국심2006부1275 (2007.01.10)

법인

기각

과학기술부장관에게 기업내의 연구개발 전담부서로 신고한 사실이 확인되지 아니하는 청구법인의 연구전담요원에 대한 인건비를 연구 · 인력개발준비금사용액으로 보지 아니하고 과세한 이 건 처분은 정당함.

조세특례제한법 제9조【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】

조심2008전3399

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOOOO OO OOO OOOOO에서도료, 봉함제, 접착제, 보호용 왁스 및 금속전처리 화공약품 제조업을 영위하는 업체로서, 1999, 2000 및 2001사업연도에 35억원, 20억원, 6억원 총 61억원의 연구 및 인력개발준비금을 각각 설정하고, 2000사업연도 내지 2004사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제9조 제5항 규정에 의한 연구 및인력개발비준비금조정명세서를 제출하고1999, 2000 및 2001사업연도에 설정한 총61억원의 연구 및 인력개발준비금을 조세특례제한법시행령 <별표5>에 열거하는기술개발비 등으로 법정기한내 전액 사용한 것으로 하여 세무조정 신고하였다.

나. OO지방국세청장은 청구법인에 대한 업무감사에서 청구법인이 손금산입한 1999사업연도에 35억원, 2000사업연도에 20억원, 2001사업연도에 6억원의 연구 및 인력개발준비금 중1999사업연도 설정분은 598,181,500원, 2000사업연도 설정분은 190,796,330원, 2001사업연도 설정분은 197,228,290원을조세특례제한법시행령 <별표5>에 열거된기술개발비 등으로 사용한 것으로 보고 나머지 금액 5,113,793,880원(1999사업연도 설정분은2,901,818,500원, 2000사업연도 설정분은 1,809,203,670원, 2001사업연도 설정분은 402,771,710원)은청구법인이 기술개발촉진법에 의한 연구전담요원 등의 변경신고를 하지 않아 법정준비금사용금액을 정확히 파악할 수 없다는 등의 이유로 이를미사용액으로 하여 이를 과세자료로 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 과세자료에 의거 미사용액5,113,793,880원을 조세특례제한법 제9조 제2항 제2호 규정에 의하여 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도에 각각 익금산입하여2006.1.12. 청구법인에게2002사업연도 법인세 266,909,120원, 2003사업연도 법인세 619,491,810원 및 동 농어촌특별세 38,330,310원, 2004사업연도 법인세 -94,229,040원 및 동 농어촌특별세 -34,845,740원을 경정 고지 및 환급결정하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2006.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 및 동법시행령 제8조 제3항에서는 연구 및 인력개발준비금을 설정한 법인이재료 제품 기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 기술개발비 기술정보비 등의 비용으로서 <별표 5>의 비용을 사용한 준비금을 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입하도록 규정하고 있고, <별표 5>에서는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 를 그 비용의 일부로 규정하고 있다.

같은 법 시행규칙 제6조 제2항에서는 시행령 <별표 5>의 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에서 연구개발전담부서라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서를 말하는 것으로 규정하고 있어 인정 내지 신고 를 그 요건으로 하고 있을 뿐, 연구전담요원의 인건비의 경우 변동된 인원에 대하여 신고할 것을 요건으로 명시하고 있지 않다.

따라서 연구전담요원 및 그 인건비의 신고유무에 관계없이 실질적으로 연구업무를 수행하는 자를 의미하는 것으로 해석하는 것이 문리해석에도 충실한 것이며, 동시에 준비금을 통한 과세이연의 목적 및 실질과세의 원칙에 부합할 것이다.

최근 국세청(OOOOOOOO, OOOOOOOOO) 및 재정경제부(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에서도 조세특례제한법 제10조의 연구 및인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는자 를 대상으로 하는 것으로 같은 법시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발관련업무에 종사한 직원을 포함한 것으로 해석하고 있으며, 대법원(OOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에서는 한걸음 더 나아가 연구개발전담부서에 대해서도 기업내의 연구개발전담부서로 인정되기 위하여는 구 기술개발촉진법시행규칙 제3조의 3 제1항 또는 기술개발촉진법 제5조 제1항에 규정된 요건을 갖추면 되고, 구 기술개발촉진법시행규칙 제3조의 3 제2항 또는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제2항에 규정된 신고까지 마쳐야 하는 것은 아니라 할 것임 이라고 판시하고 있다.

