한 양도토지의 매각대금은 정당하며 이를 초과하는 금액은 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 등 청구법인이 부담하여야 하는 공사선수금으로 보는 것이 정당하다고 주장하나,

위 거래는 청구외 OOOOO(주)의 주식과 교환조건으로 양도된 것으로 거래가액을 정상적인 시가로 인정하기 어렵고, 처분청의 현장확인 및 탐문결과 1999.12월 중 쟁점토지의 시가가 평당 150,000원, 2000.3월 중 250,000원～300,000원으로 확인되고 있고, 2000.1.17 청구외 OOO에게 매매예약에 의한 가등기 시에 청구법인이 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등 조건 없이 평당 150,000원에 평가한 사실 및 2000.1.25 OO공사(주)에 평당 197,310원에 매각한 사실, 1999.12.22 OOO외 5인에게 평당 135,000원에 매각한 사실, 1999.12.18 청구외 OOO, OOO에게 평당 92,500원에 양도한 사실에 비추어 양도토지의 매각대금을 평당 43,000원으로 인정하기 어렵고,

양도대금 중 공사선수금이 얼마나 포함되어 있는지 구분이 불명확하므로 평당 43,000원을 초과하는 부분은 양도토지의 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 등의 공사선수금이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

또한, 청구법인의 추정원가 4,496,746,705원을 양도토지의 토지조성(예정)원가로 인정해 달라는 청구주장에 대해서도

청구법인이 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등의 이행조건으로 OOOO단지 사업자들과 양도토지의 매매계약을 체결하고, 청구외 최낙구 변호사에게 1999.12.17 공증한 내용에 의하면 위 이행조건을 담보하기 위해 매수인들에게 3필지 18,646㎡를 담보로 제공하여 청구법인이 토지조성공사 등을 불이행하는 경우 매수자들이 위 담보토지를 처분하여 토지조성공사 등의 비용으로 사용하기로 약정하였고,

매수인들이 청구법인의 토지조성공사 실행여부와 관계없이 위 담보토지를 매각하여 OOOO단지 총무 청구외 OOO이 청구외 OOO, OOO 계좌로 입금하여 측량비용 등에 사용한 사실이 확인되어 위 공증계약은 효력이 상실되었고,

청구법인이 토지조성비용 상당액으로 매수자에게 위 담보토지를 이전해 줌으로서 양도토지에 OO 토지조성 의무를 면한 것으로 보아야 하므로, 토지조성과 관련된 추정원가의 존재 가능성도 인정하기 어려우며,

청구법인의 추정원가의 산정과정에도 합리성이 결여되어 이를 받아들이기 어려우므로 당초 처분 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 처분청이 확인한 양도토지의 매각대금 6,890,600,000원에 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등 청구법인이 부담하기로 한 공사선수금이 포함되어 있는 것으로 볼 수 있는지 여부와

(2) 공사선수금으로 볼 수 없다면 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등과 관련된 추정공사원가를 양도토지의 토지조성원가로 보아 손금으로 산입할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

(3) 또한, 처분청이 청구법인의 전 대표이사에게 상여처분한 755,876,553원의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련 법령

법인세법 제14조【각 사업연도의 소득】제1항에서 “내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있고,

법인세법 제15조【익금의 범위】제1항에서 “익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며,

법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】에서 “법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”라고 규정하면서 제2호에서 “자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액”을 열거하고 있다.

법인세법 제19조【손금의 범위】제2항에서는 “제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정하고 있으며,

법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】에서 “법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”라고 규정하면서 제1호에서 “판매한 상품 또는 제품에 OO 원료의 매입가액과 그 부대비용”을, 제2호에서 “양도한 자산의 양도당시의 장부가액”을 열거하고 있다.

또한, 법인세법 시행규칙 제10조【판매부대비용의 범위】에서 “영 제19조 제1호의 규정에 의한 판매한 상품 또는 제품에 OO 부대비용은 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 정상적인 거래라고 인정될 수 있는 범위 안의 금액으로서 기업회계기준에 따라 계상한 금액으로 한다”라고 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제99조【과세표준】제1항에서는 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하고,

제3항에서는 “제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라고 규정하면서 제1호에서 “취득가액(단서 생략)”, 제2호에서 “토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용”을 열거하고 있으며,

제4항에서 “제3항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다”고 규정하고 있으며,

법인세법 시행령 제141조【기준시가의 산정】제1항에서 “법 제99조 제4항에서 「대통령령이 정하는 산식」이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다”라고 규정하면서 제1호에서 1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우

『 양도가액 ×취득당시의 기준시가

양도당시의 기준시가 』를 열거하고 있고,

제5항에서 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액으로 한다”라고 규정하면서 다음 산식을 열거하고 있다.

