쟁점판결에 따라 청구법인이 후발적 사유로 한 경정청구가 적법한지 여부(경정)

1. OOO세무서장이 2009.1.28. 청구법인에게 한 2001년 제1기 예정분 부가가치세 1,644,615,440원, 2001년 제1기 확정분 부가가치세 3,052,582,490원, 2001년 제2기 예정분 부가가치세 5,043,736,140원, 합계 9,740,934,070원의 환급 경정청구에 대한 거부처분은2,484,000원[서울중앙지방법원의 판결(2007가단54274, 2008.8.14.선고)과 관련하여 소를 제기한 회원 중 당해 과세기간에 가입한 92명의 부가가치세]을 환급하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구법인은 1999.1.15. 개업하여 차량소유자를 대상으로 회원을 모집하여 가입비와 연회비를 징수하고 회원의 교통위반범칙금을 대납하여 주는 내용의 범칙금대납업을 영위하다가, 범칙금대납업이 실질적으로 무허가 보험사업으로서 「유사수신행위 규제에 관한 법률」 제2조 제4호 소정의 유사수신행위에 해당된다는 대법원의 판결(2001도205, 2001.12.24.선고)에 따라 2002년말경 사업을 중지하고 처분청에 휴업신고를 하였다.

나. 위 대법원 판결을 근거로 청구법인의 회원들은 2002년말경부터 청구법인을 상대로 부당이득금 반환소송을 제기하였고, 서울지방법원 동부지원은 위 부당이득금 반환소송에서 ‘이 사건 범칙금대납업은 법률이 금지하는 업무에 해당되어 처음부터 이행이 불가능하였으므로 결국이 사건 회원가입계약은 무효라 할 것이므로 청구법인은 각 회원들에게 회원가입비를 부당이득으로 반환할 의무가 있으며, 회원가입비를 반환함에 있어서 청구법인이 회원들로부터 원천징수하여 납부한 원천징수세액은 과세관청으로부터 환급받을 수 있으므로 연회비 반환액에서 공제할 필요가 없다’는 취지의 판결을 반복적으로 하였다(서울지방법원 동부지원 2003.3.7. 선고 2002가합5147 판결, 2003.7.7. 선고 2002가합3035 판결, 2003.7.9. 선고 2002가단27225 판결 및 2004.4.26. 선고 2002가단20781 판결 등 다수 참조).

다. 위 서울지방법원 동부지원의 판결내용에 따라 청구법인은 2003.7.25. 국민고충처리위원회에 제1차로 고충민원을 제기하여 청구법인이 1999년 1기부터 2000년 2기까지 납부한 부가가치세 25억원을 환급하여 줄 것을 청구하였고, 처분청은 국민고충처리위원회의 권고(국민고충처리위원회 2003고충7719, 2003.9.26.)를 받아들여 2003.11.18.자로 위 부가가치세 25억원을 환급하였다.

라. 청구법인은 2003년 10월경 국민고충처리위원회에 제2차로 고충민원을 제기하여 청구법인이 2001년 1기부터 2002년 2기까지 납부한 부가가치세 148억원도 환급하여 줄 것을 청구하였고, 국민고충처리위원회에서는 2003.10.15. 처분청에 ‘위 제2차 고충민원도 제1차 고충민원 처리결과에 따라 처리’하도록 권고(국민고충처리위원회 일삼07000-2727, 2003.10.15)하는 한편, 2004.2.2. 청구법인에게 이와 같은 내용의 고충민원 처리결과를 통지(국민고충처리위원회 조사3과-207, 2004.2.2.)하였으나, 처분청은 위 제2차 고충민원에 대한 처리를 지연하다가 청구법인이 2005.7.25. 제3차로 고충민원을 제기하자, 2005.11.8.자로 약 5천만원(2001년 1기 16,354,300원, 2001년 2기 33,649,800원 합계 50,004,100원)만 환급하고, 나머지 부가가치세는 환급하지 아니하였는바, 그 이유는 “2000.12.29. 개정된 부가가치세법시행령 제33조 제1항 제10호의 규정에 의하면, 보험업법에 의한 보험업만 부가가치세 면세사업으로 규정하고 있어 무허가 보험사업은 부가가치세 면세규정이 적용되지 아니하므로 청구법인이 2001년 1기부터 2002년 2기까지 납부한 부가가치세는 적법한 납부행위로 환급이 불가하나, 다만 청구법인을 상대로 부당이득금 반환소송을 제기하여 승소한 회원들이 납부한 부가가치세 5천만원은 고충처리 차원에서 계약의 취소로 보아 환급(OOO, 2005.11.8.)”하는 것으로 되어 있다.

