공장경게구역 내에 녹지지역이 있는 경우 그 녹지지역을 제외한 나머지토지만으로 공장입지 기준면적을 적용함(경정)

1. OO세무서장이 1994.7.16 청구법인에게 한 1991.1.1～12.31 사업년도분 법인세 59,382,740원, 1992.1.1～12.31 사업년도분 법인세 29,805,110원 및 1993.1.1～12.31 사업년도분 법인세 32,955,080원의 부과처분은 별지기재내역의 쟁점1부동산중①,② 및 쟁점2부동산을 비업무용 부동산에 해당되지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구법인은 별지기재내역의 쟁점1부동산(이하 “쟁점1부동산”이라 한다)을 1990.12.14 청구외 OO가전(주)로부터 취득하고, 별지기재내역의 쟁점2부동산(이하 “쟁점2부동산”이라 한다)중 ①～⑧을 1986.9.17, ⑨를 1991.4.10, ⑩～⑫를 1991.9.17에 각각 취득하여 소유하고 있으며, 쟁점1부동산 취득시 별도로 계약하여 취득한 공장등록권을 영업권으로 계상하고 상각하였으며, 쟁점1부동산 및 쟁점2부동산을 업무용 부동산으로 하여 법인세 신고를 하였다.

처분청은 쟁점1부동산 취득시 별도계약에 의하여 취득한 공장등록권이 무형고정자산인 영업권이 아니라 자본적 지출에 해당된다고 보아 청구법인이 손금으로 계상한 당해 영업권의 상각액을 손금불산입하고, 쟁점1부동산중 ①, ② 및 쟁점2부동산에 대하여 공장건물 부속토지의 기준면적을 초과하는 부분을 비업무용 부동산으로 보아 그에 해당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 1994.7.16 청구법인에게 1991.1.1～12.31 사업년도(이하 “1991사업년도”라 한다)분 법인세 59,382,740원, 1992.1.1～12.31 사업년도(이하 “1992사업년도”라 한다)분 법인세 29,805,110원 및 1993.1.1～12.31 사업년도(이하 “1993사업년도”라 한다)분 법인세 32,955,080원을 결정고지 하였다.

위 영업권상각부인 및 지급이자의 손금불산입 내용은 아래와 같다.

【 단위 : 원 】

사업년도	시 부 인 내 용
1991	영업권상각액 손금불산입 71,200,000 지급이자 손금불산입 51,079,736
1992	영업권상각액 손금불산입 71,200,000 지급이자 손금불산입 84,872,769
1993	영업권상각액 손금불산입 71,200,000 지급이자 손금불산입 11,469,749

청구법인은 이에 불복하여 1994.8.12 심사청구를 거쳐 1994.10.31 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 OOOO산업공단에 본사 및 공장을 두고 운영하던 중 영업의 확장, 생산시설의 증설, 우수의약품제조관리기준(GMP)에 따른 공장 신설을 위하여 경기도 송탄시 OO동 OOOOO 외 7필지(쟁점2부동산의 ①～⑧)를 취득하였으나 취득후 도시계획상 자연녹지로 지정되어 당초목적의 제약공장을 짓지 못하고 신축가능한 식품공장으로 허가를 받아 1989년 12월에 건물을 준공하여 식품공장을 운영하여 오던 중 인접한 OO가전(주)가 경영난에 처하여 동 법인소유의 쟁점1부동산을 매각하고자 하여 자연녹지내 제약공장의 신규허가는 불가능하나 기존공장을 취득하는 경우 1차업종변경이 가능하였으므로 이를 취득하였는 바, 계약당시 매도자가 토지 및 건물가격 외에 공장등록권에 대한 대가를 요구하여 총구입가격과 부동산감정가격의 차액 365,000,000원을 영업권으로 계상하고 1991～1993사업년도에 각각 71,200,000원을 상각하였는 바, 처분청은 이를 영업권으로 인정할 수 없다하여 동 상각액을 손금불산입하였으나, 청구법인으로서는 공장이전촉진권역인 서울에서 지방으로 공장을 이전하였으나 의약품공장용으로 취득한 토지가 식품공장만 신축가능한 지역으로 도시계획이 결정되어 경영위기에 처하게 됨으로 인하여 보사부 등 정부부처에 청원을 하고 있던 중 업종이 다른 청구외 OO가전(주) 소유의 쟁점1부동산을 취득하고 그 공장등록권을 전제로 수도권정비계획법에 의하여 의약품공장등록을 하여 의약품의 생산, 판매가 가능하였으므로 경영위기상황을 극복하는 절대적인 수익가치가 있었고 영업권의 취득과 함께 쟁점1부동산을 취득함으로써 전국약국영업의 물류원활과 지방농산물 생약제 수급원활을 기하여 초과수익을 기대하기 충분하므로 청구법인이 취득한 공장등록권은 영업권에 해당된다.

