조심 2019서4405 (2020.08.24)

부가

취소

쟁점판결에 의하면 법원은 쟁점거래처 또한 하도급대금을 부담하므로 운송료를 인하할 경우 영업손실이 발생한다는 점 등을 이유로 운송료가 변경ㆍ조정되어야 할 정도에 이를 만한 사정변경이 있음을 인정하기 어렵다는 취지로 판결한 점, 설령 동 금액이 통상운송료를 초과하여 지급한 것이라고 하더라도, 이를 쟁점거래처와의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 ‘접대’를 목적으로 지급한 것으로 보기도 어렵다고 판단되므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제 대상 접대비 관련 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

부가가치세법 제39조

조심2010서2427

OOO세무서장이 2019.9.9. 청구법인에게 한 부가가치세 2014년 제2기분 OOO대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1976.3.25. 설립하여 해상 운송업 등을 영위하는 법인으로, 2014년 9월 OOO주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 육상운송계약(계약기간 : 2014.9.29.∼2019.9.28., 이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고,

청구법인은 2016년 8월 유가하락 등의 이유로 쟁점거래처와 당초 계약한 운송료 요율이 다른 업체에 비해 높으므로 쟁점거래처에게 요율 인하를 요청하였으나 쟁점거래처가 이를 거절하자, 청구법인이 정한 인하 요율을 적용하여 운송료를 지급하겠다는 내용을 쟁점거래처에게 통지하고 2016년 8월부터 인하한 요율을 적용한 운송료(이하 “인하운송료”라 한다)를 지급하였으며, 쟁점거래처는 당초 계약에 따른 요율을 적용한 금액으로 계속하여 세금계산서를 발행하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018년 5월 청구법인의 2013∼2015사업연도에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인과 쟁점거래처의 특수관계가 소멸한 이후인 2014년 제2기∼2015년 제2기 부가가치세 과세기간에 대하여 인하운송료를 시가로 판단하고 쟁점거래처에 대한 매입세액 중 인하운송료 상당액 초과분에 대한 매입세액을 쟁점거래처에 대한 접대비 관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제하여 부가가치세를 경정하였고, 청구법인은 상기 조사결정에 따라 인하운송료 상당액에 대한 매입세액만을 공제하는 것으로 하여 운송료 전액을 매입세액공제한 2016∼2017년 귀속 부가가치세를 수정신고 하였으며, 2018년은 인하운송료 상당액에 대한 매입세액만을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 쟁점거래처는 2018.3.21. 청구법인을 상대로 2016년 8월부터 2017년 10월까지 미지급한 운송료 OOO지급해야 한다는 취지로 소송을 제기하였고, 서울중앙지방법원은 2019.1.24. 당초 계약대로 청구법인이 미지급한 운송료를 지급하라고 판결(서울중앙지방법원 2019.1.24. 선고 2018가합518122 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였으며, 청구법인의 항소 포기로 2019.2.9. 확정되었고, 청구법인은 2019.4.23. 쟁점판결에서 계약에 따라 지급한 운송료는 접대비가 아니라고 판시하였으므로 「국세기본법」제45조의2제2항제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보아, 2014년 제2기부터 2018년 제2기까지 접대비로 보아 매입세액을 불공제한 운송료 합계 OOO(이하 “쟁점운송료”라 한다)에 대한 매입세액 합계 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 2014년 제2기∼2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO(가산세 포함)을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2019.9.9. 이를 거부하였다.

＜표1＞ 쟁점매입세액 내역

(단위 : 원)

＜표2＞ 과세기간별 경정청구 세액 내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점운송료는 쟁점계약에 따라 지급된 것으로서 시가를 초과하여 지급된 것으로 볼 수 없고, 접대를 목적으로 지급한 사실도 없으므로, 쟁점매입세액을 접대비 관련 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(가) 청구법인이 지급한 운송료는 시가를 초과하여 지급되지 아니하였다.

1) 조사청은 정기세무조사 당시 요율인하 요청공문에 기재된 인하요율을 시가로 간주하고 시가를 초과한 쟁점운송료에 대하여 부당행위계산 및 접대비로 과세처분한 바 있다.

