수입금액의 귀속시기(경정) | 리걸엔진

OO세무서장이 2004.12.16. 청구법인에게 한 2000사업연도 법인세 26,500,105,980원의 부과처분은, 처분청이 2000사업연도의 수입금액으로 익금산입한 45,217,640,592원을 2001사업연도 수입금액으로 익금산입하여 2000사업연도 및 2001사업연도의 과세표준과 세액을 각경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

가. 청구법인은 1994.12.16. OOOOOOOOOO(이하 “재개발조합”이라 한다)과 OOOOO OOOO OOOOOOOOOO(이하 "쟁점재개발사업"이라 한다) 공사도급계약을 평당 1,780천원(1997.10.10. 1평당 2,385천원으로 변경함)으로 체결하고 1994～2000사업연도 당초 추정 총공사예정원가에 의한 작업진행율(당기 투입원가/총공사예정원가)을 적용한 공사수입금액을 수입금액으로 계상하고 법인세법 제40조 및 법인세법시행령 제69조(구 법인세법 제17조 및 법인세법시행령 제36조제7항, 법인세법시행규칙 제14조의3)에 의하여 총공사예정원가를 도급금액×(1-표준소득율)로 하여 계산한 공사수입금액과의 차액을 각 사업연도 마다 세무조정하여 2000사업연도까지 발생한 익금불산입 누계액 45,217,640,592원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)을 2001사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점수입금액을 준공검사필증이 교부된 날과 입주개시일이 속하는 2000사업연도의 익금에 산입하여 2004.12.16. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 26,500,105,980원을 결정고지하고 2001사업연도 법인세 14,057,257,140원을 감액결정하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 주위적 청구에 관하여

법인세법상 손익의 귀속시기는 우선적으로 권리의무확정주의에 따라야 하고, 법인세법시행령 제69조제1항에서 용역공급에 대한 귀속시기는 그 제공이 완료한 날이 속하는 사업연도로 한다고 개별적·예시적으로 규정하고 있는 바, 국세심판결정(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에서도 “법원판결 등에 의하여 공사대금이 변경된 경우 손익의 귀속시기는 용역대가의 변경이 확정되는 날이 속하는 사업연도 또는 공급가액이 확정되는 때로 한다”고 설시 하고 있으며,

도급공사대금의 변경사유는 공사지연, 하자 등으로 인하여 다양하게 발생할 수 있고 당사자간 합의, 조정, 소송 등을 통하여 변경확정 되는 것이 일반적이며, 이 건과 같은 재개발사업은 그 특성상 공사대금은 분양규모, 시장상황 등에 따라 불가피하게 변경사유가 발생하는 것이므로 쟁점수입금액의 귀속은 도급금액이 최종 변경확정된 2001사업연도로 보는 것이 타당하다.

또한, 청구법인은 1992년 3월 참여계약서에서 재개발조합과 상가 및 부대시설의 분양책임까지 부담하고 2000년 8월 변경계약조건 제2조에서 용역의 완료시기를 건축물 시공, 입주업무, 분양업무의 최종완료일과 조합의 청산일 중 빠른 시기로 합의하였기에 실제 공사완료시기는 분양업무를 최종 완료한 2001사업연도로 보아야 한다.

국세청장의 유권해석(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO)도 “관련 수입금액이 확정되지 아니한 상태에서 용역의 완료정도에 따라 매년 수입할 용역대가를 확정하는 경우에는 도급계약기간에는 잠정가액을 기준으로 하여 손익을 계상하고 추후 정산시점에 그 정산차액을 귀속시킨다”고 하고 있으므로 쟁점수입금액은 도급금액이 최종 정산되고 용역제공이 완료된 2001사업연도에 귀속시켜야 한다.

(2) 예비적 청구에 관하여

① 과소신고 가산세 부과 취소

과소신고가산세는 성실한 과세표준의 신고의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 해태하였을 때 가해지는 행정벌의 성질을 가진 것으로 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것인 바, 쟁점재개발사업과 같이 손익의 귀속시기에 대한 착오는 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 법령해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립에 기인한 것으로써 납세자에게 그 의무이행의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유로 볼 수 있어 쟁점수입금액은 과소신고가산세 대상이 아니다.

② 부당과소신고금액을 일반과소신고금액으로 경정

과소신고가산세를 부과하는 경우라 하여도 법인세법시행령 제118조제4항 단서에 “기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다”라고 규정하고 있어 이 건은 부당과소신고금액의 대상이 아니다.

