수도권에 소재한 A공장을 수도권 이외의 지역에 소재한 B공장으로 이전하는 경우, B공장에서 발생하는 소득 전부에 대해 법인세가 감면되어야 하는지

수도권 소재 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 그 이전된 공장시설에서의 사업 개시로 새로이 발생하는 소득만 법인세 감면대상에 해당하고, 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 전 그 수도권과밀억제권역 밖에 기존에 설치되어 운영되던 공장시설에서 이전 후에 발생하는 소득은 감면대상에 해당하지 아니함

조세특례제한법 제63조수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면

2017구합66726 법인세경정거부처분취소

주식회사 AA

○○세무서장

2017. 12. 20.

2018. 2. 7.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6 . 20. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 781,974,615원, 2012 사업연도 법인세 435,313,275원, 2013 사업연도 법인세 300,427,580원, 2014 사업연도 법인세 342,489,891원에 대한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 특수강 제조업 등을 영위하는 중소기업으로, 본점소재지인 서울 ○○구 ○○동 00-00 소재 공장(이하 'A공장'이라 한다) 및 부산 ○○구 ○○동 00-0 소재 공장(이하 '부산공장'이라 한다)을 각 설치・운영하던 중 2002. 11. 1.부터 ○○시 ○○동 00-0 소재 공장(이하 'B공장')을 설치・운영하게 되었다.

나. 원고는 2007. 6. 22. A공장을 폐쇄하는 한편, 2007. 3. 27. A공장 부지를 매도하고, 2007. 9. 5. A공장 건물을 철거하였다. 이후 원고는 2007. 9. 11. 본점소재지를 B공장으로 이전하고, 2007. 9. 14. 그 변경등기를 마쳤다.

다. 원고는 2016. 4. 26. 피고에게, 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 조세특례제한법'이라 한다) 제63조 적용을 전제로, 2011, 2012 사업연도 법인세에 관하여는 B공장에서 발생한 소득 전부에 대하여 100% 세액 감액한 정당한 세액으로의 경정을 구하는 취지로, 2013, 2014 사업연도 법인세에 관하여는 B공장에서 발생한 소득전부에 대하여 50% 세액 감액한 정당한 세액으로의 경정을 구하는 취지로 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2016. 6. 20. 위 감액경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 경정 거부처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 8. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2017. 4. 20. "수도권 과밀억제권역 안에 소재한 A공장이 그 외의 지역에 소재한 B공장으로 이전된 후 발생한 소득을 2006 사업연도의 A공장 수입금액과 B공장 수입금액의 합계에서 A공장 수입금액이 차지하는 비율을 적용하여 산출하고, 그 소득에 대하여 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되어 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 조세특례제한법'이라 한다) 제63조를 적용하여 해당 사업연도의 법인세액을 경정한다"는 취지로 위 심판청구를 일부 인용하는 결정을 하였다.

마. 이에 피고는 B공장에서 발생한 소득 전부에 대하여 2006 사업연도 기준 B공장 생산 제품매출액 및 B공장 생산 제품매출액 합계에서 B공장 생산 제품매출액이 차지하는 비율인 28.92%를 적용하여 산출한 부분만이 세액 감면대상 소득에 해당함을 전제로, 2017. 5.경 2011, 2012 사업연도 법인세에 관하여는 그 100% 세액 감액결정을, 2013, 2014 사업연도 법인세에 관하여는 그 50% 세액 감액결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 14호증, 을 제3호증, 을 제4호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

개정 전후 구 조세특례제한법 제63조 제1항에 의하면, 공장시설을 전부 이전하면 '이전 후의 공장에서 발생하는 소득' 전부가 세액 감면대상에 해당하는바, 원고는 2002. 11.경부터 2007. 9.경까지 기간에 걸쳐 A공장을 전부 이전하였으므로, 위와 같이 전부 이전 후 B공장에서 발생한 이 사건 소득 전부가 세액 감면대상에 해당한다. 이와 달리 전부 이전 후 B공장에서 발생한 소득 중 전부 이전 전 B공장에서

발생한 소득 비율에 해당하는 부분은 감면대상에서 제외됨을 전제로 2006 사업연도 기준 매출액 비율에 의하여 감면대상을 제한하는 것은 조세법률주의에 반하고, 단기 공장 이전의 경우와 중장기 공장 이전의 경우를 차별적으로 취급하여 공장 이전 기간의 장단에 따라 감면대상의 범위를 달리 하는 것으로 조세평등주의에도 반한다.

따라서 2016. 6. 20. 이 사건 거부처분은, 청구취지 기재와 같이 개정 전후 구 조세특례제한법 제63조 제1항을 적용한 정당한 세액과 2017. 5.경 경정결정세액의 차액에 대한 감액경정을 거부한 부분에 있어 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 이 사건 경정거부처분 공통에 관한 주장

개정 전후 구 조세특례제한법 제63조 제1항에서 말하는 '이전 후의 공장에서 발생하는 소득'은 이전된 공장시설에서 발생하는 소득을 말하는바, A공장과 B공장이 각각 독립적으로 운영되면서 병존하던 중 2007. 9.경 A공장 공장시설을 B공장으로 전부 이전한 것이므로, 이전 후 B공장에서 발생하는 이 사건 소득 전부 중 위와 같이 A공장에서 이전된 공장시설에서 발생하는 소득만이 세액 감면대상에 해당한다.

