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기각
쟁점주택의 양도시기가 매매계약서상 잔금지급일인지 아니면 소유권이전등기 접수일인지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2019서3191 | 양도 | 2020-07-14
[청구번호]

조심 2019서3191 (2020.07.14)

[세 목]

양도

[결정유형]

기각

[결정요지]

청구인은 AA로부터 잔금을 청산받고 쟁점주택을 양도하였으므로 이 건 아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도라는 주장이나, 청구인과 AA 간 쟁점주택에 관하여 임대차계약서를 작성하고, 임차보증금에 대해 제3자에게 대항력을 갖도록 하는 확정일자까지 부여받는 등 청구인이 쟁점주택의 소유자라는 전제로 법률관계를 형성해오다가 이 건 아파트를 양도한 후에야 쟁점주택의 소유권이전등기를 접수한 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점주택의 양도시기를 그 소유권이전등기접수일로 하여 이 건 아파트 양도시 청구인을 1세대 2주택의 소유자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

[관련법령]
[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.7.12. OOO(이하 “이 건 OOO아파트”라 한다)를 OOO에 양도한 후 양도 당시 1세대 1주택이었다는 전제 하에 「소득세법」제95조 제3항같은 법 시행령 제160조 제1항의 고가주택에 대한 양도차익 계산 규정 등을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 이 건 OOO아파트 양도 당시 등기사항전부증명서 상 OOO 소재 단독주택(이하 “쟁점OOO주택”이라 한다)을 추가로 소유하고 있음을 확인하고 1세대 2주택에 해당한다고 보아 위 고가주택에 대한 양도차익 계산 규정의 적용을 배제하는 등 하여 2019.6.7. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점OOO의 매매계약서에 따라 2014.10.17. 청구인의 여동생 OOO로부터 잔금을 지급받았으므로 쟁점OOO의 양도일은 2014.10.17.이고, 따라서 이 건 OOO아파트 양도 당시 청구인이 쟁점OOO주택을 소유하고 있었던 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 청구인은 1998.7.13. OOO를 설립ㆍ운영하면서 노후의 귀촌을 위하여 2003.10.22. 쟁점OOO주택이 소재한 토지 등을 매입하여 보유하고 있던 중 OOO가 위 토지 상에 자신의 비용으로 쟁점OOO을 지어 찻집을 운영하면서 노모를 모시고 살겠다고 하여 허락하였는데, 쟁점OOO을 신축할 당시 OOO는 OOO 소재 아파트를 양도하고 남은 금액 OOO과 OOO 소재 아파트의 전세보증금 OOO이 있어 쟁점OOO주택을 신축할 자금은 충분하였으나, 쟁점OOO주택의 소유자와 그 부수토지의 소유자가 다를 경우 건축허가 시 토지사용승낙서를 제출하여야 하는 등 행정절차 상 복잡한 문제가 있어 나이든 여동생이 혼자 처리하기 힘들 것이라 판단하여 청구인 명의로 쟁점OOO주택을 신축하였다.

(2) 쟁점OOO주택의 도급공사를 맡은 OOO이 쟁점OOO 신축시 OOO이 소요된다고 하여 OOO로부터 OOO을 받아 지급하기로 하였으나 OOO이 목재와 새시 구입비를 미리 지급해줄 것을 요청하여 우선 청구인의 자금으로 OOO을 지급하였고, 청구인이 건축주로 되어 있는 관계로 2014.5.23.부터 2014.10.17.까지 OOO로부터 총 OOO을 받아 OOO 등에 지급하였다.