(2) 비업무용 부동산에 대한 지급이자 손금불산입의 경우 ① 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목 및 동 규정이 준용하는 지방세법 시행령 제84조의4 제3항 제6호 및 동법 시행규칙 제46조의5 별표4에서 녹지지역 등은 공장입지 기준면적 계산에서 제외하도록 규정하고 있고 쟁점1, 2부동산이 자연녹지지역에 해당하므로 당해 토지를 공장용지 기준면적 계산시 제외하여야 하며, 이 경우 기준면적을 초과하여 비업무용 부동산에 해당하는 부분은 없게 되고, ②청구법인의 경우 연간 약 1억개의 병에 담긴 의약품을 생산하는 관계로 야적장과 농산물생약제 수만톤의 상하차 작업 및 야적장이 필요하여 지반공사 및 아스팔트공사를 통하여 조성한 8,756㎡와 생산용 주정저장 지하시설 18㎡, 생산용 유류저장시설 64.56㎡를 감안하여 기준면적을 재계산하여야 하며, ③또한 공장용부지의 경우 취득후 2년내에 업무에 사용하면 되며 취득 후 법령에 의한 제한의 경우 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니하면 비업무용 부동산으로 볼 수 없는 것인 점을 종합하면 쟁점부동산은 비업무용부동산에 해당되지 아니한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 쟁점1부동산을 감정가액보다 더 많은 가액으로 취득하였는데 이는 청구법인이 양약제조를 위하여 등록된 공장을 취득하는 과정에서 거래상대방인 청구외 OO가전(주)의 공장등록권을 인정하였기 때문이라고 주장하나, 영업권이라 함은 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수입보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치를 의미하는 것인 바, 청구법인의 경우와 같이 업종이 전혀 다른 업체의 공장등록권 취득은 사업인수로 인한 초과수익을 기대하고 취득한 것이 아니므로 처분청이 영업권상각을 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점2부동산 중 1991.4.10 및 1991.9.17 취득한 부동산이 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당됨에도 불구하고 공장입지 기준면적을 초과한다 하여 관련 지급이자를 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산의 소재지인 경기도 송탄시 OO동 일대는 1987.5.11 자연녹지로 지정되어 제약공장의 건축은 제한되었으나 식품공장, 창고 등은 건축이 가능하고, 쟁점2부동산중 ⑨～⑫는 취득전에 자연녹지지역에 포함되었으므로 당해 토지는 취득후 사용의 금지 또는 제한에 해당되지 아니하는 점을 볼 때, 처분청이 쟁점부동산 전체면적에 대하여 공장입지 기준면적을 계산하고 동 면적을 초과하는 부분을 비업무용 부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 ①쟁점1부동산의 취득시 별도로 계약하여 취득한 공장등록권이 영업권에 해당되는지 여부(쟁점1)와 ②쟁점1부동산의 ①, ② 및 쟁점2부동산중 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목에 정한 기준면적을 초과하는 부분을 비업무용부동산으로 보고 그에 해당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분의 당부(쟁점2)에 대하여 다툼이 있다.

가. 먼저 쟁점1에 대하여 살펴본다.

관련법령을 보면, 법인세법 제9조 제3항 및 같은 법 시행령 제12조 제2항 제5호에서 고정자산에 대한 감가상각비가 손금에 해당되는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 제16조에서 『다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.』고 규정하고, 제12호에서 『법인의 각사업년도에 계상한 고정자산의 감가상각비(감가상각충당금을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 초과하는 부분의 금액』을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제49조에서 『고정자산의 내용년수와 상각비율은 재무부령이 정하는 바에 의한다.』고 규정하고 같은 법 시행규칙 제27조 제1항 별표3에서 영업권의 내용년수는 5년인 것으로 규정하고 있다.

