조심 2020광0624 (2021.05.11)

법인

재조사

처분청이 이 건 경정청구를 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것으로 보아 거부한 처분은 청구법인이 20□□사업연도 손금에 산입한 관계사 차입금에 대한 쟁점이자비용을 20◇◇사업연도 이자비용에 산입하고, 차입금 적수 계산 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

국세기본법 제45조의2 / 법인세법 시행령제53조

조심2014중5685 / 조심2020광0038

OOO세무서장이 2019.8.6. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 2013사업연도에 손금산입한 OOO에 대한 차입금 지급이자 OOO원을 2012사업연도 손금에 산입하고, 차입금 적수 계산 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.7.15. OOO 유한회사로 설립되어 주택공사업, 토목공사업, 건축공사업 등을 영위하는 법인으로서 2018.11.23. 주식회사로 변경되었다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.11.28.부터 2019.2.28.까지 청구법인의 2013∼2017사업연도 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 2013사업연도에 손금산입한 OOO에 대한 지급이자 OOO원(이하 “쟁점이자비용”이라 한다)은 2012사업연도 귀속 손금에 해당하는 것으로 보아 2019.3.21. 2013사업연도 법인세를 경정·고지(이하 “선행처분”이라 한다)하고, 청구법인의 업무무관대여금이 차입금보다 많아 쟁점이자비용 전액이 업무무관자산에 대한 지급이자 손금불산입 대상이 될 것으로 예상하여 2012사업연도 손금에 대해서는 추인결정하지 않았다.

다. 청구법인은 2019.6.21. 소재지 변경에 따라 OOO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호를 근거로 쟁점이자비용을 2012사업연도 손금에 산입하여 후발적 사유에 의한 법인세 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.8.6. 경정청구 거부처분을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.4. 이의신청을 거쳐 2020.1.28. 심판청구를 제기하였다.

마. 한편, 청구법인은 조사청의 세무조사결과와 관련하여 2019.6.17., 2019.6.18. 이의신청OOO이하 “선행이의신청”이라 한다)을 제기하였고, 2019.9.2. 청구법인이 2012사업연도 관계회사인 OOO에 대여한 자금(이하 “쟁점대여금”이라 한다)은 업무와 관련이 있다는 청구주장이 인용되어 조사청의 지급이자 손금불산입 처분은 취소되었다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 과세관청의 손익의 귀속시기를 변경하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 사업연도 외의 사업연도에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 것은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 사유에 의한 경정청구 대상에 해당하므로 쟁점이자비용에 대한 조사청의 2013사업연도 법인세 손금불산입 결정은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따른 실제 귀속인 2012사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(가)「국세기본법」 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구 제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 청구법인이 2013사업연도에 손금으로 산입한 쟁점이자비용에 대하여 처분청이 귀속시기의 오류를 이유로 손금불산입하고 2012사업연도분에 대해 손금추인하지 않은 것은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 규정하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당한다(조심 2014중5685, 2015.12.22. 같은 뜻).

(나) 청구법인은 2012사업연도에 법인세 과세표준이 OOO원에 달하여 법인세 최고세율에 해당하였으므로 의도적으로 손실을 이연하여 세금을 더 납부할 이유가 없었고, 단지 세무대리인의 착오로 「법인세법」상 미수이자가 익금불산입 대상인 것처럼, 미지급이자도 손금불산입으로 착각하여 신고한 것일 뿐이다.

(다) 조세심판원(조심 2014중5685, 2015.12.22.)은 “처분청은 청구법인이 2011사업연도 감가상각자산과 관련된 유보금액을 일시 손금산입한 쟁점손금에 대해 이는 일시적인 손금산입 항목이 아닌 자산별 내용연수에 따라 감가상각으로 손금추인되어야 한다고 판단하였으나, 별도로 귀속연도별 손금을 인정하지 않은 채 2011년 사업연도에 대해서만 쟁점손금을 부인하고, 이에 대한 법인세 증액경정을 한바, 쟁점손금의 귀속시기에 대한 처분청의 증액경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하므로 증액경정된 2011사업연도 이외 2006∼2012년사업연도에 대한 청구법인의 경정청구는「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 의한 적법한 후발적 경정청구에 해당한다.”라고 결정한 바 있다.

