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경정
구주택을 멸실하고 그 토지에 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 보유기간(경정)
조세심판원 조세심판 | 조심2010서1610 | 양도 | 2010-11-17
[사건번호]

조심2010서1610 (2010.11.17)

[세목]

양도

[결정유형]

경정

[결정요지]

구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 주택부속토지에 대한 장기보유특별공제의 적용기간은 멸실전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여 적용함

[관련법령]

소득세법 제95조【양도소득금액】

[따른결정]

조심2012중0184 / 조심2012서2649 / 조심2013중0919

[주 문]

OOO세무서장이 2010.2.8. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 38,400,810원의 부과처분은

1. 청구인이 양도한 OOO 55.1㎡와 같은 동 514-34 118.5㎡의 장기보유특별공제율을 45%로 적용하고,

2. 그 지상 건물 242.4㎡의 양도일자는 2008.1.4.로, 장기보유특별공제율은 42%를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 대지 173.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1984.12.31. 취득하고, 1993.10.20. 그 지상에 건물 242.4㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 보유 중 쟁점토지는 2006.9.25. 같은 동 514-21번지 대지 55.1㎡와 같은 동 514-34번지 118.5㎡로 분할되었으며, 2007.12.24. 쟁점부동산에 대하여 OOO과 공공용지 협의매매계약을 체결하고 양도한 후, 쟁점부동산에 대한 장기보유특별공제율을 45%로 적용하여 2008.2.28. 2007년 귀속 양도소득세 139,585,260원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산의 잔금청산일보다 빠른 쟁점토지의 등기접수일인 2007.12.26.을 쟁점부동산의 양도시기로 보아 장기보유특별공제율을 30%로 적용하여 2010.2.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 38,400,810원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.7. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 양도한 쟁점토지의 양도시기는 소득세법 제98조같은 법 시행령 제162조의 규정에 의하여 잔금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 날인 2007.12.26.이 되나, 쟁점건물의 경우에는 잔금청산일인 2008.1.4.로 보아야 함에도 토지의 소유권이전등기일과 같은 날을 양도일로 임의로 결정한 처분은 법적 근거가 없는 위법한 처분이며,

또한 쟁점부동산은 1세대 1주택인 고가주택으로서 쟁점토지 지상에 쟁점건물을 신축하기 전부터 기존에 1세대 1주택을 보유하고 있어 그 기간을 통산할 경우 보유기간이 15년 이상이므로 장기보유특별공제율은 45%를 적용하여야 함에도 신축된 쟁점건물의 보유기간만을 1세대 1주택이 적용되는 기간으로 보고 30%의 장기보유특별공제율을 적용한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 양도시기를 보상금을 수령한 2008년으로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 제98조소득세법 시행령 제162조 제1항 규정에 의하여 대금을 청산한 날, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부등본에 기재된 등기접수일을 양도시기로 보도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지 및 건물에 대한 협의매수계약(2007.12.24.)에 의하여 토지 및 건물의 보상가액이 일괄확정되었고, 건물은 수용으로 인한 소유권이전 절차없이 철거하는 것으로 계약되었으므로 토지의 소유권이전등기 접수일인 2007.12.26.에 건물에 대한 소유권도 이전된것으로 판단되므로 2007년을 양도시기로 한 당초 처분은 정당하다.

토지보유기간에 따른 장기보유특별공제율(최고30%)와 주택부수토지로서의 보유기간에 따른 장기보유특별공제율(14년 30%)중 큰 공제율 30%를 적용하여야 하므로 30% 적용이 정당하며, 또한 멸실주택과 신축주택의 보유기간을 통산하는 규정( 소득세법 시행령 제154조 제8항)은 소득세법 제89조 제1항 제3호의 위임규정이므로 1세대 1주택 비과세 요건을 판단하는 경우에만 적용되는 규정일 뿐 장기보유특별공제액과 관련된 소득세법 제95조 제3항에는 그러한 명문규정이 없어 적용되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점건물의 소유권이 이전되지 아니하였음에도 2008.1.4. 보상금을 수령하기 전인 2007.12.26.에 쟁점토지의 소유권이 이전되었다 하여 2007.12.26.을 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도시기로 보아 과세한 처분의 당부

② 구주택을 멸실하고 그 토지에 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 그 주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 그 보유기간은 멸실전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법률

제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30.다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은양도차익의 100분의 45

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표에 규정된보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로정하는 1세대 1주택이 아닌 자산의 공제율은 100분의 30을 한도로 한다.

