조심 2018서4082 (2019.02.11)

양도

기각

청구인이 ○○○에 출자한 날(2011.11.23.)로부터 합병일(2014.10.1.)까지의 기간은 2년 10개월로 쟁점주식은 보유기간 3년의 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이고, 청구인이 제시한 사정, 즉 쟁점주식과 ○○○와 □□□의 합병으로 인하여 교부받은 합병신주 간에 실질적 가치 변동이 없거나 다른 사정의 변경이 없음에도 당초 출자에 의하여 취득한 주식의 보유기간에 합병신주의 보유기간을 포함하지 않는 것으로 해석할 경우 쟁점조특법특례규정의 취지에 반하게 된다는 등 사정으로는 쟁점주식의 보유기간에 합병신주를 보유한 기간까지 포함할만한 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다고 판단됨

조세특례제한법 제14조 / 조세특례제한법 시행령제13조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2011.11.4. OOO(2010.11.29.～2014.11.28. 벤처인증을 받은 회사로, 이하 “OOO”라 한다)와 OOO가 유상증자로 발행하는 주식(비상장) 97,547주(액면가액 OOO원, 주당 발행가액 OOO원)를 OOO원에 취득하는 신주인수계약을 체결하고, 같은 날 청구인이 소유하고 있던 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 발행주식 33,166주를 OOO에 OOO원에 양도하는 주식매매계약을 체결하였으며, 청구인은 2011.11.23. OOO의 발행주식 양도대금을 재원으로 하여 OOO에 유상증자대금을 납입하고 OOO의 발행주식 97,547주를 취득하였다.

나. OOO(코스닥 상장법인으로, 이하 “OOO”이라 한다)은 2014.10.1. OOO를 흡수합병(합병비율 OOO = 1:1.5555137)하여 청구인은 보유하고 있던 OOO 발행주식 97,547주에 대하여 합병신주인 다음 발행주식 151,735주를 배정받았고, 청구인은 2015.1.9., 2015.6.3., 2015.7.1. 및 2015.12.2.～30.에 걸쳐 합병신주로 교부받은 다음 발행주식을 각 6,500주, 20,000주, 13,000주 및 50,953주 합계 90,453주를 양도하였으며, 그 양도차익에 대한 양도소득세 합계 OOO원을 신고․납부하였다.

다. 청구인은 2018.4.10. ‘청구인이 양도한 상기의 다음 발행주식 중 72,386주(이하 “쟁점주식”이라 한다)는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 3년 이상 보유한 후 양도한 경우에 해당하므로 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제13조(이하 “쟁점조특법특례규정”이라 한다)에 따라 양도소득에 해당하지 아니하므로 그에 대한 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다’는 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 2018.6.8. ‘청구인이 2011.11.23. 출자한 OOO는 2014.10.1. 흡수합병으로 해산되어 쟁점주식은 쟁점조특법특례규정에 따른 3년 보유 요건을 충족하지 않는다’고 하여 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 OOO에 출자할 당시(2011.11.4.), OOO는 OOO으로부터 2010.11.29.～2012.11.28. 기간에 대하여, 기술보증기금으로부터 2012.11.29.～2014.11.28. 기간에 대하여 벤처기업확인서를 발급받아 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 의한 벤처기업에 해당하고, 쟁점조특법특례규정상 달리 규정을 두고 있지 않으나 특수관계 여부의 판단에 있어서는 매매계약일을 기준으로 판단되어야 하는 점에 비추어 청구인이 쟁점주식의 취득과 관련한 계약을 체결할 당시에는 OOO의 주주이거나 근로관계가 없었기에 특수관계에 해당하지 아니한다. 청구인이 카카오와 신주인수계약을 체결한 이후인 2011.11.11.에 OOO에 입사하였다고 하나 특수관계 여부의 판단은 유상증자 대금의 납입일이 아닌 신주인수계약일로 보아야 하고 매매계약의 체결에 따라 주요거래의 조건이 확정된 뒤 특수관계가 성립되는 경우 특수관계가 거래조건에 영향을 미칠 수 없다고 할 것이므로 동일한 취지의 조세심판원 결정과 기획재정부 예규 등에 비추어 청구인과 OOO가 신주인수계약을 체결한 2011.11.4.에는 청구인과 OOO는 특수관계가 없었다. 청구인은 OOO의 발행주식을 OOO에 양도하고 그 대금을 계좌로 받았고 이에 대한 양도소득세를 신고․납부하고 그 남은 양도대금으로 OOO에 대한 유상증자대금을 실제로 납입하고 취득하였으므로 다른 쟁점조특법특례규정의 요건은 충족하였다고 할 것이다.

