국심1996서1814 (1998.09.03)

법인

경정

청구법인은 법인세 신고시 1992 사업년도 예금이자 000원과 1993 사업년도의 수입이자 000원을 익금불산입하여 과세표준에 계상하지 않았음이 확인되므로 법인세법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 해당한다 할 것이며 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득은 분리과세되는 것이므로 원천징수된 법인세액을 각 사업년도의 소득에 대한 법인세에서 공제할 수 없음

국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간】 / 국세기본법시행령 제12조의3【국세부과제척기간의 기산일】

국심1999서0099 / 조심2016서2486

여의도세무서장이 1995.12.16 청구법인에게 한 1991 사업년도분 법인세 207,157,820원, 1992 사업년도분 법인세 104,864,040원, 1993 사업년도분 법인세 195,427,880원, 1994 사업년도분 법인세 459,266,240원 및 농어촌특별세 26,206,700원의 부과처분은

1. 1987 사업년도분 결손금을 5,062,000,350원으로, 1988 사업년도분 결손금을 7,135,933,805원으로, 1989 사업년도분 결손금을 8,417,243,622원으로 하여 그 후 사업년도 법인세 과세표준 계산시 이월결손금으로 공제하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 원처분개요

청구법인은 폐기물의 감량화 및 재활용 촉진을 목적으로 합성수지폐기물 처리사업법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 수익사업인 폐수지, 농약공병, 고철 및 폐지 등의 판매업을 영위하고 있으며, 각 사업년도 소득에 대한 법인세 신고시 사업 외 수익으로 계상하고 있던 보조금, 부담금 등을 세무 조정하면서 익금불산입하고 이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부세액으로 공제하여 법인세를 신고하였다.

처분청은 청구법인이 합성수지폐기물처리사업법 제29조에 의하여 합성수지 제조업자 및 수입업자(이하 “원인업자”라 한다)로부터 징수하는 부담금(이하 “원인업자부담금”이라 한다)을 비영리사업의 수입금액으로 보아 익금불산입하여 신고한데 대하여, 비용으로 계산한 사업원가와 일반관리비등을 법인세법 시행규칙 제25조 제1항 단서의 공통손금 구분계산 규정에 의하여 수입금액 기준으로 안분한 후 원인업자부담금에 배분된 금액을 손금불산입하여 1991사업년도분 법인세 207,157,820원, 1994 사업년도분 법인세 459,266,240원 및 농어촌특별세 26,206,700원을 결정하였고,

1992 사업년도 이자소득금액 733,742,108원 및 1993 사업년도 이자소득금액 550,717,148원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)에 대한 원천납부세액(1992 사업년도: 74,618,780원, 1993 사업년도: 155,327,930원, 이하 “쟁점원천납부세액”이라 한다)을 당초에 환급하였다가, 청구법인이 법인세 신고시 쟁점이자소득을 익금불산입하였다 하여 기 환급한 쟁점원천납부세액에 가산세를 가산하여 1992 사업년도분 법인세 104,864,040원 및 1993 사업년도분 법인세 195,427,880원을 결정하여 1995.12.16자로 각각 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1996.2.14 심사청구를 거쳐 1996.5.29 심판청구를 제기하였다

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 처분청은 1987 사업년도부터 1989 사업년도까지의 각 사업년도 소득금액을 경정하여 이월결손금을 감소시켰는 바, 1987 사업년도부터 1989 사업년도까지 3개 사업년도는 국세기본법 제26조의 2 제1항의 규정에 의한 국세부과제척기간이 만료되었고 부과제척기간이 만료되면 결정·경정 등 어떠한 처분도 할 수 없으므로 이와 같은 소득금액 및 이월결손금 경정은 위법한 처분이다.

