1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1987. 10. 19. 경남 남해군 B 답 2,223㎡ 및 C 답 89㎡(위 각 토지를 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였고, 2016. 6. 21. 이 사건 토지를 D에게 양도하였다.

나. 원고는 2016. 8. 31. 이 사건 토지에 대한 양도소득세 114,826,556원을 신고하면서 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제4항에 따라 장기보유 특별공제를 적용하지 아니하였으나, 아래와 같이 구 소득세법이 개정되자 2017. 4. 17. 피고에 대하여 2016년 과세연도 양도소득세 40,627,960원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 피고는 2017. 5. 2. ‘이 사건 토지는 비사업용 토지로서 당초 신고내용이 정당하다’라는 사유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

구 소득세법 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 (중략) 다음 [표 1]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.

다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이...