서면인터넷방문상담2팀-168 (2008. 1. 28)

법인

법인이 특수관계자에게 금전을 시가보다 낮은 이율로 제공하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 경감한 것으로 인정되는 경우 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 것이나 이는 「법인세법 시행령」 제88조 제3항에 의해 시가와 거래가액의 차액이 3억원이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용하는 것임

질의 1)의 경우, 「법인세법 시행령」 제87조에 의해 ○○광역시는 ○○도시개발공사에 특수관계자에 해당되는 것이며,질의 2)의 경우 법인이 특수관계자에게 금전을 시가보다 낮은 이율로 제공하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 경감한 것으로 인정되는 경우 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 것이나 이는 「법인세법 시행령」 제88조 제3항에 의해 시가와 거래가액의 차액이 3억원이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용하는 것입니다.질의 3)의 경우 법인이 보유한 채권은 「법인세법」 제34조 제3항 각호의 1에 해당하는 채권을 제외하고는 같은 법 시행령 제62조 제1항 각 호 어느 하나에 해당하는 경우에 대손금으로 손금산입 할 수 있는 것이나, 채권의 포기가 부당행위에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다.

법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

1. 질의내용 요약

○사실관계

○○도시개발공사(이하 ‘질의공사’임)는 지방공기업법 제49조에 의해 ○○시가 자본금 전액을 출자하여 설립된 지방공기업이며 ○○시장이 질의공사 사장의 임면권을 행사하고 있음. 질의공사는 ○○시와 ‘○○택지지구변 순환도로부지 보상비 지급관련 협약’을 체결하여 질의공사가 편입토지 등에 대한 취득 및 보상관련 민원을 처리하여 편입에 따른 보상비를 질의공사가 먼저 지급후 ○○시로부터 추후 관련 보상비 및 위탁보상수수료를 받기로 약정함.

○질의요지

1) 법인세법 시행령 제87조에 의한 ○○시가 질의공사의 특수관계자 여부

2) 지방자치단체가 질의공사의 특수관계자에 해당될 경우 질의공사가 ‘○○택지지구변 4차순환도로부지 보상비 지급관련 협약서’에 의해 보상비를 선 지급하고 사업종료후 6개월부터 지급받는 보상비 관련 이자수익이 연 4.2%와 국세청 인정이자율 9% 차이를 익금가산 세무조정 여부

3) 지방자치단체의 예산부족으로 질의공사가 대행 지급한 보상비를 회수하지 못하는 경우 당해 보상비(장기대여금)의 대손 해당여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 (부칙)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】 (부칙)

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 (2005. 2. 19. 개정)

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 (2002. 12. 30. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 (부칙)

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 (1998. 12. 31. 개정)

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 (1998. 12. 31. 개정)

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우 (1998. 12. 31. 개정)

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우 (1998. 12. 31. 개정)

5. 출연금을 대신 부담한 경우 (1998. 12. 31. 개정)

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. (1998. 12. 31. 개정)

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 (1998. 12. 31. 개정)

7의 2. 재정경제부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우 (2007. 2. 28. 신설) (중략)

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. (2007. 2. 28. 신설)(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】(중략)

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에 불구하고 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 계산한 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 재정경제부령으로 정하는 경우에는 재정경제부령으로 정하는 당좌대출이자율을 시가로 한다. (2007. 2. 28. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 제34조 【대손충당금 등의 손금산입】 (부칙)

① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정은 다음 각호의 1에 해당하는 채권에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 채무보증(대통령령이 정하는 채무보증을 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권 (1998. 12. 28. 개정)

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것 (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제61조 【대손충당금의 손금산입】 (부칙)

① 법 제34조 제1항에 규정하는 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권은 다음 각호의 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 외상매출금 : 상품ㆍ제품의 판매가액의 미수액과 가공료ㆍ용역 등의 제공에 의한 사업수입금액의 미수액 (1998. 12. 31. 개정)

2. 대여금 : 금전소비대차계약 등에 의하여 타인에게 대여한 금액 (1998. 12. 31. 개정)

3. 기타 이에 준하는 채권 : 어음상의 채권ㆍ미수금 기타 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권(제88조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 시가초과액에 상당하는 채권을 제외한다) (1998. 12. 31. 개정) (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제62조 【대손금의 범위】 (부칙)

① 법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 「상법」에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금 (2005. 2. 19. 개정)

