[사건번호]조심2012서4641 (2012.12.27)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의 3

[참조결정]조심2010중2363 / 조심2012서1827 / 조심2012광3450

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 따라 1999.4.16. 취득(사용승인)한 같은동 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.4.26. 양도한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세 감면대상 양도소득을 OOO원으로 하여 2006.6. 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나.처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득으로, 이를 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하고, 납부불성실가산세를 가산하여 2012.5.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.18. 이의신청을 거쳐 2012.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

당초 조특법 제99조의3이 제정될 당시에는 신축주택을 신축일로부터 5년이내에 양도하면 양도소득 전체에 대하여 양도소득세가 감면된다는 내용으로 납세자 뿐 아니라 세무당국에게도 인식되고 있었으며, 구주택 철거 후 주택을 신축하여 양도하는 경우 구주택은 양도한 것이 아니므로 신축주택의 양도소득만 있을 뿐이며 구주택의 양도소득이란 개념상 존재할 수 없는 것이다. 동법 시행령 제99조의3 제2항에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 계산시 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 있으나 이는 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 신축주택의 양도소득 중 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득을 구할 때 적용되는 것이지 처분청의 입장처럼 구주택과 신축주택의 전체 양도소득 중 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 구할 때 적용되는 것이 아니다. 설령 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식과 위 조특법 시행규칙 별지 서식을 적용한다고 하더라도 법령상 동일 문구에는 동일 기준을 적용하므로 위 법령 분모와 분자의 취득당시의 기준시가는 모두 동일한 것으로 보아야 할 것이다. 뿐만 아니라 세무당국이 법해석에 대한 입장을 변경하면서 그에 대한 불이익을 납세자에게 전가하여 본세에 가산세까지 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3 등의 명문의 규정상 양도소득세 감면대상이 되는 것은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않는 것인바, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 의하여 계산하면서 동 산식 중 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용한 것은 적법한 방법이므로 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

조특법 제99조의3이 적용되는 신축주택의 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득인 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 공급계약서, 매매계약서, 청구인의 양도소득세 신고서(양도소득세액 감면신청서 포함), 처분청의 양도소득세 경정결의서(양도소득세 결정결의 검토표 포함) 및 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 1993.3.10. 종전주택을 OOO원에 취득한 후 추가부담금 OOO원을 납부하고 이를 재건축하여쟁점주택이 1999.4.16. 사용승인되자 2006.4.26. OOO원에양도하였고, 그에 따라 발생한양도소득금액 OOO원(양도가액-청산금-종전주택 취득가액-필요경비-장기보유특별공제) 중 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액으로서 양도소득세가 감면되는 금액을 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하여 OOO원[ = 양도소득금액 OOO원 × {(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가) ÷ (신축주택 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가)}]으로 계산하여 양도소득세를 신고하였다.

(나)이에 대하여 처분청은 감면대상 소득금액을 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하여OOO원[ = 양도소득금액 × {(신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) ÷ (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 또는 나대지 취득당시의 기준시가)}] 으로 계산하였다.

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하면서 납부불성실 가산세를 가산하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 타당하다.

(가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상이라고 할 것이다.

(나) 한편, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(나)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다.

<감면대상 소득금액 계산식>

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(다) 아울러 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 것이 타당한지를 보면,

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이며(대법원 2007.4.26.선고 2005두10545 판결 참조), 납부불성실가산세는 세법상 의무를 준수하도록 하는 의미도 있으나, 법정납부기한과 납부일과의 기간에 대한 이자의 성질로 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는바(조심 2012서1827, 2012.6.28. 같은 뜻임),

2) 위 (가), (나)에서 본바와 같이 조특법 제99조3 및 동법 시행령에서 명문상 쟁점주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 계산하는 방법을 규정하고 있으며, 과세관청이 이에 대하여 청구주장과 같은 견해를 공적으로 표명한 바도 없으므로, 청구인에게 미납세액에 대한 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고 판단된다(조심 2012광3450, 2012.9.28. 참조).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.