원심판결

중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항은 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다”고 규정하고, 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하면서, 제3호에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우 중 하나로 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’를 들고 있다. 구 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계 및 입법취지 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다.

따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의...