청구법인은 청구외 OO가전(주)로부터 쟁점1부동산을 취득함에 있어서 동 부동산의 가액을 875,000,000원으로 정하여 계약하고 이와 별도로 공장등록권을 360,000,000원으로 정하여 계약하였으며 동 공장등록권은 쟁점1부동산과 별개의 자산인 영업권으로 계상한 후 매 사업년도마다 71,000,000원씩 상각하였으며, 처분청은 청구법인이 영업권으로 기장한 공장등록권이 영업권에 해당되지 아니한다 하여 동 상각액을 손금부인한 사실이 관련증빙에 의하여 확인된다.

이에 대하여 청구법인은 서울특별시 OO구 OO동 소재 기존제약공장을 확장이전할 목적으로 쟁점2부동산중 ①～⑧을 1986.9.17 토지거래신고를 거쳐 취득하였으나 1987.5.11 도시계획법상의 자연녹지지역으로 지정되어 제약공장을 가동하지 못하게 됨으로 인하여 경영위기에 처하여 있던 중에 위 토지와 연접한 쟁점1부동산을 매입하여 제약공장으로 가동이 가능하게 되었으므로 쟁점1부동산 취득시 별도로 계약하여 취득한 공장등록권은 초과수익력을 가진 영업권에 해당한다고 주장한다.

살피건대, 영업권이라 함은 어떠한 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 영위하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치를 의미하는 것으로서 기업전체와 분리되어 독립적으로 거래될 수는 없는 것인 바, 이 건의 경우 청구외 OO가전(주)는 청구법인이 의약품제조업을 영위하는 것과는 달리 가전제품제조업을 영위하는 법인이고 청구법인은 청구외 OO가전(주)로부터 기업자체를 인수하여 동 법인이 영위하던 가전제품제조업을 영위하고자 한 것이 아니라 단지 쟁점1부동산만을 취득한 것인 점 등으로 볼 때, 청구법인이 청구외 OO가전(주)와 공장등록권 거래계약을 체결하고 그 대금을 지급한 것은 기존에 공장등록을 하였던 청구외 OO가전(주)가 청구법인에 대하여 독점적이고 우월한 지위에 있음으로 인하여 쟁점1부동산의 교환가치가 상승됨에 따라 청구법인과 쟁점1부동산에 대한 거래가격을 정함에 있어 높은 가격을 요구하고 청구법인이 이에 응한 것으로서 공장등록권이라 하여 추가의 대금을 지급한 것은 쟁점1부동산 가격의 일부라 할 것이지 영업권을 취득한 것은 아니라고 판단된다.

그렇다면 청구법인이 공장등록권의 매입이라 하여 추가로 대금을 지급하고 이를 영업권으로 계상하여 상각한데 대해서 처분청이 동 상각액을 손금부인하고 과세한데는 잘못이 없다 할 것이다.

나. 쟁점2에 대하여 살펴본다.

청구법인은 ①쟁점1부동산의 토지 및 쟁점2부동산이 모두 녹지지역이고 공장입지기준면적을 계산함에 있어 도시계획상 녹지지역은 기준면적계산에서 제외되므로 동 토지중 공장입지기준면적을 초과하는 비업무용부동산이 존재하지 아니하며, ②쟁점1부동산의 토지 및 쟁점2부동산 중에는 하치장 등으로 사용하는 토지가 있으므로 동 토지는 업무용토지에 해당되고 ③취득후 법령에 의한 제한이 있으므로 위의 어떠한 경우에 의하더라도 비업무용 부동산에 해당되는 토지는 없다고 주장하는 바, 먼저 도시계획상 녹지지역에 해당되는 토지를 공장입지기준면적계산에 있어 비업무용 부동산에서 제외하여야 하는지 여부에 대하여 살펴본다.

