업무지원부서의 공통매입세액 안분계산 방식을 어떠한 방식으로 할 것인지 여부(경정)

청구법인이 2006. 5.18. 남대문세무서장에게 한 2003년 제1기 부가가치세 22,559,170원, 2003년 제2기 부가가치세 30,951,880원 합계 53,511,050원의 경정청구에 대하여 업무관련 지원부서(총무,기획,감사,전산사업)의 공통매입세액을 먼저 비수익사업부문의 지출비용과 수익사업부문의 지출 비용을 기준으로 안분한 후 다시 수익사업부문에 안분된 금액을 과세사업과 면세사업의 수입금액 비율로 안분하여 과세사업부분에 해당하는 매입세액 (총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우에는 전액)을 공제하는 것으로 하여 당해 세액을 재조사 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 당초 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 매입세액 중 2003년 1기 22,559,170원, 2003년 2기 30,951,880원 합계 53,511,050원 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제받는 매입세액으로 하여 2006. 5.18. 처분청에 경정청구를 하였다.

처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 처리기한 내에 처리하지 아니하고 그 결과를 통지하지 아니하였다.

이에 청구법인은 처분청이 청구법인의 경정청구를 기각한 것으로 보고 2006. 9.1 이의신청을 거쳐 2007. 1.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 방송광고 판매를 주된 업종으로 하는 비영리법인으로서 공익광고 등 비수익사업과 광고교육 등 면세사업에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 의하여 전액 불공제하고 있다.

2000년 세무조사 이후 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통부서의 매입세액에 대하여는 7 : 3의 비율로 공통매입세액을 안분계산 하여 70％만 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하여 왔으나, 2002년부터 면세사업에서 면세매출이 발생하고 있으므로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 규정에 의하여 공통매입세액을 과세와 면세의 공급가액에 의거 안분계산하여야 하고 청구법인의 면세공급가액이 총 공급가액의 5％ 미만이므로 같은 조 제3항 제1호의 규정에 의하여 청구법인의 공통부서의 매입세액은 전액공제되어야 한다. 따라서 당초 신고시 공통매입세액으로 불공제한 30％의 쟁점매입세액에 대하여 공제함이 타당하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

당초 신고시 청구법인이 총무 등 공통부서의 매입세액을 7 : 3의 비율로 안분하여 70％만 매입세액으로 공제한 것은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의거 과세사업과 직접관련이 없는 지출에 대한 매입세액을 안분계산 한 것으로 보이고, 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액을 과세와 면세 공통매입세액으로 보아 과세와 면세의 공급가액에 의하여 안분계산할 수 없는 것이므로 청구법인의 당초 신고내용이 정당하다 할 것이어서 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리내국법인이 수익사업(과세․면세)과 비수익사업을 영위하는 경우 업무(사업)지원부서의 공통매입세액 안분계산 방식을 총 공급가액 방법으로 할 것인지 아니면 기타 합리적인 방법으로 할 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② (생략)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(2) 부가가치세법 제2조 (납세의무자) ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인·법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단·재단 기타 단체를 포함한다

(3) 부가가치세법 제17조 (납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다.

1.～2 (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.～1의2(생략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3.～3의2(생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 大統領令이 정하는 토지관련매입세액

(4) 부가가치세법 시행령 제61조 (매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세공급가액

면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액× ──────

총공급가액

② (생략)

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2제3항제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(5) 한국방송광고공사법 제18조에 의하면, 『공사의 재원은 제19조 제1항의 규정에 의한 방송광고물의 수탁수수료, 사업수입금 및 기타수입금으로 충당한다』고 규정하고 있다. 또한 같은법 제20조에서는 공사의 예산과 결산은 문화관광부장관의 승인을 받아야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 다툼 없는 사실관계

(가) 청구법인이 당초 신고한 2003년 1기 및 2기 부가가치세 신고내역은 아래와 같으며 이는 국세통합전산망 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(단위: 백만원)

참조조문

유사 판례