(라) 국세청 예규(징세-690, 2011.7.12.)는 과세관청의 결정이나 경정으로 인하여 대손금의 귀속시기가 달라지는 것은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 해석하였으나, 기획재정부(조세법령-1312, 2017.12.4.)는 「손익의 귀속시기를 변경하는 경정은 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 사유에 해당하여 후발적 경정청구를 할 수 있는 것」으로 보아 위 국세청 예규는 변경되었다.

(2) 후발적 경정청구 사유에 해당하는 경우 당초 신고분에 대한 내용을 확인해야할 사항은 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(가) 선행이의신청 결정에서 관계회사인 OOO에 대한 대여금은 청구법인의 업무와 관련이 있는 것으로 보았으므로, OOO의 대여금을 업무무관가지급금에서 제외하고 당초 신고시 대여금과 상계하여 누락된 관계회사 차입금을 반영하면 아래와 같이 지급이자 손금불산입액은 OOO원이므로 쟁점이자비용 중 OOO원은 손금산입하여야 한다.

(나) 이 사건 이의신청결정서(OOO국세청 제2019-96호, 2019. 12.20.)에 의하면, “증액경정처분이 있는 경우 불복기간이나 경정청구기간이 도과하면 당초 신고한 세액에 대해서는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있는 바...(중략)... 재무상태표의 건전성을 위해 신청법인 임의로 관계회사 차입금을 대여금과 상계한 내용까지 확인하여 차입금 적수 내역을 변경해달라는 신청법인의 주장은 경정청구 기간이 도과한 것”이라고 하였으나, 청구법인의 경우 2013년 귀속으로 신고한 쟁점이자비용을 조사청에서 2012년 귀속으로 보아 손금불산입처분하고, 2012년 귀속분은 손금추인하지 않은 것으로서 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(다) 조사청은 선행처분과 전혀 관련이 없는 사항에 대한 경정청구는 부당하다는 의견이나, 청구법인은 손금귀속 오류로 부인된 쟁점이자비용에 대해 지급이자 손금불산입 계산시 ‘차입금’과 ‘업무무관대여금’에 대한 사실을 확인하여 줄 것을 청구하는 것이다.

만약 조사청에서 지급이자 손금불산입으로 처분한 것에 대하여 이의신청하여 인용결정을 받아 후발적 경정청구를 하더라도 지급이자 손금불산입 계산요소를 과세관청에서 확인할 의무가 없다고 한다면 조사청의 부당한 처분에 대하여 이의신청으로 인용결정을 받더라도 위법한 처분이 치유되지 않는 부당한 결과를 가져오게 된다.

국세청「법인세 사무처리규정」은 경정청구에 대한 처리방법을 규정하면서 후발적 경정청구와 일반경정청구를 구분하지 않고 있으며, 위 규정 제72조 제4항에 따르면 “법인납세과장은 수정신고, 경정청구 또는 기한 후 신고한 내용의 확인을 위해서 서면으로 해명요구를 할 수 있으며, 현장 확인이 필요한 경우에는 현장확인담당자를 지정하여 최소한의 범위에서 현장 확인을 실시할 수 있다”라고 규정되어 있으므로 사실 확인은 과세관청에 유리한 부분에만 국한되는 것은 아니라고 보아야 한다.

따라서 후발적 경정청구에 대하여 사실 확인을 하여야 할 부분에 대해서는 후발적 경정청구기간을 적용하여야 하고, 처분청에서 경정청구기간이 도과된 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서는 후발적 경정청구 사유에 대해 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”로 규정하고 있는 바,

(가) 손익귀속시기를 임의로 변경한 것에 대하여 과세관청에서 경정결정을 하는 것은 후발적 경정청구 대상에 해당하지 아니하는 것인바(국세청 법령해석과-3379 질의회신, 서면-2015-법령해석기본-22259, 2015.12.16.), 2012년 귀속 이자비용이 후발적 경정청구 대상이라는 청구주장은 근거가 없다.

