조심2010지0737 (2011.02.10)

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외국인투자기업의 증자등기는 등록세 감면대상이라고 회신하고 증자등기에 대한 등록세를 감면해 준 사실이 있으므로 2009.12.19.자 변경된 유권해석은 그 이후 납세의무가 성립한 분부터 적용하는 것이 타당함

조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

처분청이 2010.6.3. 청구법인에게 한 등록세 297,718,260원 및 지방교육세 59,543,630원의 부과처분(<별첨> 참조)을 취소한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 방진 및 방독 마스크 제조 등을 목적사업으로 하여 2006.9.1. 설립된 100% 외국인투자기업으로서, 2007.1.12.부터 2007.11.29.까지 총 6회에 걸쳐 자본금 69,566,000,000원을 증자등기(이하 “쟁점증자등기”라 한다)하고 등록세 등 333,916,800원을 신고납부하였다가, 2008.8.21. 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항 등에 의거 쟁점증자등기에 관하여 등록세 등 감면신청을 하였고, 처분청은 구 OOOOOOO의 OOO 등에 따라 2008.11.11. 환급가산금을 포함하여 등록세 등을 환부하였다.

나. OOO이 2009.12.18. 위 해석을 변경하여외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니한다는유권해석OOO을 전국 시·도지사에게 통보함에 따라, 처분청은 이를 근거로 청구법인이 쟁점증자등기 당시 감면받은 위 등록세 297,718,260원 및 지방교육세 59,543,630원을 2010.6.3.청구법인에게 부과고지하였다(<별첨> 참조).

다.청구법인은 이에 불복하여 2010.9.1.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)자본증자는 목적사업의 운영 및 확충을 위해 필요한 재원을 조달하는 기업활동으로서 청구법인의 사업을 위한 필수적인 활동으로 볼 수 있고, 이로 인해 유입되는 자본금은 「조세특례제한법」 제121조의2 제4항의 “신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산”에 해당된다고 봄이 타당하므로, 증자등기에 관한 등록세도 「조세특례제한법」 제121조의2 제4항의 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 등록세에 포함된다고 할 것이다.

(2) 판례OOO에 의하면 개별적 질의를 한 납세자에 대한 과세관청의 질의회신은 그와 동일한 사안에 관련된 납세자에게도 명시적인 공적 견해표명에 해당하는 바, 2004년 이후 두 차례에 걸친 과세관청의 증자등록세 감면에 대해 유권해석은 비록 청구법인이 해당 유권해석의 질의자가 아니어도, 청구법인에 대한 과세관청의 명시적인 공적 견해표명에 해당되고, 청구법인의 개별적 질의는 없었다고 하더라도 증자등록세 감면에 대한 기존 예규에 근거한 비과세관행이 성립하였는바, 청구법인에 대한 묵시적인 공적 견해표명이 성립한 것으로 볼 수 있으므로 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반한다.

또한, 「 지방세법」 제1조의2 제3항에서 세법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니하고 새로운 해석은 해석이 있는 날 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 이러한소급과세금지의 원칙에 따라 이미 납세의무가 종료된 청구법인의 증자등록세에 대해 과세관청이 새로운 해석OOO을 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에도 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항의 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 최초 투자시 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용 재산에 대한 취득·등록·재산세를 외국인투자비율만큼 추가로 감면하겠다는 것이며, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 면제대상에 해당하지 아니한 것인 바, 청구법인의 자본금 증자등기는 등록세 감면대상에 해당하지 아니한다.

(2) 또한, OOO은 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력있는 심판기관 등에 의하여 달리 내려질 수는 있는 것일 뿐아니라 OOO과 처분청이 청구법인에게 이에 대하여 과세하지 아니하겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로, 신의성실의 원칙 내지 소급과세금지의 원칙을 위반하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 주위적 청구

외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세가 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항의 감면대상인지 여부

② 예비적 청구

OOO의 유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 조세특례제한법

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)①다음 각 호의어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자( 「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서대통령령으로 정하는 기준에 해당하는외국인투자에 대해서는제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한산업지원 서비스업및고도의 기술을 수반하는 사업

④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 「지방세법」 제9조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.

1. 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.

제121조의4(증자의 조세감면)①외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다.다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

(나) 정부조직법(2008.2.29. 법률 제8852호로 전부개정되기 전의 것)

제34조(행정자치부) ① OOOOOOO은 국무회의의 서무, 법령 및 조약의 공포, 공무원의 복무 및 연금관리 상훈, 정부조직과 정원의 관리, 정부혁신, 행정능률, 전자정부, 정부청사의 관리, 지방자치제도, 지방자치단체의 사무지원·재정·세제, 지방자치단체간 분쟁조정, 선거, 국민투표, 민방위·재난관리 제도에 관한 사무를 관장한다.

(다) 행정자치부와그소속기관 직제(2005.12.9. 대통령령 제19167호로 개정되기 전의 것)

제14조(지방재정세제국) ① 지방재정세제국에 국장 1인을 두고, 국장 밑에 지방세제심의관을 둔다.

② 국장은 이사관 또는 부이사관으로, 지방세제심의관은 부이사관으로 보한다.

③ 국장은 다음 사항을 분장한다.

