1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가.

피고가 2009. 7. 13. 원고에 대하여 한 2000 사업연도...

사건의 경과 및 이 법원의 심판범위 원고와 관계사들의 관계 등 ① 원고는 중소벤처기업에 대한 투자 및 자금대여를 주업으로 하는 회사로서, 조세회피지역인 말레이시아 라부안에 1996. 5. 7. 역외펀드인 아시아 퍼시픽 앨리언스 인베스트먼트(Asia Pacific Alliance Investment Ltd., 이하 ‘APAI’라고 한다)를, 2000. 2. 28. 역외펀드인 이노베스트 인베스트먼트(Innovest Investment Ltd., 이하 ‘IIL’이라고 한다)를 각 설립하였다.

② 원고 및 소외 A, B 등이 공동 출자하여 1999. 6. 21. C 주식회사(이하 ‘C’이라고만 한다)를 설립하였다.

IIL의 실권주 고가인수에 따른 부당행위계산부인 ① IIL은 2000. 3. 20. C의 유상증자에 참여하여 실권주 70,000주를 1주당 158,000원에 인수하였는데, 실권주 70,000주 중 63,333.333주의 주주인 A 등 7인이 원고와 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조, 구 법인세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조가 규정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라고 한다)의 지위에 있다.

② 피고는 2002. 1. 18. IIL이 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하므로 원고가 위와 같은 실권주를 인수한 것으로 보고 위 실권주의 1주당 가액을 43,200원으로 평가한 뒤, 원고가 위 실권주 70,000주를 인수한 것은 위 특수관계자에게 그 인수가액과 위 평가액의 차액 상당인 8,032,500,000원{=(158,000원-43,250원)×70,000주}의 이익을 분여한 것으로서 구 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 나목의 부당행위이므로 부인대상에 해당한다고 보아 그 차액 상당을 익금산입하고 기타사외유출 처분하여 법인세를 증액하였다가, 2002. 5. 2. 위 실권주 70,000주 중 원고와...