(3) 청구인 명의로 쟁점OOO주택을 신축함에 따라 그 소유권을 이전하기 위하여 부득이하게 청구인과 OOO 간 쟁점OOO주택 매매계약서(매매대금은 쟁점OOO을 신축하는데 소요된 비용으로 하였다)를 작성할 수밖에 없었고, OOO는 위 계약서 내용대로 2014.10.17. 쟁점OOO주택에 입주(당시 OOO의 이사대행업체인 OOO가 발행한 견적서상 2014.10.17.이 이사일자라고 명확하게 기재되어 있다)하였으나 입주 전 전세로 거주하고 있었던 OOO군 소재 아파트의 계약기간(2013.1.28.∼2015.1.27.)이 남아있어 2015.1.21. 쟁점OOO주택에 전입신고를 하게 된 것이며, 등기사항전부증명서상 쟁점OOO주택의 소유자가 청구인으로 되어 있어 OOO가 쟁점OOO주택에 OOO의 사업자등록을 하기 위하여 형식적으로 임대차계약서를 작성하여 관할 세무서에 제출한 것이고, 쟁점OOO주택에 관한 근저당권설정 또한 청구인 소유의 부수토지만에 대하여 근저당권설정을 할 수 없어 OOO의 승낙을 받고 쟁점OOO주택을 공동담보로 제공한 것일 뿐, OOO가 2014.10.17. 쟁점OOO주택을 취득하여 거주한 사실에는 변함이 없다.

(4) 청구인은 쟁점OOO주택 및 그 부수토지를 담보로 한 채무를 변제한 후 OOO에게 쟁점OOO주택의 소유권이전등기를 할 생각이었으나 청구인의 사업이 지속적으로 악화되어 위 채무를 변제할 수 없었고, OOO 역시 쟁점OOO주택에서 운영하던 까페의 매출이 좋지 않아 부수토지를 매수할 형편도 되지 못하여 쟁점OOO주택의 소유권이전등기를 미뤄오다가 2018.9.10. 우선 쟁점OOO주택을 OOO 앞으로 소유권이전등기를 한 후 2019.5.8. OOO가 쟁점OOO주택 등에 관한 근저당권부 채무를 인수하는 조건으로 그 부수토지의 소유권까지 이전하였다.

(5) 상식적으로 청구인이 이 건 OOO 양도 당시 등기사항전부증명서상 쟁점OOO주택이 청구인의 소유로 되어 있는 것을 알고 있었지만, 2014.10.17. OOO에게 양도되었고 이에 대한 증빙이 명확하다고 생각하였기 때문에 이 건 OOO아파트를 양도한 것이지, 만일 쟁점OOO주택을 청구인 소유라고 생각하고 있었다면 당연히 이 건 OOO아파트에 대한 고율의 양도소득세를 면하기 위하여 시가 OOO에도 못 미치는 쟁점OOO주택을 먼저 양도한 후 이 건 OOO아파트를 양도하였을 것이다.

(6) OOO시장은 2018.10.경 청구인과 OOO에게 쟁점OOO주택의 실제매매일(2014.10.17.) 이후 3년 10개월 가량 지난 시점인 2018.9.10. OOO 앞으로 소유권이전등기를 하여 「부동산거래신고에 관한 법률」제3조 제1항을 위반하였음을 이유로 과태료 부과처분을 하였고, 이와 관련하여 OOO가 OOO시장으로부터 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」제10조 제1항 위반을 이유로 고발되어 검찰에서 기소유예결정을 받은 사실을 보면 OOO시장과 검찰 역시 2014.10.17. OOO가 쟁점OOO주택을 양수하였음을 인정하고 있음을 알 수 있다.

나. 처분청 의견

쟁점OOO주택의 매매계약서는 사후에 허위로 작성되었을 가능성을 배제할 수 없고, 청구인과 OOO가 평소에도 빈번하게 금전거래를 하였던 것으로 보아 2014.10.17. OOO가 청구인에게 입금한 금원이 쟁점OOO주택에 대한 잔금이라고 단정하기도 어려우므로 「소득세법」제98조같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에 따라 쟁점OOO주택의 소유권이전등기접수일인 2018.9.10. 쟁점OOO주택이 OOO에게 양도된 것으로 보고 이 건 OOO 양도(2018.7.12.)가 1세대 2주택의 양도에 해당한다고 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구인 스스로도 쟁점OOO주택의 매매계약서상 기재된 작성일자와 실제 작성일자가 다름을 인정하고 있고, 쟁점OOO주택의 양도와 관련하여 양도소득세를 신고한 사실도 없는 것으로 보아 2014.5.23.부터 2014.10.17. 사이에 청구인과 OOO 간 금전거래내역에 맞춰 사후에 쟁점OOO주택 매매계약서를 허위로 작성하였을 가능성을 배제할 수 없다.