청구법인의 경우 기업부설연구소 소속의 연구부서는 「○○연구팀」, 사업본부 소속의 연구부서는 「○○기술팀」으로 명칭이 부여되어 있으며 이러한 연구부서는 연구개발업무만을 전담하며, 자연계분야 학사이상의 학위를 가진 연구전담요원이 수십명 확보되어 있으므로 기술개발촉진법 제8조(기업내의 연구개발전담부서에 대한 지원)의 요건을 모두 충족하고 있음을 청구법인의조직도 및 조직·업무분장 규정, 연구개발보고서 등을 통해 알 수 있다.

상기 대법원의 견해에 따라 국세청(OO OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에서도 내국법인이 조세특례제한법 제9조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 연구 및 인력개발비 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 계상한 때에는 일정금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액 계산시 이를 손금에 산입하는 것으로서 이 경우 같은 법 시행규칙 제6조 제1항의 연구개발전담부서 유무와는 관계없이 적용되는 것임 이라고 해석한 바 있다.

따라서 연구 및 인력개발준비금을 통한 과세이연규정의 입법취지, 엄격한 문리해석, 실질과세의 원칙 및 대법원·국세청 등의 유권해석에 비추어 볼 때 기술개발촉진법에 의한 연구전담요원 등으로 미신고된 연구인원의 인건비라 하다라도 실질적인 연구업무에 종사하고 있다면 조세특례제한법시행령 <별표5>의 사용기준에 부합하는 것으로 보아야 할 것이다.

또한, 청구법인은 연구소를 설립 후 운영하면서 그 신고사항(설립시 신고 및 변경시 신고)을 기술개발촉진법에 의하여 적기에 신고하지 않거나 정확하게 신고하지 아니하여, 신고된 연구소 현황과 실제 운용하고 있는 부분이 다소 차이가 있으나, 실제 청구법인이 운용 중인 연구업무를 전담하는 부서는 매년 일정 수준이상의 연구성과물(연구개발부서별 연구성과물 목록 별첨)을 산출하고 있으며, 이 성과물은 청구법인의 제품경쟁력에 큰 영향을 미치고 있다.

청구법인은 그 동안 관리소홀로 기술개발촉진법상 미신고된 연구전담요원이 존재함을 인식하고 2005년 12월에 실제와 동일하게 변경신고하여 2006년 1월에 기술진흥협회로부터 연구소 직원 112명(연구전담요원 91명, 연구보조원 21명)에 대해 신고내용대로 승인을 받았다.

이러한 사실은 과거에 연구·인력개발준비금 사용액으로 세무조정신고하였으나 기술개발촉진법에 의한 연구전담요원으로 신고하지 않은 인원의 인건비가 허위가 아니라 단순한 관리의 소홀로 인해 신고되지 않고 있었을 뿐이며 이들 인원들도 과거부터 연구개발활동에 종사하고 있었음을 반증하고 있다.

청구법인의 조직도를 보면 기술연구소, 사업1본부소속 기술연구소, 사업2본부소속 기술연구소로 나뉘어져 있으며, 이는 사업1본부는 자동차용 도료를 생산 판매하며, 사업2본부는 공업용 도료를 생산 판매하므로 해당부서에서 연구하는 제품을 생산 판매하는 사업본부와 연구부서를 그룹핑한 것일 뿐, 사업본부소속 기술연구소도 부설기술연구소와 동일하게 연구소장의 지휘하에 연구개발활동만을 전적으로 수행하고 있다. 부서의 위치도 사업본부소속 기술연구소도 부설기술연구소와 같이 자리잡고 있어 사업본부내의 다른 부서(생산 또는 영업조직)와는 격리되어 있다.

청구법인이 증빙으로 제출한 연구개발 전담부서별 연구보고서를 보면 사업1본부소속의 자동차기술팀의 연구보고서가 부설기술연구소소속의 수지연구팀 등과 동일하게 활발한 연구보고서를 생산하고 있음을 알 수 있다.

청구법인이 2004.12.2.에 기술진흥협회에 신고한 연구원 16명을 회사의 조직도와 비교해 보면 신고된 연구원 16명의 소속이 부설기술연구소와 사업본부소속 기술연구소에 골고루 분포되어 있어 이는 사업본부소속 기술연구소도 기술연구소와 동일한 기능을 수행하며 기술연구소장의 지휘감독하에 있음을 보여주고 있는 증거이다.

