[청구번호]조심 2016중0956 (2016. 6. 3.)

[세목]양도[결정유형]재조사

[결정요지]쟁점토지의 양도 당시 기준시가는 보상금 산정 당시 인 2011년도의 개별공시지가로 봄이 타당한바, 그 가액을 「소득세법 시행령」제164조 제1항에 따라 산정하여 양도 당시 기준시가로 적용하고, 청구인은 쟁점토지 양도 후에도 양돈업을 계속 영위하고 있어 쟁점토지의 양도는 축사용지에 대한 양도소득세 감면의 적용대상이 되지 아니하며, 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려움

[관련법령] 소득세법 제99조제1항 / 소득세법 시행령제164조 / 소득세법 시행규칙제80조제8항 / 조세특례제한법 제69조의2제1항

[참조결정]국심2005중0339

OOO장이 2015.12.8. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO임야 5,157㎡의 2011년도 개별공시지가를 「소득세법 시행령」제164조 제1항에 따라 평가하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인이 1982.12.23. 취득한 OOO소재 임야 5,157㎡(2013.3.19. 목장용지로 지목 변경, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은 동 197-4, 84-1 소재 임야 합계 3,922㎡(이하 “쟁점외토지”라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “수용토지”라 한다)는, 2011.3.21. OOO로 사업인정고시된 OOO에 편입되어, 2014.10.8. 국토교통부에 수용되었고, 청구인은 2014.12.31. 토지수용보상금 OOO원을 양도가액으로, 사업인정고시일이 속한 2011.1.1. 기준 개별공시지가 ㎡당OOO원을 양도 당시 기준시가로 보아 환산한 취득가액인 OOO원을 취득가액으로 하면서, 「조세특례제한법」제77조에 따른 공익사업용 토지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여 2014년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2014년 귀속 농어촌특별세 OOO원를 신고·납부하였으며, 2015.10.13. OOO의 토지수용보상금 증액 판결OOO에 의거 토지수용보상금 OOO원을 추가로 지급받아 2015.12.31. 양도가액을 OOO원으로 하여 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 추가로 신고·납부하였다.

나. OOO은 처분청에 대한 정기감사를 실시하고, 사업인정고시(2011.3.21.) 당시 쟁점토지의 공부상 지목은 임야이나, 실제는 대지(278㎡)와 목장용지(4,879㎡, 이하 “쟁점목장용지”라 한다)로 사용하고 있는 상태에서 수용되었는바, 쟁점토지는 보상금 산정 당시 개별공시지가가 없는 토지에 해당한다며, 2014.1.1. 기준 개별공시지가 ㎡당 OOO원을 「소득세법」제99조 제1항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제164조 제1항에 따라 실제 사용용도를 기준으로 다시 산정한 보상금 산정 당시의 개별공시지가로 보아 양도소득세를 경정하도록 처분지시 하였으며, 이에 따라 처분청은 2015.12.8. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」제99조 제1항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제164조 제1항에 의하면, 개별공시지가가 없는 토지의 양도당시 기준시가는 해당 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률」 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액 또는 둘이상의 감정가액을 고려하여 평가한 가액으로 하여야 하는 것이나, 처분청은 보상금 산정 당시의 개별공시지가를 산정함에 있어, 쟁점토지의 보상가액 산정을 위한 감정평가서의 비교표준지 개별공시지가와, 공시기준일(2011.1.1.)과 무관한 2014년 개별공시지가를 비교하여, 2014년 개별공시지가를 양도당시 기준시가로 보았으므로, 이는 관련법령에 위배되는 위법한 처분이다.

(2) 청구인은 쟁점토지 중 쟁점목장용지를 취득시부터 2014년 수용될 때까지 청구인이 운영하는 OOO의 축사용지로 사용하였고, 청구인은 1983.1.18.부터 현재까지 쟁점목장용지 소재지인 OOO에 거주하였으며, 1983.1.2. 처분청에 사업자등록(133-93-8****, 축산/양돈)을 하고 축산업을 영위하였고, 양도일 현재까지 축사용지로 사용하였으며, 쟁점토지 수용으로 쟁점토지 부분의 축산업을 실질적으로 폐업하였는바, 비록 청구인이 양도소득세 예정신고 시 감면신청을 하지는 아니하였지만, 쟁점목장용지가 「조세특례제한법」제69조의2에 따른 감면대상 토지임이 명백하므로 감면세액 종합한도 내인 OOO원을 추가로 감면하여야 한다.