그러나 청구법인이 비특수관계자인 OOO2014.9. 체결한 운송계약은 장기계약으로서 요율이 5년간 고정되어 있고, 계약 체결 이후 일정 시점에 유가하락 등의 사유로 계약 요율이 시가 대비 고가가 되었다고 하여 접대비로 과세하는 것은 타당하지 않다(조심 2010서2427, 2011.5.25. 같은 뜻).

2) “청구법인이 쟁점거래처에 운송료를 인하 요청한 행위”는 운송계약 조건의 하나로서 거래상대방이 인하 요청에 응하지 않는 경우, 거래당사자 일방이 인하된 요율을 일방적으로 적용할 수 있는 구속력은 없고 실제 인하요청은 수용되지 아니하였다.

어느 한쪽의 인하요청만으로는 그 인하된 요율로 거래를 하여야 한다거나, 그 인하된 요율이 ‘시가’에 해당한다는 것은 예단할 수 없고, 청구법인의 극심한 경영악화로 비용절감이 필요한 상황에서 일방적으로 인하를 요청한 것에 불과하므로 당초 계약 요율이 시가를 초과하여 지급된 것임을 입증하는 것은 아니다.

(나) 쟁점운송료는 접대를 목적으로 지급되지 아니하였다.

1) 「법인세법」상 접대비 여부는 지출금액, 지출이유와 목적, 지출로 인한 효과 등 구체적 사정을 종합하여 판단하여야 하는 것이고(대법원 2008.7.10. 선고 2007두26650 판결, 대법원 2013.12.12. 선고 2003두6559 판결 외 다수), 쟁점운송료는 지출의 상대방이 ‘법인의 업무와 관계있는 자’이라 하더라도, 접대, 교제, 사례 또는 그 밖의 목적으로 지출한 금액에는 해당하지 아니한다.

2) 쟁점운송료가 ‘접대 목적’으로 지출되었다면 응당 이를 지출하고자 한 이유와 목적 및 지출로 인한 효과가 있어야 할 터인데, 처분청은 청구법인이 국제 해운운송에 부가되는 국내 육상운송을 외주를 주면서 외주용역비(운송료)를 지급하는 목적 외에 다른 이유와 목적이 있음을 전혀 제시하지 못하고 있다.

3) 청구법인의 대표이사가 세무조사 수검 당시 쟁점운송료를 접대성 경비로 지출하였음을 확인하는 확인서를 제출한 것은 사실이나, 이는 쟁점거래처와의 소송이 진행 중인 상황에서 운송료 미지급의 논거를 청구법인 스스로 부정할 수 없었기 때문이고, 설령, 그러한 확인서를 작성하였다고는 하더라도 확인서 외에는 접대성 경비를 지출하였다는 것을 입증할 근거가 미비하여, 동 확인서를 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기는 어렵다(대법원 2003.6.24. 선고 2001두7770 판결) 하겠다.

(다) 더욱이, 법원에서도 쟁점운송료에 대해 인하할 사유가 없고, 쟁점계약에 따라 정당하게 지급하여야 할 비용으로 판단하였다.

쟁점판결에 의하면 ① 유가는 지속적으로 등락을 반복하므로 유가 하락을 예견하고 최초의 운송료를 결정한 점, ② 인하요청 이후 유가가 상승하는 등 피고(청구법인)가 균형있게 이익을 꾀할 수 있는 합리적인 범위의 운송료를 정하기도 어려운 점, ③ 원고(쟁점거래처) 또한 하도급대금을 부담하므로 운송료를 인하할 경우 영업손실이 발생한다는 점 등을 들어 운송료를 인하할 이유나 증거가 없다고 판시한 바 있어, 쟁점운송료는 쟁점거래처 일방에게 이익을 주는 구조가 아니라는 점과 쟁점계약에 따라 정당하게 지급하여야 할 대상임을 법원이 인정하였다.

(2) 법원의 판결에 의하여 경정의 근거가 되었던 거래행위가 사실과 다른 것으로 확정되었는바, 그렇다면 쟁점판결은 후발적인 경정청구 사유에 해당한다.