③ 납부불성실 가산세 계산기간 및 이자율 적용

납부불성실가산세를 부과함에 있어 미납일수를 처분청이 쟁점수입금액의 귀속시기로 판단한 2000사업연도와 청구법인이 쟁점수입금액을 익금에 산입한 2001사업연도의 차이인 1년간만(귀속시기 차이 기간인 365일)계산하여야 하고 환급가산금은 지급하지 않는 것이 동일한 이자성격에 대하여 납세자에게 부당하게 적용되는 것을 방지할 수 있고 그 이자율도 5/10000이 아니라 3/10000(2002.12.30. 개정됨)을 적용하여야 한다.

④ 국세환급가산금율에 관하여

가산세는 비록 납세의무자의 성실한 의무이행을 담보하기 위한 행정상의 제재라고는 하나, 미납부가산세는 기본적으로 연체이자 성격으로 보고 있고 국세환급가산금 역시 동일한 이자성격에 해당되는 바, 같은 기간(2002.4.1.～2004.2.16.)의 같은 이자성격에 대하여 미납부가산세율과 환급가산금율을 달리 적용하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구에 관하여

청구법인은 법인세법상 손익의 귀속시기는 우선적으로 권리의무확정주의에 따라야 한다고 주장하나, 법인세법상 권리의무확정주의란 익금은 받을 권리가 확정되는 시기에, 손금은 지급할 의무가 확정된 시점에 인식하는 것으로서 2000사업연도에 준공검사가 완료되면서 시공자인 청구법인은 받아야 할 권리가 확정되었고, 공사발주자는 지급할 의무가 확정되었으므로 당연히 2000사업연도에 모든 권리의무가 확정된 것이다.

더불어, 청구법인은 쟁점재개발사업은 도급금액이 상황에 따라 변경되는 것이 일반적인 상관례인 재개발 관련 용역공급으로 보고 불확실성이 존재하는 이러한 상거래에서는 권리의무확정주의를 우선 적용하여야 한다고 주장하지만, 권리의무확정주의는 상황에 따른 도급금액의 변경여부와 무관하게 모든 경제상황에서 적용되는 것으로 건설공사계약 등에서 주된 도급금액의 변경이라 함은 도급금액이 확정되는 준공시점 이전에 공사면적이나 물가변동 등으로 인한 평당 공사비 변경 등 여러 요인으로 인한 공사지연, 하자발생 등을 말하는 것으로 이런 불확실성의 가변요소들을 당연히 건축물의 준공이라는 경제행위로 인해 확정요소로 돌아서는 것이고 세법상으로도 당연히 이 시점에 권리의무를 확정하여 손익의 귀속시기로 사용하고 있으며, 단지 이러한 준공시점 이후 계약자 쌍방간에 미수채권 정리 및 회수와 관련된 사항은 공사완성시기를 결정하는 세무상 권리의무확정주의와는 무관한 요소라고 판단된다.

도급금액이 확정되지 아니하였다는 주장에 대해서도 도급금액을 1994.12.16. 본계약서상 건축연면적 평당 1,780천원에서 1997.10.10. 평당 2,385천원으로 증액 확정하여 공사를 진행하고 2000.7.6. 준공검사를 필하였으므로 도급금액은 공사의 완공시점에 이미 평당 2,385천원으로 확정되었다. 따라서 도급금액은 확정되어 있는 상태에서 미수채권 정리 및 회수과정에서 공사미수금(매출채권)을 쌍방간 변경계약에 의해 ‘도급액 감액’이라는 조정방법으로 해결한 사안을 도급액 자체가 미확정된 상태였다는 주장은 타당성이 없다.

또한, 청구법인은 쟁점재개발사업의 도급공사완성시기를 2001사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 법인세법 제40조와 법인세법시행령 제69조 및 건설업회계처리준칙 제5조제3항 등에서 “공사의 완성시기는 공사의 목적물이 준공된 때”라고 규정하고 있다. 쟁점재개발사업은 2000.7.6. 준공검사 및 입주가 개시되어 대부분 2000년 8월 중 입주가 이루어 졌으며 2000.12.27. 관할 OOO구청에서 도시및주거환경정비법 제52조에 의하여 정상적으로 완료공고를 한 사실이 확인되는 바, 2000.7.6. 목적물을 완공하여 인도한 것으로 공사의 완공시기를 2000사업연도로 보아 쟁점수입금액을 2000사업연도로 귀속시킨 것은 정당하다.

