조심 2016광4259 (2017.02.17)

양도

취소

쟁점토지의 부동산임대차계약서에 의하면 계약 종료시 농지로 원상복구하는 조건이었으나 ＊＊＊가 문화재보호구역으로 수용하면서 예산상의 문제로 원상복구하지 아니하였는바, 시정에 협조한 청구인들이 신뢰에 반하는 행정관청의 행위에 의하여 불필요한 조세를 부담하게 되는 것은 사회통념에 부합하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 양도 당시 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음

조세특례제한법 제69조 / 조세특례제한법 시행령제66조

조심2013부2085

조심2017전3015/조심2018전1006 / 조심2019구3585

OOO세무서장이 2016.8.16. 청구인 양OOO에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2016.8.18. 청구인 주OOO에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인들은 1997.6.9. 취득한 전라남도 OOO 전 3,759㎡의 지분 16분의 15(청구인 양OOO의 지분 16분의 10, 청구인 주OOO의 지분 16분의 5, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2015.5.4. ‘공공용지의 협의 취득’을 원인으로 전라남도 나주시(이하 “나주시”라 한다)에 양도한 후, 양도소득세를 신고하면서 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다.

나. 처분청은 청구인들에 대한 세무조사(2016.4.18.～2016.5.4.)를 실시한 결과, 쟁점토지가 양도일 현재 농지 요건을 충족하지 못한 것으로 판단하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하고 ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 한다) 제77조를 적용하여 2016.8.16. 청구인 양OOO에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원, 2016.8.18. 청구인 주OOO에게 2015년 귀속 양도소득세 3OOO원을 각각 경정‧고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2016.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 먼저, 양도일(2015.5.4.) 현재 나주시가 쟁점토지를 나주목사고을 시장의 임시 공용주차장으로 사용하게 된 경위는 다음과 같다.

(가) 청구인들은 1997.6.9. 쟁점토지를 취득한 이후 14년 이상을 자경하여 왔는데 2012년 1월 나주시가 쟁점토지에서 20m 정도 떨어진 곳에 나주 목사고을시장을 신축‧개장하였다.

(나) 나주시는 이후 시장 내 주차장이 협소하여 주차문제가 발생하자 시장 주변 토지를 이용하여 임시 공용주차장을 만들게 되었다.

(다) 나주시는 청구인들에게 쟁점토지를 임시 공용주차장으로 사용하겠다고 업무협조를 요청하였고, 이에 청구인들은 나주시에서 예산을 세워 수용하면 영농 중에도 매도하겠다고 의견을 제시하였으나,

나주시는 예산부족을 이유로 한시적으로 3년간 주차장으로 사용하겠다 하여 청구인들은 시장 활성화, 시 경제발전 및 시정의 협조 차원에서 이에 동의하여 2012년 1월 나주시와 쟁점토지에 대하여 부동산임대차계약을 체결하였다.

(라) 청구인들과 나주시는 부동산임대차계약서에 쟁점토지가 최대한 농지의 원형이 보존될 수 있도록 ① 주차장 부지 내 건축물 등 영구시설물 축조 금지, ② 복토 등도 외부 토양의 유입 없이 쟁점토지 내의 토지로 정리, ③ 주차장의 바닥도 콘크리트나 아스팔트가 아닌 가는 자갈을 포설, ④ 부동산임대차계약 해지시 농지로 원상복구 등의 조건을 명시하였다.

(마) 나주시는 이에 근거하여 ｢농지법｣ 제36조 등에 의하여 ‘농지의 타용도 일시 허가’를 받아 쟁점토지를 2012.3.2.～2015.2.2. 기간 동안 시장 임시주차장으로 사용하였고, 나주시장은 청구인들의 시정 발전 기여 등을 이유로 2014년 3월 청구인들에게 표창을 하기도 하였다.

(바) 청구인들은 부동산임대차계약 종료일(2015.1.31.)을 앞둔 2014년 12월경 나주시에 쟁점토지의 임대차계약 연장 불가를 통보하였으나, 나주시는 대안 없이 주차장을 폐쇄하기 어렵다며 청구인들에게 양해를 구해와 어쩔 수 없이 1년(2015.2.1.～2016.1.31.)간 부동산임대차계약을 연장하게 되었다.

(사) 그러던 중 2015년 3월경 나주시가 문화재 보호 구역과 관련하여 청구인들에게 쟁점토지의 매입 협의 요청하였고, 이에 청구인들은 나주시에 쟁점토지의 부동산임대차계약 해지 및 농지 원상복구를 요청하였지만, 나주시는 예산낭비를 이유로 원상복구를 거부한 채, 2015.5.4. 쟁점토지를 협의매수하였다.

