1. 피고가 2012. 8. 13. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 가산세 2,983,796,889원에 대한...

1. 인정사실

가. 원고와 한국철도시설공단 간 고속철도선로 사용계약 등의 체결 1) 원고는 철도여객 및 화물운송사업 등을 목적으로 한국철도공사법에 의거하여 2004. 12. 31. 설립된 법인이다. 원고는 2008. 1. 28. 한국철도시설공단(이하 ‘시설공단’이라 한다

)과 철도산업발전기본법 제38조에 근거하여 시설공단으로부터 고속철도 시설의 유지보수 업무를 수탁받는 내용의 ‘고속철도시설의 유지보수 및 위ㆍ수탁계약’(이하 ‘이 사건 철도유지보수 계약’이라 한다

)을 체결하였고, 2008. 5. 9.에는 철도산업발전기본법 제31조에 근거하여 고속철도 시설 중 시설공단이 관리하는 선로 등의 시설 사용에 관한 ‘고속철도 선로 등 사용계약’(이하 ‘이 사건 철도사용계약’이라 한다

)을 체결하였다. 2) 이 사건 철도사용계약의 주요 내용은 다음과 같다.

제8조(선로 등 사용료) ① “을”(원고를 의미함, 이하 같다)은 “갑”(시설공단을 의미함, 이하 같다)이 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 지급하여야 한다.

② 제1항에 의한 선료등 사용료는 정부의 중립적 전문기관 용역결과에 따른 선로등 사용기준 방침이 확정되면 이를 2008년부터 적용한다.

다만, 2008년도에 위 기준의 적용이 불가할 경우 “갑”이 등록한 철도시설관리권 구간 영업수입의 31%로 하고, 2008년도 말까지 122,500,000,000원(부가가 치세 포함)을 우선 지급한다.

③ 제2항 단서에 의한 선로등 사용료는 2009년 1월말까지 정산하여 지급하되, 차후 용역결과에 따른 정부의 선로등 사용기준 방침이 확정되면 이를 적용하여 재정산 조치한다.

제9조(선로등 사용료 지급) ① “을”은 선로등 사용료를 매분기별로 “갑”이 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한...