2. 「어음법」에 의한 소멸시효가 완성된 어음 (2005. 2. 19. 개정)

3. 「수표법」에 의한 소멸시효가 완성된 수표 (2005. 2. 19. 개정)

4. 「민법」에 의한 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금 (2005. 2. 19. 개정)

5. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 의한 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권 (2006. 3. 29. 개정 ; 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 시행령 부칙)

6. 「민사집행법」 제102조의 규정에 의하여 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권 (2005. 2. 19. 개정)

7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 인하여 발생한 채권으로서 외국환거래에 관한 법령에 의하여 한국은행총재 또는 외국환은행의 장으로부터 채권회수의무를 면제받은 것 (2006. 2. 9. 개정)

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권 (1998. 12. 31. 개정)

9. 부도발생일부터 6월 이상 경과한 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한한다). 다만, 당해 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다. (1998. 12. 31. 개정)

10. 「국세징수법」 제86조 제1항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장으로부터 국세 결손처분을 받은 채무자에 대한 채권(저당권이 설정되어 있는 채권을 제외한다) (2005. 2. 19. 개정)

11. 회수기일을 6월 이상 경과한 채권 중 회수비용이 당해 채권가액을 초과하여 회수실익이 없다고 인정되는 10만원 이하(채무자별 채권가액의 합계액을 기준으로 한다)의 채권 (2001. 12. 31. 개정)

12. 제61조 제2항 각호외의 부분 단서의 규정에 의한 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다)의 채권(제61조 제2항 제21호의 규정에 의한 여신전문금융회사 중 신기술사업금융업자의 경우에는 신기술사업자에 대한 것에 한한다) 중 다음 각목의 1에 해당하는 채권 (2000. 12. 29. 개정)

가. 금융감독원장이 재정경제부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융기관이 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받은 것 (2000. 12. 29. 개정)

나. 금융감독원장이 가목의 기준에 해당한다고 인정하여 대손처리를 요구한 채권으로서 금융기관이 대손금으로 계상한 것 (2000. 12. 29. 개정)

13. (삭제, 2000. 12. 29.)

14. 제61조 제2항 제24호의 규정에 의한 법인의 창업자에 대한 채권으로서 중소기업청장이 재정경제부장관과 협의하여 정한 기준에 해당한다고 인정한 것 (1998. 12. 31. 개정)

15. 채무자와 법 제52조에 따른 특수관계에 있는지 여부를 불문하고 채권의 일부를 조기 회수하기 위하여 해당 채권의 일부를 불가피하게 포기한 경우 그 포기한 채권. 다만,채권의 포기가 법 제52조에 따른 부당행위에 해당하는 경우를 제외한다.(2007. 2. 28. 신설)(이하생략)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1151, 2007.06.13

【질의】

(사실관계)

- ○○광역시도시개발공사(이하 “당사”)는 ○○광역시가 전액 출자하여 설립한 지방공기업으로서 ○○국제도시 내 문화단지에 문화에술시설을 건설하여 ○○광역시에 기부채납하고자 함. 이에 필요한 재원은 ○○국제도시내 국제업무단지에서 공동주택을 건설, 분양하여 발생하는 재발이익으로 조달할 예정이며, 사업개요는 아래와 같음.

1) 아트센터 등 문화시설 건설 후 기부채납(A시설)

ㆍ○○광역시 소유 토지 위에 당사가 자체공사비(약 2천억원 예상)을 투입하여 건축하고 완공 후 ○○광역시에 기부채납 형식으로 소유권 이전 예정으로, 건축비는 당사가 선집행하고 공동주택분양이익(C사업)으로 공사비만큼 회수(C사업의 토지를 당사가 ○○광역시로부터 조성원가에 매입함으로써 분양이익 확대발생)할 예정이며, C사업 공동주택원가에 산입하거나, 법정기부금으로 처리할 예정.

2) 호텔/업무시설 건설 및 운영(B시설)

ㆍ○○광역시 소유 토지를 당사가 조성원가에 취득하고 그 위에 호텔 및 업무시설 건설하고, A시설의 운영비를 지원하기 위하여 B시설 완공 후 일정부분을 ○○광역시에 위탁운영(운영수익은 ○○광역시에 귀속됨)하게 하거나, 당사가 A시설 운영비 일부를 매년 현금으로 지원하며, 당사는 ○○광역시에 부여하는 일정부분 운영수익 또는 운영비 지원비용을 법정기부금으로 처리할 예정.

