조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

가. 청구인은 2001.5.3. OOO 소재 단독주택(대지 198.3㎡, 연면적 133.5㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하고, 2001.9.11. 이를 멸실한 후, 2002.2.6. 다세대주택 12세대(지하 1층, 지상 4층, 연면적 539.9㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)를 신축·취득하여 보유하다가 신축일로부터 5년 이내인 2006.12.28. 이를 일괄양도한 후, 「조세특례제한법」 제99조의3이 규정한 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’ 대상에 해당하는 것으로 보아, 산출세액 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보는 취지에서 감면세액을 재계산하여, 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.12. 이의신청을 거쳐 2012.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건 양도소득세의 과세대상인 신축주택은 주택재개발법이나 주택재건축법에 의한 조합원이 취득한 주택이 아닌 자가건설한 일반 신축주택이므로, 감면소득 계산식인 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 「소득세법」 제100조, 제114조, 제99조 제1항 라목 및 「소득세법 시행령」 제176조의2, 제164조 및 관련예규에 따라 계산된 일반주택의 기준시가를 적용하여, 과세대상 소득과 신축일 이후의 소득인 감면대상 소득으로 구분 계산하여 검증한 후, 「소득세법」 제90조에 따라 양도소득과세표준에서 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액과 납부할 세액을 구하여야 한다.

나. 처분청 의견

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득은 감면대상에 해당되지 않고, 법령상 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로, 「조세특례제한법 시행령」 제40조의 산식상 분모에 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 과세특례의 적용방법이 적정한지 여부

나. 관련법령 : 별첨

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 신축주택 양도와 관련하여 양도소득세 감면대상 소득의 계산방법 차이는 다음과 같다.

(가) 청구인은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가에 2001.5.3. 토지 취득당시의 기준시가와 2002.2.6. 건물 취득당시의 기준시가가 반영된 기준시가OOO를 적용하여 감면대상 소득금액OOO을 구하고, 과세대상 소득과 신축일 이후의 소득인 감면대상 소득으로 구분 계산·검증하여 최종 감면세액을 계산하여야 한다고 주장한다.

(나) 반면, 처분청은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가에는 종전주택 취득당시의 기준시가OOO를 적용하여 감면대상 소득금액OOO을 구한 후, 산출세액에서 감면대상 양도소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율만큼을 감면세액OOO으로 보아야 한다는 의견이다.

(2) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항은 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 양도소득세의 세액을 감면”하도록 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 또한 동 규정은 「도시 및 주거환경 정비법」에 의한 주택재개발의 경우와 이 건과 같은 「주택법」 등에 의한 자가건설의 경우를 별도로 구분하고 있지 않은 점 등을 종합할 때, 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 소득을 제외하고 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면을 허용하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2013서290, 2013.4.5., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

별첨. 관련법령

1. 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. 조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

3.소득세법

제90조【양도소득세액의 감면】제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

라. 주택

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만，공동주택가격의 경우에는 동법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

4. 소득세법 시행령

제176조의2【추계결정 및 경정】② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항제2호의 감정가액 × (취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가)

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × [취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)]

제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】⑦ 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 건설교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다.

건설교통부장관이 당해 주택에 대하여 최초로 공시한 주택가격 × [취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액 / 당해 주택에 대하여 건설교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액(취득당시의 가액과 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 가액이 동일한 경우에는 제8항의 규정을 준용한다)]