상고를 모두 기각한다.

상고비용은 각자가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 사건의 경위

가. 영등포세무서장은 2009. 11. 16.부터 2015. 11. 16. 사이에 원고에게 2009년 내지 2015년 귀속분에 해당하는 종합부동산세 등을 부과하는 내용으로 이 사건 각 부과처분을 하였다.

원고는 위와 같이 부과된 종합부동산세 등을 모두 납부하였다.

나. 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 종합부동산세 과세대상 주택 등에 대하여 ‘재산세로 부과된 세액’에 해당하는 일정한 금액(이하 ‘공제세액’이라고 한다)을 종합부동산세액에서 공제하도록 하고 있다.

이 사건 각 부과처분은 종합부동산세 처분세액을 산정하면서 공제세액을 계산하여 세액공제를 하였는데, 이때 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식(이하 ‘이 사건 시행규칙 산식’이라고 한다)으로 공제세액을 계산하였다.

그 산식은 [(과세대상 주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율]이다.

다. 한편 이 사건 각 부과처분 당시에 적용되던 구 종합부동산세법 시행령(2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제세액의 계산식(이하 ‘이 사건 시행령 산식’이라고 한다)을 규정하고 있었다.

그 산식은 [주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액]이다. 라.

그런데 이 사건 시행령 산식 중 분자에 기재된 “주택 등의 과세표준” 부분은 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 이전 구 종합부동산세법...