(나) 청구법인은 2013사업연도에 손금산입한 이자비용 OOO원의 손금산입은 착오이었을 뿐이고, 2012사업연도에 법인세 최고세율을 적용받고 있었기 때문에 쟁점이자비용을 의도적으로 2013사업연도에 반영할 필요가 없었다고 주장하나, 지급이자 관련 세무조정사항은 빈번하게 발생되는 것으로서 착오에 의한 세무조정이라고 보기 어렵고, 쟁점이자비용을 2013사업연도에 반영하여 2013사업연도 법인세율 10%를 적용하여 신고하였으나, 쟁점이자비용이 아니었으면 20%세율을 적용{(2013사업연도 신고 과세표준 OOO 초과OOO받았을 것으로 확인되는 점에서 2013사업연도 이자비용의 손금산입이 실수라는 청구주장은 신빙성이 낮다.

(2) 설령 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 하더라도 후발적 사유와 직접 관련이 없는 2012사업연도 대여금의 업무관련성 여부에 대하여 수정을 요청하는 경정청구는 세무조사 결과와 무관한 내용이므로 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은 이의신청 및 심판청구에서 업무무관 부동산 등에 대한 지급이자 계산시 OOO에 대한 차입금을 포함하여 차입금적수 계산을 하였으나, 청구법인은 증빙자료로 대체전표만 제시하여 청구법인의 재무상태표상 차입금을 확인할 수 없음에도 불구하고 차입금적수를 포함하는 당초 신고내용의 수정을 요청하였다.

(나) 청구법인은 금융기관 대출심사 및 건설 입찰시 대여금과 차입금이 과다할 경우 심사에서 불이익을 받을 것을 우려하여 임의로 상계 후 잔액만 표시함으로써 대외적으로 공신력이 있어야 할 재무상태표의 신뢰를 무너뜨리고 은행 및 이를 이용하여 심사 등을 진행하는 정보이용자들에게 잘못된 정보를 제공하였다.

또한, 청구법인의 사업연도별 관계회사 대여금과 차입금내역을 보면 2012년부터 2014년까지 OOO로부터 고액의 차입금OOO이 지속적으로 발생되었음에도 불구하고 재무상태표에는 이를 반영하지 않아 결과적으로 청구법인의 업무무관 부동산 등에 대한 지급이자 차입금적수 계산결과를 신뢰할 수 없게 되었다.

(다) 쟁점이자비용의 귀속연도를 변경한 조사청의 결정과 쟁점대여금을 업무와 관련 있다고 인용한 이의결정에 의하더라도 2012사업연도 법인세 부과제척기간이 경과한 OOO의 차입금은 반영할 수 없고 이를 제외하여 재계산한 결과는 아래와 같다.

따라서 청구법인이 특정 사업연도에 임의로 손실을 이연하여 법인세를 과소신고한 것은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 청구법인이 제기한 이의신청 결정을 반영하여 재계산하더라도 객관적인 차입금 내역을 재무상태표에서 확인할 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 쟁점경정청구 사유가 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 일부개정된 것)

제22조의3【경정 등의 효력】① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리‧의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제45조의2【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 법인세법 시행령

제53조【업무무관 자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조 제1항 제4호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액(제72조의 규정에 의한 자산의 취득가액으로 하되, 같은 조 제4항 제3호의 시가초과액을 포함한다)으로 한다.

④ 제2항의 규정에 의한 차입금에는 다음 각 호의 금액을 제외한다.

1. 제61조 제2항 각호의 규정에 의한 금융회사 등이 차입한 다음 각목의 금액

가. ｢공공자금관리기금법｣에 따른 공공자금관리기금 또는 ｢한국은행법｣에 의한 한국은행으로부터 차입한 금액

나. 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)로부터 차입한 금액

다. 법령에 의하여 설치된 기금으로부터 차입한 금액

라. ｢외국인투자촉진법｣ 또는 ｢외국환거래법｣에 의한 외화차입금

마. 예금증서를 발행하거나 예금계좌를 통하여 일정한 이자지급 등의 대가를 조건으로 불특정 다수의 고객으로부터 받아 관리하고 운용하는 자금

2. 내국법인이 한국은행총재가 정한 규정에 따라 기업구매자금대출에 의하여 차입한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청이 쟁점이자비용을 지급이자 귀속시기 착오 적용을 사유로 기타사외유출로 처분한 것에 대하여 청구법인은 2019.6.21. 2013년 귀속 이자비용 OOO원을 2012년 이자비용으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2019.8.6. 아래 ＜표＞와 같이 2012년 업무무관가지급금 적수계산에 따라 전액 손금불산입하였다.