청구법인은 분양업무와 관련한 원가투입이 2001사업연도까지 발생하여 이에 대한 용역제공 역시 2001사업연도에 최종 완료되었다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 분양업무는 계약서상 청구법인이 제공하여야 할 도급내역에 포함된 용역업무이며 이에 대한 용역제공 시기는 1992.3.14. 참여계약서 제27조제2항제1호에서 상가 및 유치원에 대한 분양의 경우 “상가 및 유치원에 대한 분양은 최소한 일반분양과 동시 또는 준공예정인 5월 이전에 하여야 한다”는 규정에 의하면 준공전에 완료하는 것으로 되어 있다. 이에 따라 분양 및 미분양이 발생하여 조합측에서 도급공사비를 완불할 수 없는 상황에 이르자 준공 이후인 2000.7.14.부터 조합측과 청구법인간 기확정된 도급공사비 부담액을 줄이고자 하는 합의 등이 계속 이루어졌고 2000년 8월 합의시에는 조정금액 예측이 불가능하자 용역제공이 2000사업연도에도 종결되지 않은 것처럼 계약을 변경하였으나, 이는 공사 및 용역제공이 계약 및 준공검사 등으로 2000년 7월까지 완료된 후에 대금회수가 이루어지지 않자 청구법인과 조합간에 합의하여 미분양상가에 대하여 할인분양하면서 채권의 조기회수과정에서 발생된 비용으로서 도급 목적물이 준공된 이후에 추가로 발생된 비용에 해당되는 바, 단지 2001사업연도에 추가비용이 발생되었다는 사실만으로 용역제공이 완료되지 않았다는 주장은 타당성이 없다.

(2) 예비적 청구에 관하여

① 과소신고 가산세 부과를 취소하여야 한다는 주장에 관하여

쟁점재개발사업의 경우, 법인세법 제40조 및 법인세법시행령 제69조 등에 의하여 그 귀속시기를 명확히 규정하고 있어 청구법인이 주장하는 법령해석상의 의의로 인한 견해의 대립이 발생할 여지가 없으므로 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당되지 않으며, 2000사업연도 귀속 수입금액을 2001사업연도 귀속으로 신고한 내용은 납세자로서 성실한 과세표준신고의무를 제대로 이행하지 않은 것으로 이는 법인세법 제76조제1항제2호 규정에 의한 “신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우”에 해당되므로 이 건 과소신고가산세를 부과한 것은 정당하다.

② 부당과소신고금액을 일반과소신고금액으로 경정하여야 한다는 주장에 관하여

청구법인은 위 과소신고금액이 법인세법시행령 제118조제4항제4호 단서(기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다)에 해당되어 부당과소신고금액에 해당되지 않는다고 주장하고 있으나, 손익귀속시기의 적부를 가리는 이 건의 쟁점을 정확히 파악하지 못함에서 기인한 주장이라고 사료된다.

또한, 청구법인은 쟁점수입금액을 기업회계기준에 정당하게 계산된 공사진행율과 법인세법상 계산된 작업진행율 차이로 인해 발생된 금액(익금불산입)을 세무조정에 의해 정산한 것에 불과하다고 하였으나, 이 건 청구의 쟁점은 작업진행율 차이로 인한 금액을 정당하게 계상하였는지 여부가 아니고 쟁점수입금액을 2001사업연도로 귀속시킨 청구법인의 회계처리가 정당한지 여부를 가리는 경우로 청구법인이 법인세법은 물론 기업회계처리기준과도 일치되지 않는 사업연도(2001사업연도)의 익금으로 조정한 것은 부당하다.

③ 납부불성실 가산세 계산기간 및 이자율 적용의 부당하다는 주장에 관하여

처분청은 2000사업연도의 납부불성실가산세를 계산함에 있어 가산세 적용기간을 법인세법 제76조제1항제3호에 의거 “납부기한의 다음 날부터 고지일까지의 기간”인 1,356일로 하였으며, 적용이자율은 동법 시행령 제119조제1항(동법 시행령 부칙 제17조, 2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정 전의 것)에 의하여 5/10000를 적용한 것으로서 3/10000을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

④ 국세환급가산금 이율이 부당하다는 주장에 관하여

국세환급가산금은 국세기본법 제52조제1항 및 국세기본법시행령 제30조제2항, 동 시행규칙 제13조의2에 의거 국세청고시에 따른 이자율을 적법하게 적용한 것으로서 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 주위적 청구

쟁점수입금액의 귀속시기를 2000사업연도가 아닌 2001사업연도로 볼 수 있는지의 여부

(2) 예비적 청구

① 과소신고가산세를 면할 수 있는지의 여부

② 부당과소신고금액을 일반과소신고금액으로 적용 할 수 있는지의 여부

③ 납부불성실가산세 적용기간 및 이자율 적용의 당부

④ 국세환급가산금의 이율이 부당한 지의 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설 제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 건설 등 이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 작업진행율 이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행율을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행율을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다.

