조심-2013-서-3353 (2015.06.09)

아파트 분양계약의 해제에 따른 손익의 귀속시기를 그 계약해제일이 속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

분양계약이 해제되어 더 이상 해당 권리가 확정된 것으로 볼 수 없다면, 그 해제시기가 언제인지 관계없이 당초 익금에 포함된 부분은 감액되어야 함

법인세법시행령 제69조용역제공등에 의한 손익귀속사업연도

2015구합73125 법인세부과처분취소

주식회사 ○○개발

○○세무서장

2016. 10. 12.

2016. 10. 27.

1. 피고가 2013. 2. 1. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 00백만원(가산세 포함) 부과처분 중 00백만(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지 30%는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 2. 1. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 00백만원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 2. 22. 아파트 및 주택판매업 등을 사업목적으로 하여 설립되었고, OO건설 주식회사가 시공한 파주시 OO읍 소재 OO아파트(총 12동 937세대, 상가 1식 포함, 이하 '이 사건 아파트'라 한다)의 사업시행자이다.

나. 원고는 2006 사업연도에 이 사건 아파트 937세대를 모두 분양하고, 2006 내지 2008 사업연도까지 작업진행률에 따라 계산한 분양수입금을 해당 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 신고하였다. 그런데 원고는 2009 사업연도에 이 사건 아파트 중 182세대(이하 '이 사건 182세대'라 한다)의 분양계약이 중도금과 잔금 미납 등의 사정에 비추어 사실상 합의해제되었다고 판단하고, 이 사건 182세대와 관련된 분양수입금 104,430,272,570원과 분양원가 74,618,826,785원을 2009 사업연도의 익금과 손금에 산입하지 않고 법인세3,245,784,973원을 신고・납부하였다.

다. OO지방국세청장은 2012. 10. 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 이 사건 182세대에 관한 분양계약은 2009 사업연도에 해제되지 않았고, 또 분양계약이 해제된 경우 관련 익금과 손금은 해제일이 속하는 사업연도의 손익에 반영되어야 한다는 이유로 위분양수입금과 분양원가를 2009 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 과세하도록 피고에게 통지하였고(그 밖의 세무조사 결과까지 반영하면 과세표준은 27,191,216,394원 증가하였다), 피고는 2013. 2. 1. 원고에게 2009 사업연도 법인세 8,414,748,120원(가산세포함)을 증액 경정・고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2013. 5. 7. 조세심판원에 조세심판을 청구하였다. 조세심판원은 2015. 6. 9. 원고의 청구를 일부 인용하였는데, 구체적으로 보면 이 사건 182세대를 아래 표와 같이 분류하여, ① 원고가 기존계약자가 해제 후 새로운 조건으로 재계약하였다고 주장한 39세대(이하 '재계약 39세대'라 한다)는 분양계약의 해제사실 자체를 인정하지 않았고, ② 원고가 전매 처리, 계약해제 후 재분양, 계약해제 후 미분양이라고 주장한 세대는 해제가 있었던 사업연도에 따라 둘로 나누어 2010 내지 2011 사업연도에 해제되었다고 본 37세대(이하 '이 사건 37세대'라 한다)만 당초부터 분양계약이 없었던 것처럼과세표준 및 세액을 경정하도록 하여 원고 청구를 인용하였으며, ③ 2012 사업연도에 해제되었다고 본 106세대(이하 '이 사건 106세대'라 한다)는 2012. 2. 2. 개정된 법인세법시행령 제69조 제3항 등이 적용되어 계약 해제일이 속하는 사업연도에 해제로 인한 세무상 효과를 반영하여야 하므로, 원고 주장과 같이 2009 사업연도에는 반영할 수 없다는 이유로 원고 주장을 받아들이지 않았다.

마. 피고는 2015. 6. 15. 조세심판원의 일부인용 결정에 따라 이 사건 37세대에 대한 분양소득금액 등 5,488,840,137원을 과세표준에서 차감하고 법인세 1,698,778,125원을 감액경정하였다(피고가 당초 과세한 법인세 8,414,748,120원 중 위 1,698,778,125원을 감액하고 남은 법인세 6,715,969,995원 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 처분 중 이 사건 106세대 관련 부분

