서면-2015-법인-2061(2016.04.18)

법인

지방자치단체로부터 위탁받은 노인전문병원의 의료사업은 법인세법 시행령 제2조제1항의 수익사업에 해당하여 법인세 신고의무가 있음

법인세법시행령제2조

1. 사실관계

○비영리법인인 ‘의료법인 ○○재단(이하 “의료재단”이라 함)’은2005년2월부터 ‘○○노인전문 제○병원’(이하 “노인전문병원”이라 함)을○○광역시로부터 위탁받아 운영하고 있음

-의료재단은 2005.2.○○광역시와 “○○노인전문 제○병원 사무의 위·수탁협약서”를 체결하고 노인전문병원의 시설물관리·사용권리와 병원 운영을수탁받음

-노인전문병원은 「○○광역시 노인전문병원 설치 및 운영 조례」(이하 “조례”라함)에따라 설립되었으며

-노인전문병원의 자산(토지, 건물, 장비 등)에 대한 소유권은○○광역시에있으며 의료재단은 해당 자산의 개·보수 등 유지관리에 대한 책임을 지고이에 소요되는 경비를 부담

-사무 위·수탁협약서 제7조에 따르면 의료재단은 노인전문병원 운영에따른일체의 경비를 부담하고, 노인전문병원을 독립채산제로 운영 및 별도로 경리하며 진료비 등 수입은 병원시설, 시설물 유지관리 등에 재투자하여야 함

2. 질의내용

○지자체와 위수탁 협약을 체결하여 수탁운영하는○○노인전문 제○병원의의료사업이 법인세법 시행령 제2조제1항의 수익사업에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

①법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

②연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2013.1.>

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 따른 국내원천소득(이하“국내원천소득”이라 한다)으로 한다. 다만 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득만 해당된다.

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

①「법인세법」 (이하 “법”이라 한다) 제3조제3항제1호에서 “대통령령으로정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다.다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1.축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업

2.사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고연구및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에본점 또는주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는선급검사용역

3.교육서비스업중 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」 및「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따른 외국교육기관(정관등에 따라잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)과 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을경영하는 사업

4.보건 및 사회복지사업 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

가.～다. (생략)

라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은제외한다)

마.～하. (생략)

5.～15. (생략)

②～③ (생략)

4. 관련사례

○ 법규법인2014-107, 2014.3.31.

비영리내국법인이 지방자치단체와 위 수탁협약을 체결하여 수탁운영하는노인전문병원의 의료사업은 「법인세법 시행령」제2조(수익사업의 범위)제1항의수익사업에 해당하는 것임

○기획재정부 법인세제과-188, 2009.03.05.→ 우리청 의견조회에 대한 회신

→ [사전답변회신]법규법인2008-78, 2009.03.10.

[회신]

노인복지법 제35조 제2항 단서 및 같은 법 시행규칙 제21조에 따라설립된“○○군립 노인전문병원”의 의료사업은 법인세법 시행령 제2조제1항의 수익사업에 해당하는 것임

[질의]

「노인복지법」에 따라 설립된“○○군립 노인전문병원”의 의료사업이 수익사업에 해당되는지 여부

‘의료법인 ○○의료재단(이하 “의료재단”이라 함)’은 현재 △△병원을 운영하고 있은 의료법인임

○○군은 2007년에 ‘○○군립 노인전문병원(이하 “노인전문병원”이라 함)을설립하기 위하여 의료재단이 기부한 자금으로 병원을 신축하고 장비를 구입함

따라서, 노인전문병원의 자산(토지, 건물, 장비)에 대한 소유권은 ○○군에 있음

의료재단은 2008년 4월에 ○○군으로부터 “○○군립 노인전문병원 설치및운영조례” 및 “○○군립 노인전문병원 운영 위·수탁 계약서”에 따라노인전문병원의 시설물 관리·사용 권리와 병원운영을 수탁 받음

운영 위·수탁계약서 제4조에 따르면의료재단은 노인전문병원을 독립체산제로운영하되운영비가 부족할 경우에는 경비를 부담하여야 하고,진료비등 수입은병원운영, 시설물 유지관리 등에 재투자하여야 함

노인전문병원은 2008.05.02. ○○남도지사로부터 “노인전문병원설치허가증”을교부받았으나 등기되지 아니하였으며, 2008.05.07. 관할세무서장으로부터 재단이사장 개인 명의로 고유번호를 부여받음

○ 서면인터넷방문상담2팀-181, 2004.02.09.