(3) 청구인은 보상금 수령 후 쟁점토지에 대하여 신고당시 고시된 개별공시지가를 신뢰하고 이를 기준으로 양도소득세를 신고하였고, 설사, 쟁점토지의 양도당시 기준시가가 지목변경 등으로 개별공시지가가 없는 토지라하더라도 청구인이 양도차익을 계산함에 있어서 적정한 양도차익을 계산할 수 없었는바, 소득금액을 과소신고한 귀책사유가 전적으로 납세의무자인 청구인에게만 있다고 할 수 없으므로 신고불성실가산세를 청구인에게 부과하는 것은 타당하지 아니하다(국심 2005중339, 2005.7.5., 같은 뜻임).

나. 처분청 의견

(1) 개별공시지가가 없는 토지의 경우, 납세지 관할세무서장이 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률」 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 평가한 금액을 당해 토지의 개별공시지가로 할 수 있으나, 평가의 공정성 확보, 평가의 기술적 어려움 등으로 세무서장이 평가하는 것은 한계가 있어, 1998.12.28. 개정된 「소득세법」은 1999.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터는 2 이상의 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있도록 하고 있으므로, 처분청은 2011.1.1. 공시기준일 당시의 개별공시지가가 없는 토지에 해당하는 쟁점토지에 대하여 해당 토지 보상금액 산정시 3개의 감정평가법인이 대지의 표준지로 사용한 OOO 및 목장 용지의 표준지로 사용한 같은 동 81OOO의 개별공시지가와, 쟁점토지의 실제 지목 및 이용상황 등을 고려하여 산정한 2014.5.30. 공시 개별공시지가 OOO원 등을 참작하여 청구인에게 유리한 OOO원을 보상금 산정 당시의 개별공시지가로 보아 쟁점토지의 양도소득세를 과세한 것인바, 당초 처분은 적법하다.

(2) 청구인은 쟁점토지 중 일부가 청구인이 8년 이상 직접 축산에 사용한 축사용지라는 사실을 객관적으로 입증한 바 없고, 또한, 청구인이 대표자인 OOO은 수용일 이후 현재까지 축산업을 영위하고 있는 계속사업자이며, 2015년에도 면세수입금액 신고를 한 것으로 나타나 축사용지에 대한 양도소득세 감면배제 대상에 해당한다.

(3) 청구인은 개별공시지가가 없는 토지에 대하여 「재산제세사무처리규정」 제3-1호 서식인 개별공시지가 없는 토지의 가격평가신청서에 양도사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 처분청에 제출하여 개별공시지가의 평가를 신청할 수 있었음에도 불구하고, 개별공시지가의 평가를 신청한 사실이 확인되지 아니한바, 신고불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 취득가액 환산의 기초가 되는 양도당시 기준시가 적용의 당부

② 축사용지에 대한 양도소득세 감면을 추가로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 신고의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

(2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액”이란다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 그 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제4조 제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다.

2. 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」상의 지목이 변경된 토지

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액이 법 제99조 제1항 제1호가목부터 라목까지의 규정에 따른 가액보다 낮은 경우에는 그 차액을 같은 호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 가액에서 차감하여 양도 당시 기준시가를 계산한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 그 보상액과 보상액 산정의 기초가 되는 기준시가 중 적은 금액

제176조의2【추계결정 및 경정】 ② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

(3) 소득세법 시행규칙 제80조【토지·건물의 기준시가 산정】 ⑧ 영 제164조 제9항 제1호에서보상금액 산정의 기초가 되는 기준시가는 보상금 산정 당시 해당 토지의 개별공시지가를 말한다.

(4) 조세특례제한법 제69조의2【축사용지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조에서 “축사용지”라 한다) 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산에 사용한 대통령령으로 정하는 축사용지(1명당 990제곱미터를 한도로 한다)를 폐업을 위하여 2017년 12월 31일까지 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 해당 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대하여만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 감면받은 거주자가 해당 축사용지 양도 후 5년 이내에 축산업을 다시 하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 다만, 상속 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 경정결의서에 의하면, 청구인은 당초 쟁점토지의 양도당시 기준시가를 OOO으로 하여 환산한 OOO원을 취득가액으로 신고하였고, 처분청은 쟁점토지의 양도당시 기준시가를 OOO으로 하여 재계산한 OOO원을 취득가액으로 보아 2014년 귀속 양도소득세를 경정한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점토지는 청구인이 취득한 OOO에서 분할된 것으로, 2013.3.18. 국토교통부에서 도로로 편입 수용하기 위하여 쟁점토지를 분할함과 동시에 지목을 목장용지로 변경하였고, 2014.10.8. 국토교통부에 수용된 것으로 나타나며, 쟁점토지의 등기부등본 주요 내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점토지의 등기부등본 주요 내용

(3) 청구인이 양도소득세 신고 당시 처분청에 제출한 토지 등 수용사실 확인서, 감정평가서 등에 의하면, 쟁점토지는 공부상 용도가 임야임에도 불구하고 실제 사용용도에 따라 이를 대지(278㎡) 또는 목장용지(4,879㎡)로 보아 보상금이 산정된 것으로 확인되고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 감정평가의 가격시점은 2011.11.7.이고, 평가기간은 2011.11.3. 2011.11.7.이며, 평가목적은 OOO 편입 토지에 대한 보상목적인 것으로 나타난다.