(2) 청구법인에는 폐수지 등 폐기물을 수집·판매하는 하나의 고유목적사업만이 존재하고 있을 뿐 별도의 수익사업 또는 비영리사업이 존재하고 있지 아니하므로 공통손금이라는 개념이 적용될 여지가 없으며, 원인업자부담금은 국가가 수행해야 할 폐기물의 수집·처리업무를 청구법인이 대행하는데 따른 비용을 원인업자가 자기계산방식에 의하여 납부하는 것으로서 징수와 관련하여 많은 인력과 장비 등이 소요되는 것이 아니므로 원인업자부담금 발생 자체를 하나의 사업으로 볼 수 없다.

(3) 설령 원인업자부담금을 하나의 사업(비영리사업)으로 보아 공통손금중 손금불산입 대상금액을 구분 계산해 내는 것이 적정하다고 하더라도, 수익사업인 폐수지 매출에 대응되는 직접비용인 사업원가는 공통손금에서 제외해야 하므로 사업원가를 제외한 일반관리비, 사업 외 비용, 특별손실의 합계액을 구분계산 대상인 공통손금으로 해야 하고, 공통손금중 손금불산입금액은 폐수지사업 등 사업별 매출금액의 합계액과 원인업자부담금의 총합계금액에서 원인업자부담금이 차지하는 비율에 의하여 안분계산되어야 한다.

(4) 1992 사업년도 및 1993 사업년도의 법인세 신고시 쟁점이자소득을 익금에 산입하지 아니한 것은 매 사업년도마다 결손금이 발생했기 때문이며, 이와 같은 납세자의 착오에 의한 신고에 대하여 과세관청은 그 착오를 바로 잡는 것이 타당하므로 청구법인이 익금산입사항인 쟁점이자소득을 익금불산입했다고 하더라도 과세관청은 이를 익금으로 조정함으로써 쟁점이자소득이 익금에 산입된 것으로 보아 쟁점원천납부세액을 기납부세액으로 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 부과제척기간이 만료된 사업년도의 이월결손금을 경정할 수 있는지에 대하여

국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호(1994.12.22 개정 전)에 “법인세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과하면 부과할 수 없다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조의 3 제1항 제1호에 “과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 과세표준 신고기한의 다음날을 국세를 부과할 수 있는 날”로 규정하고 있다.

이 건의 경우 청구법인이 1987 사업년도 결손금 5,062,000,350원, 1988 사업년도 결손금 7,135,933,805원, 1989 사업년도 결손금 8,417,243,622원으로 신고한데 대하여 처분청은 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에 의해 1995.3.15자로 부과제척기간이 만료(1989사업년도 결산확정일은 1990.3.1이고, 과세표준신고기한은 1990.3.15임)된 이후인 1995.12.16 1987사업년도 결손금 276,370,820원, 1988 사업년도 결손금 2,177,847,044원, 1989 사업년도 소득금액 26,952,707원으로 경정한데 대하여 청구법인은 부당하다는 주장인 바,

국세기본법 제26조의 2 제1항의 국세부과제척기간은 권리관계를 조속히 확정 시키려는 것이므로 국세기본법 제26조의 2 제1항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없는 것이나(동지 국세기본법 기본통칙 제3-4-4…26조의 2), 세액산출의 직접적인 기초가 되는 과세표준만이 국세부과제척기간의 적용을 받는 것이므로(동지 징세 46101-4094, 1995.12.22) 처분청이 국세부과제척기간이 만료된 사업년도의 결손금을 변경하여 다음 사업년도의 과세표준을 경정한 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 원인업자부담금을 비수익사업의 수입금액으로 보아 공통손금을 안분계산한 것이 정당한지에 대하여

법인세법 제1조 제1항에 “비영리내국법인은 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 과세한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제4항에 “비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 ‘비영리사업’이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제25조 제1항에 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분 경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 수입금액 또는 매출액에 비례하는 방법(공통익금 및 업종이 동일한 경우의 공통손금)과 개별손금에 비례하는 방법(업종이 다른 경우의 공통손금)에 의하도록 규정하고 있다.

