국심2001서2189 (2001.11.23)

법인

기각

1998.12.31.까지 금융기관 부채상환액에 대한 감면대상 부채상환액으로 인정해 감면하고 그 이후는 감면 배제함

조세감면규제법 제33조의2【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】 / 조세감면규제법시행령 제30조의2【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 시내버스 운송사업을 영위하는 법인으로서 1986.1.7 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO외 8필지 토지 5,375㎡ 및 위 지상 건물 1,135.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 차고지 등 업무용으로 사용하다가 1998.11.18 서울특별시장에게 상암택지개발사업용으로 5,038,753,530원에 양도(수용)하였다.

한편, 청구법인은 1998.1.1～12.31사업연도 법인세신고시 구 조세감면규제법 제63조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 등의 감면)의 규정에 의한 감면받을 세액을 225,253,704원으로, 구 조세감면규제법 제33조의 2(중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면)의 규정에 의거 감면받을 세액을 675,894,315원으로 하여 세액감면신청서를 제출하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 이에 대한 특별부가세 산출세액 901,014,819원 전액을 감면받은 것에 대하여 서면조사결과, 쟁점부동산 양도당시 금융기관부채총액 7,339,377,052원 중 쟁점부동산 양도대금에서 1998.12.31까지 4,061,108,250원을 상환하였다 하여 구 조세감면규제법 제63조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면)의 규정에 의한 감면세액 225,253,704원을 감면하고, 구 조세감면규제법 제33조의 2(중소기업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면) 규정에 의한 감면세액 675,894,315원에 대하여는 쟁점부동산 양도대금 5,038,753,530원 중 1998.12.31까지의 금융기관부채상환액 4,061,108,250원이 차지하는 비율에 상당하는 544,726,929원만 감면세액으로 인정하고, 나머지 과다감면세액 131,134,080원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.8.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건의 경우에는 구 조세감면규제법시행령 제30조의 2의 규정이 적용되어야 하고, 처분청이 적용한 조세특례제한법시행령 제33조의 규정을 보더라도 청구법인은 위 영 제33조 제3항과 제4항의 규정에 의하여 양도일부터 1년이내의 금융기관부채감소액 5,456,174,502원에 대하여 감면받아야 마땅하며, 같은 조 제10항의 규정은 위 제3항, 제4항 및 제6항과 정면으로 상충되고, 또 그 부칙에 시행일이 1999.1.1 양도분부터 적용한다고 규정하고 있어, 이 건의 경우에는 적용할 수 없는 규정임에도 처분청이 이를 적용하여 1998.12.31까지 상환한 금융기관부채감소액 4,061,108,250원만으로 감면비율을 계산하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

구 조세감면규제법 제33조의 2 및 같은 법 시행령 제30조의 2의 규정과 1998.12.28 개정된 조세특례제한법 제36조 및 같은 법 시행령 제33조 제10항에 의하여 쟁점부동산 양도일로부터 3월이 되는 날 또는 양도일로부터 3월이 되는 날이 과세연도종료일 이후에 도래하는 경우는 과세연도종료일인 1998.12.31까지 금융기관부채상환액에 대하여 감면대상 부채상환액으로 인정하고, 1998.12.31까지 금융기관부채상환에 사용하지 아니한 부분에 대하여 감면배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 양도대금 중 1998.12.31까지의 금융기관부채상환액 4,061,108,250원이 차지하는 비율에 상당하는 544,726,929원에 대하여만 감면세액으로 인정하고 나머지 감면배제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법(1998.12.28 법률 제5584호로 전면개정되기 전의 것) 제33조의 2【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 “대통령령이 정하는 중소사업자가 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 “제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니하다.

1. 토지등의 양도대금을 토지등을 양도한 날(대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날의 다음 날)에 대통령령이 정하는 바에 따라 금융기관의 부채상환에 사용하지 아니한 때”고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서 “제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다.” 규정하고 있다.

같은 법 시행령(1998.12.31 대통령령 제15976호로 전면개정되기 전의 것) 제30조의 2 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】 제2항에서 "법 제33조의 2 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상소득금액에 대한 산출세액의 100분의 100으로 하되, 감면대상소득금액은 다음 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 1. 토지 등의 양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지 등으로서 5년 이상 사업용으로 사용한 토지 등(건물과 그 부속토지로 하고, 매매사업용의 토지 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관의 부채감소액이 제1호에서 규정하는 토지등을 양도하고 받은 대가중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)"고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 "제2항 제2호에서 규정하는 금융기관의 부채감소액은 토지 등의 양도일 현재 사업과 관련하여 상속세 및 증여세법시행령 제10조 제2항에 규정하는 금융기관으로부터 차입한 부채총액(당해 사업자가 자금조달의 목적으로 발행한 사채 및 기업어음으로서 금융기관이 매입한 것을 포함하며, 당좌차월을 제외한다. 이하 이 조에서 금융기관 부채총액 이라 한다)에서 당해 토지 등의 양도일부터 1년이 되는 날 현재의 금융기관 부채총액을 차감한 금액으로 한다."고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서 "제2항 제1호에 규정하는 토지등의 양도일부터 1년이 되는 날이 당해 토지등의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(자산양도차익에 대한 예정신고를 포함한다)기한 이후에 도래하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 부채상환계획서상의 금융부채의 예정감소액에 의하여 제2항의 규정을 적용한다."고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서 "법 제33조의 2 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액은 다음 각호에 의한다.

1. 법 제33조의 2 제2항 제2호의 사유에 해당되는 때에는 그 감면세액 전액

2. 제4항의 규정에 의하여 감면한 세액이 제2항의 규정에 의하여 계산한 감면세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액"이라고 규정하고 있다.

