청구법인의 89년도 증자시에 기관투자자가 운용하는 신탁재산에서 출자된 금액이 증자소득공제대상인지 여부(경정)

중부세무서장이 92.8.31 청구법인에게 통지한 91사업년도분 법인세 2,089,038,810원의 환급거부처분은, 청구법인의 89.6.1 및 89.12.21 자본증가시 법인세법시행령 제23조의 3 제1항에 규정된 기관투자자가 운용하는 신탁재산(다만, 신탁기간종료후 주식등 운용현상대로 교부받을 수 있는 신탁의 경우로서 금전신탁자가 기관투자자가 아닌 내국법인인 경우는 제외)으로부터 출자된 금액도 구 법인세법 제10조의 3(90.12.31 개정전) 및 조세감면규제법 제55조에 규정하는 증자소득 공제대상으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구법인은 89.6.1 및 89.12.21 각각 증자를 한 후 각 사업년도 소득금액계산에 있어서 증자소득공제를 적용하는 과정에서, 당초 91사업년도분 법인세 과세표준 및 세액 자진신고·납부시에는 기관투자자가 운용하는 신탁재산에서 출자된 금액을 증자소득공제대상에서 제외하고 신고·납부하였으나, 기관투자자의 신탁재산에서 출자한 금액도 증자소득공제대상이라는 국세청예규(법인 22601-745, 92.3.31)가 있음에 따라 기관투자자가 운용하는 신탁재산에서 출자된 금액도 추가로 증자소득공제대상에 포함시켜 국세기본법 제45조의 규정에 의거 수정신고하여 91사업년도분 법인세 2,089,038,810원을 환급청구하였다.

처분청에서는 국세기본법 제18조 및 동법기본통칙 2-2-2...18에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위는 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”고 되어 있는 바, 청구법인의 89사업년도 증자분중 기관투자자의 신탁재산 출자는 종전의 예규(국세청 법인 22630-3411호, 87.12.19)에 의하여 증자소득공제대상이 아니므로 이를 증자소득공제대상이 아닌 것으로 신고한 당초신고가 적법하다고 통지하여 청구법인의 환급청구에 대해 92.8.31 거부처분을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 92.10.8 심사청구를 거쳐 93.2.3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

1) 기관투자자의 89.1.1 이후 출자분은 증자소득공제를 할 수 있도록 88.12.26 관련 규정이 개정되었다.

① 당초 85.12.23 신설된 법인세법 제10조의 3에서는 “내국법인 외의 자로부터의 출자”에 대하여 증자소득공제를 허용하다가,

② 88.12.26 개정시 “법인외의자 또는 외국법인 및 기관투자자로부터의 출자”에 대해 증자소득공제를 허용하도록 변경하였으며,

③ 90.12.31 개정시 위 규정을 삭제하면서 조세감면규제법 제55조에 “법인외의 자, 외국법인 또는 대통령령이 정하는 기관투자자로부터의 출자”에 대해 증자소득공제를 허용하도록 규정하면서, 종전규정에 의한 증자액의 잔존 증자소득공제기간에 대하여는 조세감면규제법 제55조의 개정규정을 적용하도록 하였으므로(동법 부칙 제21조),

④ 청구법인의 89.6.1 및 89.12.21 증자분은 88.12.26 개정 법인세법 제10조의 3 및 90.12.31 신설된 조세감면규제법 제55조의 적용 대상이고,

2) 87.12.19 국세청유권해석(법인22601-3411)은 88.3.1 이후 효력이 상실되었다.

① 87.12.19 국세청유권해석은 88.12.26 법인세법 제10조의 3 개정전의 해석이므로 동 규정의 개정에 의하여 효력이 상실되었을 뿐만 아니라, 88.3.1 개정된 법인세법 기본통칙 2-4-1...10의 3 과도상치되어 실질적으로는 88.3.1 이후 효력이 상실된 것이므로,

② 국세기본법 기본통칙 2-2-2...18에 규정된 “종전의 해석”이라고 할 수 없고, 또한 동 기본통칙은 납세자에게 불이익이 되는 경우에 소급과세를 하지 말라는 것이라고 국세청장과 재무부장관 사이에 질의회신(중부지방청 외인1264-5504, 81.6.20)된 바 있으므로, 동 기본통칙에 의거 청구주장을 받아들이지 않는 것은 잘못된 것이며,

③ 87.12.19 국세청유권해석은 86.8.27 국세청유권해석(법인22601-2637)과 상충되는 바, 92.3.31 국세청유권해석(법인22601-745, 92.3.31)이 86.8.27 국세청유권해석과 동일하게 해석하였으므로 결과적으로 87.12.19 국세청유권해석은 효력이 상실된 것인 데, 동 유권해석을 근거로 청구주장을 받아들이지 않는 것은 부당하며,

3) 신의성실의 원칙에 위반된다.