마. 청구법인은 위 제3차 고충민원에 대한 처분청의 처리내역에 불복하여 2005년 12월경 제4차로 고충민원을 제기하였으나, 국민고충처리위원회에서는 처분청의 의견을 받아들여 청구법인의 고충민원을 수용하지 아니하였다(OOO 2006.2.16.).

바. 이 후,청구법인은 회원들이 청구법인을 상대로 제기하여 승소한 다수의 부당이득금 반환소송 판결(서울지방법원 동부지원 2003.3.7. 선고 2002가합5147 판결, 2003.7.9. 선고 2002가단27225 판결 등)을 근거로 2007.1.26. 국가(처분청)를 상대로 한 부당이득금 반환 청구소송(수원지방법원 2007가합1909)을 제기(이후 종전 심판청구사건이 일부 인용되자 취하하였음)하는한편, 2007.7.11. 당시 재정경제부로부터 ‘원시적으로 이행이 불가능하여 당연무효인 계약에 기초한 용역의 공급은 부가가치세법상 과세되는 용역의 공급에 해당되지 아니하므로 동 계약관계에 기초하여 신고납부한 부가가치세는 국세기본법 제51조 소정의 과오납금에 해당된다’는 취지의 유권해석(OOO, 2007.7.11 참조)을 받고, 이를 첨부하여 2007.8.22. 처분청에 2001년 제1기예정분 ～ 2002년 제2기 확정분 부가가치세를 과오납금으로 환급결정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.

사. 이에 청구법인은 2007.11.13. 심판청구(국심2007서5238, 이하 “종전 심판청구”라 한다)를 제기하였고,종전 심판청구에 대하여 우리 원은, 청구법인이 환급청구 한 부가가치세(청구법인은 신고세액 기준으로 환급청구를 하였음) 중 청구법인이 ‘재판상 청구’를 한 날(2007.1.25.)로부터 소급하여 5년 이내에 실제로 납부한 2001년 제2기 확정분 ～ 2002년 제2기 확정분 부가가치세는 동재판상의 청구로 인하여 국세환급금의 소멸시효가 중단되어 환급함이 타당하고, 나머지2001년 제1기 예정분 ～ 2001년 제2기 예정분부가가치세는 동 재판상 청구일 현재 소멸시효가 이미 완성되어환급대상에서 제외하는 것이 타당하다고 결정(국심2007서5238, 2008.10.15. 합동회의)하였으며,처분청은 이에 따라2001년 제2기 확정～ 2002년 2기 확정분 부가가치세를 청구법인에게 환급하였다(아래<표> 참조).

<표> 청구법인의 부가가치세 납부 및 환급내역

* 음영부분이 이 건 심판청구관련 세액(쟁점부가가치세)임

* 1999년 제1기～ 2000년 제2기분은 국민고충위원회 고충민원 제기하여 환급받음.

아. 그런데, 청구법인의 범칙금대납업과 관련하여 피해를 입은 회원들 중 일부[158명, 그 중 92명이 2001.1.1.부터 2001.9.30.까지의 기간 중에 가입하였으며 1인당 가입비는 297,000원(부가가치세액은 27,000원)임]가 다시 청구법인을 상대로 부당이득반환청구소송을 2007.2.20. 제기하였고, 서울중앙지방법원은 2008.8.14. 청구법인의 영업행위는 법률이 금지하는 업무에 해당되어 처음부터 이행이 불가능하여 회원가입계약은 무효이므로 청구법인이 수령한 가입비는 부당이득금으로서 회원에게 반환(소멸시효 10년)하여야 하고 청구법인이 거래징수하여 납부한 부가가치세의 납부의무자는 회원들이 아닌 청구법인이므로 회비에 포함된 부가가치세도 청구법인이 회원들에게 지급하여야 한다고 판결(서울중앙지방법원 2007가단54274, 2008.8.14. 선고, 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였다.

