1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 11. 26. 당시 대한주택공사로부터 종합의료시설용지인 군포시 B 대지 6,448.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한 후 2015. 4. 14. 이를 C에게 양도하고 같은 날 소유권이전등기까지 마쳐주었다.

나. 이후 원고는 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 보고, 양도차익 9,292,120,550원(= 양도가액 14,500,000,000원 - 취득가액 5,207,879,450원)에서 소득세법상의 장기보유특별공제를 적용한 후 산출된 양도소득세 2,564,606,620원을 예정신고납부하였는데, 피고는 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2016. 6. 8. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 1,268,885,050원을 증액하여 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호(이하 ‘이 사건 규정’이라고 한다)는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

원고는 1997. 11. 26. 나대지인 상태인 이 사건 토지를 취득한 이후 1998. 1. 14. 군포시장으로부터 건축허가를 받아 병원건물을 신축하기 위하여 착공하였으나, IMF 금융위기를 맞아 공사의 진행에 어려움을 겪던 중 2010. 5. 4. 군포시로부터 건축허가 취소처분을 받았고, 2015. 4. 14. 이 사건 토지를 C에게 처분하였다.

이와 같이 원고가 이 사건 토지를 총 6,348일간(1997. 11. 26. ~ 2015. 4. 14.) 소유하였는데, 그...