청구법인의 폐수지, 농약공병 및 고철 등을 판매하는 사업이 법인세법상 비영리법인의 수익사업이라는 데에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으나, “청구법인이 징수하는 원인업자부담금은 법인세법 제1조 제1항 단서의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 않는다”는 국세청 예규(법인 22601-262, 1985.1.26)에 의하여 청구법인은 원인업자부담금을 1987～1994 사업년도 법인세 신고시 익금불산입하였고, 처분청은 익금불산입한 원인업자부담금을 청구법인의 비수익사업으로 보아 청구법인의 수익사업과 관련 있는 인건비 및 경비와 일반관리비등을 수익사업의 매출액과 원인업자부담금에 비례하여 안분계산하고 원인업자부담금에 해당하는 금액을 손금불산입한데 대하여 청구법인은 부당하다는 주장인 바,

원인업자부담금을 하나의 사업으로 볼 수는 없다 할지라도 원인업자부담금은 폐수지를 수집·처리함으로써 발생하는 것이므로 원인업자부담금과 관련된 비용은 수익사업의 손금에서 제외함이 타당하다 할 것이다. 따라서 법인세법 시행규칙 제25조 제1항의 규정에 의해 안분계산하여 원인업자부담금 관련 경비를 손금불산입한 당초 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 법인세 신고시 익금불산입한 이자수입의 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하지 않은 처분이 정당한지에 대하여

법인세법 제27조 제1항에 “비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있다.

처분청이 제출한 청구법인의 1992 사업년도 및 1993 사업년도의 법인세 과목별 소득금액 조정명세서에 의하면 청구법인은 법인세 신고시 1992 사업년도 예금이자 733,742,108원과 1993 사업년도의 수입이자 550,717,148원을 익금불산입하여 과세표준에 계상하지 않았음이 확인되므로 법인세법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 해당한다 할 것이다.

따라서 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득은 분리과세되는 것이므로 원천징수된 법인세액을 각 사업년도의 소득에 대한 법인세에서 공제할 수 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구는

(1) 부과제척기간이 만료된 사업년도의 결손금을 조정하여 그 후 사업년도의 과세표준을 경정할 수 있는지

(2) 원인업자부담금을 수익사업의 수입금액으로 볼 것인지 아니면 비영리사업의 수입금액으로 볼 것인지

(3) 원인업자부담금을 비영리사업의 수입금액으로 보는 경우 공통손금의 안분계산은 어떻게 해야 하는지

(4) 법인세 신고시 익금불산입한 이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 처분이 정당한지 여부에 그 다툼이 있다.

나. 관련법령

(1) 국세기본법(1994.12.22 개정전의 것) 제26조의 2 제1항 제1호에서 「법인세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다」고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제12조의 3 제1항 제1호에서 「과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날을 국세를 부과할 수 있는 날로 한다」고 규정하고 있다.

(2) 법인세법(1994.12.22 개정전의 것) 제1조 제1항에서 「비영리내국법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다」고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제2조 제4항에서 「비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천(이하 “수익사업”이라 한다)에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제25조 제1항에서 「영 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다(단서 생략).

1. 수익사업과 기타 사업의 공통익금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

3. 수익사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산한다」고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 「제1항에 규정하는 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다」고 규정하고 있다.

(3) 법인세법(1994.12.22 개정전의 것) 제27조 제1항에서 「비영리내국법인은 이자소득에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다」고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 「제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 1987 사업년도 소득금액으로 결손금 5,062,000,350원, 1988 사업년도 소득금액으로 결손금 7,135,933,805원, 1989 사업년도 소득금액으로 결손금 8,417,243,622원을 신고한데 대하여, 처분청은 1989 사업년도분 법인세의 부과제척기간이 만료(만료일: 1995.3.15)된 이후인 1995.12.16, 1987 사업년도 소득금액을 결손금 276,370,820원으로, 1988 사업년도 소득금액을 결손금 2,177,847,044원으로, 1989 사업년도 소득금액을 26,952,707원으로 경정 결정하여 이월결손금을 감소시켰음이 처분청에서 제출한 법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서에 의하여 확인되고 있다.