자. 청구법인은 2008.8.14. 쟁점판결이 선고되자, 종전 심판청구에서 국세환급금의 소멸시효가 완성되었다고 하여 환급받지 못한 2001년 제1기분 부가가치세 및 제2기 예정분 부가가치세의 과세표준 및 세액과 관련하여 쟁점판결이 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보아 2008.9.30. 처분청에 2001년 제1기 예정분 부가가치세 1,644,615,440원, 2001년 제1기 확정분 부가가치세 3,052,582,490원, 2001년 제2기 예정분 부가가치세 5,043,736,140원, 합계 9,740,934,070원(이하 “쟁점부가가치세”라 한다)의 감액경정 및 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 2009.1.28. 처분청은 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

차. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 후발적 경정청구는 신고 또는 결정 당시에는 예기치 못했던 사유가 발생하여 당초의 과세표준과 세액의 산정 기초에 변동이 발생하였음에도 그 변동에 따른 경정결정이 없으면 납세의무자에게 불이익이 발생하게 되므로 이를 시정하기 위한 제도이고, 이는 조세채무 성립 또는 이행 후 조세채무 성립의 전제요건인 사법상 법률행위의 해제 및 취소 등의 사유로 사법상의 법률관계에 변동이 발생했을 경우 그 효과를 조세법에 반영하여 조세법률관계도 변경하여야 한다는 점을 고려한 제도이다.

(2) 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호는 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에는 후발적 사유에 의한 경정청구를 할 수 있도록 하고 있는바, 쟁점판결은 청구법인의 범칙금대납업이 무효라고 확인하였고, 부가가치세 과세대상인 용역의 공급행위는 ‘유효한 계약에 의한 공급행위’를 과세대상으로 하는데 그 공급행위가 무효로 확인된 이상 과세대상이 아니므로 위 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에서 규정한 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에 해당하여 후발적 경정청구 대상이다.

(3) 처분청은 쟁점부가가치세와 관련된 종전 심판청구가 종결되었다고 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 이는 사실오인 내지 법리오해에 의한 것이다. 즉, 종전 심판청구의 대상은 부가가치세의 과오납으로 인한 환급청구이고, 이 건 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 의거 후발적 경정청구사유인 쟁점판결이 확정되어 한 경정청구로 과오납금 환급청구와 후발적사유로 인한 경정청구는 그 법적근거, 청구사유, 청구기간 등 그 요건과 절차에 있어 서로 근본적으로 다른 제도이다.

따라서, 처분청은 이 건 경정청구가 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호의 요건에 적합한 것인지를 검토하여 경정결정을 하여야 함에도, 이와는 관련없는 기존의 환급금청구를 이유로 이 건 경정청구를 거부함은 부당하다.

(4) 쟁점판결은 청구법인의 범칙금대납업이 기초사회질서에 반하는 유사수신행위로서 효력규정을 위반하여 그 법률행위 자체가 무효라고 판결하였고, 무효인 법률행위에 기초한 부가가치세 과세대상 거래행위는 당연무효에 해당하고, 이에 따라 당초의 신고납부는 적법한 법률행위를 전제로 한 것이므로 당연히 경정되어야 한다.

쟁점판결에서도 부가가치세법상 납세의무자가 청구법인임을 근거로 청구법인이 소송당사자인 회원에게 반환할 부당이득에서 부가가치세를 공제하지 않도록 판결하였으며, 이는 청구법인이 거래징수하여 납부한 부가가치세를 처분청으로부터 환급받을 수 있음을 전제로 한 것이다.

(5)청구법인은 회원가입무효로 인한 부당이득반환청구권의 소멸시효(법원은 10년으로 판결)가 완성되기 전까지는 지속적으로각 회원들에게 부당이득반환의무를 이행하여야 할 상황에 놓여있으나, 회원가입원금에 대한 부가가치세 27,000원은국가가 법률상 원인없이 부당이득을 취하여 청구법인의 재산권을 부당하게 침해하고 있는 것이므로 마땅히 청구법인에게 반환하는 것이 공평의 원리에도 합당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점판결의 내용을 보면 ‘청구법인의 범칙금대납업은 법률이 금지하는 업무에 해당하여 처음부터 이행이 불가능하였던 것인바, 당초 회원가입계약은 무효이므로 각 연회비를 부당이득으로서 반환할 의무가 있다’는 것인바, 이는 종전 심판청구의 결정문에 언급된 대법원, 서울지방법원 동부지원 및 재정경제부 유권해석(OOOOO OOOOOOOOO, 2007.7.11.)의 내용과 같은 내용이고, 조세심판원은 종전 심판청구에 대한 결정에서 위 판결문 내용 등을 인용하여 청구법인이 납부한 부가가치세의 일부를 환급할 것을 결정한 사실이 있다.