나) 이 사건 경정거부처분 중 2014 사업연도 법인세 부분에 관한 주장

개정 후 구 조세특례제한법 제63조 제1항은 그 시행일인 2015. 1. 1. 이전 과세기간 분에 대하여는 적용되지 아니하므로, 2014 사업연도 법인세에 대하여는 위 규정에 의한 세액 감면이 적용되지 아니한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 경정거부처분 공통에 관한 판단

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

개정 전후 구 조세특례제한법 제63조 제1항은, '수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전하여 사업을 개시한 경우 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 세액을 감면한다'고 규정하고 있는바(이하 '이 사건 감면규정'이라 한다), 여기에서 '이전 후의 공장에서 발생하는 소득'은, 이 사건 감면규정이 '공장시설 전부 이전' 및 '사업 개시'를 요건으로 하고 있는 점에 비추어 볼 때, 수도권과밀억제권역 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 위와 같이 이전된 공장시설에 관한 수도권과밀억제권역 밖에서의 사업 개시로 인하여 새로이 발생하는 소득을 말한다고 할 것이고, 수도권과밀억제권역 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 전 그 수도권과밀억제권역 밖에 기존에 설치되어 운영되던 공장시설에서 위 이전 후 발생하는 소득은, 위 이전에도 불구하고 사업 개시로 새로이 발생하는 소득에 해당한다고 볼 수 없으므로, 여기에서 제외된다고 봄이 타당하다. 그리고 수도권과밀억제권역과 수도권과밀억제권역 밖에서 병존적으로 공장을 설치・운영하면서 중장기에 걸쳐 점진적으로 수도권과밀억제권역 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 전부 이전하는 경우에 있어, 전부 이전 전에는 이 사건 감면규정에 따른 세액감면 혜택을 누릴 수 없는 대신 위 기간 동안 수도권과밀억제권역에 공장이 위치함에 따른 사회적・경제적 이점을 누릴 수 있다고 할 것이므로, 단기에 공장시설을 전부 이전하는 경우와 비교하여 합리적 이유 없는 차별적 취급에 해당한다고 보기도 어렵다.

나) 위 법리 및 규정에 비추어, 먼저 이 사건 감면규정 적용 대상 소득으로 전부 이전 전 기존에 설치되어 운영되던 B공장 공장시설에서 발생하는 소득 부분을 제외 하여야 하는지 보건대, 앞의 1. 처분의 경위 및 갑 제2호증, 갑 제16호증의 2, 을 제1, 2호증의 각 기재에 의하면, 원고가 A공장에서 B공장으로의 공장시설 이전 기간이라고 주장하는 2002. 11.경부터 2007. 9.경까지 B공장이 A공장과 병존하여 가동되었고, 각별로 사업자등록을 하여 거기에서 따로 소득이 발생한 사실, B공장이 설치・운영되기 시작한 2002년경부터 전부 이전된 2006년경에 이르기까지 A공장과 B공장 매출액 비율은 2003년 A공장 35.2%, B공장 64.8%, 2004년 A공장 42.4%, B공장 57.6%, 2005년 A공장 37.4%, B공장 62.6%, 2006년 A공장 30.4%, B공장 69.6%였던 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같은 기간의 경과에도 불구하고 매출액 비율에 유의미한 변화가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 이 사건에 있어 이 사건 감면규정에서 규정하는 '전부 이전'에 해당하는 시점은 2007년경으로 봄이 타당하고, 위 전부 이전시인 2007년 이전에 B공장에 설치되어 운영되었던 공장시설 부분에 관하여는, 그 이후 사업연도에 위 공장시설 부분에서 발생하는 소득 부분을 이 사건 감면규정 적용 대상 소득에서 제외함이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 다음으로 위 나) 기재와 같이 이 사건 감면규정 적용대상 소득을 산정함에 있어 2006 사업연도 기준 A공장 및 B공장 매출액 비율에 의한 감면대상 제한의 당부에 관하여 보건대, 비록 피고가 내부지침에 불과한 유권해석에 따라 이 사건 감면규정 적용대상 소득을 산정하였다고는 하나, 위 나)에서 본 바와 같이 A공장과 B공장 매출액 비율이유의미한 변화 없이 일정 수준 내에서 유지되어 왔던 점, 원고가 제출한 자료만으로는 이전 전 B공장 공장시설에서 발생하는 소득 부분을 제외하여 이 사건 감면규정 적용대상 소득 액수를 산정하기 어렵고, 달리 원고가 그 정당한 액수를 주장한 바도 없는 점 등에 비추어 볼 때, A공장 공장시설이 B공장으로 전부 이전된 2007년 직전 사업연도를 기준으로 A공장 매출액과 B공장 매출액을 안분한 비율로 이 사건 감면규정 적용대상 소득의 액수를 산정하는 것이 그 방법 자체로 불합리하다고 보기 어렵고, 달리 그 액수가 과소 산정되었음을 인정할 증거도 없다.

원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

2) 이 사건 경정거부처분 중 2014 사업연도 법인세 부분에 대한 판단

조세특례제한법 부칙 제12853호(2014. 12. 23.)에 의하면, 개정 후 구 조세특례제한법은 2015. 1. 1.부터 시행되고(제1조 본문), 위 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 위 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용하되(제2조 제1항), 위 법 제63조 제1항의 개정규정은 위 법 시행 전에 공장시설을 이전한 경우에도 적용한다(제20조)는 것인바, 결국 구 조세특례제한법 제63조 제1항에 따른 세액 감면은 위 법 시행일인 2015. 1. 1. 후 개시하는 과세연도 분부터 적용하되, 공장시설 이전 시점이 위 시행일 전인 경우에도 적용된다는 것이지 위 시행일 전 과세연도 분에 대하여서까지 적용된다고 볼 것은 아니다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 소결론

이 사건 경정거부처분에 관한 원고의 감액경정청구는 어느 모로 보나 이유 없고, 이 사건 경정거부처분은 적법하다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.