멸실된 건축물에 대한 별도합산대상 면적산정이 적정여부(경정)

처분청에서 청구인에게 2005.5.10. 부과고지한 2001년도 종합토지세 1,039,070,640원, 지방교육세 207,814,120원, 농어촌특별세 155,595,170원, 합계 1,402,479,930원은 취소하고, 같은 날 부과고지한 2000년도 종합토지세 924,061,180원, 지방교육세 184,812,230원, 농어촌특별세 138,383,750원, 합계 1,247,257,160원은 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2000년도 및 2001년도 종합토지세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 3필지 28,009.2㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다.) 지상에 공동주택 202,435.05㎡(89.5%) 및 업무·근린생활시설 23,745.41㎡(10.5%)로 구분된 주상복합건축물 226,180.46㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다.)를 1999.12.2. 건축법에 의하여 허가를 받아 신축 중에 있으므로 2000년도 및 2001년도 종합토지세를 별도합산으로 과세하였으나, 그 후 세무조사에서 과세당시 구지방세법시행령 제194조의14제1항에 대한 유권해석을 잘못 적용하였음을 인지하고, 2000년도 및 2001년도 종합토지세 과세표준을 구 지방세법 제234조의15(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)에 의하여 이 사건 토지 중 공동주택의 부속토지(25,068.1㎡)에 대하여는 종합합산과세대상으로, 업무·근생시설 등 비주거시설의 부속토지(2,941.1㎡)에 대하여는 별도합산과세대상으로 하여 2000년도분은 그 시가표준액(31,081,489,250원)을 과세표준으로 관련 법령을 적용하여 산출한 세액에 기 납부한 세액을 차감한 2000년도 종합토지세 924,061,180원, 지방교육세 184,812,230원, 농어촌특별세 138,383,750원, 합계 1,247,257,160원을, 2001년도분은 그 시가표준액(33,218,729,500원)을 과세표준으로 산출한 세액에 기 납부한 세액을 차감한 종합토지세 1,039,070,640원, 지방교육세 207,814,120원, 농어촌특별세 155,595,170원, 합계 1,402,479,930원을 2005.5.10. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 토지를 주상복합건물(○○슈퍼빌) 신축을 위하여 1999.3.12. 취득하여 1999.12.31. 지상의 기존 건축물을 철거하고, 2000.2.16. 이 사건 건축물의 신축공사를 시작하여 2003.10.13. 사용승인을 받을 때까지 공사를 계속 진행하여 왔으므로 이는 행정자치부 2차유권해석(세정13407-644호, 2001.6.13.) 및 심사결정사례(제2004-189호 및 제2004-190호, 2004.7.26.)와 같이 2000년도 및 2001년도 종합토지세 과세기준일 현재 “주상복합건축물이 건축 중에 있는 토지”에 해당되어서 별도합산과세대상에 적용됨에도, 처분청에서는 3차 유권해석(세정13407-689호, 2002.7.25.)에 비추어 위 2차유권해석 및 심사결정사례는 2001.6.13.이후부터 적용되는 것이라고 하면서, 2001.6.12. 이전까지는 1차 유권해석(세정13430-58호, 1998.2.11.)과 같이 주거용 건축물은 종합합산대상으로, 비주거용 건축물은 별도합산대상으로 적용하여 그 차액을 부과한 처분은 위 3차 유권해석을 소급하여 2000년도 및 2001년도에 적용한 것이므로 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으며, 한편, 예비적 청구로서 이 사건 토지 중 같은 동 구1453-1번지상의 점포 및 사무실의 경우 건물멸실 등기가 2000.1.7. 이루어졌으므로 2000년도 종합토지세 과세기준일 현재(2000.6.1.)