법인세법 제18조의 3(지급이자의 손금불산입) 및 같은 법 시행령 제43조의 2에 의하면 “비업무용 부동산등”을 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있으며, 1990.4.4 개정이전의 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목은 건축물에 직접 사용되는 부속토지로서 공장건축물의 부속토지는 공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준 면적을 초과하는 토지를 비업무용 부동산으로 보도록 규정하고 있으며, 공업배치법 제6조에서는 『상공부장관은 관계부처의 장과 협의하여 다음 각호의 사항에 관한 공장입지의 기준(이하 “입지기준”이라 한다)을 정하여 이를 고시하여야 한다.』고 하고 제1호에서 『제조업종별 공장건축면적에 대한 대지면적의 비율(이하 “기준공장 면적율”이라 한다)』을 규정하고 있으며, 위 공업배치법의 위임에 의한 상공부고시 제87-14호(1987.5.29) 제3조에서는 제1호에 기준공장면적율의 산식을 정하면서 제2호에서 기준공장면적율의 산정범위를 규정하고 그 다목에서 『기준공장면적율을 산정할 경우 “공장대지면적”에는 도시계획법상 녹지지역, 철도, 6m이상 도로, 접도구역 및 저수지(침전지 포함)의 면적은 제외한다.』고 규정하고 있다.

그리고 1990.4.4 개정(부칙 제4조에 의하여 동 규칙 시행전에 착공한 건축물의 부속토지에 관하여는 종전규정에 의한다)된 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목에서 건축물에 직접 사용되는 부속토지로서 공장건축물의 부속토지는 지방세법 시행령 제84조의4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 토지를 비업무용 부동산으로 보도록 규정하고 있으며, 지방세법 시행령 제84조의4 제3항에서 『다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.』고 하고 제6호에서 『공장건축물의 부속토지로서 내무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 토지』를 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제46조의5에 의한 공장입지기준면적을 정한 별표4에서는 제1호에 적용요령을 규정하면서 그 다목에서 『공장입지기준면적에는 도시계획상의 녹지지역, 활주로, 철로, 6미터이상 도로·접도구역과 공장구내의 저수지·침전지의 면적은 제외한다.』고 규정하고 있다.

전시한 1990.4.4 개정전후의 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목, 공업배치법 제6조 제1호 및 상공부고시 제87-14호와 지방세법 시행령 제84조의4 제3항 제6호 및 같은 법 시행규칙 별표4에서 모두 도시계획상 녹지지역 등을 공장입지기준면적에서 제외한다고 규정하고 있는 바, ①공장건물의 부속토지에 녹지지역 등이 있는 경우 당해 토지의 소유자는 녹지지역 등의 지정으로 인하여 공장건물을 신축하는데 제한을 받아 지방세법 시행령 제84조의4 등에 규정한 공장입지기준면적에 해당하는 공장건물을 건축하고자하여도 건축이 불가능하며, ②위 상공부 고시 및 지방세법령 규정에 의한 공장입지기준면적을 적용하여 비업무용 부동산, 비업무용 토지, 유휴토지 면적을 산정하도록 규정한 법인세법, 지방세법, 토지초과이득세법 규정을 해석함에 있어 관련예규(국세청 법인 22601-494, 1991.3.13, 내무부 도세 22670-532, 1991.2.12, 재무부 재산 46014-672, 1993.8.26)와 당 심판소의 선결정례(국심 94경0953, 1994.9.10; 국심 91서1446, 1991.10.21)에서 일관되게 공장입지지 기준면적 산출시 도시계획상 녹지지역은 법인의 비업무용 부동산등에서 제외되는 것이므로 공장 구내에 녹지지역이 있는 경우 이는 법인의 비업무용 부동산 등에 해당되지 아니한다고 해석하고 있으며, ③1995.3.30 시행규칙개정(총리령 제492호)시 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목을 “별표14”에 의해 산정한 면적을 초과하는 면적으로 개정하면서 별표14의 제2호 마목에서 “도시계획상 녹지지역 등은 공장입지기준면적에 포함하는 것으로 한다.”고 규정하고, 지방세법 시행규칙 별표4도 1994.12.31 개정하여 “도시계획상 녹지지역 등이 공장입지기준면적에 포함되는 것”으로 규정하여 공장경계구역내의 도시계획상 녹지지역 등이 비업무용 부동산 또는 비업무용 토지에서 제외된다는 점 등을 명백히 한 점을 종합하여 볼 때,

공장경계구역내에 녹지지역이 있는 경우 그 녹지지역을 제외한 나머지 토지만으로 공장입지기준면적을 적용하며, 이를 초과하는 토지를 비업무용 부동산으로 보고 녹지지역에 해당하는 토지는 비업무용 부동산에 해당되지 아니하는 것으로 해석함이 타당하다 할 것이다.