(2) 위에서 보는 바와 같이, 나주시가 쟁점토지를 2012.2.1～2015.5.4. 기간 동안 주차장으로 사용한 것은 사실이나, 쟁점토지를 일시적 휴경상태에 있었던 농지로 보아 8년 자경 감면을 적용하는 것이 타당하다.

(가) 청구인들은 부동산임대수입을 올리기 위한 것이 아니라 시정 협조 차원에서 쟁점토지를 제공한 것이고, 농지 원상복구를 조건으로 한시적으로 임대한 것이다.

(나) 처분청은 보상가액 산정시 지목이 대지인 인근 필지를 비교표준지 삼아 쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당되지 않는다는 의견이나,

2010.5.24. 쟁점토지에서 분할된 같은 동 1385-18 전 826㎡가 2010.6.4. OOO원)에 매매된 가액이 쟁점토지의 개별공시지가 산정 및 보상가액 산정에 영향을 준 것으로, 토지수용사실확인서 및 보상금 산정조서에 의하여 쟁점토지가 농지로서 보상가액이 산정되었음을 알 수 있다.

(다) 나주시 역시 부동산임대차계약서에 따른 농지 원상복구 의무를 이행하지 않아 청구인의 신뢰에 반하는 행정행위를 하였다는 것을 인정하여 처분청에 양도소득세 부과처분 철회 협조 공문을 보냈고, 관련 부서 팀장은 사실확인서를 작성하여 제출하였다.

(라) 대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결, 조심 2013부2085(2013.6.28.) 결정에서도 농지가 양도일 당시 농지의 성격을 일시적으로 상실하였을 뿐, 언제든지 농지로의 원상회복이 비교적 용이하고 여러 가지 사정에 비추어 농경 장애 원인이 제거된다면 또 다시 농지로 이용될 수 있었다고 할 수 있는 경우에는 일시적 휴경으로 볼수 있다고 판시하고 있다.

(마) 청구인들은 쟁점토지 취득 후 14년 이상을 자경하다가 2012.2.1.부터 양도일까지 나주시의 요청으로 시정 협조 차원에서 한시적으로 임대하였는바,

나주시의 원상회복 의무를 이행하지 아니하여 양도일 당시 농지가 아니라는 사실로 인하여 조세법에 무지하고 평생을 농업을 주업으로 살아 온 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 양도일 현재 농지에 해당하지 아니하고, 일시적 휴경상태에서 양도한 것으로 인정하기 어려우므로 8년 자경 감면을 배제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 쟁점토지는 양도(협의매수)일 현재 주차장 용지로 사용되어 농지 요건을 충족하지 못하고, 불법적이거나 비자발적인 상태에서 주차장으로 사용된 사실이 없다.

(나) 2012년 임대 이후(주차장 사용) 쟁점토지의 공시지가가 ㎡당 OOO원에서 2015년 ㎡당 OOO원으로 357.58% 상승하였고, 쟁점토지에 대한 나주시 보상가액 ㎡당 OOO원(감정평가액 평균) 산정시 이용된 비교표준지는 인근 같은 동 1385-18, OOO(대지)로, 이는 쟁점토지가 당초 농지에서 사실상 대지로 지목이 변경되어 보상가액이 결정된 것으로 보아야 한다.

(다) 2010년 5월 촬영된 인터넷포털 다음 항공사진상으로는 나주시에 쟁점토지를 임대하기 전에도 농지로 사용하였는지 여부가 불분명하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 양도 당시 농지가 아니라고 보아 8년 자경 감면을 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

(각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인들과 나주시장이 2012년 2월 체결한 부동산임대차계약서에 의하면, 청구인들이 쟁점토지를 나주시장에게 임대하기로 하면서 임대기간을 2012.2.1.～2015.1.31.로, 2012년 임대료를 연 OOO원으로 하였고, 토량반출‧건축물 축조‧울타리 설치 금지, 계약해지시 원상복구 등의 조건을 둔 것으로 나타난다.

(나) 나주시장이 발급한 토지 등 수용사실 확인서(2015.6.4.)에 의하면, 나주시는 나주 동점문 밖 석당간 사업을 위한 문화재보호구역 내 토지매입을 목적으로 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 근거로 쟁점토지를 협의매수하면서, 쟁점토지의 실제 지목을 전으로 보아 보상금액 OOO원)을 지급한 것으로 나타난다.

(다) 쟁점토지 양도 당시 나주시청 이OOO 교통관리팀장은 2015.7.29. 나주시가 쟁점토지를 원상복구할 의무가 있었으나 이를 이행하지 아니하였고 청구인들이 나주시정에 적극 협조한 점을 감안하여 청구인들이 불이익한 처분을 받지 않도록 선처하여 달라는 취지로 사실확인서를 작성하여 처분청에게 제출하였다.