처분청은 쟁점판결은 계약관계의 적정성(시가의 적정성)이 아니라, 운송 요율의 인하가 적정한지(지급채무 존재여부)에 대한 판결인바, 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 주장하나, 처분청이 청구법인의 요율인하 요청공문과 대표이사 확인서만을 근거로 당초 계약요율 또한 ‘시가’보다 과다하고, 접대목적으로 지출한 것으로 보아 접대비로 과세한 상황에서, 법원에서는 유가하락에 따른 쟁점운송료 지급 의무에 대한 분쟁에 대해 쟁점계약 이후 유가가 하락하였다는 사정만으로는 청구법인이 쟁점거래처에게 쟁점운송료를 지급하지 아니할 이유가 없는바, 유가하락과 관계없이 사전에 합의된 요율로 전액 지급하라고 판결하였다.

다시 말해, 처분청의 과세근거가 오로지 납세자가 일방적으로 요청한 요율 인하와 납세자의 확인서 제출에 의한 것이라고 한다면, 법원 판결에 의해 요율 인하의 정당성이 없음이 확인된 이상, 처분청의 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위(접대비 지출)는 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 것으로 볼 수 있어, 후발적 경정청구의 사유에 해당하는 것이다. 또한, 지급채무는 부가가치세까지 포함하고 있는 개념인바, 법원에서 매입세액에 대해서도 정당하게 지급되어야 할 항목임을 판시한 것으로 볼 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 조사 당시 인하 요청한 쟁점운송료에 대하여 접대성 경비로 지출하였음을 확인한 확인서를 제출하고 그 후 과세기간에 대하여 수정신고 및 자진신고 하는 등 스스로 접대성 경비로 인정하였고, 청구법인과 쟁점거래처는 당초 거래의 원활한 진행을 위하여 통상적인 운송료보다 많은 금액을 지급하기로 계약하고 이후 소송에서 통상운송료를 초과하여 지급한 것은 부당하다고 주장한 바, 이는 청구법인이 통상운송료보다 많은 금액을 지급한 사실을 인정한 것이며, 당초 계약한 운송료는 통상운송료와 접대성 비용을 합산한 금액에 해당한다.

또한 과세처분 후 납세의무자가 그 과세처분의 적법 여부를 다투는 경우 원칙적으로 처분을 행한 과세관청이 확정된 과세표준과 세액의 정당성을 뒷받침할 자료를 제출할 책임이 있는 것이나, 신고납세방식의 과세에 있어서 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고한 경우에는 과세관청이 아니라 납세의무자 자신이 확보하고 있는 자료를 근거로 납세의무자 자신이 신고를 하는 것이므로 납세의무자 자신이 사후에 그 신고가 잘못된 것임을 주장하면서 그 신고를 시정하기 위하여 과세관청에 대하여 신고 된 과세표준과 세액의 감액을 청구하는 경우에는 납세의무자 자신이 그 주장을 뒷받침할 자료를 제출하여야 한다고 봄이 타당한바, 납세의무자는 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는’ 사실을 객관적으로 뒷받침할 자료를 제시함으로써 자신이 위 규정에 의한 정당한 청구권자라는 점과 감액을 구하는 과세표준과 세액이 정당함을 주장ㆍ증명하여야 한다(대구지방법원 2015.11.4. 선고 2014구합22955판결 참조).

그러나, 쟁점판결은 당초의 계약내용을 이행하라는 것일 뿐 운송료와 관련한 계약의 하자 여부나 거래관계 등에 영향을 미치지 못하고, 계약관계를 부정하는 것이 아니며, 그 외 청구법인은 쟁점운송료의 시가에 관하여, 조사경정ㆍ수정신고 이후 특별한 사정변경 등이 있다거나 당초 조사경정 및 수정 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하였다고 볼 수 있는 명백한 근거를 제출한 사실이 없으므로 청구주장은 이유 없다.

(2) 쟁점판결은 계약관계의 적정성에 대한 판단이 아니라 운송료 요율의 인하가 적정한지에 대한 것으로 당초 시점의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 달라진 것이 아니므로 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.