처분청은 청구인이 쟁점주식을 ‘그 출자일로부터 3년이 경과한 후에 양도하였을 것’이라는 요건을 충족하지 못하였다는 의견이나, 합병으로 인한 주식의 교체는 피합병법인 주주의 입장에서 사실상 배당에 있는 것에 불과할 뿐 주식 양도차익이 발생하지 않는 것이고, 합병신주는 과거 피합병법인 발행주식과 동일성이 인정되므로 합병신주의 취득시기는 피합병법인 발행주식의 취득일로 보아야 하는 것이다. 기획재정부 예규(금융세제과-11, 2017.1.11.)도 ‘벤처기업 주식을 3년 보유한 후 벤처기업이 일반기업에 흡수합병되어 취득한 합병신주를 양도할 경우 쟁점조특법특례규정이 적용된다’고 해석하였고 「소득세법」도 합병에 의해 합병신주를 취득한 경우 소멸한 피합병법인 발행주식의 취득일은 합병신주의 취득일로 본다고 규정하여, 피합병회사가 다른 회사와 합병하여 개인이 보유하던 자산인 합병구주가 합병신주가 대체되는 것에 불과하므로 쟁점주식의 보유기간은 OOO의 발행주식의 취득일을 기산점으로 하여야 할 것이다.

또한, 대법원 판례(2014.10.27. 선고 2013두6633 판결)는 벤처기업의 유상증자에 참여하여 취득한 주식을 보유하던 중 벤처기업의 자본잉여금 자본전입에 따른 무상증자로 추가 주식을 취득하게 된 경우, 쟁점조특법특례규정의 보유기간 계산에 있어 무상주의 취득시점이 아니라 그 무상주의 취득근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 한다고 판시한 바, 자본전입에 따른 무상주의 취득은 주식 수만 늘어날 뿐 출자자가 보유한 기존주식의 실질적인 재산적 가치에는 변동이 없기 때문에 무상주의 취득을 새로운 취득으로 보지 않고 무상주의 취득 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 쟁점조특법특례규정의 보유기간을 계산하는 것이 동 규정의 취지에 부합한다고 할 것이다.

따라서, 합병에 따라 교부 받은 신주는 기존출자자로부터 새로이 금전을 납입 받지 않고 합병비율대로 피합병법인 발행주식을 합병법인 발행주식으로 교체하여 주는 것이고 합병비율은 합병당사 법인의 주당 가치를 평가하여 합병 전후 기존출자자들이 보유한 주식의 실질 가치에 변동이 없도록 산정하는 것이므로, 기존 출자자는 합병신주의 취득으로 인하여 보유한 주식의 종류와 주식수의 변동이 있을 뿐 새로운 재산적 가치를 얻는 것도 아니고 합병으로 합병 구주를 양도하고 합병 신주를 취득하는 것으로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 쟁점조특법특례규정 적용대상인 주식이 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에도 반하게 되는 것이다.

쟁점조특법특례규정은 벤처기업이 창업자금 및 산업기술사업화 자금을 원활하게 공급받을 수 있도록 장려하기 위한 제도로서 출자 이후 투자대상 회사가 벤처기업의 요건을 갖추었는지를 묻지 않고 있는바, OOO를 합병한 OOO이 벤처기업의 요건을 갖추지 못한 사정만으로 쟁점조특법특례규정 적용이 불가능해지지 않는 점 등을 종합하면 투자자가 벤처기업에 자금을 투자한 이후 우연한 사정으로 벤처기업으로서의 지위를 잃었다는 점을 들어 쟁점조특법특례규정의 적용으로 배제하는 것은 오히려 입법취지에 반하는 해석이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

쟁점조특법특례규정의 취지는 창업 초기 벤처기업 등에 대한 신규투자를 지원하여 적극적으로 육성하기 위한 것으로 그에 따른 과세특례를 적용받기 위해서는 ① 창업후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 법인으로 「소득세법 시행령」제98조 또는 「법인세법 시행령」제87조에 정하는 특수관계가 없는 벤처기업에 ② 법인설립시 자본금으로 납입하거나 설립후 7년 이내에 유상증자로 취득하여 ③ 그 출자일로부터 3년이 경과한 주식을 양도하여야 한다.

