1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 지방공기업법 제49조에 따라 광주광역시가 전액 출자하여 설립한 지방공사로서 2007년부터 ‘광주전남공동혁신도시 조성사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하고 있다.

나. 원고는 이 사건 사업을 시행하면서 소요되는 공사비 등의 비용에 충당하기 위하여 2007. 6. 19.경부터 금융기관에서 자금을 차입하거나 사채를 발행하여 매년 그 차입금이나 발행한 사채에 대한 이자(이하 ‘이 사건 이자’라 한다)를 지급하여 왔다.

다. 원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의 사업연도별 법인세 과세표준과 세액을 피고에게 신고납부하면서 이 사건 이자를 향후 이 사건 사업 대상 토지가 매각되어 매출이 발생하는 시점에야 비로소 매출원가에 포함되는 비용으로 처리할 수 있는 것으로 알고, 이 사건 이자를 손금에 산입하지 않고 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항에서 정한 사업용 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자(이하 ‘건설자금 이자’라 한다)로 이 사건 사업의 건설원가 중 자본적 지출에 가산하였다. 라.

원고가 위와 같이 법인세를 신고납부하던 중 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 광주지방국세청으로부터 정기세무조사를 받는 과정에서 이 사건 이자가 건설자금 이자가 아니라 재고자산의 취득원가에 포함되어 손금에 산입할 수 있음을 알게 되었다.

마. 그러나 그 동안 초과납부한 법인세액에 대하여 위 정기세무조사에 따른 경정결정이 이루어지지 않아, 원고는 2014. 3. 11. 피고에게 이 사건 이자를 손금에 산입하는 내용으로 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 과세표준과...