청구법인등 은행들은 90.2.9 국세청장에게 질의하여 89, 90사업년도분 법인세부터 적용받고자 하였으나 국세청에서 92.3.31 회신함에 따라 89, 90사업년도분에 대하여는 수정신고를 못하게 되었고 91사업년도분에 대하여만 수정신고를 하였는 바, 처분청에서 91사업년도분을 직권경정하여 주지 않는 것은 국세기본법상 신의성실의 원칙에도 위반된다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

구 법인세법 제10조의 3(88.12.26 개정후) 법률에서는 종전법에 없었던 외국법인 및 기관투자자로부터 금전출자를 받아 자본증자를 했을 경우 증자소득공제를 받을 수 있다고 규정만 하였고 구체적으로 신탁재산에 의한 기관투자자의 증자분에 대하여는 증자소득공제대상인지를 규정하고 있지 않았으므로 이로 인하여 국세청유권해석이 92.3.31 있었음을 알 수 있는 바, 92.3.31 국세청 해석은 국세기본법 통칙 2-2-02...18(새로운 세법해석의 적용시점)의 규정에 의거 새로운 유권해석 이후 납세의무성립분부터 적용해야 하므로 청구주장은 이유없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 89년도 증자시에 기관투자자가 운용하는 신탁재산에서 출자된 금액이 증자소득공제대상인지 여부에 대하여 다툼이 있다.

나. 관련법령

① 85.12.23 개정된 법인세법 제10조의 3 제1항 본문의 규정에 의하면 『내국법인이 내국법인 이외의 자로부터 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에는 자본에 관한 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다』라고 규정하고 있고,

② 88.12.26 개정된 법인세법 제10조의 3 제1항 본문의 규정에 의하면『내국법인(영리법인에 한한다)이 법인외의 자 또는 대통령령이 정하는 법인으로부터 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에는 자본에 관한 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다』라고 규정하고 있고, 동법시행령 제11조의 2 제5항 본문의 규정에 의하면 『법 제10조의 3 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 외국법인 및 제23조의 3 제1항에 규정하는 기관투자자를 말한다』고 규정하고 있으며, 동법 부칙 제6조의 규정에 의하면 『제10조의 3 제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 증자하는 분부터 적용한다』고 규정하고 있다.

③ 90.12.31 신설된 조세감면규제법 제55조 제1항 본문의 규정에 의하면 『내국법인(영리법인에 한한다)이 법인외의 자, 외국법인 또는 대통령령이 정하는 기관투자자로부터 대통령령이 정하는 기간내에 금전출자를 받아 자본을 증가하고 자본에 관한 변경등기를 한 경우에는 그 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다』라고 규정하고 있고, 동법시행령 제45조 제1항 본문의 규정에 의하면 『법 제55조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기관투자자”라 함은 법인세법시행령 제23조의 3 제1항에 규정된 기관투자자를 말한다』고 규정하고 있으며, 동법 부칙 제21조의 규정에 의하면 『이 법 시행당시 종전의 제7조의 2 제5항 및 종전의 법인세법 제10조의 3의 규정의 적용대상이 되던 자본증가액이 있는 경우 이 법 시행일 이후의 당해 자본증가액의 잔존증자소득공제기간에 대하여는 제55조의 개정규정의 적용대상이 되는 자본증가액으로 보아 제55조의 개정규정을 적용한다』고 규정하고 있다.

④ 증자소득공제허용대상은 88.12.26 법인세법개정이전까지는 내국법인이외의 자인 개인, 외국법인이었으나 89년이후에는 개인, 외국법인에다 내국법인중 기관투자자가 추가되었음을 알 수 있다.

다. 관련예규

① 국세청예규(법인22601-2637, 86.8.27)에서 개인이 증권회사에 주식을 위탁보관관리함에 따라 증권회사 명의로 위탁자 지분의 증자금액을 납입한 경우에도 위탁자인 개인주주가 실제로 납입한 것임이 증권회사의 위탁구좌 등에 의하여 확인이 되는 경우에는 증자소득공제를 받을 수 있다고 해석한 것은 금전이 아닌 위탁주식에 대해 비록 증권회사 명의로 증자금액을 납입하더라도 이는 실질주주명부에 등재가 되는 개인주주출자분을 단지 증자대금을 납입대행한 것에 불과한 것이므로 개인의 범주에 포함시킨 것이라고 본다.

② 국세청예규(법22601-3411, 87.12.19)에서 내국법인이 자본금을 증자하는 경우 은행 또는 투자신탁회사 등에 신탁된 금전 등을 은행 또는 투자신탁명의로 출자한 금액은 증자소득공제를 받을 수 없다고 하고 있는 바, 이는 내국법인 이외의 자인 개인 외국법인에게만 증자소득공제를 허용한 이 당시 시행되던 구 법인세법 제10조의 3 규정(85.12.31 개정)에 대해 해석을 한 것이다.