사실관계를 보면,

첫째, 처분청은 청구법인이 소유하고 있는 쟁점1부동산중 토지 및 쟁점2부동산에 대하여 기존식품공장 건물연면적 7,553.6㎡와 1992.11.1 신축한 창고 1,470㎡와 약품공장 건물연면적 2,057.7㎡를 기준으로 공장입지기준면적률을 적용하여 계산한 면적에 지방세법 시행규칙 별표4에 규정된 10%(3,000㎡ 한도)의 가산면적과 체육시설 면적 1,000㎡ 및 취득후 법령에 의한 제한에 해당되는 시설녹지 2,890㎡를 더한 면적을 초과하는 부분을 아래와 같이 계산하여 그 부분을 비업무용 부동산에 해당하는 토지로 산정한 사실이 과세자료에 의하여 확인되는 바, 처분청은 이 건 비업부용부동산 해당면적을 계산하면서 공장부속토지중에 도시계획상 녹지시설 등이 있는 사실 및 당해 토지를 기준면적에 포함시킬 것인지 여부를 전혀 감안하지 아니한 것으로 보이며,

【 처분청의 비업무용 부동산 면적계산 】

<단위 : ㎡>

기 간	보유토지면적	기준면적	차감(비업무용부동산면적)
91. 1. 1～ 4.10 91. 4.11～ 9.17 91. 9.18～12.31	39,640 40,070 43,617	37,947.8 37,947.8 37,947.8	1,692.2 2.122.2 5,669.2
92. 1. 1～11. 1 92.11. 2～12.31	43,617 43,617	37,947.8 42,847.8	5,619.2 769.2
93. 1. 1～12.31	43,617	42,847.8	769.2

둘째, 쟁점1부동산중 토지 및 쟁점2부동산 전체는 1987.5.4 도시계획상 자연녹지지역으로 지정되었음이 도시계획확인원 및 송탄시장의 확인에 의하여 인정되고 이 사실에는 다툼이 없으며,

셋째, 청구법인은 쟁점1부동산의 토지 및 쟁점2부동산 소재지에서 식품공장 및 제약공장을 가동하고 있으며 동 부동산은 같은 공장경계구역내에 소재하는 토지로서 공장건축물에 직접사용되는 부속토지인 사실이 지적도등본, 공장현황사진 등에 의하여 확인되고 이 사실 또한 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

따라서 쟁점1부동산의 토지 및 쟁점2부동산은 전체가 도시계획상 녹지지역에 해당되기 때문에 당해 토지는 공장건물의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 비업무용 부동산에 해당되지 아니한다 할 것이므로 청구법인이 주장하는 하치장등으로 사용한 토지가 있는지, 취득후 법령에 의한 제한에 해당되는지 여부와는 관계없이 처분청이 동 토지중 일부를 비업무용 부동산으로 보아 그에 해당하는 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

다. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【 쟁점부동산의 내역 】

쟁 점 1 부 동 산

① 경기도 송탄시 OO동 OOOOO 공장용지 5,082㎡

② 〃 OOO 임야 3,126㎡

③ 위 토지상의 공장용 건물 2,057.5㎡

쟁 점 2 부 동 산

① 경기도 송탄시 OO동 OOOOO 공장용지 19,789㎡

② 〃 OOOOO 임야 6,560㎡

③ 〃 OOOOO 임야 160㎡

④ 〃 OOOOO 임야 2,319㎡

⑤ 〃 OOOOO 임야 24㎡

⑥ 〃 OOOOO 임야 21㎡

⑦ 〃 OOO 전 1,088㎡

⑧ 〃 OOOOO 전 1,471㎡

⑨ 〃 OOO 전 430㎡

⑩ 〃 OOO 전 222㎡

⑪ 〃 OOO 전 2,145㎡

⑫ 〃 OOO 전 1,180㎡