(라) 처분청의 청구인들에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2016년 6월) 등에 의하면,

1) 처분청은 취득 당시 쟁점토지는 답으로 벼를 경작하였으나, 상류에서 폐수가 계속 유입되어 벼농사가 불가한바, 복토를 통해 전으로 형질을 변경하여 콩을 재배하던 토지인 것으로 확인하였고,

2) 국가기관의 신뢰에 반하는 행정행위에 따른 토지 용도변경에 대해 변경 전 토지 용도에 의한 자경감면 적용가능 여부 과세사실 판단을 자문신청(2016.4.27.)하여 심의한 결과, 감면불가 의견이 나옴에 따라 해당 감면세액 신고분에 대해서도 감면 부인한 것으로 나타난다.

(마) 나주시장은 2016.6.23. 처분청에게 ‘나주시 임시 공영주차장 사용부지 양도소득세 부과처분 철회 협조’의 제목으로 나주목사고을 시장 이용시민의 주차난 해소와 교통불편을 해소코자 개인 사유지인 쟁점토지를 임차하여 공공목적으로 조성한 임시 공영주차장 부지에 대해 사용 종료 후 복구시기 일실로 농지로 원상복구 못하였지만 조기 복구를 할 계획이므로 청구인들에게 부과 예정인 양도소득세 과세 계획의 철회를 요청하는 내용의 공문을 보냈다.

(바) 이에 처분청은 나주시장에게 쟁점토지가 감면요건 중 ‘양도일 현재 농지’ 요건에 위배되고, 일시적 휴경의 경우에도 국세청은 일관되게 과세를 유지하고 있으며, 향후 농지로 원상회복되어도 소급 감면 적용은 불가하여 세무조사 결과통지 내용대로 고지할 계획임을 회신하였다.

(사) 청구인들이 소유하다가 2009.4.2. 및 2010.6.4. 양도한 전라남도 OOO 대 331㎡ 및 같은 동 1385-18‧19 대 786㎡(합계 1,117㎡, 양도 당시 지목은 답이고 쟁점토지와 같은 필지로, 이하 “연접토지”라 한다)의 매매계약서 및 토지 등기부등본에 의하면, 매매가액이 ㎡당 각각 OOO원으로 나타난다.

(아) 청구인들이 전업농민이라는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 통계청 보도자료에 따른 2011년 전라남도 콩 생산량은 ㎡당 156g이고, OOO 관측일보에 따른 2010년 10월～2011년 10월 평균 콩(중품) 도매가격은 kg당 OOO원으로 확인되는바,

이를 토대로 쟁점토지에서의 콩 재배에 따른 연간 예상수입을 계산하면 OOO원이 된다.

(3) 인터넷 포털사이트 DAUM의 항공뷰 및 로드뷰를 통하여 쟁점토지 사진을 보면, 2010년 및 2011년 항공사진에서 이랑과 고랑의 흔적이 보이고 2010년 5월 측면사진에서 군데군데 비료포대가 놓여 있어 경작을 준비하는 정황이 확인되는바,

쟁점토지는 나주시에 주차장으로 임대되기 전까지 경작이 이뤄지고 있었던 것으로 보인다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 비과세 대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이나, 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우에는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것(대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 처분청은 양도 당시 쟁점토지가 농지로 사용되고 있지 아니하여 자경농지에 대한 감면 특례 규정을 적용할 수 없다는 의견이나, 다음과 같은 사유로 쟁점토지는 일시적 휴경상태에서 양도된 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

1) 쟁점토지의 항공사진 등을 보면, 청구인들은 쟁점토지를 나주시에 임대하기 전까지 지속적으로 경작을 해 온 것으로 보이고, 나주시가 처분청에 보낸 공문 및 나주시청 담당 공무원의 사실확인서의 내용, 쟁점토지의 임대수입이 농작물에 재배에 따른 예상소득보다 적은 점 등에 비추어 청구인들은 임대수익의 목적으로 한 것이 아니라 나주시의 시정에 협조하기 위하여 일시적으로 쟁점토지를 임시 공용주차장으로 임대한 것으로 보인다.

2) 청구인들이 쟁점토지를 주차장으로 임대하기 전에 양도한 연접토지는 그 양도가액이 ㎡당 OOO원으로 확인되고, 쟁점토지의 보상가액은 ㎡당 OOO원으로 확인되는바,

쟁점토지가 대지로서 보상가격이 산정되었다는 처분청 의견을 수긍하기는 어려운 것으로 보인다.

3) 쟁점토지의 부동산임대차계약서에 의하면, 계약 종료시 농지로 원상복구하는 조건이었으나, 나주시는 문화재보호구역으로 수용하면서 예산상의 문제로 원상복구를 하지 않게 되었는바,

시정에 협조한 청구인들이 신뢰에 반하는 행정관청의 행위에 의하여 불필요한 조세를 부담하게 되는 것은 사회통념에 부합하지 아니한 것으로 보인다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 양도 당시 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면 특례 규정 적용을 부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.