1. 피고가 2014. 1. 6. 원고에 대하여 한,

가. 2009년 1기분 부가가치세 689,517,730원의 부과처분 중...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 1. 12.경 구 담배사업법(2014. 1. 21. 법률 제12269호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘담배사업법’이라 한다) 제19조 제1항의 특수용담배인 외항선 선원에게 판매하는 담배를 주식회사 유일마린(이하 업체명에서 ‘주식회사’는 생략한다), A, B, C, D 등 특수용담배를 취급하는 도매업체들(이하 ‘쟁점 거래업체’라 한다)에게 중국 수출용으로 판매하기로 하였다.

나. 쟁점 거래업체는 원고에게 담배를 주문하면서 ‘에세라이트(국, 여객선용)’이라고 기재한 ‘특수용 (국제여객선) 제조담배 매입신청서’를 제출하는 등 마치 국제선 여객선용이나 외항선 선원에게 판매하는 특수용담배를 주문하는 것과 같은 형식을 취하였다.

다. 원고는 2009년부터 2012년 사이의 부가가치세 과세기간 동안(2010년 1기는 제외) 쟁점 거래업체에게 ‘외항선 또는 원양어선의 선원’이나 ‘국제항로에 취항하는 항공기 또는 여객선의 승객’에게 판매할 목적으로 제작되어 “면세용, DUTY FREE”라는 문구가 인쇄된 담배(이하 ‘쟁점 담배’라 한다)를 중국 수출용으로 판매하였고(이하 ‘이 사건 거래’라 한다), 이 사건 거래의 거래명세서, 영수증 등에는 쟁점 담배의 용도가 ‘여객선용’, '국제여객‘ 등으로 표시되었다. 라.

원고는 이 사건 거래를 하면서 쟁점 거래업체로부터 수출신고필증을 교부받았으나, 내국신용장이나 구매확인서를 교부받지는 아니하였다.

마. 쟁점 거래업체는 원고로부터 공급받은 담배 중 일부를 중국으로 수출하고, 나머지 대부분은 국내로 유통시켰다.

바. 서울지방국세청은 2013. 3. 6.부터 2013. 7. 24.까지 원고에 대한 법인세제통합 세무조사를 실시하였고, 원고가 위와 같이 특수용담배인 외항선 선원에게...