보유기간 공제율

3년 이상 4년 미만 100분의 10

4년 이상 5년 미만 100분의 12

5년 이상 6년 미만 100분의 15

6년 이상 7년 미만 100분의 18

7년 이상 8년 미만 100분의 21

8년 이상 9년 미만 100분의 24

9년 이상 10년 미만 100분의 27

10년 이상 11년 미만 100분의 30

11년 이상 12년 미만 100분의 33

12년 이상 13년 미만 100분의 36

13년 이상 14년 미만 100분의 39

14년 이상 15년 미만 100분의 42

15년 이상 100분의 45

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】 ① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

양도가액―6억원

법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ─────────

양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

양도가액―6억원

법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액× ────────

양도가액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 양도소득세 과세경위를 보면, 청구인은 보유하던 쟁점부동산을 2007.12.24. OOO과 공공용지 협의매매계약을 체결하여 양도하고 장기보유특별공제율을 45%로 적용하여 2008.2.28. 2007년 귀속 양도소득세 139,585,260원을 신고납부하였는데, 이에 대하여 처분청은 쟁점부동산의 장기보유특별공제율을 30%로 적용하여 2010.2.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 38,400,810원을 경정·고지하였다.

(2)쟁점부동산의 양도가 소득세법 제89조동법 시행령 제154조에서 규정하는 1세대 1주택 비과세 적용에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없으며, 쟁점토지 등기부등본에 의하면 청구인이 1984.12.31. 취득하여 2007.12.26. OOO에 공공용지 협의취득을 원인으로 소유권이전한 사실이 나타난다.

(3) 쟁점건물 건축물대장에 의하면 쟁점건물은 1993.10.20. 신축하여, 지하1층은 소매점 36㎡, 1층 근린생활시설 67.2㎡, 2층은 주택 36㎡, 3층은 주택 103.2㎡로 기재된 사실이 나타나며, 멸실건축물대장에 의하면 청구인이 쟁점건물을 신축하기 전 쟁점토지 지상에1972.8.11. 신축된주택 62.02㎡가 이미 존재하였으며, 1984.12.31. 청구인 명의로 소유권이전된 후1993.8.4. 멸실된 것으로 나타난다.

(4)2007.12.24. 청구인과 OOO이 체결한 공익사업용지 협의취득 계약서에 의하면 “OOO 신교통수단 건설” 사업과 관련하여 OOO으로부터 사무위임받은 OOO이 청구인으로부터쟁점토지를 매입하고 1,702,495,200원의 보상금을 지급하기로 체결한 사실이 나타난다.

(5) 2007.12.24. 청구인과 OOO이 체결한 지장물 등의 이전 보상계약서에 의하면 “OOO 신교통수단 건설” 사업과 관련하여 OOO으로부터 사무위임받은 OOO이 쟁점건물에 대한 보상금으로 170,258,870원을 지급하기로 체결한 사실이 나타나며, 2007.12.20. 청구인과 OOO이 체결한 영업 보상금 지급계약서에 의하면 청구인이 쟁점부동산 소재지에서 사업을 영위한 OOO에 대한 휴업보상금으로 19,736,660원을 지급하기로 체결한 사실이 나타난다.

(6) 예금주가 청구인인 OOO 계좌(206-003653-**-***) 사본에 의하면 2008.1.4. 청구인 계좌에 OOO으로부터 쟁점부동산의 보상금 1,872,754,070원이 입금된 사실이 나타난다.