또한, 청구법인과 유사한 업체의 회사규모, 연구인원 및 연구요원 인건비는 다음 표와 같으며, 표에서도 알 수 있듯이 도료업계의 특성상 연구인원이 상당히 필요하며, 청구법인의 연구개발관련비용이 동종업체와 유사한 것으로 판단할 수 있다.

OOOOO OO O OOOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO) OOOOO O OOOOO, OOOOOOOOOOO OO

청구법인은 상기의 사실관계에서 밝힌 바와 같이 처분청으로부터 과세예고통지를 받은 후 과세전 적부심 청구를 한 바가 있으나, 처분청은 이에 대해서 실제조사를 해 보지도 않고 청구법인이 연구개발비계정으로 회계처리하지 않고 제조원가 노무비계정으로 회계처리한 사실과 기술개발촉진법에 의한 연구전담요원 등의 변경신고를 미비하게 하였다 하여 불채택 결정을 한 것은 국세기본법 제14조 실질과세원칙에 어긋난다고 판단된다.

실제 연구전담요원의 인건비 등은 연구개발비계정으로 회계처리하여야 하나, 회사의 회계시스템 미흡 및 담당자의 업무처리 미숙으로 인해 연구소 설립 이전의 회계처리 방식대로 인건비를 처리한 계정분류상의 단순오류일 뿐이며, 외부회계감사대상법인이라 하더라도 연구개발활동에 사용된 비용을 연구개발비로 분류하는 것은 계정재분류의 문제일 뿐이지 손익에 영향을 미치는 것이 아니므로 회사가 적극적으로 계정을 재분류하여 연구개발비로 분류하지 않는 이상 외부감사인이 그것을 중요성의 관점에서 지적하지 않을 수 있는 것이며, 회사의 회계처리에 따라 과세관계가 결정되는 것이 아니라 경제적 실질에 따라 결정되어야 하며, 회사가 연구개발비로 분류하지 않았다고 하여 연구개발활동에 소요된 비용이 아니라고 주장하는 것은 타당하지 않다.

청구법인은 1997사업연도에 연구·인력개발준비금 3,144백만원을 설정하고 이 중 793백만원을 2000사업연도 세무조정신고시 미사용에 따라 일시환입하고 이자상당가산액을 자진납부한 적이 있으나, 그러한 사실이 있다고 하여 이를 다른 사업연도에 까지 적용하는 것은 국세기본법 제16조의 근거과세원칙 에 위배되는 추측과세이며, 오히려 청구법인이 과거 연구·인력개발준비금 미사용액에 대하여 자진 신고납부한 사실은 청구법인이 지금까지 법인세 신고납부를 신의성실하게 이행하였다는 증거이다.

따라서 청구법인은 연구개발전담요원으로 신고되지 않은 인원도 실질적으로 연구개발활동에 종사하고 있으므로 동 인원에 대한 인건비를 준비금 미사용액으로 보아 2002, 2003, 2004사업연도에 부과한 이 건 처분은 위법·부당하므로 이를 취소하여야 한다.

나.처분청 의견

청구법인은 1991.11.13. OOOOOOO으로부터 기업부설연구소 및 전담부서의 설치와 운영 및 관리업무를 위임받은 OOOOOO로부터 OOOOO OO OOO OOOOO번지에 OOOOOOOOO 설립인가를 받았으며, 연구·인력개발비 지출액이 연구·인력개발비준비금 설정액을 초과하여 미사용금액은 없다고 주장하며 연구개발부서 연구보고서 및 급여 지급내역명세서 등을 제출하면서 기술진흥협회에 연구전담요원 및 연구실적을 신고한 연구전담요원의 인건비 등은 연구 및 인력개발비 세액공제로 신고하였으며, OOOOOO에 연구전담요원 및 연구실적을 신고하지 아니한 연구전담요원의 인건비 등은 세무조정시 연구 및 인력개발준비금 사용분으로 처리하였다고 주장하고 있으나, 기술개발촉진법에 의한 연구소·전담부서 변경신고시 연구전담요원 및 연구실적 등을 신고하지 않아제출한 연구보고서상의 연구원들이 연구전담부서에서 연구개발업무에 종사하였다고 보기 어려우며, 외부회계감사를 받는 청구법인이 연구용역관련 인건비를 연구개발비계정으로 회계처리하여야 함에도 제조원가 노무비계정으로 처리한 사실을 미루어 보아 연구·인력개발준비금은 생산용역종사자의 인건비에 해당하는 것으로 보여진다.

