원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항 제10호 및 제120조 제1항 제9호는 ‘법인세법 제46조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 인적분할’로 인하여 취득하는 재산의 등기에 대한 등록세 및 그 취득에 대한 취득세를 각 면제하도록 규정하여 법인세 특례와 동일한 기준에 의해 분할 관련 취득세 등 면제 혜택을 부여하고 있다.

회사분할에 대한 과세이연 규정은 1998. 12. 28. 법인세법 전부개정으로 합병분할 등 기업조직재편 세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분 관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에는 변동이 없는 때에는, 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다.

구 법인세법령은 아래와 같이 이러한 실질적 동일성 기준 중 사업의 계속 요건을 구체화하여 규정하고 있다.

구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항 제3호는 ‘분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것’을 과세이연 요건의 하나로 규정하고 있고, 같은 조 제2항 후문은 ‘분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 분할신설법인과 합병한 법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다’고 규정하며, 같은 조 제4항은 위 제1, 2항의 규정을 적용할 때 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다.

그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 2010. 6. 8. 대통령령...