(3) 법인세법시행규칙 제34조【작업진행율의 계산 등】① 영 제69조 제2항 본문에서 건설 등을 완료한 정도 라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다.

작업진행율 = 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액/총공사예정비

② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액×작업진행율－직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

당해 사업연도에 발생된 총비용

③ 영 제69조 제2항 단서에서 재정경제부령이 정하는 경우 라 함은 법인이 비치 기장한 장부가 없거나 비치 기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

부칙 제5조【작업진행율의 계산에 대한 적용례】제14조의3(1995.3.30. 총리령 제492호로 개정 당시에는 제14조의 3)의 개정규정은 1995년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 새로이 공사계약을 체결하는 분부터 적용한다.

(4) 법인세법시행규칙 (1995.3.30. 총리령 제492호로 개정되기 이전의 것) 제15조【작업진행율】① 영 제37조에 규정하는 작업진행율의 계산은 다음 산식에 의한다.

작업진행율 = 당해사업연도 중 소요된 총공사비/총공사예정비

② 전항의 산식에서 “총공사예정비”라 함은 도급금액에 정부가 정하는 표준소득율을 곱한 금액을 도급금액에서 공제한 금액을 말하고“, ”총공사비“라 함은 당해공사의 원가를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 주위적 청구에 관하여

청구법인은 쟁점재개발사업은 계약상 2001사업연도에 완료하는 것으로 약정되어 있고 실제 공사도 2001년도에 완료되었으므로 쟁점수입금액의 귀속시기는 2000사업연도가 아니라 2001사업연도라고 주장하므로 이를 살펴본다

㈎ OOO구청장이 주택은행장에게 보낸 입주자모집공고승인통보공문(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)과 사용검사필증(2000.7.6.)에 의하면,

쟁점재개발사업은, 사업시행자가 OOOOOO주택재개발조합, 시공자는 청구법인, 사업위치는 OOOOO OOOO OOO OOO 일대, 공사착공일이 1997.3.11, 공사준공일은 2000.7.6.(완료공고 2000.12.27, 분양처분 2001.5.23.)이며, 사업개요는 아파트 19개동(16～25층) 2,678세대 및 부대복리시설로서 그 중 일반공급분은 713세대(848세대는 임대주택이고 나머지는 조합원분이라고 함)이며 입주예정일이 2000년 7월(정확한 입주일은 추후 통보함)로 나타난다.

㈏ 처분청의 “쟁점수입금액 귀속시기 검토서” 기록에 의하면,「청구법인은 쟁점재개발사업의 공사도급계약체결 이후 1994년부터 공사진행율(당기투입원가/총공사예정원가)에 의하여 계산한 금액을 수입금액으로 계산한 후 1994～2000년까지 45,217백만원을 세무조정상 익금불산입하였고, 기업회계기준은 총공사예정원가를 합리적으로 추정하여 계산하고 세무상은 구 법인세법 제17조 및 법인세법시행령 제36조제7항, 동 시행규칙 제14조의3(현행 법인세법 제40조, 동법 시행령 제69조)에 의하여 총공사예정원가를 도급금액×(1-표준소득율)에 따라 계산하여 공사진행율의 차이가 발생하였으며, 청구법인은 2001사업연도에 공사를 완료한 것으로 하여 45,217백만원을 다음과 같이 2001사업연도에 일시 익금산입하여 법인세를 신고함」으로 기재되어 있는 바, 쟁점수입금액은 기업회계상의 작업진행율과 세무상의 작업진행율의 차이로 인한 수입금액임을 알 수 있다.