따라서 쟁점판결은 종전 심판청구의 심리과정에서 인용한 기존의 대법원 및 서울지방법원 동부지원의 판결을 재차 확인하는 것에 불과하다.

(2) 청구법인은 쟁점판결이 종전 심판청구에서 구제받지 못한 회원들(2001년 중에 범칙금 수수료를 납부한 자들)에 대한 것이므로 후발적 사유에 해당한다고 주장하나, 종전 심판청구 결정문에서 위 회원들의 회원가입계약은 무효이므로 즉시 환급하는 것이 타당하나 국세환급금의 소멸시효가 완성된 세액은 환급대상세액에서 제외하는 것이라고 판단하였다.

종전 심판청구에서 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간내에 범칙금수수료를 납부한 회원들에 대하여 심리를 하지 아니하였다면 쟁점판결이 후발적 사유에 해당한다고 볼 수 있을 것이나, 종전 심판청구에서 이들에 대하여 이미 심리하고 쟁점판결과 동일하게 결정하였으므로 쟁점판결이 후발적 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

(3) 또한, 청구법인은 쟁점판결에서 부당이득반환대상에 대하여 소멸시효를 「민법」제162조 제1항에 의하여 10년으로 보아야 한다는 판결에 따라 부가가치세는 국가가 부담하여야 한다는 주장이나, 「국세기본법」제54조(국세환급금의 소멸시효)에 의하면 ‘납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 대한 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다’고 규정하고 있는바, 쟁점판결의 부당이득반환대상이 되는 부가가치세액은 종전 심판청구 결정문에서 보는 바와 같이 이미 소멸시효가 완성된 것으로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

국세환급금의 소멸시효가 완성된 후 쟁점판결에 따라 청구법인이 후발적 사유로 한 경정청구가 적법한지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는제1항에서 규정하는 기간에 불구하고그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1.최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서과세표준 및 세액의 계산근거가 된거래 또는 행위 등이그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

제54조 【국세환급금의 소멸시효】 ① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는「민법」에 의한다.

(2) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때

제33조 【국세환급금등의 환급】① 세무서장은 법 제51조의 규정에 의하여 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 충당하고, 잔여금이 있는 때에는 이를 당해 연도의 소관 세입금 중에서 납세자에게 지급하도록 한국은행에 통지하여야 한다.

② 한국은행은 제1항의 규정에 의한 통지를 받은 때에는 지체없이 환급에 필요한 절차를 취하여야 한다.

③ 법 제51조 제1항 후단의 규정에 의한 환급청구는 기획재정부령이 정하는 환급신청서에 의한다.

다. 사실관계 및 판단.

(1) 우리 원의 종전 심판청구 결정서에 따르면, 청구법인이 법칙금대납업을 영위하면서 부가가치세를 신고·납부한 행위의 하자가 중대하고도 명백하여 당연무효인지에 대하여 대법원과 서울지방법원 동부지원이 「청구법인의 영업행위는 법률(유사수신행위규제에 관한 법률)이 금지하는 행위에 해당되어 처음부터 이행이 불가능하였으므로 결국 이 사건 회원가입계약(이 건 신고행위의 근거가 된 법률행위)은 당연무효이고, 청구법인이 회원들로부터 수령한 회원가입비는 법률상 원인이 없는 부당이득으로서 각 회원들에게 반환되어야 하며, 회원가입비를 반환함에 있어 청구법인이 회원들로부터 원천징수하여 납부한 원천징수세액(쟁점부가가치세)은 과세관청으로부터 환급받을 수 있으므로 연회비 반환액에서 공제할 필요가 없다」는 취지의 판결을 계속적 반복적으로 하고 있는 점, 세법의 해석기관인 재정경제부에서도 ‘현실적으로 이행이 불가능하여 당연무효인 계약관계에 기초한 용역의 공급은 부가가치세법상 과세되는 용역의 공급에 해당되지 아니하므로 동 계약관계에 기초하여 신고납부한 부가가치세는 법률상 원인없이 납부한 「국세기본법」제51조 소정의 오납금에 해당한다’고 해석하고 있는 점(OOO 2007.7.11. 참조), 청구법인이 당초 쟁점부가가치세를 신고납부하게 된 경위가 법률에 대한 무지 내지는 착오에서 비롯된 것으로 보이고, 쟁점부가가치세를 환급하지 않을 경우 청구법인이 회원들에 대한 가입비 반환의무를 이행할 수 없으며(2006년에 63명, 2007년에 204명의 회원이 청구법인을 상대로 가입비 반환소송을 제기함), 이 건 환급청구가 거부될 경우 민사상의 소송절차 이외에 다른 구제수단이 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인은 조세 채무가 존재하지 아니하여 처음부터 납부할 의무가 없는 세액을 납부한 것이고, 청구법인의 이 건 부가가치세 신고행위 또한 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연무효라고 할 것이므로 부가가치세는 「국세기본법」제51조 소정의 과오납금에 해당된다고 보는 것이 타당한 것으로 결정하였음이 나타난다.

