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[청구번호]
조심 2019인4501 (2020.04.16)
[세 목]
양도
[결정유형]
경정
[결정요지]
쟁점건물의 장부가액이 청구인의 주장과 같이 000원인 사실을 처분청도 인정하고 있으므로, 쟁점건물의 장부가액을 000원으로 보아 이를 기초로 감가상각비를 재계산하여 쟁점건물의 취득가액을 산정하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[관련법령]
[주 문]
OOO세무서장이 2019.9.5. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO부과처분은 청구인이 2007.8.14. OOO지상에 신축⋅취득한 공장건물의 장부가액을 OOO으로 보아 이를 기초로 감가상각비를 재계산하여 해당 건물의 취득가액을 산정하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 2005.7.20. OOO외 5필지 공장용지 2,740㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2007.8.14. 그 지상에 공장건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하였고, 2018.11.21. 쟁점토지 중 수용되고 남은 2,649㎡(이하 “쟁점잔여토지”라 한다) 및 쟁점건물을 OOO양도한 후,
2019.1.31. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 쟁점토지의 취득가액을 OOO(이하 “쟁점전매취득가액”이라 한다)으로, 쟁점건물의 취득가액을 OOO에서 감가상각비를 공제한 OOO으로 하여 쟁점잔여토지 및 쟁점건물의 양도소득에 대한 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 신고⋅납부하였다.
나. 처분청은 2019.7.15.부터 2019.8.3.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 쟁점토지의 취득가액을 공부상 거래가액인 OOO(이하 “공부상취득가액”이라 한다)으로, 쟁점건물의 취득가액을 세금계산서 수취금액인 OOO에서 감가상각비를 차감한 OOO으로 하여 2019.9.5. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 결정⋅고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) OOO2004.6.12. 토지 소유주인 OOO으로부터 OOO내의 토지 약 960평을 매입하기로 매매계약(잔금일 2004.11.30.)을 체결한 후, 청구인에게 2005.1.21. 미등기 상태로 이를 전매하는 계약(이하 “쟁점전매계약”이라 하고, 그 계약서를 “쟁점전매계약서”라 한다)을 체결하였고, 청구인은 위와 같이 OOO로부터 해당 토지를 취득하기로 한 후 소유권을 이전하기 위하여 2005.7.15. 등기부상 소유자인 OOO외 3인과 거래가액을 OOO(공부상취득가액)으로 한 부동산매매계약(이하 “공부상매매계약”이라 하고, 그 계약서를 “공부상매매계약서”라 한다)을 체결하였으며, 이후 공장부지 허가조건으로 분양예정 면적 중 413㎡가 도로 등에 편입됨에 따라 최종 분양 면적이 2,740㎡로 감소되어 청구인은 최종적으로 위 토지 중 2,740㎡(약 830평, 쟁점토지)를 OOO(평당 OOO쟁점전매취득가액)에 취득하였다.
(2) 쟁점토지의 실제 취득가액의 적정성을 판단하는데 참고할 수 있는 연접토지(OOO외 3필지 8,714㎡)의 2005.11.29. 분양가액은 OOO으로, 공부상취득가액의 평당 단가OOO에 비해 쟁점전매취득가액의 평당 단가OOO와 유사한 점, 쟁점토지는 OOO입구에 위치하고, 한 면은 대로변에 접하고 또 다른 한 면은 공단 내 도로에 접하고 있어 위 연접토지에 비해 입지적으로 유리하며, 면적이 작아 해당 토지의 평당 거래가액OOO보다 높게 거래OOO되는 것이 실제에 부합한다 할 것인 점 등에 비추어, 쟁점토지의 실제 취득가액을 쟁점전매취득가액으로 인정하는 것이 타당하다.