를 기준으로 볼 때, 건물멸실 등기를 한 날로부터 6월이 경과하지 아니한 경우에 해당되므로 당해 건물 연면적(985.47㎡)의 용도지역별 적용배율로 산출한 부속토지(2,956.41㎡)는 구지방세법시행령 제194조의14에서 규정하는 건축물 부속토지의 범위로 별도합산대상 토지에 해당된다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 신축중에 있는 주상복합건축물의 부속토지에 대한 종합토지세 과세구분에 대하여 행정자치부 유권해석이 변경되었을 경우 신구 유권해석중 어느 것을 적용하여야 하는 지 및 멸실된 건축물 에 대한 별도합산대상 면적산정이 적정한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제234조의15제3항에서 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 하지만, 제2항제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제194조의14제1항에서 법 제234조의15제2항 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 건축물(법 제104조제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축 중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월이상 공사가 중단된 경우를 제외한다. 이하 이 절에서 같다)중 그 제1호의 공장구내의 건축물과 법 제234조의15제2항제5호의 규정에 의한 토지안의 건축물 및 그 제2호의 주거용 건축물(1구의 건축물이 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 경우에는 행정자치부령으로 정하는 기준에 의한다) 등에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다고 하고 있고, 그 제3항에서 그 제1호 내지 그 제8호에 열거되고 있는 여객자동차터미널 및 화물터미널용 토지 등에 해당하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법 제234조의15제2항 본문의 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지로 본다고 하고 있으며, 행정자치부 유권해석과 관련된 같은 법 제194조의15제1항에서 법 제234조의15제2항제3호에서 "공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지"라 함은 그 제8호의 주택건설촉진법에 의하여 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자( 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합 및 고용자인 사업주체와 도시및주거환경정비법 제7조 내지 제9조의 규정에 의한 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 동법에 의한 사업계획의 승인을 받은 토지로서 사업계획의 승인을 받은 날부터 분양이 완료될 때(매수자의 취득일을 말한다)까지 그 사업에 공여되고 있는 토지 등을 말한다고 하고 있고, 같은 법시행규칙 제104조의8에서 영 제194조의14제1항제2호에서 "행정자치부령으로 정하는 기준"이라 함은 그 제1목의 1구의 건축물 연면적중 100분의 50이상을 사용하는 용도가 있는 경우에는 전체 건축물을 그 용도에 사용하는 것으로 본다는 것 및 그 제2목의 1구의 건축물 연면적중 100분의 50이상을 사용하는 용도가 없는 경우에는 각각의 용도에 공하는 건축물 면적부분을 당해용도에 사용하는 것으로 본다는 것을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1999.12.2. 청구인은 이 사건 건축물을 ○○슈퍼빌이라는 명칭으로 지하4층·지상46층 연면적 225,305.83㎡로 관할관청으로부터 건축허가를 받았고, 1999.12.31. 이 사건 토지내 있던 서초여객터미널 건축물을 철거를 완료하면서 2000.1.7. 구 건축물에 대하여 멸실등기를 완료하였으며, 그 후 2000.2.16. 이 사건 건축물에 대하여 건축물 공사를 시작하였고, 2000.4.20. 이 사건 건축물에 대하여 1차설계변경을 통하여 주거 및 비거주면적이 공동주택 202,435.05㎡(89.5%) 및 근린생활 등 시설 23,745.41㎡(10.5%)로 확정되었으며, 2003.10.13. 이 사건 건축물에 대하여 관할관청으로부터 대지면적 27,115.2㎡ 및 건축물 연면적 226,180.46㎡로 사용승인받았고, 2004.7.8. 사건 2004구합4048과 관련하여 주상복합건축물에 대한 유권해석에 대하여 서울행정법원이 행정자치부에게 의뢰한 사실조회공문에서 1차유권해석(세정13430-58호, 1998.2.11.)은 주상복합건축물을 건축중에 있는 경우 주거용은 종합합산으로, 비주거용은 별도합산으로 적용하라고 되어 있으며, 2차유권해석(세정13407-644호, 2001.6.13.)은 위 경우 전부 별도합산으로 적용한다고 하고 있고, 3차유권해석(세정13407-689호, 2002.7.25.)