(2) 이와 함께, 「국세기본법」제51조 소정의 오납금은 법률상 원인없이 납부된 세액이라는 점에서 민법 제741조 소정의 부당이득과 유사하나, 「민법」제741조 소정의 부당이득반환청구권이 타인의 재산이나 노무로 인하여 발생한 이득이 정당한 권리자에게 귀속되지 않는 경우에 이를 시정하기 위한 민사상의 제도인 반면, 「국세기본법」제51조 소정의 과오납금 환급청구제도는 과세관청이 과오납금을 국세환급금으로 결정하지 않는 경우에 이의 환급을 청구할 수 있는 제도로 해석되므로, 과세관청이 오납금을 국세환금금으로 결정하지 않는 경우에는 납세의무자는 「 국세기본법」제45조의2 소정의 경정청구를 하거나, 같은 법 제51조 제1항 후단의 규정에 의한 환급청구를 할 수 있다고 되어 있으며, 청구법인이 환급청구한 부가가치세 중 청구법인이 ‘재판상 청구’를 한 날(2007.1.25.)로부터 소급하여 5년 이내에 실제로 납부한 2001년 제2기 확정분 ～ 2002년 제2기 확정분은 국세환급금의 소멸시효가 중단된 것으로 보아 환급하고, 나머지 2001년 제1기 예정분 ～2001년 제2기 예정분 부가가치세(쟁점부가가치세)는 재판상 청구일 현재 소멸시효가 이미 완성된 것으로 보아 청구법인의 과오납금 환급청구를 거부함이 타당한 것으로 결정하였음이 나타난다(국심2007서5238, 2008.10.15. 합동회의 결정).

(3) 청구법인은 최초로 2003.3.7. 범칙금대납업과 관련한 회원가입계약이 무효라는 서울지방법원 동부지원의 판결(2002가합5147)을 받은 후 처분청에 경정청구를 하지 아니하고, 2003.10.25. 및 2005.7.25. 국민고충처리위원회에 고충민원을 신청하는 등의 방법으로 쟁점부가가치세를 환급하여 줄 것을 요구하였는 바, 청구법인은 최초판결 당시 1999년 부가가치세는 이미 통상적 경정청구기한 3년이 경과한 후였고, 후발적 사유에 의한 경정청구가 가능하다는 것을 알았을 때는 이미 최초 판결후 2개월이 경과한 후여서 우선 고충민원을 통하여 환급요구를 하였으며, 나중에 구 재정경제부의 유권해석을 받아 종전 심판청구를 하였다고 소명하고 있다.

(4) 살피건대, 청구법인은 이미 국세기본법상 과오납으로 인한 환급청구를 하여 국세환급금의 소멸시효가 완성되지 아니한 부가가치세를 환급받았는바, 이와는 별도로 쟁점판결에 따라 후발적 사유에 의한 경정청구가 가능한지 여부에 대하여 본다.

