[사건번호]조심2012중0103 (2012.06.29)

[세목]양도[결정유형]경정

[결정요지]양수법인의 파산으로 소유권이전등기를 할 수 없어 당초부터 공동으로 사업을 추진하던 공동사업자들 명의로 소유권이전등기를 한 것이라는 청구인의 주장이 신뢰성이 있는 것으로 보이므로, 쟁점토지의 양도시기는 05.6.29.로 보는 것이 합리적이나, 양도당시 농지였다는 객관적인 자료의 제시가 없고, 처분청도 자경여부에 대한 확인·조사 내용의 자료가 없으므로, 양도당시 농지 및 자경 여부를 재조사하여 그 결과에 따르는 것이 타당함

[관련법령] 소득세법 제98조

OOO세무서장이 2011.9.8. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 32-33 대지 583㎡ 외 15필지 3,220㎡가 양도일인 2005.6.29. 현재 청구인이 8년 이상 자경한 농지에 해당하는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1986.8.27. 취득한 OOO 32-33 대지 583㎡ 외 15필지 3,220㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2010.11.29. 소유권이전 등기하고, 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2011.1.27. 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점토지의 소유권이전등기일인 2010.11.29. 현재 농지였는지 여부 및 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부가 불분명하다고 보아 감면을 배제하여, 2011.9.8. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 토지개발 및 컨설팅회사인 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 OOO 32번지 외 3필지 토지 5,107㎡를 양도하는 매매계약을 2003.12.8. 체결하고, 쟁점토지 외 OOO 산 28-1 소재 임야 1,990㎡ 중 청구인 소유지분 1,134㎡를 양도하는 매매계약을 2003.12.12. 체결하여, 2005.6.29. 매매대금을 지급받고 부동산매매용 인감증명서까지 발급하여 주었으나, 쟁점토지가 토지거래허가구역내 토지로 토지거래허가가 지연되어 2010.11.29. 토지거래계약허가증을 발급받아 2010.11.29. 소유권이전등기가 완료되었다. 토지거래허가구역내 토지를 거래하면서 매매대금을 먼저 청산한 후 나중에 허가를 득하여 소유권이전등기를 한 경우에는 잔금청산일이 양도시기이고, 쟁점토지는 양도당시 농지로서 청구인이 8년 이상 자경한 사실이 농지원부에 의해 확인되므로 소유권이전등기일을 양도시기로 보고 양도당시 농지가 아니라 하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

토지거래허가구역내 토지를 거래하면서매매대금을 먼저 청산한 후 나중에 허가를 득하여 소유권이전등기를 한 경우에는 잔금청산일이 양도시기가 되는 것이나, 과세전적부심사청구시 제출된 매매계약서와 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서의 양수인 등이 상이하여 토지거래허가전에 대금청산이 이루어진 동일한 거래로 볼 수 없고, 쟁점토지의 양도와 관련된 매매계약서가 다수 존재하여 양도시기가 불분명하므로 등기부등본상의 소유권이전등기일을 양도시기로 보아야 할 것으로, 양도당시 농지 여부 및 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부가 불분명하므로 감면을 배제한 과세처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 등기부등본상 등기접수일인 2010.11.29.을 양도시기로 보아, 양도당시에 농지에 해당되지 않는다 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

(2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세ㆍ감면 및 소액부징수(소액불징수) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(3) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점토지에 대한 토지거래허가증은 2010.10.4. 접수되어 2010.10.18. 허가된 것으로 나타나고, 쟁점토지의 양도와 관련하여 2010년 귀속 양도소득세 신고시 제출된 부동산매매계약서 등 쟁점토지의 양도와 관련한 처분청의 심리자료는 아래와 같다.

(가) 양도소득세 신고시 제출된 2010.10.18.자 작성의 부동산매매계약서는 청구인과 안OOO간에 체결된 것으로 주요내용은 다음과 같다.