(3) 납세자가 과세표준과 세액을 신고함에 있어서 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 적격증빙을 갖추어 제출하였다면, 과세관청으로서는 위 적격증빙이 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 납세자가 제출한 거래 증빙상의 실제거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하고, 만일 특별한 사정이 있어서 납세자가 신고한 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수 없다면 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 과세관청에게 입증책임이 있다 할 것인데(대법원 2002.5.28. 선고 2000두6459 판결, 같은 뜻임),
쟁점전매계약서의 특약사항 제2조에는 “본 토지의 현 소유주는 OOO이므로 잔금 지불시 매도자 책임 하에 매수자에게 등기이전 해주기로 한다”고 되어 있어 OOO명시적으로 쟁점토지를 청구인에게 미등기전매하였다는 내용이 객관적 증빙자료에 의해 확인됨에도 처분청은 이해관계가 대립되는 거래상대방인 OOO로부터 서면상 확인도 아닌 전화상 허위 구두진술을 듣고 이를 근거로 쟁점전매계약서를 부인하고 있는바, 쟁점전매계약서, 청구인이 상대방으로부터 수취한 영수증, 금융거래내역 등 객관적 자료를 모두 부인하는 근거를 제시하여야 할 것으로, 해당 자료를 부인하는 것은 세무조사가 부적정하게 이루어졌음을 의미하는 것이라 할 것이다. 특히 처분청이 세무조사 과정에서 OOO에게 미등기전매사실을 확인한 것은 미등기전매일로부터 14년이 경과한 시점에서 전화 통화를 통한 것으로, 위 OOO가 기억하기도 쉽지 않은 상황에서 본인에게 불리할 수도 있는 증언을 하도록 기대하기 어려우므로 OOO미등기전매사실을 시인하지 아니하였다 하여 미등기전매사실이 없었다고 결론내리는 것은 부당하고, 청구인이 2020.3.20. 위 OOO와 전화통화를 한 결과 OOO2005년경 쟁점토지를 미등기전매하였음을 묵시적으로 인정(미등기전매로 인하여 본인에게 추가적인 양도소득세 부담이 발생할 것을 우려함)한 사실이 있으므로 청구인이 OOO로부터 쟁점토지를 미등기전매를 통하여 취득한 사실을 인정하여야 한다.
(4) 청구인은 쟁점토지 지상에 공장 건물을 신축하기 위하여 2007.3.29. OOO계약금액을 OOO(부가가치세 별도)으로 하여 건설도급계약을 체결하였으나, 합계 OOO(부가가치세 별도)의 세금계산서만을 수취하였고, 이는 공사 진행 중 시공사인 OOO요청으로 일부를 현금으로 지급한 후 차액 OOO대한 세금계산서나 현금거래에 따른 영수증을 수취하지 못한데 따른 것으로, 해당 금액에 대해서는 심판청구 대상에서 제외하였다.
다만 쟁점건물 취득 당시 공장건설도급 공사 이외에 발생되었던 취득금액에 대해서는 2005년 재무상태표에 유형자산으로 계상하여 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였고, 이후 건물의 감가상각대상 자산으로 하여 세무신고를 하였는바, 공장건설도급공사비 OOO외에 OOO필요경비로 추가로 인정하여 쟁점건물 취득가액을 OOO(최초 신고시 기반영한 취⋅등록세 OOO을 포함)으로 하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 쟁점토지를 미등기전매자인 OOO로부터 취득하였다고 주장하나,
등기부상 쟁점토지의 전소유자는 OOO으로, 쟁점토지를 청구인에게 양도한 후 양도가액을 실지거래가액으로 하여 증빙서류와 함께 양도소득세를 신고⋅납부하였고, 그 양도가액의 합계가 OOO(공부상취득가액)이며,
청구인은 미등기전매계약서와 일부 금액에 대한 영수증만 제시할 뿐 쟁점토지를 미등기전매자 등으로부터 OOO(쟁점전매취득가액)에 취득하였다는 점을 증명할 수 있는 객관적 증빙자료가 없고, 처분청 담당공무원이 미등기전매자라 주장하는 OOO와 통화하여 문의하였으나, OOO쟁점토지를 구매한 적이 없고 관련 내용에 대해 전혀 아는 바 없으며, 계약서 상 공동매도인인 OOO도 모르는 사람이라고 답변하였고, OOO는 쟁점토지 관련 내용은 알고 있으나 매매대금에 대한 금전거래가 있지 아니하였고 영수증 발행 관련 금액을 수취한 적이 없다고 답변하였다.
(2) 청구인은 영수증의 날짜 및 금액이 청구인의 배우자인 OOO의 통장거래 내역의 날짜 및 금액과 대부분 일치하기 때문에 이를 금융증빙자료로 인정하여야 한다고 주장하나,
미등기전매계약서 상 계약자는 OOO되어 있으나 영수증을 발행한 사람은 OOO계약서 상 매도인이 아닌 제3자가 영수증을 발행하였다는 점에서도 OOO가 쟁점토지의 양도인이라는 주장에 신빙성이 없고, 청구인 및 배우자의 계좌에서 현금을 인출했다는 사실은 확인되나 해당 금액이 쟁점토지의 취득자금으로 매도인에게 귀속되었는지가 불분명하다.
(3) 2005년경 쟁점토지 인근에 위치한 토지의 시세를 살펴보면, OOO청구인이 주장하는 쟁점토지 취득단가OOO에 비해 등기 상 소유주와 계약한 금액OOO과 유사하여 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액을 믿기 어렵다.
