원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간 경과 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제93조 제10호 (가)목은 법인세 과세대상인 외국법인의 국내원천소득의 하나로 ‘내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타 유가증권의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 규정하고 있다.

한편 구 증권거래세법(2008. 12. 26. 법률 제9274호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제1조 본문은 “주권 또는 지분의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과한다.”고 규정하고, 제2조 제3항은 “이 법에서 ‘양도’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다.”고 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결의 이유를 인용하여, ① 스페인 법인인 아마데우스 아이티그룹 에스에이(Amadeus IT Group S.A., 이하 ‘구 아마데우스’라 한다.)는 2006. 8. 1. 그 발행주식의 60.83%를 보유하고 있던 모회사인 더블유에이엠 포트폴리오 에스에이(WAM Portfolio S.A.)에 흡수합병되었고(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다.), 그 후 더블유에이엠 포트폴리오 에스에이는 법인명을 구 아마데우스의 명칭을 따라 원고(Amadeus IT Group S.A.)로 변경한 사실, ② 이 사건 합병 당시 구 아마데우스는 내국법인인 토파스여행정보 주식회사가 발행한 주식의 32%에 해당하는 256,374주(이하 ‘이 사건 쟁점주식’이라 한다.)를 자산으로 보유하고 있었는데, 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 쟁점주식의 소유권이 구 아마데우스에서 원고에게 이전된 사실, ③ 피고 남대문세무서장은 2007. 10. 1. 이 사건 쟁점주식의 이전으로 인하여 구 아마데우스에게 구...