O) OOOO OO

2) 매매대금은 OOO원(계약금 : OOO원, 잔금 : OOO원)이고, 잔금은 2010.11.9. 지불하며, 부동산의 명도는 2010.11.9.로 한다.

(나) 2010.10.18. 청구인이 박찬경에게 양도한 것이라는 부동산매매계약서의 주요내용은 다음과 같다.

O) OOOO OO

2) 매매대금은 OOO원(계약금 : OOO원, 잔금 : OOO원)이고, 잔금은 2010.11.9. 지불하고, 부동산의 명도는 2010.11.9.로 한다.

(다) 청구인의 2009년 및 2010년 귀속 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내용은 아래와 같다.

(라) 국세청의 국세통합시스템의 자료에 의하면, 쟁점토지 보유기간 동안의 청구인의 사업·소득·주소변경 이역은 아래와 같다.

1) 청구인의 사업이력

2) 청구인의 종합소득세 신고 및 결정내역

3) 청구인의 주소변경이력

(마) 처분청이 2005.6.29. 현재 쟁점토지의 항공사진을 국토지리정보원에 요청한 바, 2000년 9월, 2006년 9월 촬영분은 회신받았으나, 2005년 촬영분은 없는 것으로 회신 받았고, 2010년 당시에는 농지에 해당되지 않는 것이 항공사진으로 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 잔금을 2005.6.29. 받았고, 쟁점토지를 실제 자경하였다는 주장에 대한 증빙자료로 매수자가 OOO인 부동산매매계약서, 통장 사본, 농지원부, 공동사업약정서, 영수증, 사진 등을 증빙자료로 제시하였다.

(3) 청구인으로부터 쟁점토지를 매입하였다는 OOO의 대표자 박OOO은 2012.4.4(수). 조세심판관회의에 출석하여 쟁점토지의 매매대금을 2005.6.29. 청산하였고, 청구인으로부터 쟁점부동산을 매입하기 이전부터 OOO, 박OOO, 박OOO, 안OOO, 박OOO, 박OOO이 공동으로 사업을 추진하였으나 OOO로 부동산 매매계약을 한 것은 법인사업자로 추진하는 것이 세율 측면에서 더 유리하다고 판단되었기 때문이라는 취지의 진술을 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.

(가) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 자산의 대금을 청산한 날로 보도록 「소득세법」 제98조 및 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에서 규정하고 있다.

(나) OOO와의 당초 매매계약서는 쟁점토지를 포함한 OOO 32 외 3필지의 토지 5,107㎡이고, 양도소득세 신고시 제출된 매매계약서와 불복단계에서 제출된 매매계약서의 매수인이 서로 다른 것은 토지거래허가구역내의 토지로서 양수자인 OOO의 파산으로 소유권이전등기를 할 수 없어 당초부터 공동으로 사업을 추진하던 공동사업자들 명의로 소유권이전등기를 한 것이라는 청구인의 주장이 신뢰성이 있는 것으로 보이고, 동 토지의 양도시기에 작성하였다는 계약내용대로 매매대금이 OOO로부터 청구인의 통장으로 입금된 사실이 금융자료에 의하여 확인되는 점 등을 고려할 때 쟁점토지의 양도시기는 2005.6.29.로 보는 것이 합리적이라 하겠다.

(다) 청구인은 쟁점토지를 OOO에게 양도한 이후 OOO가 형질변경을 하였으나, 양도일인 2005.6.29. 현재 농지이고 8년 이상 직접 자경을 하였다는 주장으로 쟁점토지를 배경으로 촬영한 사진을 제시하고 있으나, 청구인이 양도일 현재 쟁점토지를 8년 이상 직접 자경하였다는 자료는 제시되지 아니하였고, 처분청도 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니하였다는 확인·조사 내용의 자료가 없으므로, 처분청이 쟁점토지의 양도시기인 2005.6.29. 현재 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 자경하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.