(7) 처분청의 과세전적부심사결정서에 의하면, 쟁점토지 지상에서 공공사업을 시행한 OOO에서 “공공사업의 원활한 진행을 위해 지장물(건물, 구축물, 기타)이 협의매매가 이루어지는 경우 행정절차 간소화를 위해 지상물에 대한 소유권을 이전하지 않고 사업지구 내 지장물 전체를 일괄 철거 후 공문으로 OOO에 멸실신고 의뢰”하는 것으로 확인하였고, OOO는 쟁점건물을 2009.2.17. 멸실하고 2009.4.9. OOO에 멸실신고(공문번호:OOO 2009.4.9.시행)를 하였고 OOO은 2009.4.14. 건축물관리대장 정리를 완료한 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 우선 첫 번째 쟁점을 살펴보면, 처분청은 쟁점부동산에 대한 협의매수계약(2007.12.24.)에 의하여 토지 및 건물의 보상가액이 일괄확정되었고, 건물은 수용으로 인한 소유권이전 절차없이 철거하는 것으로 계약되었으므로 토지의 소유권이전등기 접수일인 2007.12.26.에 건물에 대한 소유권도 이전된것으로 판단하였으나,자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득 및 양도시기는 「소득세법 시행령」제162조에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 되는 것이며, 당해 사건과 같이 1세대1주택(고가주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 지급되기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하여 건물에 대한 보상금 수령일과 토지의 소유권이전등기일에 차이가 있어 양도시기에 차이가 있는 경우자산별로 각각양도시기를 판단함이 타당할 것인 바, 쟁점토지의 경우 2008.1.4. 청구인의 보상금 수령일 전인 2007.12.26. 소유권이전 등기가 되었으므로 이 날을 양도시기로 봄이 타당할 것이나, 쟁점건물의 경우에는 청구인의 보상금 수령일인 2008.1.4. 이전에 소유권이전 등기가 되거나 멸실된 바 없으므로 청구인의 보상금 수령일인 2008.1.4.을 쟁점건물의 양도시기로 봄이 타당하다고 판단된다.

(9) 두 번째 쟁점을 살펴보면, 처분청은 청구인이 쟁점건물을 1993.10.20. 신축하여 2007.12.26. 양도하였고 1세대 1주택이며 쟁점건물의 보유기간이 15년 미만이므로 쟁점토지와 쟁점건물의 양도소득금액을 산정함에 있어 2007.12.31. 개정전 「소득세법」제95조에 의하여 장기보유특별공제율을 30%로 적용하여 이 건 과세하였으나, 쟁점부동산이 1세대 1주택과 그 부수토지인 점에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 건축물대장에 의하면 청구인이 쟁점주택을 신축하기 전부터 쟁점토지 지상에 이미 기존에 주택이 존재하다가 멸실된 후 쟁점건물이 신축된 사실이 나타나므로, 이 경우 장기보유특별공제의 적용기간은 1세대 1주택의 부수토지로서 멸실된 주택의 보유기간까지 통산하여 적용하는 것인 바, 쟁점주택의 장기보유특별공제 적용기간을 산정함에 있어 멸실된 구주택의 보유기간을 통산할 경우 1세대 1주택 부수토지의 보유기간이 15년 이상이므로 45%의 장기보유특별공제율을 적용함이 타당하다고 보이며, 쟁점건물의 경우에는, 쟁점건물의 준공일인 1993.10.20.부터 양도시기인 2008.1.4.까지 청구인의 보유기간이 약 14년 3개월이므로, 2007.12.31. 개정된 「소득세법」제95조 제2항에 따라 42%의 장기보유특별공제율을 적용함이 타당하다고 판단된다.

(10) 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 부과처분은 쟁점토지의 장기보유특별공제율을 45%로 적용하고, 쟁점건물의 양도일자는 2008.1.4.로, 장기보유특별공제율은 42%를 적용함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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