1. 이 사건 소 중 41,651,031원을 초과하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3...

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 12. 17. 서울 송파구 B 대지 및 주택(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 취득하였다가 멸실하고 다세대주택 7세대(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)를 신축한 후 2002. 3. 26. 사용승인을 받았다.

나. 원고는 2007. 7. 10. 이 사건 신축주택을 양도하고 2007. 8. 31. 양도소득금액 373,860,089원에 대하여 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3을 적용하면 산출세액의 100%가 감면된다고 주장하며 121,989,632원을 감면신청하였고, 농어촌특별세 24,397,920원을 납부하였다.

다. 피고는 종전주택을 보유하다

이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 구 조세특례제한법 제99조의3이 적용되지 아니한다고 보고 감면 대상 소득금액 계산에서도 ‘양도소득금액×(이 사건 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-이 사건 신축주택 취득 당시 기준시가)/(이 사건 신축주택 양도 당시 기준시가-이 사건 종전주택 취득 당시 기준시가)’를 적용한 뒤 121,989,632원 중 59,806,978원의 감면을 부인하여 2012. 6. 15. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 80,806,400원(납부불성실 가산세 포함)을 결정고지하였다

(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 당초 처분에 불복하여 2012. 7. 12. 이의신청을 거쳐 2012. 11. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2013. 1. 30. 기각되었다.

마. 피고는 이후 이 사건 당초 처분 중 75,010,409원을 초과하는 부분을 감액하는 경정결정을 하였고, 이 사건 소송 진행 중 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득도 감면해야 한다고 보고 양도소득세...