(2) 청구인과 OOO는 쟁점OOO주택 매매계약서상의 잔금청산일(2014.10.17.) 이후에도 금전거래가 빈번한 것으로 나타나고, 청구인은 이를 OOO와 사이에 차입금의 상환 및 대여라고 주장하고 있는 점에 비추어 보면 쟁점OOO주택의 매매계약서상 계약금 지급일과 잔금청산일 사이에 OOO가 청구인에게 입금한 금액 역시 차입금의 상환이 아니라고 단정할 수 없으므로 OOO가 쟁점OOO주택 매매계약서상 매매대금 상당의 금액을 청구인에게 이체하였다는 사실만으로 이를 쟁점OOO주택의 잔금을 청산한 것으로 볼 수는 없다.

(3) 청구인은 청구인 명의로 쟁점OOO주택을 신축하면서 자신을 공급받는 자로 하여 OOO으로부터 세금계산서를 발급받았고, 쟁점OOO주택에 관한 소유권보존등기를 한 후 2015.1.21. OOO에게 보증금 OOO에 임차하는 내용의 임대차계약서를 작성(OOO 또한 위 임대차계약서에 확정일자 부여신청을 하였다)하였으며, 자신의 대출채무와 관련하여 쟁점OOO주택을 담보물건으로 제공한 사실 등을 보면 2014.10.17. 쟁점OOO주택이 OOO에게 양도되었다는 주장은 신뢰하기 어렵다.

(4) 청구인과 OOO는 OOO시장으로부터 쟁점OOO주택의 등기의무 해태와 관련하여 과태료 및 과징금 부과처분을 받았으므로 쟁점OOO주택의 실제 양도일이 2014.10.17.이라고 주장하나, 이는 청구인이 뒤늦게 쟁점OOO주택을 2014.10.17. 매매하였음을 주장하면서 OOO 앞으로 소유권이전등기를 함에 따라 OOO시장으로서는 당연히 과태료 등을 부과할 수밖에 없었던 사정에서 비롯된 것이므로 쟁점OOO주택의 실제 양도일을 판단하는 근거로 삼을 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점OOO주택의 양도시기가 매매계약서상 잔금지급일(2014.10.17.)인지 아니면 소유권이전등기 접수일(2018.9.10.)인지 여부

나. 관련 법령

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조(양도소득금액) ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점OOO주택의 등기사항전부증명서 및 일반건축물대장, 청구인 명의의 OOO 계좌 입출금내역 및 OOO시장의 과태료 부과처분 내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점OOO주택이 신축되어 OOO에게 소유권이전등기가 이루어진 경위는 다음과 같다.

1) 청구인은 2014.3.27. 청구인 소유의 OOO 대 348.8㎡ 상에 쟁점OOO주택의 건축허가를 받고, 2014.4.3. 착공(일반건축물대장 상 건축주 및 공사시공자가 모두 청구인으로 기재되어 있다)하면서 OOO에게 쟁점OOO주택의 공사도급을 주었는데, 2014.4.8.부터 2014.5.20.까지 총 3차례에 걸쳐 OOO을 공급하는자로, 청구인을 공급받는자로 하여 OOO(공급가액) 상당의 세금계산서를 수취하였다.

2) OOO는 아래 <표1>과 같이 2014.5.23.부터 2014.10.17.까지 청구인 명의의 OOO 계좌로 총 OOO을 입금하였고, 청구인은 위 금액이 쟁점OOO주택의 매매대금이라고 주장하고 있다.

OOO

3) 청구인은 2014.10.21. OOO시장으로부터 쟁점OOO주택의 사용승인을 받고, 2014.10.28. 자신 앞으로 소유권보존등기를 경료하였으며, 같은 날 청구인 명의로 OOO시장에게 쟁점OOO주택 신축에 따른 취득세 등 OOO을 납부한 후 2014.10.30. 쟁점OOO주택으로 주민등록 전입신고를 하였다.

