조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법

가. 청구인은 1990.5.19. OOO 대지 213.5㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 취득하여 2003.2.16. 위 토지에 다세대주택(10세대이고, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)을 신축하고, 2008.5.16. 홍OOO에게 쟁점신축주택을 13억원에 양도하면서 「조세특례제한법」 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 쟁점신축주택 신축후 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여 OOO원의 양도소득세 감면을 받고 양도소득세OO,OOO,OOO원을신고·납부하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면소득금액을 계산함에 있어서, 청구인이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 규정한 산식[양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) ／ (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가), 이하 “쟁점산식”이라 한다] 중 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 적용함에 있어, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’를 안분 계산하여 환산한 가액(토지와 건물)으로 한 것이 잘못이라고 보아, 1990.5.19. 취득한 ‘종전토지의 기준시가’를 적용하여 감면소득금액을 재계산한 후, 2013.6.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 감면소득을 계산시 분모에 있는 “취득당시의 기준시가”를 토지의 기준시가만을 적용하여 감면소득금액을 산정하였으나, 쟁점신축주택은 개별주택가격이 공시되기 전에 취득한 주택으로서 그 부수토지의 취득시기와 건물의 취득시기가 다른 경우 자산별 취득당시의 기준시가는 「소득세법 시행령」 제164조 제7항의 규정에서 정한 방법으로 계산하도록 해석한 국세청 예규(재산세과-371, 2009.10.5.)에 따라 「소득세법」제99조(기준시가의 산정) 및 같은 법 시행령 제164조 제7항에 의하여 토지와 건물을 안분계산한 가액으로 산정하여야 함에도 이 건 종전토지의 취득당시 기준시가만 적용하고 토지와 건물의 안분계산에 의한 건물의 환산취득가액을 차감하지 않음으로써 분모의 양도소득이 과다하게 계산되어 감면대상 양도소득금액을 낮게 산정하였고,

기준시가에 의한 규정은 「조세특례제한법」에 따로 규정되어 있지 아니하고, 「소득세법」의 규정을 따르고 있으며, 「소득세법」 제100조(양도차익의 산정) 제2항의 규정은 토지와 건물의 가액이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 안분 계산하도록 되어 있어, 분모의 취득당시의 기준시가에 토지만의 기준시가를 적용한 것은 일관성이 없으며, 토지와 건물을 안분계산하여 통산하거나 토지와 건물을 합계금액으로 일괄 계산하거나 결과치가 같아야 하지만, 처분청의 쟁점산식 적용은 동일한 결과가 나오지 않으며,

국세청 예규(법규과-684, 2012.6.18.)의 산식에서 분모의 취득가액에 토지의 공시지가를 차감하도록 하고 있으나, 이에 대한 법적근거가 명확하지 않아 법의 적용 및 해석의 문제로 과세의 형평과 합목적성을 고려하여 판단할 사항으로 분모의 취득당시 기준시가에 토지의 취득당시 기준시가만을 적용한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 감면소득금액을 계산시 쟁점산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 토지의 기준시가만을 인정하여 감면소득금액을 계산한 것은 부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정에 따르면 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전토지 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않으므로 감면 배제함이 타당하고,

또한, 국세청 예규(법규과-684, 2012.6.18.)는 토지를 보유한 재개발조합원이 신축주택 감면적용 대상 주택을 취득한 경우 감면소득계산 시 분모의 취득당시 기준시가에 토지의 취득당시 기준시가를 적용하도록 감면소득 계산방법을 명확히 한 것으로 양도소득세 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이므로 종전토지 취득일부터 신축일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면배제하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점신축주택에 대한 양도소득세 감면소득 계산시 쟁점산식 중분모의 취득당시의 기준시가를 종전토지 취득당시의 기준시가를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령 : 별지 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점산식 중 분모의 취득당시의 기준시가를 적용함에 있어, 「소득세법」 제99조 및 같은 법 시행령 제164조 제7항에 의하여 토지와 건물을 안분 계산한 가액으로 산정하여야 하고, 처분청이 취득당시의 기준시가를 종전토지의 기준시가로 적용하면, 양도소득금액이 토지와 건물의 양도소득금액이므로 분모도 토지와 건물의 기준시가가 되어야 계산식의 합리성을 가질 수 있으며, 취득당시의 기준시가를 토지의 기준시가만 적용하는 것은 불합리하고, 처분청의 의견과 같이 취득당시의 기준시가를 토지의 기준시가만 적용해야 한다면, 양도당시의 기준시가도 토지의 기준시가만 적용하여야 한다고 주장하면서, 질의회신 사례(재산세과-371, 2009.10.5., 법규과-684, 2012.6.18.) 및 청구인의 감면소득 계산산식과 처분청의 감면소득 계산산식의 비교표 등을 제시하였다.

(2) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 또한 동 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액을 계산함에 있어 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 감면소득에 해당하지 아니하며, 감면세액은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 방법에 의하도록 되어 있고, 쟁점산식을 적용함에 있어 청구인이 주장하는 기준시가를 안분하여 건물분을 분모에 포함시킬 수 있는 별도의 예외 규정이 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012서5106, 2013.2.22., 조심2013서497, 2013.4.11., 조심 2012서4305, 2013.8.5. 참조).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

<별지> 관련법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) ／ (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 소득세법

제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1항제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. <개정 2000.12.29>

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법시행령

제164조【토지·건물의 기준시가 산정】⑦「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 국토해양부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다.

국토해양부장관이 당해 주택에 대하여 최초로 공시한 주택가격 × 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액 ／ 당해 주택에 대하여 국토해양부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액(취득당시의 가액과 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 가액이 동일한 경우에는 제8항의 규정을 준용한다)

제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

2. 청산금을 지급받은 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제 1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) ／ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

③제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

기존건물과 그 부수토지의 평가액 ×(취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 ／ 관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 1호의 규정에 의한 기준시가)

참조조문

-부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률