주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 서울지방국세청장은 2010. 10. 26.부터 2011. 3. 31.까지 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과, 실사주인 원고가 B의 자금 290억 원을 C 유한책임회사(이하 ‘C’이라 한다)의 지분을 취득하는 방법으로 사외유출한 것으로 보고 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조, 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호에 따라 원고에 대한 상여로 소득처분하고, 2011. 5. 6. B에 소득금액변동통지를 하였다.
서초세무서장은 B가 원고로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 않자 2012. 1. 19. B에게 근로소득세 10,104,475,500원을 결정고지하였고, 2012. 3. 23. 피고에게 원고에 대한 인정상여 소득자료를 통보하였다.
나. 서울지방국세청장은 2011. 2. 14.부터 2011. 6. 3. 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과 실사주인 원고가 D의 자금 200억 원을 주식회사 E(이하 ‘E’라 한다)에 대한 대여금 명목으로 사외유출한 것으로 보고 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 원고에 대한 상여로 소득처분하고, 2011. 8. 1. D에게 소득금액변동통지를 하였으며, 피고에게 원고에 대한 인정상여 소득자료를 통보하였다.
다. 피고는 위 소득자료들에 기하여 2012. 12. 7. 원고에게 종합소득세 본세 16,304,709,723원, 부당무신고가산세 8,726,431,630원을 합하여 2009년 귀속 종합소득세 25,030,641,350원(공제세액 500,000원 공제)을 경정고지하였다. 라.
원고는 이에 불복하여 2013. 2. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 8. 29. 이 사건 처분 중 신고누락한 49,092,931,500원에...