합병된 주식회사 에이엔씨의 소송수계인 주식회사 제이앤에이치바이오 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 권형기)

서부산세무서장

2021. 4. 9.

부산지방법원 2020. 6. 12. 선고 2019구합24092 판결

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2018. 6. 1. 원고에 대하여 한 2010년 사업연도 법인세 395,442,720원, 2010년 제1기 부가가치세 177,772,380원, 2010년 제2기 부가가치세 182,445,310원(각 가산세 포함) 부과처분 및 별지1 목록 기재 상여처분에 따른 2010년 귀속 총 1,361,159,608원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 소송수계 전 원고 주식회사 에이엔씨는 건강보조식품 수입 및 도·소매업 등을 목적으로 설립된 법인인데, 2020. 5. 6. 원고 소송수계인에게 흡수합병되어 해산하였다(이하 주식회사 에이엔씨와 원고 소송수계인을 구별하지 아니하고 모두 ‘원고’라고 한다).

나. 부산지방국세청장은 2014. 10. 8.부터 2014. 11. 21.까지 원고에 대하여 2011년부터 2013년까지의 사업연도에 대한 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 제1차 세무조사’라 한다)를 실시하였다.

그후 부산지방국세청장은 2018. 1. 3.부터 2018. 2. 21.까지 원고에 대하여 2014년부터 2016년까지의 사업연도에 대한 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 제2차 세무조사’라 한다)를 실시하던 중 2018. 1. 30. 원고의 2010년부터 2016년까지의 사업연도 법인세에 대한 조사확대를 결정한 뒤 세무조사기간을 연장하여 2018. 3. 23. 이 사건 제2차 세무조사를 종료하였다.

다. 부산지방국세청장은 2018. 5. 28. 원고에게 이 사건 제2차 세무조사에 따른 세무조사 결과를 통지(이하 ‘이 사건 세무조사결과통지’라 한다)하였다.

라. 피고는 2018. 6. 1. 부산지방국세청장의 세무조사결과를 기초로 원고의 2010년부터 2016년까지의 사업연도 법인세 합계 1,009,837,860원, 2010년 제1기분부터 2016년 제1기분까지의 부가가치세 합계 1,147,465,740원을 각 경정·고지하고, 소득금액 합계 4,350,616,410원에 대한 소득금액변동통지(위 각 부과처분 및 소득금액변동통지를 합하여 이하 ‘이 사건 원처분’이라 한다)를 하였다.

마. 원고는 2018. 8. 30. 조세심판원에 이 사건 원처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 7. 15. ‘이 사건 원처분 중 2011 내지 2013 사업연도 법인세 합계 446,653,490원, 2011년 제1기 ~ 2013년 제2기 부가가치세 합계 588,177,630원의 각 부과처분 및 대표자 상여처분에 따른 2011 ~ 2013 사업연도 귀속 합계 2,001,562,830원의 소득금액변동통지를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다’라는 결정을 하였다.

바. 원고는 2019. 10. 8. 제1심법원에 이 사건 원처분 중 위와 같이 취소되고 남은 나머지 처분 즉, 2010 사업연도 법인세 395,442,720원, 2010년 제1기 부가가치세 177,772,380원, 2010년 제2기 부가가치세 182,445,310원(각 가산세 포함)의 각 부과처분 및 별지1 목록 기재 상여처분에 따른 2010년 귀속 총 1,361,159,608원의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 위 각 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 제5 내지 7호증, 제21 내지 23호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 절차적 위법 주장

이 사건 각 처분에는 다음과 같은 절차적 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

① 피고는 부산지방국세청장의 이 사건 세무조사결과통지 이후 이 사건 각 처분에 앞서 원고에게 과세전적부심사 청구의 기회를 제공하지 않았다.

② 이 사건 각 처분은 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 부과제척기간이 경과된 이후 이루어졌다.

③ 피고는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의9 제1항 및 그 위임에 따라 대통령령에서 정한 세무조사범위 확대 사유가 없음에도 조사범위 과세기간을 확대하여 이 사건 제2차 세무조사를 실시함으로써 위 조항에서 정한 세무조사범위 확대 제한 규정을 위반하였다.

④ 피고는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호 에서 정한 예외사유가 없음에도 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사 후 이 사건 각 과세처분을 함으로써 위 조항에서 정한 중복세무조사금지의 원칙을 위반하였다.

나. 실체적 위법 주장

이 사건 소득금액변동통지에는 다음과 같은 위법사유가 있으므로 취소되어야 한다.