(OO O OOO)

㈐ 청구법인이 재개발조합과 1994.12.16. 체결한 쟁점재개발사업참여본계약서 제2조(도급공사)제1호에는 “을(청구법인)의 도급공사비는 사업시행인가시 확정된 아파트, 상가 및 부대복리시설 일체를 포함하는 총건축연면적에 대하여 1평당 1,780천원(부가가치세 별도)으로 한다. 도급공사비 내역은 토목, 건축, 전기, 설비, 단지내 조경공사 및 제인입비, 광고홍보비, 분양경비, 모델하우스 부지임차료 및 건립비를 포함한다”로 기재되어 있고, 동조 제2호에는 “제1항의 도급공사비는 1992.1.1. 건설부가 정한 표준건축비를 기준으로 1992.12.31. 이내에 착공하는 것을 전제하여 책정한 것으로서 일반분양전에 표준건축비의 변경이 있는 경우 도급공사비에 표준건축비 인상율 등을 곱한 금액을 추가한다”고 기재되어 있다.

제3조(공사기간) 제1호에는 “공사기간은 사업시행구역내 해당 공사구간의 지장물 철거완료일부터 45개월(25층시공기준)까지로 하며, 공사착공일은 사업구역내 지장물철거를 완료하고 세입자 문제 등 모든 장애요인을 제거한 날로부터 7일 이내로 한다”고 기재되어 있다.

또, 청구법인 OO사업소장, 재개발조합장, 주식회사 OOOO 부사장, 철거민대책위원장, 민OO 의장이 1997.7.22. 공동체결한 합의서에 의하면, “쟁점재개발사업구역내 거주 철거민대책위원회 이주에 따른 합의사항으로서 민OO 소속 28세대에 이주비, 보상비조로 각세대당 1300만원씩, 치료비조로 총 3000만원 등을 지급하고 1997.8.10.까지 OOOOO OOOO아파트에 전원 입주토록 하며 향후 OOOOOOOO아파트에 재입주한다”는 취지로 나타나는 바, 쟁점재개발사업의 계약상 용역제공기간은 철거완료일인 1997년 8월부터 기산하여 45개월인 2001년 5월임을 알 수 있다.

㈑ 청구법인이 재개발조합과 1997.10.10. 체결한 본계약조건변경계약서에 의하면, 제1조(도급공사)에서 “도급공사비는 총건축연면적에 대하여 1평당 2,385천원(부가가치세 별도)으로 하고 도급공사비 내역은 토목, 건축, 전기, 설비, 단지내 조경공사 및 제인입비, 광고홍보비(분양공고 1회에 한함), 모델하우스 부지 임차료 및 건립비를 포함한다”고 기재되어 있다.

㈒ 청구법인이 재개발조합과 2000.7.14. 체결한 합의서에 의하면, “1. 청구법인의 공사비 부족액 보전을 위하여 조합이 청구법인에게 추가 부담하는 부담액은 조합과 관련하여 소송 진행 중인 OOOOOO 약정서 소송건과 신OO·서OO의 소송예상액 36억원과 단지내 상가의 미분양으로 인한 부족예상액 58억원 중 29억원의 총 65억원을 조합이 보전하며, 소송결과(협의과정에서의 합의 포함) 및 상가분양 결과에 의해 부족액(손실액)이 65억원을 초과시는 청구법인의 책임으로 하고, 2. 공사비보전액 65억원 중 소송예상액 36억원이 감소되는 경우는 상가 미분양 부족분에 우선 보전하고 소송비용 등과 상가미분양 보전금의 결과를 반영한 조합의 수입·지출 정산 결과, 청구법인과 조합간의 도급계약서상의 청구법인의 공사비를 상환하고도 남는 경우 그 금액에 대하여는 조합에게 환급하며 3. 조합이 부담금 65억원을 청구법인에게 지급하고 더 이상의 추가부담 없이 원할한 정산을 할 수 있도록 조합명의의 보류지분·미분양상가의 처분은 조합원총회에서 결의한 대로 청구법인의 공사비로 보전하기로 하며 조합은 조합운영비를 제외한 비용에 대하여 청구법인과 합의하여 집행한다”고 기재되어 있다.