또한, 2000사업연도에 1997사업연도의 연구·인력개발준비금 설정분 3,144백만원 중 미사용분이 있어 미사용에 따른 이자상당액을 추가납부한 사례가 있는 것으로 보아 제조원가상의 노무비를 사후에 과세문제가 발생되자 미신고된 연구전담요원의 인건비를 연구·인력개발준비금에 대한 사용액이라고 주장하는 것으로 판단되어 이를 받아 들일 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법 제9조 제5항 규정에 의한 연구·인력개발준비금조정명세서를 제출하였음에도 기술개발촉진법에 의한연구소·전담부서 변경신고시연구전담요원 등으로 신고하지 않은 인원의 인건비를 조세특례제한법시행령 <별표5>에 열거된연구·인력개발준비금 사용액으로 보지 않고 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

조세특례제한법 제9조 【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 대통령령이 정하는 자본재산업(이하 “자본재산업”이라 한다) 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5

2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2.손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다.

⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 연구 및 인력개발준비금에 관한 명세서를 제출하여야 한다.

조세특례제한법시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위등】

③ 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 비용" 이라 함은 재료 제품 기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비 기술정보비 등의 비용으로서 <별표 5>의 비용을 말한다.

④ 법 제9조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 연구 및 인력개발준비금명세서(연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 과세연도의 경우에는 연구 및 인력개발준비금사용명세서를 말한다)를 제출하여야 한다

<별표5>

조세특례제한법시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 <별표 5>의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서 라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 전담부서 라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 <별표 5>의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

기술개발촉진법 제7조 【특정연구개발사업의 추진 등】

①과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다)

기술개발촉진법시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

①법 제7조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상

※ 청구법인은 중소기업기본법상으로는 중소기업에 해당됨

기술개발촉진법시행규칙 제8조【기업내의 연구개발전담부서에 대한 지원】

①과학기술부장관은 제7조의 규정에 의한 기업부설연구소외에 다음 각호의 요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 전담부서 라 한다)에 대하여 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다.

1. 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있을 것

2. 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것

3. 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능계의 기사 이상의 기술자격을 가진자( 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에 관한 학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상으 학력이 있다고 인정되거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능계의 산업기사의 기술자격을 가진 자로서 해당연구분야에 2년 이상 근무한 자) 1인 이상이 연구전담요원으로 늘 확보되어 있을 것.(단서생략)

※ 과학기술부 고시 제2005-29호(2005.10.20. 과학기술부장관고시)

『기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령』

제2조【정의】이 신고요령에서 사용되는 용어의 정의는 다음과 같다.

② 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 직원 (이하 연구소 직원 이라 한다)이라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 연구전담요원

연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구하며 연구업무이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.

제8조【변경신고】연구소·전담부서 또는 영리연구법인을 신고한 자가 그 신고사항 중 변경사항이 있는 경우에는 변경된 날로부터 14일 이내에 별지 제6호 서식에 의한 변경신고서에 별지 제7호의 구비서류를 첩부하여 협회장에게 이를 신고하여야 한다.

제14조【보고】연구소·전담부서 또는 영리연구법인을 신고한 자는 당해 연구소·전담부서 또는 영리연구법인에서 수행하는 연구개발활동에 대하여 별지 제8호 서식에 의한 과학기술연구개발활동조사표를 매년 4월말까지 협회장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 제조업을영위하고 있는 법인으로 조세특례제한법 제9조에 의한 연구·인력개발준비금을 설정할 수 있는 법인으로 1991.11.13. 기술개발촉진법에 의하여 기업부설연구소 설립인가를 받는 한편, 사업1본부 소속 기술연구소 및 사업2본부 소속 기술연구소를 설치하고 다음 <표>와 같이 1999사업연도에 35억원, 2000사업연도에 20억원, 2001사업연도에 6억원, 총 61억원의 연구·인력개발준비금을 설정(손금산입)한 후 3년 이내 위 사업본부 소속 기술연구소 직원의 인건비 등으로 전액 사용한 것으로 하여 회계처리하였다.

(2)처분청은 청구법인이 기술개발촉진법에 의한 연구소·연구전담부서 변경신고시 연구전담요원 등으로 신고하지 않아 조세특례제한법시행령 <별표5>에 해당하는 인건비인지 여부를 정확히 알 수 없고, 연구용역관련 인건비를 연구개발비계정으로 회계처리하지 않고 제조원가 노무비계정으로 회계처리한 사실과 2000사업연도에 1997사업연도의 연구·인력개발준비금 설정분 3,144백만원 중 일부 미사용분이 있어 미사용에 따른 이자상당액을 추가납부한 사례를 들어 다음 <표>와 같이 준비금설정 61억원 중 연구시험용 설비취득액 986,206천원을 제외한 5,113,794천원을 준비금 미사용액으로 보고 환입액을 재계산하는 한편, 이자상당액을 추징하였다.

