대법원-2016-두-57038(2017.03.30)

조세특례제한법 제69조 제1항 단서가 규정하는 양도소득세의 면제 범위

농지가 주거지역 등에 편입된 후 순차로 환지예정지 지정을 받은 경우 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득세에 대하여만 양도소득세 면제의 대상이 됨

구 조세특례제한법 제69조 제1항

대전고등법원-2017-누-10942

윤FF

GGG세무서장

2017. 07. 05

2017. 08. 30

1. 처분의 경위

가. 원고는 1990. 4. 23. 대전 유성구 DD동 144-1 답 523㎡에 관하여 원고 명의의

소유권이전등기를 마치고, 2003. 8. 7. 인접 농지인 같은 동 144-2 답 67㎡를 위 토지

에 합병 후, 위 DD동 144-1 답 590㎡는 그 중 104㎡가 2013. 8. 1. 같은 동 144-4로

분할되어 486㎡만 남게 되었다(이하 이처럼 분할되고 남은 위 DD동 144-1 토지를

'이 사건 토지'라 한다).

나. 원고는 2014. 9. 5. 이 사건 토지에 관하여 주식회사 A에게 2014. 9.

1.자 매매(거래가액 305,812,000원)를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 같

은 달 26. 피고에게 이 사건 토지가 주거지역 등에 편입된 날(2011. 12. 28.)의 기준시

가를 적용하여 감면세액을 29,858,108원으로 계산한 양도소득세를 신고하였다.

다. 그 후 원고는 2014. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관하여 환지예정지 지정을

받은 날(2013. 6. 21.)의 기준시가를 적용하여 감면세액을 43,964,080원으로 계산하여

야 한다는 이유로, 과다납부한 양도소득세 14,105,972원(= 43,964,080원 - 29,858,108

원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 2. 25. 원고에게 '당초 신고

가 타당하다고 판단되어 원고의 경정청구를 불채택한다'는 거부처분(이하 '이 사건 처

분'이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 2015. 4. 15. 조세심판원에 심판을 신청하였으나, 2015. 11. 10. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 토지의 경우 8년 이상 자경한 농지로서 연구개발특구의 육성에 관한 특

별법(이하 '연구개발특구법'이라 한다)에 따라 환지예정지 지정을 받고 그 지정일로부

터 3년 이내에 양도하였으므로, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개

정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제69조 제1항 단서의 '「도시개발법」 또

는 그 밖의 법률(이하 '도시개발법 등'이라 한다)에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토

지로 환지예정지 지정을 받은 경우'에 해당하여 양도소득세를 산정함에 있어 감면소득

을 계산할 때 '환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가'를 적용하여야 한다. 그럼에도

불구하고 피고는 이를 같은 조항의 '「국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 '국토계

획법'이라 한다)」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 '주거지역 등'이라 한다)

에 편입된 경우'로 보아 '주거지역 등에 편입된 날의 기준시가'를 적용하는 것이 타당

하다는 이유로 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ B은 2009. 7. 21. 구 C연구개발특구 등의 육성에 관한 특별

법(2012. 1. 26. 법률 제11232호로 개정되기 전 법률, 이하 '구 연구개발특구법'이라 한

다)에 따라 아래와 같이 이 사건 토지가 포함된 대전 유성구 DD동 일대의 토지를 토

지소유자에 의한 환지방식의 사업추진방식으로 개발한다는 내용으로 C연구개발특구

2단계 DD지구 개발계획을 고시하였다.

・사업의 명칭 : C연구개발특구 2단계 DD지구 개발사업

・사업위치 : 대전 유성구 DD동 200번지 일원

・사업지정권자 : 정부(미래창조과학부 장관)

・사업시행자 : DD지구 개발사업조합

・개발면적 : 298,137㎡

⑵ 대전광역시장은 2011. 12. 28. 구 연구개발특구법 제27조 제1항 등에 따라 아래

와 같은 내용의 'C연구개발특구2단계(DD지구) 개발사업 실시계획 승인고시'를 하

였고, 이에 따라 이 사건 토지는 국토계획법상 대전광역시 공업지역으로 편입되었다.