㈓ 청구법인이 재개발조합과 2000년 8월 체결한 변경계약조건서에 의하면,「제1조(도급공사비) ① “을(청구법인)”의 도급공사비는 단지내 상가 및 스포츠센타의 분양 할인손실액 및 제반 소송 등의 비용예측이 불가함에 따라 조합 청산시에 최종 상가분양액과 조합의 자금운용결과를 계산하여 확정한다. ② “갑”과 “을”은 상가분양 및 조합청산을 완료한 후 정산하여 전항의 “을”의 도급공사비를 조정, 확정하여야 하며, 상가분양수입 및 조합청산 결과 “갑‘의 분양수금총액과 비용총액의 정산액이 전항의 도급공사비를 초과하는 경우에 그 초과수입금으로 전항의 도급공사비를 상향조정하여야 한다. ③ 전항의 “갑”의 분양수금총액과 비용총액의 정산액 결과에 의한 “을”의 도급공사비는 1997.10.10. 체결한 변경계약서의 도급공사비를 초과하지 못한다. ④ 2001년 2월까지 상가분양 또는 조합청산이 완료되지 않는 경우에는 2001년 2월까지의 상가를 포함한 “갑”의 제반분양수입금 및 잔여상가의 예측액과 제반 비용현황을 정산한 내역을 근거로 도급공사비를 1차 확정하는 변경계약을 체결하고 2001년 2월 이후 조합청산시에 최종 변경도급계약을 체결할 수 있다. 제2조(용역의 완료 및 상가의 분양) ① “을”은 “갑”과 계약한 건축물의 시공, 입주업무, 분양업무 등은 그 업무의 최종 완료일과 “갑”의 청산일 중 빠른 시기로 한다. ② 잔여상가분양의 분양계획 및 분양업무에 대하여 “을”이 그 업무를 주관하여 수행하며, 상가분양대행사와의 용역계약 및 이행 또한 “을”이 “갑”을 대신하여 주관, 수행한다. 제4조(조합청산 및 정산) “갑”은 사업수행 과정에서 발생하는 제반 분양수입과 집행비용을 정산한 결과, “갑”의 자금운영계획상의 항목별 증감액은 제1조의 내용을 근거로 “을”에게 귀속한다」로 기재되어 있다.

㈔ 청구법인과 재개발조합이 2001년 3월 체결한 1차변경계약서에 의하면,「제1조(도급공사비) ① "을“(청구법인)의 도급공사비는 ”을“ 이 ”갑“에 제출한 잔여 미분양 상가 및 스포츠센타의 2001년 3월 분양예측액을 기준으로 그 손실예상액과 2000.7.24. 합의한 상가손실 관련 조합원 추가부담금 29억원을 차감한 금액으로 잠정 결정한다. ② “갑”과 “을”은 상가분양 및 조합청산을 완료한 후 정산하여 전항의 “을”의 도급공사비를 확정하는 최종 변경도급계약을 체결하여야 하며, 상가분양수입 및 조합청산 결과 “갑”의 분양수금총액과 비용총액의 정산액이 전항의 도급공사비를 초과하는 경우에 그 초과수입금으로 전항의 도급공사비를 상향조정하여야 한다」고 기재되어 있다.

㈕ 법인세법시행령 제69조제1항에서 건설 등의 용역제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 제공을 완료한 날이 속하는 사업연도로 하고, 같은 조 제2항에서 건설 등의 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 목적물의 건설 등을 완료한 정도 즉 작업진행율을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정되어 있다.

㈖ 청구법인이 제시한 공사원가명세서, 외주비원장, 건설공사하도급계약서, 부가가치세매입세금계산서 등의 자료에 의하면, 2000사업연도 공사원가명세서상 외주비는 17,997,923,755원이 계상되어 있고, 사용검사일인 이후인 2000년 8월～2000년 12월까지 계상된 공사원가는 재료비 328백만원, 외주비 3,758백만원, 노무비 204백만원, 경비 1,717백만원 등 총 6,007백만원으로 나타난다.

위 외주비 3,758백만원의 내역에 있어 청구법인이 2000.9.20.(2000.1.28. 및 2000.7.22. 계약의 최종 변경계약임) OOOO주식회사와 체결한 건설공사하도급변경계약서, 세금계산서 및 계산서에 의하면, 공사명은 ‘조경식재 및 시설물공사’, 공사기간이 2000.1.28.～2000.9.25, 도급금액은 2,220백만원이며 이 중에서 동 하도급업체로부터 2000년 8월～2000년 12월까지 기간에 921백만원 상당의 매입세금계산서 또는 계산서(매입세금계산서 : 2000.7.31. 230백만원, 2000.10.10. 55백만원, 계산서 : 2000.7.31. 520백만원, 2000.10.10. 1,160백만원)을 수취하였다.