은 위 경우 2001.6.13.이후부터 전부 별도합산으로 적용한다고 확인되고 있으며, 2005.5.10. 처분청은 이 사건 토지 중 공동주택의 부속토지에 해당하는 면적(25,068.1㎡)에 대하여는 종합합산과세대상으로, 업무·근생시설 등 비주거시설의 부속토지(2,941.1㎡)에 대하여는 별도합산과세대상으로 하여 2000년도 및 2001년도분의 종합토지세를 추징하고 있고, 이 사건 토지현황은 같은 동 1446-11번지 11,505.5㎡ 및 같은 동 1447-1번지 7,961.5㎡ 및 같은 동 1453-1번지 6,768.9㎡ 및 같은 동 1447-1번지 1,773.3㎡으로 각각 구성된 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 신축 중에 있는 주상복합건축물의 부속토지에 대한 종합토지세 과세구분에 대하여 행정자치부 유권해석이 변경되었기 때문에 새로이 변경된 해석에 따라 별도합산과세대상으로 하여야 한다고 하고 있으며, 처분청에서는 새로운 유권해석은 과세기준일이 지나서 변경시행되어서 종전 유권해석을 적용하여야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 구 지방세법 제234조의15 및 같은 법시행령 제194조의14제1항 및 같은 법시행규칙 제104조의8 등에서 주거용 건축물을 제외한 일반 건축물을 건축 중에 있을 경우 건축물의 부속토지를 보아 별도합산과세 대상으로 보고 있으나, 주거용과 비주거용이 함께 병존하고 있는 주상복합건축물에 대하여는, 비록 위 규칙에서 주거용이 전체의 50%를 초과하면 주거용으로 본다고 하더라도, 이는 공급·분양을 목적으로 건축 중에 있는 것으로서 위 규칙과 동일하게 볼 수 없어서 행정자치부 유권해석으로 과세대상구분을 정하고 있는 데, 먼저 1차유권해석(세정13430-58호, 1998.2.11.)으로 위 경우에서 주거용은 종합합산과세대상으로, 비주거용은 별도합산과세대상으로 하도록 하였고, 2차유권해석(세정13407-644호, 2001.6.13.)에서는 위 경우 공급·분양을 목적으로 하는 것이기 때문에 일반건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로 하도록 하였으며, 3차유권해석(세정13407-689호, 2002.7.25.)에서 2001.6.12. 이전은 1차 유권해석을 적용하여야 하고, 2001.6.13. 이후부터 2차 유권해석으로 적용하도록 하고 있어서, 특정 과세대상이이러한 유권해석중 어느 해석을 채용하여야 할 것인지에 대한 판단기준은, 법령의 경우, 일반적으로 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다 할 것이나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 구법이 적용되어야 할 것(대법원 1985.4.9. 선고 83누453 판결, 1995.6.30. 선고 94누5502 판결, 1995.6.30. 선고 94누15387 판결, 대법원 2001.12.14. 선고 2001두5101 판결 등 참조) 및 조세법령불소급의 원칙이라 함은 그 조세법령의 효력발생 전에 완성된 과세요건 사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미일 뿐, 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대한 새로운 법령 적용까지를 제한하는 것은 아니라는 것(대법원 2002.7.26. 선고 2001두11168 판결)등의 대법원 판례들을 고려한 다음 그러한 원칙을 입법기술적으로 적용함에 있어 통상 법령개정시 그 부칙에 납세의무가 성립될 당시의 세법이 적용되어야 한다는 일반원칙에 서서 그 적용시기를 규정하고 있는 시행일에 관한 조항을 두고 있는 것이지만, 법령에 대한 정책담당기관에서 내리는 해석이나 지침은 법령의 개정이 수반되지 않는 범위내에서 경제·사회현상 등과 관련하여 과세관청에게 내부적으로 통일적인 업무처리사항을 말하는 것으로, 위 대법원 판례들과 같은 적용시기에 대한 형식적인 엄격성을 요구하지 않고 해석을 변경한 취지나 과세절차 등 제반사정을 고려하여 실질적인 측면에서 부합되면 간혹 시행시기를 정함이 없이도 변경된 유권해석 등을 당해연도에 사실상 부과할 수 있는 시점부터 그를 적용하여야 한다고 볼 수 있는 것이며, 특히, 종합토지세와 같이 당해연도의 세액이 납세성립일이후 상당한 기간동안 제반 과세절차를 거친 후 부과되는 세목일 경우에는 적어도 변경된 해석을 과세권자가 과세자료에 반영할 수 있을 때까지 시행되면 행정관행상 당해연도부터 적용하라는 취지로 보아야 할 것인바, 당해연도 종합토지세는 6.1.