주문
1. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 46,013,203원 및 농어촌특별세 1,979...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 B를 공동선조로 하는 성인 남녀를 종중원으로 하여 구성된 종중으로서 B에 대하여 시제를 지내며 B 및 자손의 분묘를 관리하고 있다.
나. 원고는 종중원들에게 명의신탁하여 보유하고 있던 별지
1. 목록 ‘지번’란 기재 각 토지 등이 한국토지주택공사가 시행하는 C 택지개발사업에 편입되자, 한국토지주택공사와의 협의를 통해 위 각 토지 등을 양도하여 위 목록 ‘양도일(등기경료일)’ 기재 일자에 한국토지주택공사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
다. 원고는 별지
1. 목록 ‘신고일’ 기재 일자에 피고에게 위 각 토지에 관한 양도소득에 대하여 양도소득세 과세표준예정신고를 하고 위 목록 ‘납부세액’란 기재 금액을 납부하였다. 라.
한편, 원고는 2010. 3. 31. 피고로부터 구 국세기본법(2010. 1. 25. 법률 제9968호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라고 한다) 제13조 제2항 규정에 따라 구 국세기본법 및 세법(소득세법, 법인세법 등)이 적용되는 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았다.
마. 피고는 별지
1. 목록 순번 2, 3, 4의 각 토지 양도와 관련하여 원고가 양도소득세를 신고함에 있어 위 목록 순번 2의 평택시 D 전 173㎡ 중 42㎡, 위 목록 순번 3의 D 전 346㎡의 중 84㎡, 위 목록 순번 4의 E 답 1,294㎡(이하 ‘이 사건 각 계쟁 토지’라고 한다)의 각 양도에 관하여 구 조세특례제한법(2011. 4. 14. 법률 제10596호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고 한다) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 법률 제22037호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항에 따른 ‘농지 소재지 거주자의 8년 이상 직접 경작 토지’에 관한 세액감면 감면율 100분의 100, 이하 ‘자경 감면’이라고...