・사업위치 : 대전 유성구 DD동 200번지 일원

・토지이용계획

・개발사업시행자 : DD지구 개발사업조합(2009. 11. 5. 설립인가)

・시행방법 : 토지소유자에 의한 환지방식

・시행기간 : 실시계획승인일 ˜ 2013. 12. 31.

⑶ 대전광역시 EE은 2012. 10. 25. DD지구 개발사업조합장에게 'C연구

개발특구2단계(DD지구) 환지계획 인가통보'를 하였고, DD지구 개발사업조합은 2012.

11. 1. 조합원들에게 환지예정지 지정조서 및 환지예정지 지정설명서를 발송하였는데,

이에 따르면 이 사건 토지의 환지예정지는 A1블럭(가지번 656) 229.9㎡였다.

⑷ 대전광역시 EE은 2013. 6. 21. 그 효력 발생일을 공고 당일로 하는 C

연구개발특구 2단계(DD지구) 환지예정지 지정 공고를 하였는데, 사업위치나 면적, 사

업시행자, 시행방법, 시행기간은 위 ⑵항에 기재된 DD지구 개발사업 실시계획 승인고

시와 같되 평균 감보율은 50%이며, 이 사건 토지의 환지예정지는 위 환지예정지 지정

조서와 동일하게 지정되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 제4 내지 7호증, 제8호증의 1, 2의 각 기재,

변론 전체의 취지

라. 판단

구 조세특례제한법 제69조 제1항은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접

경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정

하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입되거나

도시개발법 등에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우

에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대

통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다.

이처럼 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제

한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이

익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게

되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다.

구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중

어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아

니라, 농지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따

른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의

토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에

앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제

대상이 된다고 봄이 타당하다.

한편 여기에서 '주거지역 등'은 주거지역・상업지역 및 공업지역만을 의미하는데,

농지가 국토계획법에 따른 녹지지역에 편입되었다가 이후 도시개발법 등에 따른 환지

예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지

정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로, 이와 같이 본다고 하여 구 조세특례제한법 제69조

제1항 단서 중 '환지예정지 지정을 받은 날까지' 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는

것도 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따른 양

도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등

에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된

다고 보아야 한다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결).

앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 토지는 2013. 6. 21. 도

시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받기에 앞서 2011. 12. 28.

이미 국토계획법에 따른 공업지역으로 편입되었으므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서

에 따라 원고의 이 사건 토지 양도소득 중 공업지역 편입일인 2011. 12. 28.까지 발생

한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 보아야 한다.

원고는, 수용 또는 사용방식이 아닌 환지방식의 사업에서는 실시계획 승인으로

주거지역 등에 편입된다 하더라도 환지계획이 수립되고 인가되어 환지예정지 지정이

되기 전까지는 권리의 변동이 전혀 없는 것일 뿐 아니라, 주거지역 등의 편입 이후에

실시계획 승인이 취소되는 등 개발사업 자체가 무산될 가능성을 배제할 수 없어 환지

예정지 지정일 이후라야 토지의 가격이 상승될 수 있다는 전제에서 달리 보아야 한다

고 주장하나, 실제로 환지 방식의 사업대상지에서 종전 토지의 사용 수익이 금지되는

환지예정지 지정일 이후에서야 비로소 토지의 가격이 상승한다고 볼 만한 증거가 없을

뿐 아니라, 현실에서는 주거지역 등에 편입되는 시점부터 경제적인 측면에서 지가 상

승에 대한 기대치가 높아지게 마련이고, 농지에 대한 양도소득세를 일정한 경우 감면

하는 내용의 이 사건 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서와 같은 특혜규정은 조세공평의 원

칙상 엄격하게 해석해야 한다는 원칙에 입각하더라도, 원고의 위 주장은 받아들일 수

없다.

따라서, 환지예정지 지정일까지로 감면세액의 계산범위를 넓게 인정하여 과다 납

부한 양도소득세를 환급해달라는 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 적

법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을

같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문

과 같이 판결한다.