분양계약이 해제된 경우 해제의 소급효에 의하여 처음부터 분양계약이 없었던 것으로 보아야 하므로, 분양계약이 2012 사업연도 중 해제되었다고 하더라도 분양계약체결 이후인 2009 사업연도의 소득금액은 존재하지 않아 위 소득금액의 존재를 전제로 한 이 사건 106세대 관련 과세처분은 위법하다. 그리고 피고가 과세처분의 근거로 삼은 법인세법 시행령 제69조 제3항(2012. 2. 2. 개정으로 신설, 이하 '개정 시행령 조항'이라 한다)은 사업시행자와 시공사 사이에서와 같은 '공사계약'에 적용되는 규정이지, 사업시행자와 수분양자 사이와 같은 '분양계약'에는 적용되지 않으므로, 이 사건 106세대 관련 과세처분의 근거 규정이 될 수 없다. 설령 개정 시행령 조항이 '분양계약'에도 적용된다고 하더라도, 소급과세금지의 원칙상 위 조항은 시행일인 2012. 1. 1. 이후 사업연도의 과세소득을 계산할 때에만 적용되어야 한다. 특히 원고와 같이 2010사업연도 이후에는 분양실적이 전혀 없이 손실만 발생하여 폐업한 경우에도 개정 시행령 조항을 적용한다면, 2009 사업연도 이전에는 해제로 인하여 소멸한 소득에 대하여 법인세를 부담하고도 2010 사업연도 이후에는 이를 돌려받을 수 없어 매우 불합리한 결과가 초래되므로, 원고와 같이 계속기업의 가정이 전제되지 않는 경우에는 개정 시행령 조항의 적용을 제한하여야 한다.

2) 이 사건 처분 중 재계약 39세대 관련 부분

재계약 39세대는 조세심판원이 해제를 인정한 이 사건 37세대와 유사한 방식으로 분양계약이 해제되었으나, 제3자가 아닌 종전 수분양자와 다시 분양계약을 체결하였다는 점에서만 차이가 있을 뿐이다. 원고가 새로 분양계약을 체결한 사람이 제3자인지 종전 수분양자인지에 따라 분양계약 해제의 효력을 달리 볼 이유는 없으므로, 재계약 39세대 관련 과세처분 또한 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 처분 중 이 사건 106세대 관련 부분

가) 권리확정주의와 분양계약의 해제

법인세법 제40조 제1항은, "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다.

이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적・반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다(대법원 2013.12. 26. 선고 2011두1245 판결).

위 법리에 따르면, 원고가 2006 내지 2008 사업연도 법인세를 신고하면서 이사건 106세대의 분양금액에 작업진행률을 이용하여 계산한 분양수익과 그에 대응하는 분양원가를 익금과 손금에 산입한 것은, 위 106세대 분양계약에서 정한 권리(분양대금을 수취할 권리)가 확정되었음을 전제로 하는 것이다. 사후에 이 사건 106세대의 분양계약이 해제되어 더 이상 위 권리가 확정된 것으로 볼 수 없게 되었다면, 원칙적으로 계약이 해제된 때가 언제인지와는 관계없이 원고가 106세대에 관하여 2006 내지 2008사업연도의 익금과 손금에 포함시킨 부분은 감액되어야 한다. 다만, 2006 내지 2008사업연도 법인세에서 감액되어야 할 법인세는 원고가 감액경정청구 등의 절차를 통하여 환급받았어야 하고, 2009 사업연도의 법인세 부과처분을 다투는 이 사건에서 2009사업연도 법인세의 감액사유로 주장할 수는 없다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 106세대에 대한 2006 내지 2008 사업연도까지의 작업진행률에 대응하는 세액 부분은 2009 사업연도의 감액사유로서 고려될 것이 아니므로, 이 부분 처분은 정당하다(원고는 위 106세대에 관하여 2006 내지 2008 사업연도까지 작업진행률에 따라 인식한 분양수익과 분양원가를 2009 사업연도에 일괄하여 감액하였다).

같은 취지에서 이 사건 처분 중 이 사건 106세대에 대한 2009 사업연도 작업진행률에 해당하는 부분은 위법하다. 원고가 2009 사업연도 법인세 신고시 이 사건 106세대에 관련된 분양수익과 분양원가를 모두 감액하였더라도, 그 중 2009 사업연도의 작업진행률에 해당하는 부분만큼은 2009 사업연도의 익금과 손금에서 제외하는 것이 옳기 때문이다(다만, 개정 시행령 조항의 적용과 관련된 쟁점에 관해서는 아래 나),다)항에서 본다).