① 피고는 소외인에게 구 법인세법 시행령(2018. 7. 16. 대통령령 제29045호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1호 단서에서 따라 귀속불분명을 이유로 대표자 상여 처분을 하였으나, 소외인은 위 규정에서 정한 대표자의 요건을 충족하지 아니하므로 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

② 이 사건 소득금액변동통지가 구 법인세법 시행령 제106조 제1호 본문에 따른 것이라 하더라도, 소외인에게 소득이 실질 귀속되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

나. 과세전적부심사 절차 위반 여부에 대한 판단

1) 구 국세기본법 제81조의15 는 제1항 본문 및 제1호 에서 ‘ 제81조의12 에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ‘세무조사결과통지’라 한다)를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다’라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 에서 ‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제8항 의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제4항 본문은 ‘ 법 제81조의15 제1항 에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제3항 에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(유보)하여야 한다’고 규정하고 있다.

사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항 에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다( 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 , 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 이 사건 각 처분의 경위, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 각 처분은 원고의 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어져 납세자인 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다.

가) 피고는, 원고가 이 사건 세무조사결과통지를 받은 날(2018. 5. 28.)로부터 30일이 지나기 전인 2018. 6. 1. 원고에게 이 사건 원처분을 하였다. 원고는 이 사건 세무조사결과통지에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호 에 따른 과세전적부심사청구를 할 수 있으므로, 피고는 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하였어야 하나, 원고의 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이 사건 원처분을 하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 원고의 납세자로서의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하다.

나) 이에 대하여 피고는 다음과 같은 취지의 주장 즉, 이 사건의 경우 원고에게 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호 에서 정한 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유 즉, 납기 전 징수의 사유가 있거나 또는 수시부과의 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 원처분에 앞서 원고에게 과세전적부심사 청구 기회를 부여하지 않았더라도 적법하다는 취지로 주장한다.

구 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호 에서는 ‘ 국세징수법 제14조 에 규정된 납기 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’에는 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.

그리고 구 국세징수법(2018. 12. 31. 법률 제16098호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제7호 에서는 납기 전 징수의 사유로 ‘국세를 포탈하려는 행위가 있다고 인정될 때’를, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 에서는 ‘내국법인이 그 사업연도 중에 대통령령으로 정하는 사유로 법인세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 경우에는 수시로 그 법인에 대한 법인세를 부과할 수 있다’라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제108조 제1항 제3호 는 수시부과사유의 하나로 ‘기타 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 경우’를 규정하고 있다.

과세제도에서의 적법절차의 원칙이 가지는 중요성과 사전구제절차로서 과세전적부심사의 의의, 적법절차의 예외에 해당하는 구 국세징수법 제14조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제108조 제1항 제3호 에 규정된 납기 전 징수 및 수시부과 사유의 구체적 규정 및 취지(징수불능 사태 방지 등) 등에 비추어 보면, 구 국세징수법 및 구 법인세법 시행령에 규정된 과세전적부심사의 예외사유로서 ‘국세를 포탈하려는 행위가 있다고 인정될 때’ 또는 ‘기타 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 경우’라 함은 ‘해당 납세의무자에게 즉시 조세를 부과하거나 징수절차를 진행하지 아니하는 경우 해당 납세의무자가 특정 재산을 도피, 은닉하는 등의 방법으로 징수를 불가능하게 하거나 조세를 부과하더라도 과세처분의 목적을 달성할 수 없게 되어 절차적 권리를 보장하는 경우 오히려 조세정의에 반하는 결과로 이어질 위험이 증가하는 경우’를 의미한다고 봄이 상당하다.

피고가 이 사건 각 처분에 있어 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유가 있다고 주장하면서 들고 있는 정황사실은 ‘원고가 과세기간인 2010년경 이중장부 작성, 관련 컴퓨터 기록 등 삭제, 신고를 누락한 매출 대금을 은닉하기 위해 소외인 등 개인명의 계좌를 사용하는 등의 방법으로 매출누락행위를 하였다’는 것이다.

그런데 피고가 이 사건 제1, 2차 세무조사를 통하여 원고의 장부, 기록, 관련자들의 계좌 내역 등을 확보한 사정 등에 비추어 보면, 위와 같은 사실만으로는 ‘이 사건 각 처분 당시’에 원고에 대하여 과세전적부심사라는 절차적 권리를 보장할 필요가 없을 정도로 긴급한 과세처분이 필요하여 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유가 있었다고는 보기 어렵고, 달리 원고가 이 사건 각 처분을 앞두고 재산을 은닉하는 등으로 징수 또는 과세처분의 목적 달성을 어렵게 하려는 구체적인 행위를 하였음을 인정할 증거가 없다.

따라서, 이 사건 각 처분 당시 원고에게 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호 에서 정한 과세전적부심사의 예외사유가 있었다는 피고의 위 주장은 이유 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 각 처분은 원고의 납세자로서의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 봄이 타당하므로, 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살필 필요 없이 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하는데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]