1. 피고가 원고에 대하여 한 별지(1) 처분 목록 기재 각 과세처분을 취소한다.

2. 소송비용은...

1. 처분의 경위

가. 원고는 금융업 등을 경영하는 내국법인인데, 2003. 9. 30. 원고가 74%의 지분을 보유하고 있던 국민신용카드 주식회사(이하 ‘국민카드’라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하였다.

국민카드는 금융감독위원회의 여신전문금융업감독규정에 따라 자신이 보유한 채권에 대하여 그 자산건전성에 따라 일정한 비율의 대손충당금을 설정하여야 하는데, 국민카드가 이 사건 합병 당시 보유한 채권(이하 ‘이 사건 채권’이라 한다)에 대하여 위 규정에 따라 적립하여야 하는 대손충당금은 1,266,405,343,264원이었다.

또한 위 대손충당금 액수 중 423,599,396,074원은 자산건전성 분류 기준상 추정손실 등급의 채권(이하 ‘이 사건 추정손실채권’이라 하고, 이 사건 채권 중 이 사건 추정손실채권을 제외한 나머지 채권을 ‘이 사건 일반채권’이라 한다)에 관한 것인데, 국민카드는 이 사건 합병일까지 위 423,599,396,074원 중 상당부분에 관하여 금융감독원장으로부터 대손금 처리 승인을 받은 상태였다.

그런데 국민카드는 이 사건 합병에 따른 의제사업연도(2003. 1. 1.부터 2003. 9. 30.까지)에 대한 결산을 함에 있어 이 사건 채권에 관한 대손충당금 또는 대손금을 모두 회계장부에 계상하지 않았고, 그와 같은 상태에서 이 사건 합병이 이루어졌으며, 원고는 이 사건 채권을 장부가액대로 승계하였다.

한편, 이 사건 합병대가는 관련법령에 따라 2003. 5. 29. 및 그로부터 1주일, 1개월 전의 주가를 기준으로 하여 산정되었다.

나. 원고는 이 사건 합병 후 2003 사업연도에 대한 결산을 함에 있어 이 사건 채권 중 이 사건 합병 후 매각되거나 회수된 채권 등 대손충당금 설정 대상이 아닌 채권을 제외한 나머지 채권에 관하여...