＜표＞ 사업연도 업무무관 자산 등에 대한 지급이자 손금불산입 내역

(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 당초 2012사업연도 법인세 신고시 표준손익계산서의 이자비용 OOO원에 대하여 비업무용 부동산 등에 관련한 차입금 지급이자는 기타사외유출로 처분하고, 지급이자 중 당기말 현재 관계회사 차입금 지급이자 미지급분은 손금불산입 유보한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 2013∼2017사업연도에 대한 조사청의 세무조사결과와 관련하여 제기한 선행이의신청OOO의 쟁점(① 쟁점대여금의 업무무관가지급금 여부, ② 쟁점채무면제액의 접대비 여부, ③ 실지 대표자는 김장수인지 여부, ④ 쟁점인건비에 대한 지급명세서 제출불성실가산세가 부당한지 여부, ⑤ 쟁점이자비용에 대한 납부불성실가산세가 부당한지 여부)] 중 일부 쟁점①․④는 아래와 같이 인용되었고, 나머지는 기각되었다.

(4) 청구법인은 쟁점대여금이 재무상태표 금액이 아닌 가지급금인정이자 조정명세서의 금액이고, 2012년 가지급금인정이자조정명세서(갑, 을), OOO에 대한 단기차입금 계정별 원장, 합계잔액시산표, 기말전표와 다음연도 기초전표 등을 증빙자료로 제시하였고, 선행이의신청 결정에 따라 쟁점대여금을 업무무관가지급금에서 제외하고 당초 신고 시 대여금과 상계하여 누락된 관계회사 차입금을 반영하면 지급이자 손금불산입액은 OOO원이므로 쟁점 이자비용 중 OOO원은 손금산입하여야 한다고 주장하며 차입금적수 계산의 근거와 업무무관가지급금적수 계산근거 등을 제시하였다.

(5) 청구법인이 선행이의신청 결정에 불복하여 2019.12.4. 우리 원에 제기한 심판청구는 아래와 같이 “쟁점이자비용은 2012사업연도 손금산입대상에 해당하므로 쟁점이자비용을 2012사업연도 손금에 산입한 후 발생한 법인세 과다납부세액을 2013사업연도 법인세 납부불성실가산세에서 감액하여 그 세액을 경정”하도록 일부 인용되었다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 손익귀속시기를 임의로 변경한 것에 대하여 과세관청에서 경정결정을 하는 것은 후발적 경정청구 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나,

「국세기본법」제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다고 할 것인바,

청구법인이 2013∼2017사업연도에 대한 조사청의 세무조사결과와 관련하여 제기한 이의신청에서 재결청은 청구법인의 관계회사 OOO에 대한 2013사업연도 대여금을 업무관련으로 인정하고, 쟁점대여금을 업무무관 가지급금으로 본 처분청의 처분은 잘못이 있다고 보아 청구인의 이의신청을 인용OOO한 점, 처분청이 2012사업연도에 발생한 쟁점이자비용에 대하여 2012․2013사업연도 과세표준에서 모두 손금불산입하여 2013사업연도 법인세를 부과처분한 데 불복하여 청구법인이 2019.12.4. 제기한 심판청구에서 우리 원은 “쟁점이자비용은 2012사업연도 손금산입대상에 해당하므로 쟁점이자비용을 2012사업연도 손금에 산입한 후 발생한 법인세 과다납부세액을 2013사업연도 법인세 납부불성실가산세에서 감액하여 그 세액을 경정”하도록 결정(조심 2020광38, 2020.7.21.)한 점,

청구법인이 2013사업연도에 손금으로 산입한 쟁점이자비용에 대하여 처분청이 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입한 이 건의 경우 손익의 귀속시기를 변경하는 경정에 해당하여 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 규정하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것으로 보아 거부한 처분은 청구법인이 2013사업연도 손금에 산입한 OOO 차입금에 대한 쟁점이자비용을 2012사업연도 이자비용에 산입하고, 차입금 적수 계산 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.