나) 개정 시행령 조항의 '공사계약'에 예약매출이 포함되는지 여부

법인세법 시행령 제69조 제1항은 '건설・제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출 포함)'의 제공으로 인한 익금과 손금은 원칙적으로 작업진행률에 따라 산정하도록 규정하고, 개정 시행령 조항(법인세법 제69조 제3항)은 '제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.'고 규정하고 있다. 개정 시행령 조항은 법인세법 시행령 제69조 제1항의 용어를 사용하지 않고 따로 '공사계약'이라는 용어를 쓰고 있어, '공사계약'이라는 용어만으로는 법인세법 시행령 제69조 제1항의 여러 용역을 모두 포괄하는 것인지, 그 일부만을 의미하는 것인지 분명하지 않다. 그런데 개정 시행령 조항은 당초 법인세법 기본통칙 40-69…4의 규정 즉 '건설업을 영위하는 내국법인의 소득금액을 계산함에 있어서 당초 작업진행률에 의하여 계상한 수입금액이 공사계약의 해약으로 인하여 수입금액으로 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.'에서 유래한 것으로 보이고, 과세관청은 오랜 기간 위 기본통칙을 건설업 외에 건물 등을 분양하는 사업에도 적용하는 것으로 해석해 온 점, 개정 시행령 조항의 입법취지는 건물 등의 분양계약 해제시 손익 귀속시기를 명확히 하기 위함인 점 등에 비추어 보면, 개정 시행령 조항은 이 사건과 같은 예약매출에도 적용된다고 봄이 타당하다.

다) 개정 시행령 조항이 이 사건 106세대에 적용되는지 여부

개정 시행령 조항은 '작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다'라고 규정하고, 위 개정 시행령 부칙 제1조 및 제2조는 위 제69조 제3항의 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용된다고 규정하고 있다. 이 사건에서 문제되고 있는 법인세는 2009 사업연도분이지 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분이 아니므로, 위 부칙규정에 따라 개정시행령 조항을 적용할 수는 없다.

개정 시행령 부칙 제2조의 '2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도'가 납세자가 작업진행률에 따라 익금과 손금을 계산하여 신고했던 법인세의 당초 사업연도가 아니라 공사계약의 해약일이 있었던 사업연도를 의미하는 것이라면, 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 후발적 경정청구제도의 취지를 무시하는 것일 뿐만 아니라, 이미 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립했던 법인세의 해당 사업연도 및 그 해당 사업연도의 수익과 비용의 산정방식이 같았음에도 불구하고 그 이후의 입법에 의하여 공사계약의 해약일이 언제 있었느냐에 따라 후발적 경정청구 사유를 인정하는 범위를 다르게 정함으로써 법인세의 환급에 관하여 불공평한 결과를 초래할 수도 있다는 점에서 사실상 소급과세금지의 원칙을 위반하게 되기 때문이다.

라) 소결

이 사건 106세대 분양계약의 해제로 인한 익금과 손금의 변동은 원고가 작업진행률에 따라 익금과 손금을 계산한 2006 내지 2009 사업연도에 작업진행률의 비율로 반영되어야 하고, 개정 시행령 조항은 이 사건에 적용되지 않는다. 따라서 이 사건 106세대와 관련된 이 사건 처분 중 2009 사업연도 작업진행률에 해당하는 세액 부분은 위법하다.

2) 이 사건 처분 중 재계약 39세대 관련 부분

갑 제8호증에 의하면 원고는 2010 내지 2011 사업연도에 재계약 39세대 수분양자들과 사이에 종전 분양계약을 취소하는 동시에 분양대금 할인, 대납이자 면제, 연체료 탕감 등의 조건으로 재분양 계약을 체결한 사실이 인정된다. 실질적으로 원고와 재계약 39세대 수분양자 사이에 분양계약 내용의 일부 변경만 있을 뿐 원고가 위 수분양자들에 대하여 가지는 분양계약상의 권리가 소멸하지 아니하였다면, 권리확정주의에 따라 미리 과세할 수 있었던 전제가 상실되었다고 볼 수 없다. 따라서 위 39세대 수분양자들과 사이의 분양계약 취소 및 재분양계약 체결은 당초 성립하였던 납세의무를 소멸시키는 후발적 사유로 보기 어렵다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

3) 취소의 범위

앞서 본 바와 같이 2009 사업연도 법인세에 관한 이 사건 처분 중, 이 사건 106세대에 대한 2006 내지 2008 사업연도의 작업진행률에 대응하는 세액은 20009 사업연도 법인세 감액사유로 고려할 수 없으므로 결국 정당하고, 2009 사업연도 작업진행률에 대응하는 세액은 위법하다. 그리고 재계약 39세대와 관련된 이 사건 처분은 정당하다. 이에 따라 취소의 범위를 살펴보면 별지 '정당세액' 표 기재 차감고지세액 란 기재와 같이 이 사건 처분 중 00백만원은 취소되어야 하므로, 이 사건 처분에 따른 법인세 00백만원 중 00백만원을 초과한 부분은 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며 소송비용은 원고와 피고가 승소비율에 따라 분담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.