토지수용 등으로 대체취득 등기에 대한 비과세대상 여부(경정)

처분청이 1993.8.19 부과고지하고 이의신청결정기관인 ㅇㅇㅇㅇ시장의 1993.10.25 경정결정한 세액중 취득세 607,109,100원, 등록세 4,553,318,190원을 취득세 595,614,490원, 등록세 4,467,108,740원으로 경정결정하고 나머지는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 지방세법 제110조의3제1항 및 구지방세법(1993.12.27 법률 제4611호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제128조의2제1항의 규정에 의한 취득세 및 등록세 과세면제대상 법인인 청구조합이 1992.12.30 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ번지외 ㅇ필지의 토지 2,164㎡와 그 지상건축물16,835.44㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 사업소를 설치하여 임대에 공하고 있으므로 이를 청구조합의 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 대도시지역내 지점설치로 보아 이건 부동산 취득가액(2,630,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 구지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 이건 취득세 867,900,000원을 1993.8.19 추징부과고지한 바 있으나 이의신청결정기관인 ㅇㅇㅇㅇ시장은 1993.9.8 청구조합의 이의신청에 대하여 디건 부동산의 취득가액 1,003,787,920원이 구 지방세법 제109조제1항 및 제127조의2제1항의 대체취득·등기에 대한 비과세 규정에 해당하는 취득으로 보아 취득세는 607,109,100원으로, 등록세는 4,553,318,190원, 교육세는 834,775,000원으로 1993.10.25 각각 경정결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구조합은 농촌근대화촉진법(이하 “농근법”이라 한다.)에 의하여 설립된 농지개량조합으로서 1992.12.26 이건 부동산에 대한 매수계약을 체결하고 1992.12.30 취득·등기한 후 이건 부동산을 임대에 공하고 있으나 농근법 및 농지개량조합육성에관한특별조치법 등 관계법령에서 부동산임대업은 청구조합의 고유업무에 해당하므로 지방세법 제110조의3 및 구지방세법 제128조의2 등의 규정에 의한 취득세, 등록세 등의 과세면제대상일 뿐만아니라, 임대에 공하는 이건 부동산을 대도시내 지점설치에 따른 부동산 취득·등기로 보아 등록세를 중과세한 것은 건물내 전기, 냉난방 설비 등을 관리하는 직원 10명을 배치하여 기술적인 업무와 건물의 경비만을 담당하고 있으므로 이를 인적·물적 시설을 갖추고 계속적으로 부동산임대업과 관련된 사무나 사업을 행하였다고 볼 수 없으므로 지방세법시행규칙 제55조의2 규정의 사무소 또는 사업장에 해당하지 아니하고 또한 이건 부동산의 매매계약 일자가 1992.12.26 로서 대한주택공사에 수용매수된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇ번지 등의 토지에 대한 보상금 마지막 수령일인 1991.12.28 로부터 1년이내이므로 구 지방세법 제109조제1항의 규정에 의한 대체취득에 대한 비과세대상에 해당되고, 1991.3.14 ㅇㅇ군 공고 제48조로 인가된 쓰레기수송 도로개설공사 등 13개 사업시행에 따라 수용된 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇㅇ-ㅇ번지 토지 등에 대한 보상금으로 이건 부동산을 대체취득하였으므로 취득세 등이 비과세되어야 한다고 주장하면서 그 취소를 구하였다.

3. 당부의 판단

이건 심사청구는 청구조합의 이건 부동산 취득등기가 지방세법 제110조의3제1항 및 구지방세법 제128조의제1항의 규정에 의한 취득세·등록세 면제대상인지의 여부와 구지방세법 제138조제1항제3호의 규정의 등록세 중과대상인 대도시지역내 지점 등의 설치가 있었는지 여부 및 구 지방세법 제109조제1항 및 제127조의2제1항의 규정의 토지수용 등으로 대체취득 등기에 대한 비과세대상 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제109조제1항 및 제127조의2제1항의 규정은 “토지수용법, 도시계획법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은자 (…)에게 부동산이 매수 또는 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(…)에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(…)에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(…)가 당해 사업인정고시일로부터 그 보상금을 마지막으로 받은 후 1년(…)이내에 이에 대체할 부동산을 취득(사업인정고시일 이후에 계약을 체결한 경우에 한한다.)한 때에는 그 취득(등기)에 대한 취득세(등록세)를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세(등록세)를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제110조의3의제1항의 규정은 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용학 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고 그 제4호에서 “농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조의2제1항의 규정은 “제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산소유권에 대한 등기 또는 등록(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 등기하는 경우를 제외한다)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만 등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제138조제1항의 규정은 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다.