처분청은 청구인이 쟁점거래처에 인하 요청한 요율을 적용한 운송료를 시가로 보아 그 대가와의 차이에 대해 특수관계 해당 기간은 부당행위계산부인 규정을 적용하고 특수관계가 소멸된 과세기간은 접대비 규정을 적용하여 법인세 및 부가세 과세표준을 경정하였는데, 청구인이 후발적 사유로 제시한 쟁점판결은 2016.8.1. 이후 미지급한 운송료를 운송업무계약에 따라 그대로 지급하라는 ‘대가의 지급의무에 관한 판결’로서, 사법상의 거래가액과 달리 공평과세를 위해 도입한 세법상 고유개념인 부당행위계산 부인 관련 ‘시가’에 관하여 판단한 사안이 아니며, 쟁점판결의 판결문에서도 “유가하락만으로 운송계약상 운송료가 변경·조정되어야 할 정도에 이를 만한 사정변경이 있다고 인정하기에 부족하다”고 한 설시 외에 경정 및 수정신고 당시의 계산 근거가 된 시가나 대가가 다른 것으로 확정되었다는 내용은 확인할 수 없다(오히려 소송 결과 운송계약상 운송료를 인하하여 지급하라고 판결하였을 경우에 당초 수수한 세금계산서의 감액발급 사유에 해당하는 것이다).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점매입세액이 접대비 관련 매입세액인지 여부

② 쟁점판결이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부(2014∼2015년 귀속 부가가치세에 대한 경정청구가 적법한지 여부)

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제79조【접대비 등】 법 제39조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 비용의 지출”이란 「소득세법」제35조 및 「법인세법」제25조에 따른 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출을 말한다.

(3) 법인세법

제25조【접대비의 손금불산입】⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 “접대비”란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

(4) 소득세법

제35조【접대비의 필요경비 불산입】① 이 조에서 “접대비”란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 사업자가 직접적 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액(사업자가 종업원이 조직한 조합 또는 단체에 지출한 복지시설비 중 대통령령으로 정하는 것을 포함한다)을 말한다.

(5) 국세기본법

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인과 쟁점거래처가 2014.9.29. 체결한 쟁점계약서에 의하면 계약기간은 2014.9.29.∼2019.9.28. 5년간이고, 운송료는 변동없이 계약서상 요율표에 의하며, 계약기간 중 유가, 금리, 물가 등의 변동으로 요율의 조정이 필요한 경우에는 양측의 상호합의로 조정할 수 있는 것으로 되어있어, 청구법인 측의 일방적인 요율 인하요청은 쟁점거래처가 이에 응하지 아니하는 경우 구속력이 없는 것으로 나타난다.

＜쟁점계약서의 주요 내용＞

(나) 청구법인은 2016년 8월 유가하락 등의 이유로 쟁점거래처와 당초 계약한 운송료가 다른 업체에 비해 높으므로 쟁점거래처에게 운송료 인하요청을 하였으나 쟁점거래처가 이를 거절하자, 청구법인이 정한 인하 요율을 적용하여 운송료를 지급하겠다는 내용을 쟁점거래처에게 통지하고 2016년 8월부터 운송료를 인하한 금액으로 지급하였으나, 쟁점거래처는 당초 계약한 금액으로 계속하여 세금계산서를 발행하였고 2016년 8월부터 2017년 10월까지 미지급한 운송료 OOO지급해야 한다는 취지로 2018년 3월 청구법인을 상대로 소송을 제기한 것으로 나타난다.

＜국내 셔틀 및 중장거리 운송요율 관련 협조 요청’ 공문의 주요내용＞

(다) 청구법인이 운송요율 인하 요청의 근거로서 작성한 운송업체별 요율 비교표(2016년 7월 기준)에 의하면, 중장거리 DOOR 운송의 경우 쟁점계약상 운송요율은 구간별로 OOO이고, 타사 평균 요율은 OOO으로 타사평균대비 운송요율이 129%～153% 수준인 것으로 되어 있고, 셔틀 운송의 경우 쟁점계약상 운송요율은 구간별로 OOO타사 평균 요율은 OOO타사평균대비 운송요율이 94%～250% 수준인 것으로 되어 있다.