(3) 청구법인은 기업부설연구소의 연구전담요원 등의 변경이 있는 경우 변경신고하여야 하나 기술개발촉진법 제7조 및 동법시행령 제15조 제1항 제1호에서 규정하는 최소한의 인원만 신고하고 신고된 연구전담요원 등의 인건비는 조세특례제한법 제10조 규정에 의한 연구·인력개발비세액공제를 적용받았으며, 연구전담요원 등으로 신고되지 않은 연구전담요원 등의 인건비는 연구·인력개발준비금 사용분으로 세무조정신고하였다고 주장하면서 연도별·부서별 연구요원 인건비 집계표, 연구전담요원 등의 연도별·직원별 인건비명세, OOOOOO의 기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과 통보 공문서사본(2006.1.12.시행) 및 기업부설연구소 인정서, 연구개발부서별 연구성과물 목록, 회사조직도 및 조직·업무분장규정, 연구소·전담부서 변경신고서 등을제출하고 있는 바, 이들 자료에 의하면청구법인은 1991.11.13. OOOOOOOOOO로부터 기술개발촉진법시행령 제18조 및 동법시행규칙 제7조 규정에 의하여 기업부설연구소 설립인가를 받은 사실이 있고, 청구법인의 회사조직도 및 조직·업무분장규정을 보면기업부설연구소내에 OO연구팀과 OOOOO연구팀이,사업1본부내에 자동차 기술 1, 2팀, 자동차 전착기술팀, 실란트기술팀이,사업2본부내에 APA기술팀, 보수&CE기술팀, COEX기술팀, 전착기술팀, 일반공업기술팀이 있고,기업부설연구소는 자동차나 일반공업용에 공통적으로 적용되는 기술에 대한 연구개발하며 각 사업본부에 소속된 기술팀의 연구개발업무를 총괄지휘하고, 사업1본부는 주로 자동차관련도료의 판매 및 연구를 담당하며, 사업2본부는 자동차를 제외한 일반 공업용도료의 판매 및 연구를 담당하는 것으로 되어 있다.

(4)청구법인은 사업1본부 및 사업2본부 소속의 연구전담요원 등도 기업부설연구소 소속이나 변경신고만 하지 않은 것이라고 주장하고 있으나, 청구법인의 직제상 기업부설연구소와 분리되어 있는 독립된 조직으로서 기술개발촉진법시행규칙 제8조 규정에 따른 과학기술부장관에게 신고되지 않은 연구전담부서로 보인다.

(5) 조세특례제한법 제9조 제1항 및 제2항 제1호 규정에 의하면, 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 일정율(자본재산업 및 기술집약적 산업은 5%, 다른 사업은 3%)을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용에 지출한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제8조 제3항의 규정에 의하면, 법 제9조 제2항 제1호에서 대통령령이 정하는 비용 이라 함은 재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비·기술정보비 등의 비용으로서 〈별표 5〉의 비용을 말한다고 규정하고 있다.

(6) 한편, 조세특례제한법시행령 <별표 5>의 1. 가목에서 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서에서 자체기술개발을 위하여 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비 등을 열거하고 있고, 조세특례제한법시행규칙 제6조 제1항의 규정에 의하면, 영 <별표 5>의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 　 재정경제부령이 정하는 전담부서 　라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 전담부서를 말한다고 규정하고 있으며, 기술개발촉진법시행규칙 제8조 제1항의 규정에 의하면, 전담부서의 요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 전담부서에 대하여는 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다고 규정하고 있다.

(7) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 조세특례제한법시행규칙 제63조 제1항에서 연구 및 인력개발준비금의 사용대상인 기업의 연구개발 전담부서에 대하여 OOOOOOO(OOOO OOOOOOOOOOO)에게 신고한 전담부서로 한정하고 있으므로 OOOOOOO에게 기업내의 연구개발 전담부서로 신고한 사실이 확인되지 아니하는 청구법인의 사업1·2본부 소속의 연구전담요원에 대한 인건비를 조세특례제한법시행령 <별표 5>에 열거된 연구·인력개발준비금사용액으로 보지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.