『 1990년 1월1일을 기준으로 × 취득당시의 시가표준액

한 개별공시지가 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액

과 그 직전에 결정된 시가표준액의

합계액을 2로 나누어 계산한 금액 』

다. 판단

먼저 사실관계를 살펴본다.

첫째, 1999.12.18 청구외 OOOO단지 총무 OOO을 통하여 매수자 청구외 OOO외 11명에게 전체토지 중 92,556㎡를 4,200,000,000원에, 동 일자에 청구외 OOO, OOO에게 전체토지 중 33,048㎡를 925,000,000원에, 1999.12.20 청구외 OOO외 2인에게 전체토지 중 6,611㎡를 300,000,000원에, 1999.12.22 OOO외 6인(OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO)에게 전체토지 중 49,256㎡를 1,465,600,000원, 합계 181,471㎡를 6,890,000,000원에 매각한 사실이 전체토지의 등기부등본 및 양도토지의 검인계약서, 처분청이 매수자 등 관계인으로부터 징취한 확인서 등에 의하여 확인된다.

둘째, 청구법인이 양도토지를 양도하면서 전체토지가 붙임 배치도와 같이 분할되지 아니하였음에도 분할 및 합병된 것으로 예정하여 양도하였음이 붙임 배치도 및 양도토지의 소유권 이전이 종전토지의 지번을 전체 토지면적 분의 매수토지면적의 지분으로 이전되어 있는 사실로 미루어 짐작할 수 있다.

셋째, 청구법인이 1999.12.20 청구외 OOO외 2인 및 1999.12.22청구외 OOO외 4인(OOO, OOO, OOO, OOO)에게 양도한 토지에 대하여는 청구법인의 사도 개설 및 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등의 약정을 위 검인계약서외에 별도로 약정하거나 공증한 사실이 없으나,

청구법인이 1999.12.18 청구외 OOO외 11인에게 양도한 토지에 대하여는 청구법인이 매립, 분할, 합병, 형질변경 등의 이행의무를 부담하는 것으로 공증함과 동시에 매립, 분할, 합병, 형질변경 등의 이행조건을 담보하기 위해 청구법인이 매수인들에게 3필지 18,646㎡의 토지를 담보로 제공하여 청구법인의 토지조성의무 불이행시 매수자가 이를 처분하여 매립 등 비용으로 충당하기로 약정한 사실이 공증서류 등에 의해 확인되며,

매수인들은 위 의무 실행여부와 관계없이 위 담보토지 중 일부를 매각하여 OOOO단지 총무 청구외 OOO이 청구외 OOO, OOO 계좌로 입금하여 이 후 전체토지에 OO 측량비용 등에 사용한 사실이 공증서류 및 처분청의 조사서에 의해 확인되며,

1999.12.18 청구외 OOO외 1인에게 양도한 토지에 대하여는 매립, 분할, 합병, 형질변경 등 청구법인의 협조의무를 명시한 사실이 공증서류 등에 의하여 확인되며,

1999.12.22 청구외 OOO외 1인(OOO)에게 양도한 토지에 대하여도 청구법인과 약정한 공증계약서에 의해 매립, 분할, 합병, 형질변경 등의 비용을 양도자인 청구법인이 부담하는 것으로 약정한 사실이 확인된다.

넷째, 청구외 OOO외 2인에게 양도한 토지가액이 평당 136,136원, 청구외 OOO에게 양도한 토지가액이 평당 122,495원, 청구외 OOO외 5인에게 양도한 토지가액이 평당 135,000원, 청구외 OOO외 1인에게 양도한 토지가액이 평당 92,500원, 청구외 OOO외 11인에게 양도한 토지가액이 평당 150,000원인 사실에 비추어 보면 매립, 분할, 합병, 형질변경 등 이행조건 등의 공증 여부에 따라 토지가액이 차별되지 않는 것이 확인된다.

다섯째, 청구법인이 양도토지의 순수토지가격의 시가 참고자료로 제시한 협의보상 목적의 토지 감정서에 의하면 한국감정원 인천지점이 양도토지인근지역인 인천광역시 서구 OO동 OOOOOO 구거 및 같은 곳 OOOOOO 제방의 평당 평가금액을 62,700원(㎡당 19,000원)으로, 청구외 OO감정평가법인이 같은 지번 토지의 평당 평가금액을 65,010원(㎡당 19,700원)으로 평가한 사실이 확인된다.

여섯째, 청구법인은 쟁점 양도토지를 포함한 전체토지에 OO 매립, 분할, 합병, 형질변경 및 사도 개설을 위해 청구외 (합자)OO건설과 2000.2.14 토지매립 및 기타공사 도급계약을 도급금액 6,303,000,000원(부가가치세 포함)에 체결한 사실이 확인된다.