(나) 비교표준지의 선정 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 비교표준지 선정 내역

(다) 감정평가법인별 쟁점토지의 평가내역은 아래와 같다.

1) 주식회사 OOO

2) 감정평가법인 OOO

3) 주식회사 OOO

(라) 토지 등 수용사실 확인서의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 토지 등 수용사실 확인서 주요 내용

(4) 쟁점토지의 공시지가 변동내역은 아래 <표4>과 같고, 2014년도 개별공시지가 평가 당시 쟁점토지의 비교표준지인 OOO 목장용지의 개별공시지가 변동내역은 아래 <표5>와 같으며, 청구인은 비교표준지의 2014년도 개별공시지가가 2011년도 개별공시지가에 비하여 높은 가액이므로, 동일한 비교표준지를 선정하여 쟁점토지의 2011년도 개별공시지가를 평가할 경우 2014년도 개별공시지가보다 낮은 가액으로 평가될 것이라고 주장한다.

<표4> 쟁점토지 공시지가 변동내역

<표5> 비교표준지 공시지가 변동내역

(5) 사업장현황신고서에 의하면, 청구인은 2015.1.1. 2015.12.31.의 기간 동안 OOO의 양돈업 수입금액 OOO원을 신고한 사실이 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 제출한 감정평가서 상 비교표준지의 개별공시지가와 2014년도 쟁점토지의 개별공시지가 중 청구인에게 유리한 2014년도 쟁점토지의 개별공시지가를 쟁점토지의 양도 당시 기준시가로 보아 취득가액을 환산하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이나,

「소득세법 시행령」 제164조 제1항은 개별공시지가가 없는 토지의 경우 해당 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 기준시가로 하도록 규정하고 있고, 같은 항 단서에서 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제4조 제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다고 규정한 점,

처분청은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항에 따른 비교표를 고려하지 아니하고, 2011년 당시 비교표준지의 개별공시지가와 쟁점토지의 2014년도 개별공시지가를 단순히 비교하여 2014년도 개별공시지가를 양도 당시 기준시가로 본 것으로 나타나,「소득세법 시행령」 제164조 제1항에 따라 평가한 것으로 보기 어려운 점,

2014년도 쟁점토지의 개별공시지가 평가 당시 비교표준지로 선정된 OOO 목장용지의 2014년도 개별공시지가는 OOO원이고, 같은 토지의 2011년도 개별공시지가 OOO원으로, 동일한 비교표준지에 대하여 비교표를 적용하여 쟁점토지의 2011년도 개별공시지가를 평가할 경우 쟁점토지의 2014년도 개별공시지가 평가액인 OOO원보다 낮은 가액으로 평가될 것이라는 청구주장에 타당성이 있어 보이는 점 등에 비추어쟁점토지의 2011년도 개별공시지가를 「소득세법 시행령」제164조 제1항에 따라 평가하되, ㎡당 평균 개별공시지가 OOO원을 한도로 하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당할 것으로 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점목장용지가 「조세특례제한법」제69조의2에 따른 감면대상이라고 주장하나, 「조세특례제한법」제69조의2는 폐업으로 인한 축산농가의 경제적 손실을 지원하기 위하여 2011.7.25. 도입된 것으로, 폐업을 위하여 축사용지를 양도하는 경우에 한해 양도소득세를 감면하는 규정이고,양도소득세를 감면받은 거주자가 해당 축사용지 양도 후 상속 등 대통령령이 정하는 사유 이외의 사유로 5년 이내에 축산업을 다시 하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하는 것인 점, 청구인은 쟁점토지 양도 이후인 2015년에도 동일 사업장에서 양돈업을 계속 영위하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점토지가 「조세특례제한법」제69조의2에 따른 감면대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(8) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴보면, 청구인은 소득금액을 과소신고한 귀책사유가 전적으로 납세의무자인 청구인에게만 있다고 할 수 없으므로 신고불성실가산세를 청구인에게 부과하는 것은 타당하지 아니하다고 주장하나, 「재산제세사무처리규정」에서 개별공시지가가 없는 토지를 양도한 납세자로 하여금 처분청에게 개별공시지가 없는 토지의 가격평가를 신청할 수 있도록 제도를 마련하고 있는 점, 청구인은 이 건 양도소득세 신고 당시 쟁점토지가 공부상 용도와 달리 목장용지로 사용되어 임야로 공시된 개별공시지가를 사용할 수 없다는 사실을 알 수 있었던 점, 그럼에도 불구하고 청구인은 처분청에 쟁점토지의 가격평가를 신청한 사실이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 과소신고에 대하여 신고불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.