(나) 국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정 시키려는 것이므로 국세를 부과할 수 있는 날로부터 법정기간이 경과하여 제척기간이 만료되면 그 후에는 과세관청이 결정·증액경정·감액경정 등 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정(경정결정 포함) 뿐만 아니라 각 사업년도의 결손금도 조정할 수 없음에도(재정경제원 기법 46019-195, 1996.7.1도 같은 뜻임) 처분청은 부과제척기간이 경과된 1987～1989 사업년도분 결손금을 조정하여 이월결손금을 감소시켰으므로 이는 부당한 처분이라 하겠다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 폐수지의 수집·처리 및 재활용을 위하여 합성수지폐기물처리사업법에 의하여 설립된 비영리법인으로 폐수지의 수집 및 처리가 주된 사업목적이며, 재활용이 가능한 폐수지는 자원화를 촉진하고 환경보존에 기여하기 위하여 이를 판매하고 있는 바, 재활용품의 판매행위가 법인세법상 수익사업에 해당되어 이에 대하여는 법인세가 과세되고 있다.

(나) 원인업자부담금은 청구법인이 실시하는 폐수지의 수집·처리에 소요되는 비용을 합성수지폐기물처리사업법 제29조의 규정에 의거 원인업자인 합성수지 제조업자 및 수입업자가 부담하는 비용으로 이를 수익사업의 수입으로 볼 것인지 비영리사업의 수입으로 볼 것인지는 수익사업과 관련하여 받았는지 비영리사업과 관련하여 받았는지에 따라 판단하여야 할 것인 바, 청구법인은 폐수지의 수집 및 처리를 주된 사업으로 하고 있으며, 폐수지의 수집·처리는 비영리사업에 해당하므로 이와 관련하여 받은 원인업자부담금은 비영리사업으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 사업원가를 제외한 일반관리비, 사업외비용, 특별손실의 합계액만을 안분계산 대상금액인 공통손금으로 하여야 한다고 주장하나, 사업원가는 매출원가뿐만 아니라 폐수지를 수집·처리하기 위한 인건비, 경비도 포함하고 있으므로 사업원가중 매출원가를 제외한 인건비 및 경비는 공통손금으로 보아 안분계산함이 타당하다 하겠다.

(나) 안분계산 방법에 대하여도 청구법인은

공통손금×으로 하여야 한다고 주장하나, 공통손금에는 폐수지 수집·처리비용뿐만 아니라 농약빈병, 고철, 재활용품 등의 수집·처리비용도 포함되어 있으므로 이와 관련하여 받은 국고보조금, 단체보조금, 기금보조금, 대형폐기물처리부담금도 안분계산 기준금액에 포함시키는 것이 타당하다 하겠다.

(다) 따라서, 사업원가중 인건비 및 경비를 공통손금에 포함시키고 국고보조금, 단체보조금, 기금보조금, 대형폐기물처리부담금을 안분계산 기준금액에 포함시켜 폐수지 관련비용을 산출한 다음 이 중에서 원인업자부담금 관련비용을 안분계산하여 이를 손금불산입한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 쟁점(4)에 대하여 살펴본다.

(가) 비영리내국법인의 경우 원천징수의 방법으로 과세되는 이자소득에 대하여는 다른 수익사업소득과 합산하여 과세표준 신고를 하는 방법과 원천징수의 방법에 의하여 과세하는 방법 중 하나를 선택하여 적용할 수 있도록 법인세법 제27조에서 규정하고 있다.

(나) 처분청에서 제출한 청구법인의 1992 사업년도 및 1993 사업년도의 법인세 과세표준금액 및 세액 경정결의서와 소득금액 조정명세서에 의하면 청구법인은 1992 사업년도 예금이자 733,742,108원과 1993 사업년도 예금이자 550,717,148원을 익금불산입하여 과세표준에 계상하지 않았음이 확인되고 있으므로, 청구법인은 1992 사업년도 및 1993 사업년도 예금이자에 대하여는 원천징수의 방법에 의하여 과세하는 방법을 선택한 것으로 보여진다.

(다) 따라서 처분청에서 과세표준에 계상하지 아니한 이자소득에 대한 쟁점원천납부세액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.