(가) 종전 심판청구에서 쟁점부가가치세에 대한 심리를 하였다 하더라도 종전심판청구의 불복대상은 「국세기본법」제51조 제1항 후단의규정에 의한 환급청구에 대한 거부처분으로서무효인 계약관계에 기초하여 신고납부한 부가가치세가 과오납금에 해당하는지에 대하여 심리·결정한 반면,이 건 심판청구의 불복대상이 된 처분은 「 국세기본법」제45조의2 제2항에 의한 소정의 판결에 의한 후발적 사유가 발생하여 한 경정청구에 대한 거부처분인바,환급청구에 대한 거부처분과는 법적근거·청구사유·청구기간 등이 다른 경정청구에 대한 별개의 처분이므로 중복청구에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(나) 한편, 과오납금 환급청구와 후발적 경정청구는 국세기본법에서 별도의 제도로 규정되어 있는바, 소멸시효가 경과하여 과오납급 환급청구가 불가능한 경우에도 잘못된 과세처분을 시정하고 납세자의 권리구제에 충실을 기한다는 면에서 볼 때, 후발적 경정청구사유가 발생하였다면 이를 바탕으로 한 경정청구를 통하여 잘못된 조세법률관계를 바로잡는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

(5) 청구법인의 경정청구가 가능한 것으로 볼 경우에도 국세환급금의 소멸시효가 적용되는지에 대하여 본다.

(가) 「 국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에는 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있으며, 대법원은 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다고 판시(대법원 2005두7006, 2006.1.26.선고)하고 있고, 2007.12.31. 신설된 「국세기본법」제26조의2 제2항 제3호에서 같은 법 제45조의2 제2항에 따른 경정청구에 대하여 부과제척기간의 예외규정을 두고 있는바, 이는 과세표준의 경정사유가 납세의무자 자신의 임의적 의사와는 관계없이 판결 등 외부의 우연한 사정에 의하여 발생할 경우 과세표준을 경정함으로써 납세의무자를 보호하기 위하여 둔 특별규정으로 보인다.

(나) 이러한 측면에서 볼 때,이 건 심판청구는 「 국세기본법」제45조의2 제2항에 의한 소정의 판결에 의한 후발적 경정청구로서 「국세기본법」제51조 소정의 환급금청구와는 그법적근거·청구사유·청구기간 등이 다른 별개의 청구이므로 국세환급금청구의 소멸시효 적용대상이 아니라고 할 것이고, 결국청구법인이 이 건 경정청구를 쟁점판결에 의하여 후발적 사유가 발생한 날부터 2개월 내에 하였다면 국세환급금에 관한 소멸시효가 경과한 경우에도 경정청구가 가능한 것으로 판단된다.

(6) 쟁점판결 이전에 선 판결(서울지방법원 동부지원 2003.3.7. 선고 2002가합5147 판결등 다수)이 있는 경우에도 쟁점판결이 「국세기본법」제45조 제2항 제1호의 후발적 경정청구의 요건인 “판결”에 해당하는지에 대하여 본다.

(가) 「 국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미한다 할 것이고(대법원 2005두7006, 2006.1.26.선고), ‘다른 것으로 확정’이라 함은 거래 또는 행위 등의 실질이 변경(귀속자의 변경, 계약이 무효로 변경, 소득종류의 변경 등)되어 결국 과세요건이 변경된 것을 의미한다고 보이는 바, 쟁점판결은부가가치세 과세표준의 근거가 된 범칙금대납서비스 공급거래가 무효임을 확정한 판결로서 거래 또는 행위 등의 실질이 변경되었다고 볼 수 있다 할 것이다.

(나) 또한,쟁점판결 이전에 선 판결이 있다 하더라도국세기본법상 후발적 경정사유가 되는 판결은 당해 거래 또는 행위와 관련된 판결을 의미할 뿐 최초 판결과 그 이후의 판결에 차이를 두고 있지 아니하여 쟁점판결에 의한 경정청구가 적법하지 아니한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(7) 다음으로,청구법인의 경정청구를 적법한 것으로 보더라도 쟁점판결은 청구법인의 일부 회원인 158명(2001년말 현재 청구법인의 총 회원은 약 30만명임)이 소를 제기한 것으로 쟁점부가가치세 과세기간의부가가치세 2,484,000원(92명 × 27,000원, 나머지 66명 회원은 타 부가가치세 과세기간분으로 기 환급)만을 환급하여야 하는지 아니면 청구법인이 모든 회원들과 동일한 거래를 하였으므로 쟁점부가가치세 전부를 환급하여야 하는지에 대하여 보면,“판결”이라 함은 거래 또는 행위의 법률효과에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것이며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정한다고 보아야 하므로쟁점판결과 관련하여 직접 소를 제기한 회원 중 쟁점부가가치세 과세기간에 가입한 회원의 부가가치세 2,484,000원을 환급함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.