청구인은 특수관계 여부의 판단 기준일은 신주인수계약 계약일로 청구인은 OOO의 신주인수계약 당시 OOO와 특수관계가 없었다고 주장하나, 청구인이 제시한 예규 등은 「소득세법」상에서 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 매매의 경우 매매계약일 기준으로 특수관계 여부를 판단한다는 것으로, 이 건과 같은 유상증자인 경우에는 출자일 기준으로 특수관계 여부를 판단하여야 하고 출자당시 청구인은 OOO의 사용인이므로 특수관계가 있는 것으로 판단된다.

청구인은 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 법인에 출자하고 그 출자일로부터 3년이 경과한 벤처기업 주식을 양도하였다고 주장하나, 청구인이 벤처기업인 OOO에 출자한 날(2011.11.23)부터 벤처기업이 아닌 다음과의 합병일(2014.10.1)까지의 기간은 2년 10개월로 벤처기업 발행주식의 보유기간이 3년에 미달하고 「소득세법」제95조 및 제98조와 달리 같은 법 제104조 제2항은 상속받은 자산 또는 합병·분할로 취득한 주식의 세율 적용시에만 피상속인의 취득일 또는 피합병법인·분할법인의 주식등을 취득한 날로 보도록 규정하고 있으며, 동일한 사례에 대하여 기획재정부 해석과 조세심판원 결정이 쟁점조특법특례규정 적용대상에 해당하지 않는 것으로 판단한 바 있으므로 쟁점주식이 쟁점조특법특례규정의 적용대상에 해당하지 않는다고 본 이 건 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 주식을 출자한 벤처기업이 일반기업에 흡수합병됨에 따라 교부받은 합병신주를 양도한 경우, 벤처기업 출자일부터 합병신주 양도일까지의 기간이 3년 이상이므로 합병신주의 양도가 조특법 제14조 및 같은 법 시행령 제13조의 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 2011.11.4. OOO의 주주인 청구인과 다른 주주 등 10인은 OOO에 OOO의 주식 85,000주(57.39%, 청구인이 소유한 것은 33,166주)를 총 OOO원에 양도하는 주식매매계약을 체결한바, 그 내용은 ‘OOO이 발행한 기명식 보통주식 85,000주(총 발행주식의 57.39%)를 총 OOO원(계약금 OOO원, 잔금 OOO원은 거래종결일인 2011.11.30. 또는 당사자간 합의한 날에 지급)에 매매하고, 계약금은 매도인의 대표자인 청구인 OOO 계좌로 입금(별도로 계약금 반환청구권 담보를 위한 질권 설정)하며, 잔금 OOO원은 2011.11.4. OOO 주주들과 OOO간에 별도로 체결한 신주인수계약(25만주)에 따른 신주인수대금으로 사용하되 매도인들의 OOO 계좌에 입금 후 다시 매수인의 주금납입계좌로 이체하도록 정하고 있고, 거래종결 후 매도인들의 3년간 겸업금지 또는 계속 근속 및 협력의무(최소 2년간), 매도인의 근속기간 중 사임․퇴임에 따른 매수인의 콜옵션 권리 등을 정한 것’으로 첨부된 매도인별 주식 소유현황 및 매매대금 현황 중 청구인 해당분은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

이와 같은 날, 청구인과 OOO는 계약금 OOO원을 제외한 잔금 OOO원에 대해서는 OOO 발행주식을 받기로 하는 신주인수계약을 체결한바, 그 내용은 ‘OOO가 발행할 기명식 보통주식은 총 25만주(액면가액 OOO원, 1주당 발행가액 OOO원, 총 발행가액 OOO원)로 상기 주식매매계약에 따라 신주인수인들에게 제3자 배정방식으로 발행하고, 주금납입일은 2011.11.30. 또는 당사자들이 달리 합의하여 정한 날로 하는 것’으로, 이에 첨부된 ‘신주인수인별 인수 주식수 및 납입대금’ 중 청구인 해당분은 아래 ＜표2＞와 같고, 이후 카카오는 상기 계약에 따라 대표주주인 청구인의 계좌에 OOO원을 동시에 입․출금한 후 OOO가 발행한 신주관련 주금에 납입하여 청구인들과 타 주주들에게 신주를 배정(이중 청구인 해당분은 97,547주, 납입대금 OOO원)하였다.