이 과세기준일이고, 6.15.부터 6.25.까지 과세자료를 납세자에게 공람 및 이의신청을 하는 등의 과정을 거치며, 7.10.에 과세대상토지가 확정되고, 7.15.부터 9.15.까지 관계기관간 전산입력자료의 송부 및 과세자료의 통보절차가 있으며, 10.16.부터 10.31.까지 납부기간으로 되어 있는 등 그 부과과정을 볼 때, 이 사건 제2차 유권해석은 납세자가 납세성립일전에 이 사건과 동일한 경우에 2001년도 종합토지세 과세표준구분을 어느 것을 적용받아야 되는 지에 대한 질의사항에 대하여 정책담당기관에서 현재의 제반 경제·사회 현상을 고려하여 합목적성이 있는 내용으로 제1차 해석을 변경하여 회시한 것으로, 위와 같은 종합토지세 부과절차상의 특성으로 인하여 이를 납세자에게 회시함과 동시에 공람 및 이의신청 등의 제반 부과절차가 진행되기 전에 일선 과세관청에게 시달하여 당해연도부터 적용될 수 있도록 지침화한 것으로 볼 수 있을 뿐만 아니라 위의 변경된 유권해석을 내리면서 특별한 시행시기를 정하지 않으면서 시달 후 1년을 기다려서 시행한다고 하는 것은 행정관행이나 사회통념상 무리가 있다고 볼 수 있으며, 또한, 처분청에서도 당해연도에는 위 변경된 해석으로 청구인에게 이 사건 종합토지세를 부과한 처분이 표면상으로 확인되고 있는 데, 이러한 사정들이 있음에도 불구하고 처분청에서 단지 변경된 해석이 납세성립일(6.1)을 12일 경과하여 시달하였다하여 그 해석을 당해연도에는 적용되지 않는다고 보아 그 당시 부과처분은 잘못되었다고 하는 주장은 세법에 규정된 제반 과세원칙이나 요건들을 감안하지 않고 지나치게 형식적인 측면만 고려한 결과로서 이는 실질과세의 원칙에 벗어난 것이라고 봄이 상당하다 할 것으로서, 청구인의 경우, 1999.12월 이 사건 건축물을 주상복합건축물로 건축허가를 받았고, 2000.2월 공사를 시작하여 같은 해 4월 설계변경으로 주거용 89.5% 및 비주거용 10.5%로 용도구분되어 2003.10월 사용승인받은 것들을 보면, 이 사건 건축물은 주상복합건축물로서 2000년·2001년도에는 건축 중에 있는 것이 분명하지만 지방세법 제234조의17에서 종합토지세의 과세기준일은 매년 6월 1일로, 납기는 매년 10월 16일부터 31일까지로 한다고 하고 있고, 이 사건 2차 유권해석은 종합토지세 납세의무가 성립되었음에도 불구하고 별다른 경과규정을 정함이 없이 6월 13일부터 시행되고 있다고 하더라도, 위와 같은 제2차 유권해석의 취지 및 종합토지세 부과절차 및 별도합산과세대상에 대한 입법취지 등 제반사정을 비추어 볼 때, 이 사건 건축물에 대한 2000년도 및 2001년도 종합토지세 중 2001년도분은 2차 유권해석을 적용하여 별도합산과세표준으로 적정하게 부과하였는데도 처분청에서 이를 잘못 적용하였다고 하여 이 부분에 대한 종합토지세 등을 주거부분은 종합합산과세표준으로, 비주거 부분은 별도합산과세표준으로 과세하여 그 차액에 대하여 추가로 부과한 처분은 잘못이라고 하겠다.한편,청구인은 멸실 건축물의 연면적 985.47㎡에 적용배율 3배를 곱하여 2,956.41㎡를 멸실 건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로 보아야한다고 주장하나, 구지방세법시행령 제194조의14제1항에서 그 부속토지가 별도합산과세대상인 건축물에 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하도록 되어 있고, 그 면적산정시는 건축물의 바닥면적에 소정의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산출하도록 규정되어 있는데, 이러한 경우에 신축 중인 건축물이 있어서 과세요건이 중복이 될 때는 과세원칙상 이 중 면적이 큰 것을 가지고 과세표준구분대상으로 삼아야 할 것으로서, 멸실된 건축물은 말소일반건축물대장상 지상4층의 점포및사무실 연면적 985.47㎡로 되어 있지만 그 바닥면적은 263.47㎡로 확인되고 있고, 이를 용도별 적용배율 3배를 곱하면 790.41㎡가 멸실된 건축물의 부속토지로 되어서 별도합산과세대상이 되는 것이므로, 이 사건 토지의 2000년도 종합토지세 부과처분시 별도합산과세대상으로 비주거용의 부속토지를 2,941.1㎡로 산정한 것에 비추어 멸실된 건축물의 부속토지는 이에 포함되며, 이 사건 토지의 2001년도분은 전체면적(28,009.2㎡)을 별도합산과세대상으로 하여 이에 포함되는 이상 다툼의 실익이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23.

행 정 자 치 부 장 관

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