(2) 조세특례제한법(1998.12.28 법률 제5584호로 전면개정된 것) 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 『대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 중소사업자 라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 금융기관부채 라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 "제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지 등의 양도대금을 토지등을 양도한 날(장기할부조건인 경우에는 대통령령이 정하는 날을 말하며, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 토지등의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우"라고 규정하고 있다.

같은 법 부칙 제1조【시행일】에서 "이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조·제39조 및 제45조 내지 제48조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다."고 규정하고 있고, 제2조【일반적 적용례】제1항에서 "이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다."고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 "이 법 중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다."고 규정하고 있으며, 제6조【기업의 재무구조개선지원등을 위한 양도소득세의 면제등에 관한 적용례】제1항에서 "제36조 제2항 제1호·제37조 제2항 제1호·제40조 제1항 제3호 및 제41조 제1항 제3호의 개정규정은 이 법 시행일전에 부동산을 양도하거나 증여받고 이 법 시행일까지 금융기관부채의 상환기한이 도래하지 아니한 분부터 적용한다."고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 (1998.12.31 대통령령 제15976호로 전면개정된 것) 제33조 【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】제3항에서 “법 제36조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상소득금액에 대한 산출세액의 100분의 100으로 하되, 감면대상소득금액은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 토지 등(매매사업용의 토지등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 양도일 현재 3년 이상 보유한 토지등을 당해 사업자의 재무구조개선을 위하여 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관부채의 감소액이 제1호의 규정에 의한 토지등을 양도하고 받은 대가 중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)이라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 “제3항 제2호의 규정에 의한 금융기관부채의 감소액은 토지등의 양도일 현재 금융기관부채총액에서 당해 토지등의 양도일부터 1년이 되는 날 현재의 금융기관부채총액을 차감한 금액으로 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 조 제6항에서 “토지 등의 양도일부터 1년이 되는 날이 당해 토지 등의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익 예정신고를 포함한다)기한 이후에 도래하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 부채상환계획서상의 금융기관부채의 예정감소액에 의하여 제3항의 규정을 적용한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서 “법 제36조 제2항의 규정에 의하여 추징할 새액은 다음 각호의 1에 의한다.

2. 제6항의 규정에 의하여 감면한 세액이 제3항의 규정에 의하여 계산한 감면세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액”이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제10항에서 『법 제36조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 토지 등을 양도한 날(제9항에 해당하는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 3월이 되는 날을 말하되, 3월이 되는 날이 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도 종료일 이후에 도래하는 경우에는 당해 과세연도 종료일을 말한다.』고 규정하고 있다.

같은 영 부칙 제1조 【시행일】에서 “이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다.”고 규정하고 있고, 제2조 【일반적 적용례】제1항에서 “이 영 중 소득세∙법인세에 관한 규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.”고 규정하고 있으며, 제2항에서 “이 영 중 양도소득세∙특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1986.1.7 쟁점부동산을 취득하여 차고지 등 업무용으로 사용하다가 1998.11.18 서울특별시장에게 5,038,753,530원에 양도하였고, 양도당시 금융기관부채 7,339,377,052원 중 쟁점부동산 양도대금에서 1998.12.31까지 4,061,108,250원(이자 포함)을 상환하였으며, 1999.1.1부터 1999.11.3까지 2,230,765,842원(이자 포함)을 추가상환하여 양도일부터 1년이내에 6,291,874,092원의 부채를 상환한 사실이 확인되고, 이에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 본 건의 경우 구 조세감면규제법시행령 제30조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 토지 등의 양도일부터 1년이 되는 날까지의 금융기관부채상환액에 대하여 감면을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 중소사업자가 사업용 토지 등을 양도한 후 그 대금을 금융기관부채상환에 사용할 경우 종전에는 구 조세감면규제법 제33조의 2 제1항, 제2항 및 같은 법 시행령 제30조의 2 제2항에 의거 당해 토지 등을 양도한 날에 즉시 금융기관부채를 상환하는 경우에 한하여 감면을 적용하였으나, 1998.12.28 법률 제5584호로 전면개정된 조세특례제한법 제36조 제1항, 제2항 및 같은 법 시행령 제33조 제10항에서 토지 등을 양도한 날부터 3월이 되는 날과 3월이 되는 날이 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도 종료일 이후에 도래하는 경우에는 당해 과세연도 종료일내로 그 상환기간이 연장되었다.

(3) 또한, 위 관련법령에서 토지 등을 양도한 날부터 3월이내와 과세기간 종료일 중 빠른 날에 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우에는 미상환금액에 상당하는 금액을 과세표준신고시 추가납부하도록 규정하고 있고, 감면세액계산은 토지 등의 양도대금 중에서 토지 등의 양도후 1년이 되는 날 현재의 금융기관부채감소액의 비율에 의하도록 규정하고 있는 바, 실제 상환액이 당초 상환예정액에 미달하는 경우에는 그 미달금액에 상당하는 감면세액을 추징함이 타당하다.

(4) 청구법인은 위 전면개정된 조세특례제한법시행령 부칙에서 그 시행일이 1999.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있어 본 건의 경우에는 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 이에 대하여는 조세특례제한법 부칙 제6조에서 “법 제36조 제2항 제1호의 개정규정은 이 법 시행일인 1999.1.1전에 부동산을 양도하고 이 법 시행일인 1999.1.1까지 금융기관부채의 상환기간이 도래하지 아니한 분부터 적용한다”고 명문화하고 있다.

위 사실관계 및 관련법령의 규정내용을 종합해 볼 때, 쟁점부동산 양도대금 중 1998.12.31까지의 금융기관부채상환액 4,061,108,250원이 차지하는 비율에 상당하는 544,726,929원에 대하여만 감면세액으로 인정하고, 나머지 감면배제한 처분은 정당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.