OOO

청구인은 OOO가 2014.10.1. 다음에 흡수합병됨에 따라 합병비율에 따라 다음 발행주식 151,735주를 배정받은바, 다음이 공시한 ‘OOO과 OOO간의 합병내역’에 의하면, 합병기일 및 합병등기예정일은 2014.10.1., 신주권교부예정일은 2014.10.13., 신주의 상장예정일은 2014.10.14.이고, 합병비율은 1:1.5555137(OOO)로 하여 OOO이 OOO를 흡수합병하며, 합병신주는 보통주식 43,000,434주로 비상장법인인 OOO의 합병가액은 본질가치(자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5의 비율로 가중산술평가한 가액)로 평가한 OOO원으로, 코스닥 상장법인인 OOO의 합병가액은 기준주가로 평가하여 합병을 위한 이사회 결의일의 전일(2014.5.22.)을 기산일로 한 최근 1개월간의 거래량 가중산술평균종가, 최근 1주일간의 거래량 가중산술평균종가, 최근일의 종가를 산술평가한 OOO원으로 산정하였다.

(2) 청구인은 자신이 보유하고 있던 다음 발행주식을 아래 ＜표3＞과 같이 양도하고, 양도소득세를 신고․납부하였다.

OOO

청구인은 2018.4.10. 처분청에 ‘양도한 주식 중 쟁점주식에 대하여 쟁점조특법특례규정의 적용대상에 해당하므로 그에 대한 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다’는 경정청구를 제기한바, 청구인이 양도한 주식 중 경정청구 대상에서 제외한 주식은 아래 ＜표4＞와 같고, 청구인은 ＜표4＞의 구분 중 1은 2015.5.15. 주식매수선택권 행사로 취득한 것으로 취득 당시 OOO의 벤처인증기간이 경과한 것이며, 구분2·3은 기존주주가 OOO에 반납한 것을 2012.8.31.·2013.10.18. 각 우리사주 매수신청을 통해 취득한 것으로 쟁점조특법특례규정에 해당하지 않는다고 제시하였다.

OOO

(3) 청구인의 이 건 경정청구에 대하여 OOO이 2018년 5월 작성한 ‘양도세 경정청구 검토서’에는 ‘벤처기업인 OOO는 청구인의 출자일(2011.11.23.)로부터 2년 10개월 만에 흡수합병되어 해산한바, 쟁점주식은 보유요건인 3년을 총족하지 못해 쟁점조특법특례규정 적용대상 주식에 해당하지 않는 것으로 판단된다’고 기재되어 있고, 이에 처분청은 2018.6.8. 청구인에게 ‘청구인이 2011.11.23. 출자한 OOO는 2014.10.1. 흡수합병으로 해산되어 쟁점조특법특례규정의 3년 보유 요건을 충족하지 못하여 과세특례 적용대상 주식에 해당되지 않는 것‘으로 통지하여 경정청구를 거부하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점주식의 양도차익이 쟁점조특법특례규정에 따라 양도소득에 해당하지 않기 위해서는 동 규정에서 정하는 4가지 요건, 즉 ‘벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것’, ‘해당기업의 설립 시 또는 설립된 후 7년 이내에 유상증자 등의 방법으로 납입된 것’, ‘특수관계 없는 벤처기업에 대한 출자일 것’ 및 ‘출자일로부터 3년이 경과한 후에 양도된 것’을 모두 충족한 경우이어야 할 것이다.