③ 재무부예규(법인22631-8, 92.1.10) 및 국세청예규(법인22601-745, 92.3.31)에서 기관투자자가 운용하는 신탁재산으로부터 금전출자를 받은 경우 동 증자금액에 대하여는 구 법인세법 제10조의 3의 규정에 의하여 증자소득공제를 받을 수 있다고 하고 있는 바, 이는 개인, 외국법인에다 내국법인중 기관투자자를 증자소득공제허용대상자로 추가한 88.12.26 개정된 구법인세법시행령 제10조의 3 규정에 대해 해석을 한 것이다.

라. 위 국세청예규(법인22601-745, 92.3.31)는 종전의 국세청예규(법인 22601-3411, 87.12.19)를 해석변경한 것으로 볼 수 있는지 여부

87.12.19 자 국세청예규(법인22601-3411)는 내국법인 이외의 자의 출자분에 대하여 증자소득공제를 허용하던 85.12.23 신설된 구 법인세법 제10조의 3의 규정에 대하여 법규해석을 한 것이고, 92.3.31 자 국세청예규(법인22601-745)는 92.1.10 자 재무부예규(법인22631-8)의 내용과 같은 내용으로서 법인외의자, 외국법인 및 기관투자자의 출자분에 대하여도 증자소득공제를 할 수 있도록 88.12.26 개정된 구 법인세법 제10조의 3의 규정에 대하여 법규해석을 한 것이므로 처분청의 주장과 같이 단순히 종전의 해석을 변경한 경우에 해당되지 않는다고 본다.

마. 89년 증자시 기관투자자가 운용하는 신탁재산에서 출자한 금액이 증자소득공제대상인지 여부

① 기관투자자가 내국영리법인의 자본증가시 금전출자를 하는 경우 89.1.1 이후 증자하는 분부터는 증자소득공제대상이 되는 것으로 88.12.26 법인세법이 개정되었고, 이 경우 『기관투자자』의 의미는 증자소득공제대상이 되는 금전출자의 주체로서 대상기관을 규정하는 것이기 때문에 그 범위를 『기관투자자의 고유재산부분』에 한정되는 것으로 보는 것은 기관투자자의 금전출자에 대하여 증자소득공제를 허용하고 있는 입법취지에 비추어 볼 때 부적절하다.

② 증권투자신탁업법에 의한 신탁회사에 금전신탁하는 경우 신탁회사는 불특정다수인으로부터 금전신탁(수익증권을 매각)을 받아 조성된 자금을 투자자원으로 하여 이를 주식·채권 등에 투자운용하고, 수익자는 그 운용수익을 현금으로 배분받을 권리만 가질 뿐( 증권투자신탁업법 제6조 제1항) 신탁된 금전의 운용방법에는 직접 관여할 수 없으며, 신탁된 금전으로 취득하는 주식에 대하여 직접 권리를 행사할 수 없고, 신탁해제시 동 주식으로 분배받을 수 없으며, 실질주주명부에도 금전신탁자의 명의가 등재되지 않는 점을 감안할 때 유상증자시의 금전출자는 사실상 기관투자자의 금전출자와 같으므로 증자소득공제를 허용대상에 해당된다고 보며, 또한 신탁업법에 의해 신탁업을 영위하는 은행에 금전신탁하는 경우도 증권투자신탁의 경우와 마찬가지로 증자소득공제대상에 해당된다고 판단된다.

③ 그러나, 위탁자가 신탁종료후 신탁재산의 운용현상대로 교부받을 수 있는 경우(금전신탁이외의 금전의 신탁 등)에는 수탁자인 은행은 대리인에 불과하고 신탁재산은 실제위탁자에 직접 귀속되어 동 신탁재산에 의한 출자는 기관투자자의 출자로 보기 어려우므로 위탁자의 인격에 따라 증자소득공제여부를 판단하여야 할 것이다.

④ 따라서 내국법인이 자본을 증가함에 있어 법인세법시행령 제23조의 3 제1항에 규정된 기관투자자에 해당되는 증권투자신탁업법의 규정에 의한 위탁회사 및 신탁업법의 규정에 의한 신탁회사가 증권투자신탁업법 및 신탁업법의 규정에 의하여 운용하는 신탁재산으로부터 금전출자를 받은 경우 동 증자금액에 대하여는 구 법인세법 제10조의 3의 규정에 의한 증자소득공제를 받을 수 있는 것이고 다만, 신탁기간종료후 주식등 운용현상대로 교부받을 수 있는 신탁(예; 금전신탁 이외의 금전의 신탁)의 경우로서 금전신탁자가 기관투자자가 아닌 내국법인인 경우에는 증자소득공제를 적용받을 수 없는 것으로 판단된다. (동지, 재무부 법인22631-8, 92.1.10)

바. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문