국심2001서1787 (2001.10.31)

법인

기각

면제신청서를 과세표준과 세액의 결정일로부터 1년이 되는 날 이후에 제출하여 특별부가세를 면제하지 아니한 것은 적법함

조세감면규제법 제74조【사회복지법인 및 종교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】 / 조세감면규제법시행령 제71조【사회복지법인 및 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 사단법인으로서 1994.10.1 및 1994.10.13에 울산광역시 남구 OO동 OOOOOO 외 2개 필지의 토지 757㎡를 양도하였다.

OO세무서장은 청구법인이 1994.10.1 및 1994.10.13 양도한 울산광역시 남구 OO동 OOOOOO 소재 토지 374㎡와 경상남도 울주군 농소면 OO리 OOOOO 소재 토지 152㎡ 및 경상북도 의성군 의성읍 OO동 OOOOO 소재 토지 231㎡(이하 전부를 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 2000.3.14 1994사업연도 법인세 및 특별부가세를 경정하면서 1995.10.30 양도한 대구광역시 북구 OO O가 OOOOOO 건물 181.8㎡(이하 “쟁점외부동산“이라 한다)를 포함하여 법인세 123,005,270원과 특별부가세 113,345,470원을 경정하였다가 2000.7.14 청구법인의 이의신청에 의하여 1995년에 양도한 쟁점외부동산 양도가액을 제외하여 법인세 64,311,810원과 특별부가세 69,012,350원으로 감액경정 하였고, 2000.10.7 청구법인이 심판청구를 제기하자 2000.10.17 법인세 64,311,810원을 직권으로 취소하였으며, 2001.6.19 청구법인이 쟁점부동산 양도에 대하여 구 조세감면규제법시행령 제71조 제5항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청서를 제출하자 2001.6.27 면제신청기한이 도과하였다는 이유로 청구법인의 면제신청에 대한 거부통지를 하였다.

청구법인은 처분청의 특별부가세 면제신청거부통지에 불복하여 2001.8.2 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 비영리 종교단체로서 부동산의 양도행위가 수익창출 목적이 아니고, 수익사업에 대하여만 법인세 과세표준신고를 하도록 되어 있어 세무상 장부기장 등이 취약하기 때문에 조세감면규제법상 비영리 종교단체에 대하여 세무상 혜택을 부여하는 것이고, 구 조세감면규제법시행령 제71조 제4항은 세액면제신청서의 제출여부라는 절차적 요건의 결여로 인하여 면제대상이 됨에도 면제받지 못하는 불합리한 경우를 방지하기 위한 제도이므로 법 개정취지를 고려하여 폭 넓게 해석하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

구 조세감면규제법 제74조 제1항 제2호에는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유 목적에 5년이상 직접 사용한 토지 등은 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다"고 되어 있고, 같은 법 제4항에는 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제71조 제1항에는 “특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4항에는 세액의 결정일로부터 1년 이내에 제출하도록 되어 있으므로 이는 세액면제신청이 세액면제를 받기 위한 필수조건임을 나타내고 있으며, 본 건의 경우 청구법인이 세액면제신청을 한 날은 2001.6.19로서 처분청에서 특별부가세를 결정한 날인 2000.3.14로부터 1년이 경과하였으므로 세액면제신청을 받아들이지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

특별부가세 면제신청서를 신청기한을 경과하여 제출한 경우 특별부가세 면제대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

이 건 조세감면규제법상의 특별부가세 감면요건 성립일 현재 시행된 법령은 다음과 같다.

조세감면규제법 제74조【사회복지법인 및 종교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 5년 이상 직접 사용한 토지 등

④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하는 경우에 한하여 적용한다.

같은 법 시행령 제71조【사회복지법인 및 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 법 제74조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.

②～③ (생략)

④ 법 제74조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는

자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다. 다만, 그 기한 내에 세액면제신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년 이내에 제출할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

특별부가세 감면신청기한을 경과하여 감면신청서를 제출한 경우 특별부가세 면제대상이 되는지 여부에 대하여 살펴본다.

첫째, 먼저, 당시 시행된 이 건 관련 구조세감면규제법(1995.12.29 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제2호에는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유 목적에 5년이상 직접 사용한 토지 등은 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다"고 되어 있고, 같은 법 제4항에는 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제71조 제4항에는 특별부가세 면제신청서를 과세표준과 세액의 결정일로부터 1년 이내에 제출할 수 있도록 되어 있다.

둘째, 처분청에서 제시한 심리자료를 보면, 2000.3.14 쟁점부동산 양도에 대한 법인세와 특별부가세를 경정하면서 사업연도를 달리하여 1995.10.30 양도한 쟁점외부동산을 포함하여 법인세 123,005,270원과 특별부가세 113,345,470원을 경정하였다가 2000.7.14 청구법인의 이의신청에 의하여 쟁점외부동산을 제외하여 법인세 64,311,810원과 특별부가세 69,012,350원으로 감액경정하였고, 2000.10.17 청구법인의 심판청구에 의하여 법인세 64,311,810원은 직권으로 취소하였으며, 이후 청구법인이 2001.6.19 쟁점부동산에 대한 특별부가세 세액면제신청서를 제출한 것으로 나타나고 있다.

셋째, 위 법령에서 보는 바와 같이 특별부가세 면제는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하는 경우에 한하여 적용하도록 되어 있고, 그 면제신청기한은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고시까지 제출하는 것이 원칙이고, 적어도 과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년 이내에 제출하여야 하나, 청구법인의 경우 동 면제신청서 제출기한이 경과한 2001.6.19에 특별부가세 면제신청서를 제출하여특별부가세 감면요건을 충족하지 못하였다 할 것이므로 처분청에서 청구법인의 면제신청을 기각한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.