조심2009중4075 (2010.04.15)

양도

취소

행정청이 행정조직법에 의하여 부여된 일반적인 권한에 근거하여 그 행정작용의 일환으로 건축허가 등 토지이용에 관한 각종 인·허가를 일체하여 주지 않는 경우 토지의 사용이 금지 또는 제한된 경우에 포함됨

소득세법 제96조【양도가액】 / 소득세법시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간 기준】

OOO세무서장이2009.8.10. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 159,083,730원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가.청구인은 2000.12.19. OOO OOO OOO OOOOOO OO OOOO 등 4필지 3,669㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.12.4. OOOOOOOOOOOOOOO(OO OOOOOOOOOOO OO)에 양도하고 「소득세법」제104조의3 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 의거 토지의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당되는 사업용토지로 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 2006년 귀속 양도소득세 20,303,480원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 토지의 취득 후 법령의 규정에 의거 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당되지 않는 비사업용 토지에 해당된다고 보아 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 2009.8.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 159,083,730원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO OOO OOOOOOOO OOOOOOO OOOOO OOOO OO OOO OOOOO OOO 소유의 시유지 교환을 승인하였고, 2004.10.2. OOOO이 도서관을 신축하면서 청구인에게 쟁점토지의 사용승락을 요청하여 협조한 바 있으며, OOOO이 2005.9.21. 쟁점토지는 이미 OOO OO의 교환승인을 득한 토지로 개인에게 매각을 할 수 없는 토지라고 청구인에게 회신한 사실 등에 비추어 보아 쟁점토지를 OOO 소유의 시유지와 교환이 승인된 2003.12.4.부터 양도일인 2006.12.4.까지 3년여 동안 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호에 의거 사용이 금지 또는 제한된 기간으로 인정하여 양도일 직전 보유기간 5년 중 3년 이상 사업용으로 사용한 것으로 보아 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점토지를 취득한 이후 OOOOOOO과 매매계약을 체결하기 전까지 건축물 신축허가 신청 등의 행위가 없었으며 단지 쟁점토지를 취득하여 보유하다가 양도계약을 체결한 것으로 본래의 용도로 사용하고자 하는 의도가 없었던 점에 비추어 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호에 의거 토지의 취득 후 법령의 규정에 의거 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당되지 아니하여 사업용 토지로 인정하기 어려우므로 쟁점토지의 양도차익을 실거래가액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호에 의거 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보아 사업용 토지로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】①제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

②제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

8. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우

제104조의3【비사업용 토지의 범위】①제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간 기준】법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】①법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

다. 사실관계 및 판단

(1)이 건 과세경위를 보면,청구인은 2000.12.19. 쟁점토지를 취득하여 2006.12.4. OOOOOOO에 양도하고 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호에 의거사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당되어 사업용 토지로 보아 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 2006년 귀속 양도소득세 20,303,480원을 신고·납부하였으나,처분청은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당된다고 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2009.8.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 159,083,730원을 경정·고지하였다.

(2)쟁점토지의 등기부등본 및 매매계약서(2006년) 등에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2000.12.19. 취득하여 2006.12.4. OOOOOOO에 양도하였다가 2009.3.17. OOOOOOOO OOO의 교환으로 소유권이 변동된 것으로 나타나며, 청구인은 재건축조합으로부터 쟁점토지의 양도대금으로계약금 2억 5,000만원(2003.5.12.), 1차중도금 1억원(2003.5.14.), 2차중도금 3,000만원(2004.11.19), 3차중도금 1억 5,000만원(2005.3.7.), 4차중도금 1억 3,200만원(2005.12.21.), 잔금 18억 799만 2,705원(2006.11월) 등 총 24억 6,999만 2,705원을 지급받는 것으로 매매계약이 체결된 것으로 나타난다.

(3) OOOOOOOO OOO OOO OOO OOOOO 일대에 재건축사업을 추진하기 위하여 아래 <표>와 같이 OOO OOO OOO OOOOO 외 13필지 5,480㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)와 OOO OOOOOO에서 주차장으로 점유하여 사용하던 쟁점토지 등 사유지 동 소 449-2번지 외 14 5,307㎡의 교환이 가능하도록 OOO에 협조공문(2002.1.10.)을 발송한 사실이 나타난다.