(4) 다만 청구인이 세무조사 당시 제출하지 않았지만 추가 제출된 서류를 검토한 바, 쟁점건물 신축과 관련한 자본적 지출액으로 보이는 금액을 포함하여 쟁점건물 장부가액을 OOO으로 보아 감가상각비를 재계산하여 경비로 인정할 수 있다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 미등기전매를 통하여 쟁점토지를 취득하였으므로 쟁점전매취득가액을 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 조경공사비 등 합계 OOO쟁점건물의 장부가액에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지의 등기부상 소유자와 체결한 공부상매매계약서에는 쟁점토지의 매매가액이 다음 ＜표1＞과 같이 OOO으로 되어 있고, 공부상매매계약서의 주요내용은 다음 ＜표2＞와 같으며, 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 취득일을 2005.7.15., 취득가액을 OOO으로 하여 취득세 및 등록세를 신고⋅납부한 것으로 확인된다.
＜표1＞ 공부상매매계약서 등에 따른 쟁점토지 취득가액
(단위 : ㎡, 원)
＜표2＞ 공부상매매계약서(2005.7.15.)
(나) 청구인은 쟁점토지를 미등기전매자OOO로부터 쟁점전매취득가액에 취득하였다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료를 제출하였다.
1) 청구인은 쟁점토지의 당시 공부상 소유자인 OOO미등기전매자인 OOO가 체결한 매매계약서라 주장하며 다음 ＜표3＞과 같은 매매계약서를 제출하였다.
＜표3＞ 부동산 매매계약서(2004.6.12.)
2) 쟁점전매계약서의 주요내용은 다음 ＜표4＞와 같고, 청구인은 공부상취득가액과 쟁점전매취득가액과의 차액 OOO관련하여 미등기전매자인 OOO에게 지급된 금액이라 주장하였다.
＜표4＞ 쟁점전매계약서(2005.1.21.)
3) 청구인은 OOO에게 쟁점토지 매매대금을 지급한 후 수기 영수증을 수취하였다고 주장하며 다음 ＜표5＞와 같은 내용이 기재된 수기 영수증을 제출하였고, 청구인은 발행인 중 OOO는 위 매매거래를 중개한 중개업자로서, 쟁점토지의 매매거래를 중개한 후 중개수수료 대신에 미등기전매에 따른 수익을 OOO와 분배하였다고 주장하였다.
＜표5＞ 수기 영수증의 주요내용
(단위 : 원)
4) 청구인이 제출한 녹취록(OOO2020.3.23. 전화통화내용 녹취)에는 청구인의 확인서를 써 달라는 취지의 요청에 대하여 OOO가 “그러면 그, 뭐, 세금 내야 되는거 아니고? 내가?”라고 답변하는 내용이 나타난다.
(다) 쟁점토지 중 91㎡는 2009년경 다음 ＜표6＞과 같이 수용되었고, 청구인은 2009.3.12. 위 수용에 따른 양도소득세를 신고하면서 OOO토지에 대한 공부상매매계약서(1,989㎡, 매매가액 OOO)를 제출하였다.
＜표6＞ 쟁점토지 중 91㎡ 수용내역(2009년)
(단위 : 원)
(라) 쟁점토지의 종전 소유자인 OOO외 3인은 쟁점토지를 청구인에게 양도한 후 양도가액을 실지거래가액으로 하여 다음 ＜표7＞과 같이 양도소득세를 신고⋅납부한 것으로 나타난다.
＜표7＞ 종전 소유자의 양도소득세 신고내역
(단위 : 원)
(마) 쟁점토지는 한쪽 면은 OOO진입로와 나머지 한쪽 면은 대로와 접하고 있는 토지로, 쟁점토지 인근 토지의 시세(2005년)는 다음 ＜표8＞과 같고, 쟁점토지의 기준시가(2005년, OOO)는 공부상취득가액OOO의 52.2%, 쟁점전매취득가액OOO의 41.8%인 것으로 나타난다.
＜표8＞ 쟁점토지 인근토지의 시세(2005년)
(단위 : ㎡, 원)
(바) 청구인은 2007.8.14. 쟁점건물을 신축⋅취득하였고, 양도소득세를 신고하면서 그 취득가액을 다음 ＜표9＞와 같이 OOO으로 하였고, 청구인이 취득가액을 증명하기 위하여 제출한 증빙자료의 주요내용은 아래와 같다.
＜표9＞ 쟁점건물 취득가액
(단위 : 원)
1) 청구법인은 2007.3.29. OOO에게 쟁점토지 지상에 OOO신축공사를 OOO(부가가치세 별도)에 도급 주는 내용의 공사도급계약을 체결한 것으로 나타난다(다만, 쟁점건물의 신축도급공사비용이 OOO이라는 처분청 결정에 불복하지 아니하였음).