33. 지방세관련법령 및 조세특례제한법률등 관련 국세법령의 운영

36.지방세법령에 관한 질의회신 및 세무상담

37. 지방세 과세표준의 적정운영을 위한 제도의 개발ㆍ개선 및표준지침 시달

(2) 쟁점② 관련

(가) 지방세법

제1조의2(해석의 기준 등) ③ 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들어진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

제84조(국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.

(나) 국세기본법

제15조(신의·성실)납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 방진 및 방독 마스크 제조 등을 목적사업으로 하고 2006.9.1. 설립된 100% 외국인투자기업으로서, 2007.1.12.부터 2007.11.29.까지 총 6회에 걸쳐 자본금 69,566,000,000원을 증자하고 쟁점증자등기에 대한 등록세 및 지방교육세를 신고납부하였다가, 2008.8.21. 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항 등에 의거 쟁점증자등기에 관하여 등록세 등 감면신청을 하였고, 처분청은 구 OOO의 거듭된 질의회신OOO에 따라 쟁점증자등기에 관한 등록세297,718,260원 및 지방교육세 59,543,630원을 환부하였다.

(나) 또한, 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에는 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다고 규정하고 있는바, 이에 대하여 구 OOO은 ① 2004.6.8. OOO에게 “외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당하다”고 회신OOO하였고, ② 2008.10.23. OOO에게 “외국인투자기업이 증자하는 경우에는 「조세특례제한법」 제121조의2의 규정을 준용하여 등록세 등의 감면대상이라고 보이나, 법인설립등기의 경우에는 증자에대한 감면과 같이 별도의 감면규정이 없으므로 감면대상에서 제외하는것이 합리적이다”라고 회신OOO하였으며, ③ 2009.12.18. 종전의 질의회신 내용을 변경하여 “ 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 최초 투자시 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용재산에 대한 취득·등록·재산세를 외국인투자비율만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니하는 것”이어서, ‘부과제척기간 미도과분에 대하여 가산세는 배제하고 등록세를 추징’하도록 하는 ‘외국인투자기업 증자등기에 대한 등록세 감면에 관한 법규해석 및 세정운영 기준’을 전국 시·도지사에게 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2010.6.3. 청구법인에게 쟁점증자등기에 관하여 감면하였던 등록세 등(가산세 제외)을 부과고지하였다.

(다) 한편, OOO에게 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세가 감면대상이 아니라고 회신OOO한 사실이 있지만, 동 회신내용과는 달리 OOO에서는 외국인투자기업의 증자등기에 대하여 등록세를 감면하여 왔으며, OOO에서도 각 시·군별로 등록세 감면 적용 여부를 달리 하다가 2008.10.23. OOO이 감면대상이라는 취지로 회신한 이후 감면대상으로 보아 외국인투자기업이 감면신청한 등록세를 환부하여준 사실은 심리자료에서 알 수 있다.

(2) 먼저, 외국인투자기업의 증자등기 자체에 대한 등록세가 감면대상인지 여부에 관하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항에 의하면 외국인투자기업이 증자하는 경우 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 같은 법 제121조의2 및 제121조의3을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제121조의2 제4항에서는 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다고 규정하고 있으며, 그 제1호 본문 전단에서 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을 감면하는 것으로 규정하고 있고, 「지방세법」 제131조 내지 제136조는 부동산등기, 자동차등록 등 재산등기에 관한 사항이고 제137조는 법인의 설립과 불입, 자본증가 등 법인등기에 관하여 규정하고 있는 바, 등록세 과세체계상 법인의 재산등기와 법인등기가 명확히 구분된다 할 것이고, 외국인투자기업의 증자등기에 관하여 감면규정을 둔 입법취지가 증자분에 대하여도 법인 설립시와 동등하게 재산등기에 관하여 조세혜택을 부여하고자 하는 것으로, 법인 설립시 최초 투자에 대한 자본등기의 경우 감면이 배제됨에도 불구하고 증자분에 대한 자본등기에 대하여만 감면하는 것은 과세체계상 모순이다.

(나) 따라서, 「조세특례제한법」 제121조의4 제1항의 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 법인 설립시 최초 투자에 대한 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용 재산에 대한 취득세·등록세·재산세를 외국인투자비율 만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 해석된다.

(3) 다음으로, OOO의 유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부에 관하여 살펴본다.

(가) 일반적으로 조세법률관계에서 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙의 적용은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있다 할 것이다OOO

(나) 살피건대, 「정부조직법」(2008.2.29. 법률 제8852호로 전부개정되기 전의 것) 제34조는 구 OOO이 지방자치단체의 세제에 관한 사무를 관장하는 것으로 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법」 제121조의2 제4항이 취득세, 등록세 및 재산세를 감면하는 대상에 관하여 “외국인투자기업이 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산”이라고만 규정하고 있어 감면대상에 자본금 증자등기에 대한 등록세가 포함되는지 여부에 대하여 여러 가지 해석이 있을 수 있는 상황에서, 구 OOO이 2004.6.8.과 2008.10.23. 외국인투자기업의 증자등기는 등록세 감면대상이라고 회신하였던 점, 이에 따라 OOO 등이 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세를 감면해 준 사실이 있는 점, 2009.12.19.자 OOO의 변경된 유권해석은 그 이후 납세의무가 성립한 분부터 적용하는 것이 납세자의 법적 안정성·정의·형평 등의 관점에서 더 합리적인 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 새로운 유권해석에 따라 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별첨> 쟁점증자등기에 관한 등록세 부과고지 현황

(단위 : 원)