상기의 4가지 요건 중 ‘특수관계 없는 벤처기업에 대한 출자일 것’과 관련하여, 쟁점조특법특례규정 중 「조세특례제한법 시행령」제13조 제1항은 그 적용대상이 될 수 있는 주식의 취득이 “특수관계(생략)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자”를 통해 이루어질 것을 요건으로 규정하고 있는바, 동 규정의 문언에 비추어 특수관계의 존재 여부는 “출자”가 이루어진 때를 기준으로 판단하여야 할 것이고 그러한 출자는 증자대금의 모두 납입한 때에 이루어진다고 할 것이므로 결국 특수관계의 존재 여부를 판단하는 기준 시점은 증자대금의 납입이 완료된 때로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

이에 청구인은 쟁점주식의 취득과 관련한 계약을 2011.11.4. 체결하였으나, 2011.11.23. 쟁점주식의 인수대금을 납입하였고 그 이전인 2011.11.11.에 OOO에 직원으로 입사하였으므로 청구인이 쟁점주식의 증자대금의 납입을 완료된 때에는 OOO의 직원으로서 특수관계가 있었다고 할 것이므로, 따라서 청구인은 쟁점조특법특례규정 중 ‘특수관계 없는 벤처기업에 대한 출자일 것’의 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이다.

또한, 쟁점조특법특례규정 중 「조세특례제한법 시행령」제13조 제1항은 ‘출자일로부터 3년이 경과한 후에 양도된 것’의 요건과 관련하여, 쟁점조특법특례규정은 ‘출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일로부터 3년이 경과한 것’을 규정하고 있을 뿐, 이 건과 같이 당초 출자에 의하여 취득한 주식이 이후 합병으로 인하여 합병신주가 된 경우 당초 출자에 의하여 취득한 주식의 보유기간에 합병신주의 보유기간까지 포함하여 3년의 요건을 판단할 수 있다는 별도의 규정이 존재하지 않는 것으로 보인다.

이에 청구인이 OOO에 출자한 날(2011.11.23.)로부터 합병일(2014.10.1.)까지의 기간은 2년 10개월로 쟁점주식은 보유기간 3년의 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이고, 청구인이 제시한 사정, 즉 쟁점주식과 OOO와 OOO의 합병으로 인하여 교부받은 합병신주 간에 실질적 가치 변동이 없거나 다른 사정의 변경이 없음에도 당초 출자에 의하여 취득한 주식의 보유기간에 합병신주의 보유기간을 포함하지 않는 것으로 해석할 경우 쟁점조특법특례규정의 취지에 반하게 된다는 등 사정으로는 쟁점주식의 보유기간에 합병신주를 보유한 기간까지 포함할 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

따라서, 쟁점주식의 양도는 쟁점조특법특례규정이 규정하는 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용대상에 해당한다고 보기 어렵다고 할 것이고, 처분청이 청구인의 이 건 양도소득세 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제14조 (창업자 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 중소기업창업투자회사 또는「여신전문금융업법」에 따른 신기술 사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업 전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별 조치법」제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

6. 소재ㆍ부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

7. 「증권거래세법」제3조 제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식( 「소득세법」제104조 제1항 제11호 가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대해서는 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수한다.

1. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

1의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문 회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

1의3. 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

2. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업 전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

3.「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부 개정 법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자하여 얻는 배당소득

4. 소재ㆍ부품전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득

⑤ 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 농식품투자조합, 신기술사업 투자조합, 기업구조조정조합 또는 소재ㆍ부품전문투자조합에 귀속되는 소득으로서 「소득세법」제16조 제1항 각 호 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 소득에 대해서는「소득세법」과「법인세법」에도 불구하고 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다.

⑥ 제4항 및 제5항에 따른 소득의 경우에는 「소득세법」제16조 제2항 및 같은 법 제17조 제3항 본문에도 불구하고 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용(그 총수입금액에 대응되는 것으로 한정한다)을 뺀 금액을 이자소득금액 또는 배당소득금액으로 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정은 2017년 12월 31일까지 발생하는 소득에 대해서만 적용한다.

⑧ 제1항 제1호는 2009년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용하고, 제1항 제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제7호까지의 규정은 2017년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제13조 (창업자 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 법 제14조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별 조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 본다.

(3) 소득세법

제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등으로서 중소기업 외의 법인의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30

② 제1항 제2호ㆍ제3호 및 제11호 나목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 본다.

3. 법인의 합병ㆍ분할[물적분할(物的分割)은 제외한다]로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할ㆍ합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식 등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할ㆍ합병의 상대방 법인의 주식 등을 취득한 날

(4) 소득세법 시행령

제98조 (부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

(5) 국세기본법 시행령

제1조의2 (특수관계인의 범위) ② 법 제2조 제20호 나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족