상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제69조 제1항 본문은 ‘농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있다.

그리고 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제66조 제4항은 제1호 본문에서 ‘8년 이상 자기가 경작한 농지’가 ‘양도일 현재 특별시ㆍ광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라고 한다)에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’에 해당하는 경우에는 이를 양도소득세 감면대상에서 제외하도록 규정하는 한편, 제1호 단서, 같은 호 (나)목에서 이와 같이 ‘주거지역 등에 편입된 후 3년이 지난 농지이더라도’ '사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토계획법에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우'에는 이를 다시 양도소득세 감면대상에서 제외하지 아니하도록 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1993. 5. 4. 취득한 이 사건 토지가 2005. 6. 27. 국토계획법에 의하여 제1종 일반주거지역으로 편입되었고, 원고는 그로부터 3년이 지난 2009. 3. 6. 이 사건 토지를 양도한 사실, 한편...