위 확인된 사실에 근거하여 쟁점 양도토지의 매각대금 중 청구법인이 신고한 매각대금을 초과하는 금액을 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등을 위한 공사선수금으로 볼 수 있는지 여부를 살펴보면,

청구법인의 수입결의서 전표 및 현금출납부에 토지 매도금액이 6,751,783,000원으로 기록되어 있고, 토지 매각대금 중에서 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등에 충당할 공사선수금 3,412,288,000원을 별도로 구분하여 수취한 사실도 확인되지 아니하므로 공사선수금 상당액을 양도토지의 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장을 받아드리기는 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 토지의 양도가액에서 공사선수금 상당액을 차감할 수 없다하더라도 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등과 관련된 추정공사원가를 토지 양도가액에 대응하는 토지조성원가로 보아 손금으로 산입할 수 있는지 여부를 가려본다.

위 확인된 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 폐염전을 매립하여 대지를 조성하여 주는 조건으로 토지매매계약을 체결하고 소유권 이전 등기를 완료하여 준 것으로 인정되는 양도토지의 경우, 매매계약 내용에 의하여 토지의 양도가액과 토지조성공사비의 구분이 분명한 경우에는 토지의 양도와 대지조성공사를 각각 구분하여 손익을 계상하는 것이나,

쟁점거래와 같이 구분이 불분명한 경우 토지의 전체 양도가액과 이에 대응하는 장부가액 및 일반적으로 공정 타당하다고 인정되는 기업회계기준 및 회계관행에 의하여 합리적으로 추정한 공사예정원가를 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호의 규정에 의하여 소유권 이전등기일이 속하는 사업연도에 소득금액계산상 각각 익금 및 손금에 산입하는 것(같은 뜻, 국세청 법인46012-936호, 2000.4.12)이 타당하다 할 것이다.

이 건 청구법인의 경우를 보면 양도토지가 폐염전으로 토지조성이 필요한 토지라는 점, 쟁점 양도토지의 양도시 형질변경, 사도개설 등 토지의 분할 및 합병을 전제로 하여 양도한 사실이 인정되는 점, 현재 분할되지 아니한 당초 지번의 토지가 공동지분으로 소유권 이전된 사실등이 확인되고 있어 청구법인이 공사선수금 등의 명목으로 계상한 토지조성관련 추정예정원가가 적정한지 여부를 가려 청구법인이 사도 개설 및 매립, 분할, 합병, 형질변경, 개발부담금 부담 등을 지고 있는 위 양도토지에 대응하는 토지조성원가를 산정하여 법인소득 계산 상 손금 인정 및 양도차익 계산시 취득원가로 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

청구법인이 토지조성비용의 근거로 제시한 청구외 (합자)OO건설과의 토지 매립 및 기타공사 내역서에 의하면 이 건 양도토지가 포함된 총 공사면적 280,500㎡에 대하여 매립 및 도로 개설 공사비로 6,303,000,000원(부가가치세 포함)에 계약한 것으로 나타나고 있으나, 현재까지 당해공사가 약정내용대로 이행되지 아니하고 있는 것으로 확인되고 있어 당해 공사계약서 상의 공사계약금액만을 근거로 토지조성(예정)원가를 산정하여 손금에 산입하기는 어렵다 할 것이므로

청구법인이 추가 제시한 청구외 OO건설협회에서 조사한 쟁점 양도토지에 OO 원가보고서 상에 “대지조성공사 예정원가”가 6,764,401,268원으로 확인되고 있는 점이나, 쟁점토지와 바로 인접한 청구외 (주)OOOOO의 실지토지조성공사 발생금액에 근거하여 추정한 총 공사예정원가 등의 공사원가자료 등을 참고로 하여 양도토지에 OO 공사예정원가를 재조사 결정하여 이를 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

한편, 청구법인은 처분청이 매출누락금액으로 확정한 4,596,100,000원은 청구법인이 양도토지의 매각대금 중 공사선수금으로 계상한 3,412,288,000원과 청구법인의 장부상 수입금액으로 계상되지 아니한 1,183,812,000원을 합한 금액으로서 공사선수금이 과소계상된 것은 청구법인 직원의 실수 때문인데 이에 근거하여 처분청에서도 대표자에 OO 상여처분 금액을 과다하게 결정하였다고 주장하는 바, 청구법인의 주장은 처분에 OO 불복청구라고 하기보다는 청구법인의 회계처리 오류를 사유로 한 경정청구의 취지로 보인다.

그러므로 처분청은 청구주장의 사실여부 및 처분청이 매출누락으로 확정한 금액에 위 회계처리 오류로 인한 차액이 반영되었는지 여부등을 확인할 필요가 있으므로 이에 대해서도 재조사 결정함이 타당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호

-법인세법 시행령 제141조 제1항

-지방세법

유사 판례