1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2005. 1. 1. 한국철도공사법에 따라 철도청에서 전환ㆍ설립된 공기업이다.

원고는 2009년부터 2013년에 걸쳐 ‘여비 및 시험수당 지급 세칙’이 정한 바에 따라 업무특성상 외근이 빈번한 직원들에게 업무내용 등에 따라 월 4~18만 원의 기준금액인 월액여비(이하 ‘쟁점 월액여비’라 한다)를 지급하였고, 이러한 쟁점 월액여비가 소득세법 제12조 제3호 자목(대통령령으로 정하는 실비변상적인 성질의 급여)에서 정하는 비과세소득에 해당한다고 보고, 쟁점월액여비에 대하여 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 않았다.

피고는 2014. 1. 17.부터 2014. 5. 16.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점 월액여비를 실비변상적 성질의 급여가 아니라 직무에 따라 차등 지급되는 수당으로서 과세대상 근로소득으로 보고 원고가 2009년과 2013년 사이에 16,666명(퇴직자 포함)의 직원에게 지급된 쟁점 월액여비에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 않았음을 이유로 2014. 6. 1. 원고에 대하여 별지 ‘당초 결정한 세액’란 기재와 같이 합계 14,305,125,400원의 근로소득세를 고지하였다.

이후 피고는 퇴직자의 원천징수분 근로소득세 합계 1,003,501,650원을 제외하여 일부 감액경정(이하 감액되고 남은 13,301,623,750원의 징수처분 및 납부불성실가산세 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분’이라 한다)하였다.

피고는 2014. 8. 27. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2015. 9. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 이 사건 처분의 적법 여부 원고의 주장 원고의 승무직원,...