4) 청구인 주장에 따르면 쟁점OOO주택의 소유권보존등기를 한 때를 전ㆍ후 하여 쟁점OOO주택 매매계약서를 2014.5.23.자로 소급작성하였는데, 위 계약서에는 OOO가 청구인에게 2014.5.23. 계약금 OOO을, 2014.6.5.부터 2014.10.6.사이에 중도금 OOO을, 2014.10.17. 입주시에 잔금 OOO을 각 지급하기로 한다는 내용이 기재되어 있고, 특약사항란에 ‘OOO가 어머니를 모시고 거주할 주택을 청구인의 대지에 주상복합주택을 짓기로 상호 합의한다’라고 되어 있다.

5) OOO는 2015.1.13. 쟁점OOO주택에 OOO라는 상호로 사업자등록을 하고, 2015.1.21. OOO읍장에게 자신이 청구인으로부터 쟁점OOO주택을 보증금 OOO에 임차하는 것으로 하여 작성한 2015.1.15.자 임대차계약서에 확정일자 부여를 신청하였으며, 같은 날 쟁점OOO주택에 주민등록전입신고를 하였다.

6) 청구인은 2015.9.24. OOO에 대한 채권최고액 OOO 상당의 채무에 관하여 쟁점OOO주택을 담보물로 추가설정하는 계약을 체결하였고, 2017.5.23. 자신을 채무자로 하고 쟁점OOO주택 및 그 부수토지를 공동담보로 하여 OOO에게 채권최고액 OOO 상당의 근저당권을 설정해주었다.

7) 청구인은 2018.9.10. 쟁점OOO주택에 관하여 2014.5.23.자 매매를 원인으로 하여 OOO 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

(나) OOO시장은 2018.9.10.자 쟁점OOO주택의 소유권이전등기와 관련하여 OOO가 장기간 소유권이전등기를 신청하지 않아 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」제10조 제1항을 위반하였다는 이유로 과징금 OOO의 부과처분을 하는 한편 OOO경찰서장에게 고발하였고, OOO지방검찰청검사장은 2019.2.27. OOO에 대하여 아래 <표2>와 같은 이유로 기소유예결정을 하였다.

OOO (다) 한편, 쟁점OOO주택 매매계약서 작성일인 2014.5.23.부터 이 건 OOO아파트 양도일인 2018.7.14.까지의 기간 동안 청구인과 OOO 간 자금 거래내역은 아래 <표3>과 같다.

OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 2014.10.17. OOO로부터 잔금을 청산받고 쟁점OOO주택을 양도하였으므로 이 건 OOO아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도라는 주장이나,

「소득세법」제98조같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호는 자산의 양도시기는 대금을 청산한 날로 하되, 대금청산일이 분명하지 않은 경우에는 그 소유권이전등기접수일로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점OOO주택 매매계약서의 실제 작성일과 위 매매계약서에 기재된 계약일(2014.5.20.)이 다르다는 사실에 대해서는 청구인과 처분청간 다툼이 없는 점, 청구인이 청구인 명의로 쟁점OOO주택의 소유권보존등기를 하고 이에 관한 취득세 등을 납부한 점, 쟁점부동산 매매계약서상 잔금지급일부터 3년 10개월이 될 때까지 소유권이전등기를 하지 않은 채 오히려 청구인과 OOO 간 쟁점OOO주택에 관하여 보증금 OOO의 임대차계약서를 작성하고, 이에 대하여 OOO가 위 임차보증금에 대해 제3자에게 대항력을 갖도록 하는 확정일자까지 부여받는 등 청구인이 쟁점OOO주택의 소유자라는 전제로 법률관계를 형성해오다가 이 건 OOO아파트를 양도(2018.7.12.)한 후에야 쟁점OOO주택의 소유권이전등기를 접수(2019.9.10.)한 점, 청구인과 OOO 간 평소에도 금전거래가 빈번하였던 점, 과세요건 성립사실에 관한 판단을 하는 데 있어서 검찰의 기소유예결정 등에 반드시 구속된다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면 청구인과 OOO 간 2014.5.23.부터 2014.10.17. 사이에 있었던 금전거래가 쟁점OOO주택의 매매에 관한 것이라 단정할 수 없어 대금청산일이 분명하지 않은 경우에 해당한다고 할 수 있고, 따라서 처분청이 쟁점OOO주택의 양도시기를 그 소유권이전등기접수일(2018.9.10.)로 하여 이 건 OOO아파트 양도(2018.7.12.) 시 청구인을 1세대 2주택의 소유자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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