(4) OOOOO가 2003.12.3. 제3차 내무위원회를 개최하여 OOO OOOOOO 주차장으로 사용하던 쟁점토지 등의 “교환처분” 토지와 재건축대상 부지로 이용할 OOO 소유의 “교환취득” 토지를 교환하는안건이 상정되어 원안대로 가결된 것으로 나타난다.

(5)OOOO이 청구인에게 한 토지교환 조속이행 촉구회신(2005.9.21.) 내용에 의하면, 청구인이소유한 쟁점토지는 교환부지 승인일(2003.12.4.) 전에 OOOOOOO과 청구인이 매매계약(2003.5.12.)을 체결하였으나, OOOOOOO의 사정으로 장기간 잔금을 지급받지 못한 상태에서 청구인이 OOO에 쟁점토지를 매수할 것을 촉구하며 2005.9.15.까지 잔금을 지급하지 않을 시 청구인은 부득이 제3자에게 쟁점토지를 매각할 것을 통보하였는 바, 쟁점토지는 OOO OOO OOO OO OOOOOOO과 교환승인을 득한 토지로 제3자에 매각을 할 수 없는 상태임을 회신한 것으로 나타난다.

(6)OOOOO OOOOOOO에 통보한 사업시행인가(2005.7.27.) 내용에 의하면, 2005년 7월부터 2008년 7월중에 OOO OOO OOO OOOOO 외 148필지에 지하 2층 지상20층의 아파트 694세대를 신축하는 것으로 나타난다.

(7) 청구인이 제시한 토지사용승낙서(2004.10.2.)에 의하면 OOOO에게 쟁점토지를 사용하도록 한 사실이 나타난다.

(8) 청구인이 OOOOOO OOOOO OO OOO OO의 교환부지 승인일(2003.12.4.) 이후 OOOOOOO에 소유권이전일(2006.12.4.) 까지 쟁점토지를 제3자에게 매각이 가능한지에 대한 질의(2010.1.11.)에 대하여 OOOOO OOO(OOOOOOOOO) O OO OO OOOOO OOO OOO OO OOOOOOO과 교환하기로 승인받은 토지이므로 개인에게 매각할 수 없는 토지이며, 쟁점토지에 대한 OOO OOO OOOO OOO(OOOOOOOOOO) OO OOO의 교환에 의한 취득일(2009.3.17.)까지 쟁점토지에 건축물 신축허가가 가능한지 여부에 대한 질의(2010.1.11.)에 대하여, OOOO은 쟁점토지는 용도지역이 일반상업지역으로서 건축물을 건축하고자할 경우「건축법」등 관련법상의 제한사항은 없으나, OOO OO에서 공공시설용지로 OOOOOOO과 부지교환 승인을 받았으므로 OOOOOO OOO(OOOOOOOOOO) OO OOO의 교환에 의한 취득일(2009.3.17.)까지 건축심의나 협의 및 행정지도에 의하여 일반 건축물의 신규허가는 사실상 불가능하다는 사실을 통보한 것으로 나타난다.

(9) 종합하건대, OOO OOO OOOOOOOO OOOOOOO OOOOO OOOO OO OOO OOOOO OOO OOO OOO OOO OOOOO, OOOOOOOOOO OOOO이 도서관을 신축하면서 청구인에게 쟁점토지의 사용승락을 요청하여 협조한 바 있으며, OOOO이 2005.9.21. 쟁점토지는 이미 OOO OO의 교환승인을 득한 토지로 개인에게 매각을 할 수 없는 토지라고 청구인에게 회신한 사실 등에 비추어 보아 쟁점토지를 OOO 소유의 시유지와 교환이 승인된 2003.12.4.부터 양도일인 2006.12.4.까지 3년여 동안 OOOOO의 교환부지 의결에 따라 쟁점토지의 소유권 행사가 사실상 제한되어 양도일 직전 보유기간 5년 중 3년 이상 사업용으로 사용한 것으로 보이는 바, 법령의 규정에 의한 사용의 금지 또는 제한이란 행정청이 「행정조직법」에 의하여 부여된 일반적인 권한에 근거하여 그 행정작용의 일환으로 건축허가 등 토지이용에 관한 각종 인·허가를 일체하여 주지 않기 때문에 토지의 사용이 금지 또는 제한된 경우도 포함되는 것이므로(OO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO) 쟁점토지의 양도에 대하여「소득세법시행령」제168조의 14 제 1항 제1호의 규정에 의거비사업용토지에서 제외되는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 쟁점토지를 비사업용토지에 해당한다고 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOOOOOOOOO OOOO OO OOOOO OO OO