귀 질의의 경우, 의료법인이 토지를 포함한 병원시설 등을 지방자치단체에기부한 후 일정기간동안 사용수익하기로 하는 경우 당해 자산의장부가액은 법인세법시행령 제24조 제1항 제2호 사목에 규정된사용수익기부자산에해당하는 것으로 사용수익기간에 따라 균등하게안분한 금액을 손금에 산입하는 것입니다.

○ 법규과-631, 2009.12.16. (과세기준자문)

귀 과세기준자문신청의 경우 기존 해석사례(법규법인2008-78, 2009.3.10.)를참조하시기 바라며, 이 해석은 해당 해석이 있기 전에 종료하는 사업연도에있어서도 이를 적용하는 것입니다.

※ 법규법인2008-78, 2009.3.10.

「노인복지법」 제35조제2항 단서 및 같은 법 시행규칙 제21조에 따라설립된“◇◇군립 노인전문병원”의 의료사업은 「법인세법 시행령」 제2조제1항의 수익사업에 해당하는 것임

○ 법규과-416, 2007.01.24. (과세기준자문)

귀 과세자문의 경우, 의료업을 영위하는 재단법인이 지방자치단체의 시·도립병원 설치 조례에 의하여 건립되는 병원의 수탁운영권을 득하기 위하여동 병원 건축대금의 일부를 금전으로 지방자치단체에기부하고당해 병원의실질적인 운영자(의료기관 개설 포함)가 되어 병원을운영하는 경우,동 기부금은 재단 수익사업회계(수탁병원)의영업권으로 보는 것입니다.

다만, 수탁운영을 위해 지방자치단체에 병원 건축물을 기부채납하고 사용하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제24조 제1항 제2호 사목의 사용수익기부자산에 해당하는 것입니다.

○ 조심2012중3649, 2013.10.14.

위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면,기획재정부와 국세청에서는의료법인이 노인전문병원을 수탁경영하는 경우에도동 사업은 수익사업에해당한다고 해석해 왔고(기획재정부 법인세제과-188, 2009.3.5.,국세청서면2팀-181, 2004.2.9.),동 해석사례를 반영하여 2010.12.30. 「법인세법 시행령」 제2조를 개정하여 이를 명확화 한 점, 우리 원 선결정례(국심 2007부3223, 2009.8.27. 합동회의)를 감안하여 위 개정규정을 창설적 규정으로보더라도 위탁병원의 수탁운영에 대한 협약체결일은 2011.8.16. 이고, 위탁병원 설치허가일은 2011.8.31.이며, 진료개시일은 2011.9.5.로 모두 개정법령의 시행일 이후이므로개정법령의 적용대상에 해당한다고 볼 수 있는점 등으로 볼 때, 처분청에서 쟁점금액을 사용수익기부자산으로 보고사용수익기간으로안분하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고판단된다.

○ 법인세과-335, 2010.04.08.

비영리내국법인이 지방자치단체와 체육시설 관리 및 운영(이하 “위탁사업”이라 함)에 대한 위·수탁 계약을 체결하여동 위탁사업에서발생하는 모든손익이 지방자치단체에 귀속되고해당 비영리내국법인은그 위탁사업 대행에대한 대가로 별도의 성과금을 지급받는 경우지방자치단체에 귀속되는위탁사업 수입금액에 대하여는 「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것이나, 위탁사업 대행에따른 대가로 지방자치단체로부터지급받는 성과금은 같은 법 제3조제3항에따라 해당 비영리내국법인의 법인세과세대상 수익사업 소득에 해당하는 것임