(단서생략)”라고 규정하고, 그 제3호에서는 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라고 규정하고 같은법시행령 제102조재2항의 규정은 “법 제138조제1항제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소 설치 및 대도시내로의 법인이 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라고 함은 당해법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 ㅇㅇㅇㅇ시외의 지역에서 ㅇㅇㅇㅇ시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, … 이 경우 … ‘지점등’이라 함은 내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다”라고 규정하고 같은법시행규칙 제55조의2의 규정은 “영 제102조제2항 후단에서 ‘내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장’이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1.영업행위가 없는 단순한 제조·가공공장, 2.물품의 보관만하는 보관창고, 3.물품의 적재와 반출만 하는 하치장” 이라고 각각 규정하고 있으며, 한편 농근법제37조제1항의 규정은 “조합은 조합구역내에서 다음 각호의 사업을 시행한다”라고 규정하고, 그 제7호에 “수익사업”이라 규정하고 제2항에서는 “제1항제7호의 수익사업의 종류 및 범위는 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 같은법 시행령 제5조의3의 규정은 “법제37조제2항의 규정에 의한 수익사업을 다음 각호의 사업으로 한다. 1.저수지 주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업, 2.토지·시설물 및 저수지를 이용한 부대수입원 개발사업, 3. 기타 농림수산부장관이 조합묵적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위내에서 조합발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업”이라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제4조의2의 규정에서는 “영 제5조의3제3호에서 ‘기타 농림수산부장관이 조합목적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위내에서 조합발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업’이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다. 1.조합원의 영농여건의 개선 및 소득원의 개발을 위한 단지조성과 수리시설기기·기계부품의 제작·보수·대여 및 보급 알선에 관한 사업”이라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구조합은 조합구역안의 농지개량시설을 설치하거나 유지관리하고 구획정리사업 및 농지개량사업 등을 수행함으로써 조합원의 농업생산력 증대에 기여함을 목적으로 농근법 제9조 등의 규정에 의하여 설립된 조합으로서 1992.12.30 이건 부동산을 취득·등기한 후 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 이건 부동산에 ㅇㅇ사업소를 설치하여 청구외 상업은행 등 8개 업체에 임대하였으므로 처분청에서는 지방세법 제110조의3제1항 및 구지방세법 제128조의2제1항의 규정의 취득세 및 등록세 면제대상이 되지 아니하고 구지방세법 제138조제1항제3호의 규정의 대도시내에서 법인의 지점 또는 분사무소의 설치로 보아 같은법 제112조제1항, 구지방세법 제138조제1항, 교육세법 제5조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 631,200,000원, 등록세 4,734,000,000원 및 교육세 867,900,000원을 1993.8.19 부과고지하였으나 1993.9.8 청구조합의 이의신청에 대하여 이의신청결정기관인 ㅇㅇㅇㅇ시장은 구 지방세법 제109조제1항 및 제127조의2제1항의 규정의 토지수용 등으로 대체취득에 대한 비과세 규정에 해당하는 취득·등기부분을 인용하여 취득세는 607,109,100원, 등록세는4,553,318,190원, 교육세는 834,775,000원으로 1993.10.25 경정결정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구조합은 부동산임대업은 청구조합의 고유업무에 해당하고 이건 부동산의 ㅇㅇ사업소는 건물내 전기, 냉난방 설비 등을 관리하는 직원 10여명을 배치하여 기술적인 업무와 건물의 경비만을 담당하고 있어 지방세법시행규칙 제55조의2의 규정의 사무 또는 사업이 이루어지는 장소에 해당하지 아니할 뿐 아니라 이건 부동산 취득등기는 건설부 고시 제50호(1990.2.8) ㅇㅇ도 ㅇㅇ시시 ㅇㅇ동택지개발사업지구로 지정되어 대한주택공사 및 한국토지개발공사에 수용매수된 그 보상금(마지막 수령일 : 1991.12.28)으로 구 지방세법 제109조제1항 및 제127조의2의 규정의 비과세 대상에 해당되고, 또한 쓰레기수송도로 개설공사 등 13개 사업시행에 따른 그 보상금으로 이건 부동산을 대체취득하였으므로 이 부분 또한 비과세대상이라고 주장하는 바, 먼저 부동산임대업이 청구조합의 고유업무에 해당되는지의 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제110조의3제1항 및 구지방세법 제128조의2제1항의 규정의 “고유업무”에 대한 정의를 지방세법상 달리 규정하고 있지 아니한바, 고유업무의 판단은 청구조합의 설립근거법률인 농근법을 기준으로 판단하여야 할 것인데, 농근법에 의하여 청구조합의 부동산임대업이 고유업무에 해당되는지 여부를 살펴보면, 농근법 제37조제1항의 규정은 조합구역내에서 조합의 사업으로 그 제7호에서 “수익사업”을 규정하고, 동조 제2항에서는 위 “수익사업”의 종류 및 범위를 대통령령에 위임하고 있으며, 같은법시행렬 제5조외3의 규정은 농근법 제37조제1항제7호의 수익사업을 “1.