2000.7.20. 주식회사 OOO와 체결한 건설공사하도급계약서, 매입세금계산서 등에 의하면, 공사명이 ‘수영장인테리어 공사’, 도급금액이 500백만원, 공사기간은 2000.7.20.～2000.7.31.이며 2000.8.10. 및 2000.8.15. 500백만원 상당의 매입세금계산서(2000.8.10. 450백만원, 2000.8.15. 50백만원)를 수취하였다. 또한, 1999.6.10. OOOOOO주식회사와 체결한 건설공사하도급계약서 및 매입세금계산서에 의하면, 공사명이 ‘홈오토메이션제작설치공사’로, 도급금액이 481백만원, 공사기간은 1999.6.10.～2001.1.31.이며, 2000.8.10. 481백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다.

다음으로, 청구법인이 2001사업연도에 계상한 공사비 내역을 살펴보면, 재료비 3백만원, 외주비 491백만원, 노무비 92백만원, 경비 202백만원 등 총 788백만원 상당이며, 그 중 외주비 491백만원의 내역은, 청구법인이 2000.12.29. 주식회사 OOOOOOOO과 체결한 건설공사하도급계약서와 세금계산서 등에 의하면, 공사명이 ‘균열보수공사’, 도급금액이 18백만원, 공사기간은 2000.12.20.～2001.2.25.으로 나타나고, 2001.2.9. 18백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다. 2001.5.3. 주식회사 OOOOOOO과 체결한 도급계약서와 매입세금계산서 등에 의하면, 공사명이 ‘오수정화설치공사’, 도급금액이 11백만원, 공사기간이 2001.5.4.～2001.5.19.이고, 2001.6.3. 11백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다.

2001.4.9. OOOOOO 주식회사와 체결한 도급계약서에 의하면, 공사명이 ‘부녀회사무실공사’, 도급금액은 11백만원, 공사기간은 2001.4.9.～2001.4.25.이며, 2001.5.10. 11백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다. 2001.6.1. OOOOOO 주식회사와 체결한 도급계약서 등에 의하면, 공사명이 ‘주차관제설비공사’, 도급금액이 49백만원, 공사기간은 2001.6.1.～2001.6.25.이며, 2001.7.10. 49백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다. 2001.3.22. 및 2001.5.20. 주식회사 OOOOO와 체결한 도급계약서에 의하면, 공사명이 ‘OOOO전기설치공사’, 도급금액이 210백만원, 공사기간은 2001.3.22.～2001.5.25.이며 2001.4.10.～2001.6.9. 210백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다. 2001.3.24. OOOOOO 주식회사와 체결한 도급계약서 등에 의하면, 공사명은 ‘주상가구조보강공사’, 도급금액이 163백만원, 공사기간이 2001.3.25.～2001.5.25.이며 2001.4.10.～2001.6.9. 163백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다. 2001.3.23. 및 2001.5.20. 주식회사 OOOO와 체결한 도급계약서 등에 의하면, 공사명이 ‘기계설비공사’, 도급금액이 81백만원, 공사기간은 2001.3.24.～2001.5.25.이며 2001.5.10. 및 2001.6.9. 81백만원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다.

㈗ 한편, 등기부등본에 의하면, 재개발조합은 2004.5.20. 청산종결되었고, 청구법인은 2000년 8월 변경계약조건 제1조제1항 내지 제2항의 “도급공사비는 단지내 상가 및 스포츠센타의 분양 할인손실액 및 제반소송 등의 비용예측이 불가함에 따라 조합청산시에 최종 상가분양액과 청구법인의 자금운용결과를 계산하여 도급공사비를 확정하고 상가분양수입 및 조합청산 결과 재개발조합의 분양수입금 총액과 비용총액의 정산액이 제1항의 도급공사비를 초과하는 경우에 그 초과수입금으로 도급공사비를 상향조정하여야 한다”는 규정에 따라 재개발조합으로부터 2003.11.5. 조합청산금 8억원을 미수금으로 계상한 후 2003.11.27.부터 2004.6.30.까지 4차례에 걸쳐 799,015,710원을 수령한 사실이 청구법인의 경리전표 및 당좌예금계좌(OOOOOO OOOOO OOOOOOOOOOO) 등에 의하여 확인된다.