(라) 세무조사 당시 청구법인이 처분청에 제출한 확인서는 청구법인이 쟁점거래처로부터 운송용역을 고가로 제공받아 특수관계가 해소된 2014년 9월경부터 시가 초과분은 거래처에 대한 접대성 경비로 지출하였음을 확인한다는 내용이고, 청구법인이 작성한 위 운송업체별 요율 비교표와 확인서 외에 처분청이 별도로 제시한 운송료 시가 관련 조사내용은 없는 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 쟁점운송료는 쟁점계약에 따라 정당하게 지급하여야 할 것으로 법원에서 인정되었다고 주장하면서, 아래의 쟁점판결 이유를 제시하였고, 판결문의 운송료 관련 판단 부분의 주요 내용은 아래와 같다.

1) 유가는 지속적으로 등락을 반복하는 경향이 있는바, 원 피고로서는 이 사건 운송계약을 체결할 당시 유가가 향후 상승하거나 하락할 수 있다는 점을 예견할 수 있었을 것으로 보이는 점,

2) 유가는 2016.10.경 이후 상승하여 2018.7.경의 유가는 OOO에 이르기도 하는 등 2016.8.경의 유가만을 기준으로 하여 운송료를 정하기는 어렵고, 피고(청구법인)가 제출한 증거만으로는 원, 피고가 균형있게 이익을 꾀할 수 있는 합리적인 범위의 운송료를 정하기도 어려운 점,

3) 원고는 피고로부터 위탁받은 육상운송업무를 협력업체에 하도급주어 수행하는데, 원고와 협력업체 사이의 계약상으로는 유가의 하락으로 인하여 하도급대금을 조정할 수 있다는 등의 약정이 존재하지 아니하므로, 운송료를 인하하는데 따른 손해는 전적으로 원고가 부담하게 되는 점,

4) 원고는 피고로부터 지급받은 운송료로 인건비, 하도급대금 등을 지출할 것인 바, 다른 항목의 비용의 변동 요인이나 변동 내역이 밝혀지지 아니한 이상, 유가가 하락하였다는 사정만으로 곧바로 원고의 영업이익이 유가 하락분만큼 상승할 것이라고 단정하기는 어려운 점,

5) 원고가 이 사건 운송계약으로 인하여 얻는 영업이익은 매출액의 약 10%에 불과하여 운송료를 10% 이상 인하한다면 계산상 원고가 영업손실을 입게 될 가능성이 있는 점,

6) 원고는 운송료의 5∼10%의 인하안을 제시하며 피고의 운송료 인하요청에 응하는 태도를 보였으나, 피고는 원고의 위 제안을 거절하고 운송료의 20% 인하만을 요구한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 운송계약상 운송료가 변경·조정되어야 할 정도에 이를 만한 사정변경이 있다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점계약에 따라 쟁점거래처에게 지급한 운송료가 동종 용역의 시가를 초과하여 지급된 사실이 청구법인의 확인서 및 운송업체별 요율 비교표 등에 의하여 확인되므로, 시가를 초과하여 지급한 쟁점운송료는 접대성 경비에 해당하여 관련 매입세액이 공제 대상 매입세액에 해당하지 아니한다는 의견이다.

(나) 그러나 청구법인과 쟁점거래처 간의 쟁점계약은 2014년 체결 당시 장기계약으로서 요율이 5년간 고정되어 있었고, 청구법인이 쟁점거래처에 운송료의 인하를 요청한 행위는 쟁점계약 상 쟁점거래처가 인하 요청에 응하지 않는 경우 일방적으로 적용할 수 있는 구속력은 없는바, 계약 체결 이후 일정 시점에 유가하락 등의 사유로 계약 요율이 시가 대비 고가가 되었다거나 청구법인이 이를 근거로 요율 인하 요청을 하였다는 사실 만으로 시가를 초과하여 운송료를 지급한 것으로 단정하기 어려운 점, 쟁점판결에 의하면 법원은 쟁점거래처 또한 하도급대금을 부담하므로 운송료를 인하할 경우 영업손실이 발생한다는 점 등을 이유로 운송료가 변경․조정되어야 할 정도에 이를 만한 사정변경이 있음을 인정하기 어렵다는 취지로 판결한 점, 처분청은 청구법인이 제출한 확인서 및 2016년 7월 기준 운송업체별 요율 비교표 외에 별도로 쟁점계약의 체결 당시 및 각 과세연도별 운송료 시가 등에 대하여 별도로 조사한 사실이 없이 2014년～2018년의 운송료가 시가를 초과하여 지급된 것으로 판단한 점 등에 비추어 쟁점운송료가 시가를 초과하여 지급된 것으로 단정하기 어려워 보인다.