2) 청구인의 매입장에는 쟁점건물의 장부가액이 다음 ＜표10＞과 같이 OOO으로 기재되어 있고, 2008.5.21. 현재 청구인의 대차대조표에 같은 금액이 쟁점건물의 가액으로 기재되어 있다.
＜표10＞ 쟁점건물 취득 관련 청구법인의 매입장 기재내역
(단위 : 원)
3) 처분청은 이 건 심판청구에 대한 답변서에서 추가 제출된 서류에 따라 쟁점건물 신축과 관련한 자본적 지출액으로 보이는 금액을 포함하여 쟁점건물 장부가액을 OOO으로 보아 감가상각비를 재계산하여 필요경비로 인정하겠다고 답변하였다.
＜표11＞ 처분청 인정 쟁점건물 취득가액
(단위 : 원)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 쟁점전매취득가액을 쟁점토지의 취득가액(실지거래가액)으로 하였으나,
청구인이 쟁점토지를 OOO로부터 쟁점전매취득가액에 취득하였다고 주장하며 제출한 쟁점전매계약서는 미등기전매자라 주장하는 OOO가 이를 부인하고 있을 뿐 아니라 청구인이 쟁점토지의 실제 종전 소유자인 OOO외 3인과 체결한 공부상매매계약서가 제출되어 있고, 청구인 및 쟁점토지의 종전 소유자가 쟁점토지의 매매가액을 공부상매매계약서 상의 공부상취득가액으로 하여 취득세(청구인) 및 양도소득세(종전 소유자)를 신고⋅납부한 것으로 나타나는 점, 청구인 역시 쟁점토지 중 2009년경 수용된 91㎡에 대한 양도소득세를 신고하면서 공부상매매계약서OOO를 제출한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이를 믿기 어렵고, 수기 영수증의 경우 계약금 및 중도금 이외의 지급액에 대한 영수증 발행일과 청구인 또는 배우자의 금융계좌에서 현금이 출금된 날짜 및 금액이 상이한 것으로 나타나며, 2005년 1월부터 7월까지 현금 OOO이 청구인 또는 배우자의 금융계좌에서 출금되거나 대체된 것으로 나타나는 것 외에 달리 해당 금액이 종전 소유자에게 지급되지 아니하였고 OOO에게 지급되었다는 사실을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료가 제출되지 아니하였는바, 청구인이 쟁점토지를 OOO로부터 쟁점전매취득가액에 취득하였다는 사실을 인정하기 어렵다고 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 장부가액을 OOO으로 인정하여야 한다고 주장하며 쟁점건물의 신축공사도급계약서, 장부(대차대조표, 매입장) 등을 제출하였고, 이에 따르면 쟁점건물의 장부가액이 청구인의 주장과 같이 OOO사실을 처분청도 인정하고 있으므로, 쟁점건물의 장부가액을 OOO으로 보아 이를 기초로 감가상각비를 재계산하여 쟁점건물의 취득가액을 산정하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.
② 삭제
③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.
1. 「법인세법」 제52조에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가
2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액
제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
나. 제1항 제1호 나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우
2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우
제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.
⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
② 제1항의 규정에 의한 취득가액은 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 사업자가 자산을 장기할부조건으로 매입하는 경우에 발생한 채무를 기업회계기준에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우에 있어서의 당해 현재가치할인차금
2. 기획재정부령이 정하는 연지급수입의 경우에 제1항의 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액
3. 제98조 제2항 제1호의 규정에 의한 시가초과액
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 「자산재평가법」에 의하여 재평가를 한 때에는 그 재평가액을, 자본적지출에 상당하는 금액이 있는 때에는 그 금액을 가산한 금액을 취득가액으로 한다.
④ 「부가가치세법」 제42조에 따라 공제 받은 의제매입세액과 「조세특례제한법」 제108조 제1항의 규정에 의하여 공제 받은 매입세액은 당해 원재료의 매입가액에서 이를 공제한다.
⑤ 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금의 상각액 및 같은 항 제2호에 따른 지급이자에 대하여는 법 제127조, 제156조, 제164조 및 제164조의2를 적용하지 아니한다.
제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액( 「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.
② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)
3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세
나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
다. 공증비용, 인지대 및 소개비
라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용
2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 토지
취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
2. 건물
가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
나. 가목외의 건물
취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
3. 법 제94조 제1항 제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조 제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다)
취득당시의 기준시가×7／100
4. 제1호 내지 제3호외의 자산
취득당시의 기준시가×1／100
⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.
2. 거주자가 부동산 취득시 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.
⑬ 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다.