3) 공동주택건설 및 분양(C사업)

ㆍ○○광역시 소유 토지를 당사가 조성원가에 취득하고 그 위에 공동주택을 건설, 분양하여 토지를 원가에 취득함으로써 발생하는 분양수익으로 아트센터 등 문화시설(A시설) 건설비에 충당하고, 공동주택건설원가(C사업)에 A시설 건설비 상당액을 산입하거나, 법정기부금으로 처리할 예정.

(질문1) 주택분양원로 처리하는 경우 또는 법정기부금으로 처리하는 경우 당사의 소득금액 계산상 손금에 산입 가능한지 또는 법인세법상 부당행위계산의 부인규정을 적용받는지 여부

(질문2) A시설 운영비 지원금 등이 당사의 법정기부금에 해당하는지 또는 부당행위계산의 부인규정을 적용받는지 여부

【회신】

귀 질의와 같이 「지방공기업법」에 의하여 설립된 지방공사가 당해 공사의 자본금 전액을 출자한 지방자치단체에게 신축건물을 건설원가에 양도하는 경우 및 당해 신축건물의 운영비를 지출하는 경우, 부당행위계산의 부인 적용여부에 관해서는 우리청 기존 해석사례(서면2팀-1024, 2007.5.28. ; 서면2팀-2431, 2006.11.27.)를 참고하기 바람.

○ 서면2팀-1024, 2007.05.28

【질의】

(사실관계 및 쟁점사항)

- ○○공사는 “지방공기업법” 제49조에 따라 “○○○○시○○○○○(○○)공사설립및운영에관한조례”에 의하여 ○○○○시가 100％출자하여 설립된 지방공기업임.

- 공사는 2003년부터 ○○구 ○○동에 임대용 오피스 건물을 신축하여 준공시 벤처산업 및 연구센터 등을 유치, 임대하여 운영할 계획이었으나, ○○○○시에 이를 매각하는 것으로 계획을 변경하였고 매각대금은 건설원가로 하기로 함.

- 법인세법 시행령 제87조 제3항에서 “지배주주 등”이라 함은 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주와 출자자(국가 및 지방자치단체를 제외)로서 그와 특수관계에 있는 자”로 규정됨.

(질의1) 법인세법 시행령 제87조[특수관계자의 범위]에 지방자치단체가 포함되는지.

(질의2) 지방자치단체가 특수관계에 해당하는 경우 상기의 거래가 법인세법 시행령 제87조 내지 제88조의 부당행위계산의 부인에 해당하는지.

(질의3) 법인세법 시행령 제89조의 어떠한 시가를 적용하여야 하는지.

【회신】

「지방공기업법」 제49조의 규정에 의해 ○○시의 전액 출자로 설립된 ○○○○○공사기 임대사업에 공하기 위해 ○○시가 조성 중인 산업단지 내에 건물을 신축하였으나,

○○시의 요구에 따라 동 건물을 당해 지방자치단체에 건설원가로 양도하는 경우로서, 공사의 조세부담을 부당히 감소시킨 때에는 「법인세법」 제52조의 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것임.

○ 서면2팀-2431, 2006.11.27

【질의】

ｏ 사실관계

- 당해 공사는 지방자치단체인 제주도에서 출연 받은 지방공사로 출연자인 지방자치단체에 기부금을 지급시 법인세법 제24조 제2항 제2호의 법정기부금에 해당하는지 여부를 문의한 것임.

ｏ 질의요지(쟁점)

［질의］

제주도지방개발공사가 질의공사에 전액 출연한 지방자치단체에 기부금으로 지급하는 경우 부당행위계산의 부인규정이 적용 여부

〈갑설〉 법정기부금에 해당됨.

법인세법 제24조 제2항 제1호에 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액은 법정기부금으로 규정하고 있으며 법인세법 시행령 제35조 제1호에 지정기부금의 범위를 ‘법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자’에게 범위를 규정하고 있으나 법정기부금에 대해서는 이에 대한 법규정이 없음. 아울러, 법인세법 시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계자중 주주의 범위에 대해서는 국가등을 제외하도록 예규(법인46012-2468, 2000.12.27.)에서 해석하고 있음. 또한 법인이 특수관계자인 학교법인에 교육비등으로 지출한 출연금은 이를 특수관계 유무에 관계없이 기부금으로 보도록 예규(재법인46012-149, 1993.9.7.)에서 해석하고 있음.

