1. 피고가 2017. 2. 13. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 14,002,638,468원의 경정청구...

1. 처분의 경위

가. 원고는 TFT-LCD(초박막 액정표시장치) 및 OLED(유기발광다이오드) 등의 기술을 활용한 Display(TV, 모니터, 노트북 등) 관련 제품을 생산하여 판매하는 사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 파주시에 연구소(B)를 건립하고, 석ㆍ박사 출신의 연구원들을 채용하여 위 연구소의 연구전담 직원으로 근무하도록 하고 있는데, 2011 사업연도 법인세 신고 당시 위 석ㆍ박사 출신 연구원들에게 지급한 급여를 포함한 연구ㆍ인력개발비 지출액에 대하여 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조에 따라 67,013,184,658원(그 중 석ㆍ박사 인건비 지출액 85,443,341,138원에 상응하는 14,002,638,468원을 ‘이 사건 쟁점세액’이라 한다)의 세액공제를 신청하였으나, 2011 사업연도에 결손이 발생함에 따라 2014 사업연도까지 2011 사업연도에 발생한 위 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 공제받지 못하였다.

다. 한편, 구 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호는 석ㆍ박사의 인건비 지출액에 상응하는 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상 세액공제에서 제외하고 있었으나, 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조세특례제한법’이라 한다) 제132조 제1항 제3호는 중소기업이 아닌 법인의 석ㆍ박사 인건비에 상당하는 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상으로 규정하였다. 라.

원고는 2015 사업연도 법인세 신고를 함에 있어 이 사건 쟁점세액을 포함하여 2011 사업연도에 공제받지 못하였던 2011 사업연도 발생 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 개정 조세특례제한법 제144조 제1항에 따라 이월공제하여 법인세를 신고하였는데, 당시 원고는...