㈘ 위의 사실과 관련 법령을 종합하면, 쟁점재개발사업의 도급비는 약정에 따라 총금액을 표시함이 없이 건축연면적 1평당 가액 2,385천원을 기준으로 하되 재개발조합은 일반아파트 분양분과 상가분양가액으로 도급공사비인 건축비에 충당하였고, 2000년 8월 변경계약조건서에 도급공사비는 단지내 상가 및 스포츠센타의 분양 할인손실액 및 제반소송 등의 비용예측이 불가함에 따라 조합청산시에 최종 상가분양액과 청구법인의 자금운용결과를 계산하여 도급공사비를 확정하고 상가분양수입 및 조합청산 결과 재개발조합의 분양수입금 총액과 비용총액의 정산액이 도급공사비를 초과하는 경우에 그 초과수입금으로 도급공사비를 상향조정하여야 하며, 도급비는 2001년 2월까지 상가분양 및 조합청산이 완료되지 않을 경우 2001년 2월까지 정산내역을 근거로 도급공사비를 1차 확정하는 변경계약을 체결하여 조합 청산시 최종 변경도급계약을 체결한다고 기재되어 있고, 용역의 완료시기는 용역제공완료일과 조합청산일 중 빠른 시기로 하고 잔여상가 분양은 청구법인이 주관하여 수행하도록 약정되어 있다.

또한, 2001년 3월 체결된 1차 변경계약서에 도급공사비는 잔여 미분양 상가 및 스포츠센타의 2001년 3월 분양예측액을 기준으로 그 손실예상액과 2000.7.24. 합의한 상가손실 관련 조합원 추가부담금 29억원을 차감한 금액으로 잠정 결정한다는 취지로 약정되어 있다.

뿐만 아니라, 청구법인은 2000사업연도에 2000년 7월 사용검사를 받은 이후에도 조경공사, 인테리어공사, 홈오토메이션 설치공사, 도장공사 등 6,007백만원 상당의 건설용역을 제공하였고, 2001사업연도에도 잔여공사인 오수정화설치공사, 주차관제설비공사, 기계설비공사 등 788백만원 상당의 공사를 진행한 사실이 공사원가명세서, 외주비원장, 매입세금계산서 등 장부에 의하여 확인된다.

한편, 법인세법 제40조제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 규정하고 있고, 그 범위를 위임받은 법인세법시행령 제69조제1항에서 건설 등의 용역제공으로 인한 귀속연도는 그 제공을 완료한 날이 속하는 사업연도로 규정되어 있으며, 동조 제2항에서는 1년이상 공사의 경우 작업진행율을 기준으로 각 사업연도의 익금과 손금에 산입토록 하고 있는 바, 1년이상 공사의 경우 작업진행율을 적용하여 각사업연도의 익금과 손금을 인식하되 기업회계와 세무회계상의 작업진행율의 차이 등으로 인한 최종 정리분은 동조 제1항의 그 용역제공을 완료한 날이 속하는 사업연도에 이를 귀속시켜야 하는 것으로 해석된다.

살피건대, 청구법인이 쟁점재개발사업의 건설용역을 제공함에 있어 계약상 용역제공완료시기는 당초(1994.12.16.) 2001년 5월이었고 그 후(2000년 8월) 용역제공완료일과 조합청산일 중 빠른 시기로 확정하였으며, 실제 그 잔여공사도 2001사업연도에 완료되었다. 또한, 일반분양분과 상가분양수입금액이 청구법인의 도급금액과 상당부분 연관되어 상가분양손실금의 50%를 청구법인과 재개발조합이 각 부담하였고 2000년 8월 변경계약조건서에서 상가분양 등이 완료되지 않을 경우 2001년 2월까지 정산한 도급공사비를 근거로 변경계약을 하도록 약정되어 있으며, 재개발조합 청산금도 청구법인의 귀속으로 약정하여 이를 청구법인이 받은 사실에 비추어 보면, 쟁점재개발사업의 용역제공의 완료시기를 법인세법시행령 제69조에 따라 도급공사비가 잠정합의된 2001사업연도로 보아 신고하였다는 청구법인의 주장에 설득력이 있다.

따라서, 처분청이 귀속시기를 판단함에 있어 법인세법령의 규정에 의하여 실제 용역 제공이 완료한 시기를 면밀히 살피지 아니하고 건축물 사용검사일을 기준으로 하여 그 이후 거래에 대하여는 단순히 공사도급 당사자간의 미수채권 정리 및 회수사항으로 보아 쟁점수입금액의 귀속시기를 2001사업연도가 아닌 2000사업연도로 하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

(2) 예비적 청구에 관하여

예비적 청구는 주위적 청구가 인용되어 그 심리실익이 없으므로 판단을 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.