〈을설〉 부당행위계산 부인규정이 적용됨.

지방공사에 출연한 지방자치단체에 기부형식으로 지급하는 이유는 이익에 대한 배당의 경우 세후 소득에 대한 지급이지만 기부금은 세전소득에 대한 지급이므로 법인세액 만큼의 지급액을 증액하여 지급할 수 있음. 이는 법인세법 제52조의 부당행위계산의 부인규정의 당해 법인의 특수관계자와의 거래로 인해 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 것에 해당함. 이는 법인세법 기본통칙 52-88…2에서 지분비율만큼 기부금으로 지급하는 경우 이를 부당행위계산의 부인대상으로 규정하고 있는 것과 맥락을 같이 함.

【회신】

지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사가 당해 공사의 자본금 전액을 출자한 지방자치단체에게 지급하는 금액이 사실상 출자자에 대한 배당으로 인정되는 경우, 동 금액은 법인의 각 사업연도 소득금액계산상 손금에 산입되지 아니하는 것으로,

귀 질의의 경우가 이에 해당하는지 여부는 지급명목에 불구하고 지방공기업법 등 관계법률 및 법인 정관 등의 내용과 동 금액의 지급 목적ㆍ사유 등을 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항임.

○서면2팀-1860, 2005.11.21

【질의】

(사실관계)

◇ 당사는 지자체가 100％ 출자한 지방공사로서 ××단지 사업시행자로써 사업을 진행중 단지에 진입도로의 건설에 있어서 정부 및 시로부터 재정지원을 받을 수 있게 되어 재정지원을 신청하였으나 당사가 직접 국고보조금을 받을 경우에는 법인세 부담이 크게 되므로,

◇ 진입도로 건설공사만 시가 사업시행자로 하고 당사는 대행자로 하는 사업방식을 채택하고저 함.

* 지방공기업법 시행령 제63조 제1항 및 제2항

공사가 국가 또는 지자체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다. 또한 국가 등은 사업의 대행에 따른 대행수수료를 공사에게 지급한다.

(질의내용)

◇ 상기 내용과 같이

시와 당사가 대행사업계약을 체결하고 당사가 진입도로 건설을 시행할 경우 지방공기업법 시행령 제63조에 의하여 대행수수료를 수령하는데 만일 당해 수수료 없이 계약을 체결하여도,

또한 “정부의 지시에 의하여 통상판매가격보다 낮은 가격으로 판매한 때”의 유형으로 보아 부당행위계산 부인규정의 배제가 가능한지 여부

【회신】

귀 질의의 경우지방공사가 특수관계자인 지방자치단체와 대행사업계약을 체결하고 건설공사를 시행하면서 지방공기업법 시행령 제63조에 규정된 대행수수료를 수령하지 않는 조건으로 계약을 체결한 경우로써, 이는 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되므로 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것임.

○법인46012-2351, 1998.08.20

【질의】

지방공기업법에 의하여 지방자치단체가 그 자본금의 전액을 출자하여 설립한 지방공사가 위탁계약에 의하여 당해 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어서,

당해 사업과 관련하여 같은법 제53조의 규정에 의하여 지방자치단체가 부담하여야 할 비용을 지방자치단체로부터 수령하기 전에 지방공사가 먼저 집행함으로써 발생하는 미수금과 동 비용을 집행하기에 앞서 먼저 수령함으로써 발생하는 예수금에 대하여 이자를 수수하지 아니하거나 적정이자율에 비하여 낮은 이자율에 의한 이자를 수수한 경우

당해 지방공사가 수령하지 아니하거나 낮은 이자율로 수령한 미수금에 대한 이자상당액에 대하여 법인세법 제20조의 부당행위계산의 부인규정을 적용하는지 여부

【회신】

지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사가 당해 공사의 자본금 전액을 출자한 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어서 그 사업과 관련하여 당해 지방자치단체와의 사이에 발생하는 미수금과 예수금에 대하여 별도의 이자를 수수하지 아니하거나 낮은 이율에 의한 이자를 수수한 경우에도 그 거래가 지방공기업법 등 관계법률과 당해 사업과 관련하여 체결한 위탁계약에 의하여 적법하게 이루어진 것인 경우에는 법인세법 제20조의 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 아니하는 것임.