(다) 또한, 「법인세법」상 접대비 여부는 지출금액, 지출이유와 목적, 지출로 인한 효과 등 구체적 사정을 종합하여 고려하여 법인이 사업을 위하여 지출한 비용으로서 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것인지 여부에 따라 판단하여야 할 것인데, 쟁점운송료의 경우 쟁점거래처가 당초 계약에 따라 지급할 것을 지속적으로 요구하면서 세금계산서를 발행하여 청구법인에게 지급할 것을 청구하였음에도 청구법인이 2016.8.1. 이후 지급을 거절하여 오다가, 2019.1.24.에 이르러 미지급대금 청구 소송에서 패소하여 지급하게 된 것으로, 설령 동 금액이 통상운송료를 초과하여 지급한 것이라고 하더라도, 이를 쟁점거래처와의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 ‘접대’를 목적으로 지급한 것으로 보기도 어렵다고 판단된다.

(라) 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 불공제 대상인 접대비 관련된 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점판결이 계약관계의 적정성에 대한 판단이 아니라 운송료 요율의 인하가 적정한지에 대한 것으로 당초 시점의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 달라진 것이 아니어서 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하므로, 2014년 제2기～2015년 제2기 부가가치세에 대한 경정청구가 청구기간을 도과한 위법한 경정청구라는 의견이다.

(나) 그러나 청구법인은 쟁점계약의 당사자로서 동 계약 제11조 제2항의 내용에 따라 거래상대방인 쟁점거래처에게 요율의 조정을 요청하였으나, 쟁점거래처가 동 요구를 받아들이지 아니하여 조정을 위한 상호합의에 이르지 못하였던 상태였는바, 청구법인의 입장에서 쟁점운송료는 지급의무가 확정되지 아니하였거나 지급할 의사가 없는 비용에 해당하였다고 볼 수 있고, 세무조사 당시에는 쟁점거래처와의 미지급대금 청구소송이 진행 중이었으므로, 청구법인으로서는 운송료 미지급의 논거를 청구법인 스스로 부정할 수 없어 쟁점운송료가 시가를 초과하여 지급된 것으로 인정할 수밖에 없었다는 청구주장에 신빙성이 있으며, 만약 청구법인이 미지급대금 청구소송에서 승소하였다면 쟁점운송비는 지급하지 아니할 비용이므로 관련 매입세액을 공제받을 이유도 없었을 것으로 보인다.

(다) 또한 쟁점판결에서 유가하락에 따른 쟁점운송료 지급 의무에 대한 분쟁에 대해 쟁점계약 이후 유가가 하락하였다는 등의 사정만으로는 청구법인이 쟁점거래처에게 쟁점운송료를 지급하지 아니할 이유가 없다고 판결하였는바, 청구법인의 입장에서는 쟁점판결에 따라 비로소 쟁점운송료에 대한 지급의무가 확정된 것으로 볼 수 있고, 법원 판결에 의해 요율 인하의 정당성이 없음이 확인된 이상, 처분청의 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위, 즉 통상운송료를 초과한 접대성 비용의 지출은 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것, 즉 쟁점계약에 따른 적정운송료로 확정된 것으로 볼 수 있으므로, 이는 결국 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

(라) 따라서 위와 같이 쟁점판결이 확정된 날인 2019.2.9.부터 3개월 이내인 2019.4.23. 처분청에게 한 2014년 제2기～2015년 제2기 부가가치세에 대한 경정청구는 적법하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.