저수지주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업, 2. 토지·시설물 및 저수지를 이용한 부대수입원 개발사업, 3.기타 농림수산부장관이 조합목적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위내에서 조합의 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업”이라고 규정하고, 같은법시행규칙 제4조의2의 규정에서 같은법시행령 제5조의3제3호의 “기타 농림수산부장관이…특히 필요하다고 인정하는 사업”으로 그 제1호에서 “조합원의 영농여건의 개선 및 소득원의 개발을 위한 단지조성과 시설보수에 관한 사업”이라고 규정하고, 그 제2호에서는 “조합원의 농업기계화 촉진 및 영농편익을 위한 수리시설 기기·기계부품의 제작·보수·대여 및 보급 알선에 관한 사업” 이라고 규정하고 있는 바, 청구조합의 고유업무에 해당하지 아니한다 할 것이고, 또한 농지개량조합육성에관한특별조치법 제4조의 규정에 따라 국고보조 의존도를 줄이고 수익사업을 활성화하기 위하여 1991.10.10. 농림수산부 고시 제90-45호로 조합정관 준칙 제4조를 개정하여 당초 조합 구역내에서만 수익사업을 할 수 있게 하였던 것을 당해 조합이 ㅇㅇ구역이 속한 행정구역(ㅇㅇㅇㅇ시 포함)으로 수익사업 실시가능지역을 확대한 사정이 있다 하더라도 농근법상 조합의 사업에 부동산임대업이 포함되지 않는 이상 청구조합의 이건 부동산임대업이 위 수익사업의 범위와 종류에 포함되지 않는 것으로 판단되고, 다음으로 이건 부동산의 ㅇㅇ사업소가 대도시내에서의 지점 또는 분사무소의 설치에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법시행규칙 제55조의2의 규정은 같은법시행령 제102조제2항 후단의 사무소 또는 사업장의 요건으로 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소 중에서 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소, 물품의 보관만을 하는 보관창고 및 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장을 제외하도록 하고 있는 바, 청구조합의 경우와 같이 청구조합의 정관 제3조제1항 본문의 규정은 “조합의 주된 사무소는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리에 두고 다음의 주소에 지소 또는 출장소를 둔다”라고 규정하고 있으며, 1992.12.29 이건 부동산 소재지에 사업의 종목을 비주거용 건물임대업으로 삼성세무서장에게 사업자 등록한 사실, 1993.7.23 ㅇㅇ도지사의 ‘93 농지개량조합 수익사업 특별회계 추가경정예산 인가(기반51335-999)에 의하면 청구조합의 이건 부동산 임대사업은 수익사업 특별회계로 구분경리되고 있는 점, 청구조합 ㅇㅇ사업소장 직무대리 ㅇㅇㅇ의 확인(1993.8.11)에 의하면 이건 부동산 임대·관리를 위하여 청구조합 소속직원 15명 근무하고 있음을 확인하고 있는 점 등으로 보아 이는 지방세법시행규칙 제55조의2의 소정의 사무소 또는 사업장에 해당되는 것으로 판단된다. 마지막으로 이건 부동산 취득이 토지수용법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 당해 사업인정고시일로부터 그 보상금을 마지막으로 받은 후 1년이내에 이에 대체할 부동산을 취득한 때에는 그 취득·등기에 대한 취득세·등록세를 비과세하도록 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제73조제1항 및 제3항의 규정은 부동산의 취득시기를 계약상의 잔금지급일, 잔금지급일전 등기한 경우에는 등기일을 취득시기로 각각 규정하고 있는 바, 청구조합은 건설부 고시 제50호(1990.2.8)로 ㅇㅇ시ㅇㅇ동택지개발사업지구로 지정되어 1990.2.8 사업시행자로 지정된 대한주택공사 및 한국 토지개발공사 등에게 수용매수된 ㅇㅇ시시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇ번지 등의 토지에 대한 1992.12.26로서 매매계약일을 보아야 할 것이므로 이는 마지막 보상금 수령일로부터 1년이내에 대체취득에 해당된다고 주장하나, 청구조합의 이건 부동산매매계약서상 잔금지급일은 1993.2.28로 기재되어 있고 이건 부동산의 등기일은 1992.12.30 이므로 이건 부동산 취득일은 지방세법시행령 제73조제3항의 규정에 따라 등기일로 보아야 하고, 그 보상금 마지막 수령일로부터 1년을 경과하여 취득한 이건 부동산에 대한 비과세대상이라는 청구조합의 주장은 이유없다 할 것이나, 1991.3.14 ㅇㅇ군 공고 제48호로 인가된 쓰레기 수송도로 개설공사 등 11개 사업(사업내역 별첨1)시행에 따라 수용매수된 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇㅇ-ㅇ번지외 ㅇㅇ필지에 대한 보상금 478,941,260원으로 이건 부동산을 대체 취득한 사실이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군수, ㅇㅇ시 ㅇ구청장 등이 발행한 토지수용확인서에서 입증되고 그 수령일이 이건 부동산 취득일(1992.12.30)로부터 소급하여 1년이내인 1992.5.15～1992.10.22 로서 구 지방세법 제109조제1항 및 제127조의2제1항의 규정의 토지수용 등으로 인한 대체취득·등기에 대한 비과세 대상에 해당된다 할 것이므로 그 보상금에 해당되는 부분(478,941,260원)은 이건 취득세·등록세 과세표준액에서 제외되어야 할 것으로 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 부분적으로 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.