1. 피고들이 원고들에 대하여 별지 1 과세처분 목록 기재와 같이 한 부가가치세 가산세...

1. 처분의 경위

가. 원고들은 전기를 생산하여 판매하는 전기공급업을 영위하는 공기업으로, 전기사업법 제31조에 따라 모회사인 한국전력공사에 생산된 전기 전량을 판매하고 있다.

나. 원고들은 종래 유연탄을 주된 발전연료로 사용하였는데, 2012. 1. 1.경부터 신재생에너지 공급의무화제도(Renewable Portfolio Standard, 이하 ‘RPS 제도’라 한다)가 시행되어 일정 규모(500MW) 이상의 발전설비를 보유한 발전사업자가 총 발전량의 일정 부분을 신재생에너지로 생산하여야 할 의무를 부담하게 되자, 발전연료 중 하나로 목재펠릿을 사용하게 되었다.

다. 원고들은 목재펠릿의 구입을 국제입찰로 진행하였는데, 유연탄과 달리 목재펠릿의 경우 해외 생산업체들이 상대적으로 소규모였기 때문에 주로 국내 무역업체들이 해외 생산업체들의 가격, 물량, 품질 등을 제시하며 입찰에 참여하였다. 라.

이에 원고들은 국내 무역업체들과 목재펠릿에 대한 수입대행계약을 체결하거나, 선하증권 양수도계약을 체결하는 방식으로 목재펠릿을 구입하면서(이하 위와 같이 구입한 목재펠릿을 ‘이 사건 목재펠릿’이라 한다), 원고들이 이 사건 목재펠릿의 수입자로서 수입신고 및 통관절차를 진행하고 부가가치세를 신고납부한 후, 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항 제2호에 따라 납부한 부가가치세액을 매입세액으로 공제환급받았다.

마. 원고들은 2016년 말경 검찰 등으로부터 위와 같은 방식의 부가가치세 환급을 적법한 세무처리로 보기 어려울 수 있다는 지적을 받고, 원고 한국서부발전 주식회사는 2013년 2기부터 2016년 1기까지, 원고 한국남동발전 주식회사는 2014년 1기부터 2016년 2기까지, 원고...